src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

   1 package jalview.ws.dbsources.das;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   4 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   5 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
   6 import jalview.datamodel.Sequence;\r
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
   8 import jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource;\r
   9 \r
  10 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceEvent;\r
  11 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceListener;\r
  12 \r
  13 /**\r
  14  * Listen for sequence fetch events from a dasobert SequenceThread started with a \r
  15  * query string and collect sequences returned from the DAS sequence source. \r
  16  * @author JimP\r
  17  *\r
  18  */\r
  19 public class DasSequenceSourceListener implements SequenceListener\r
  20 {\r
  21   \r
  22   String ourAccession = null;\r
  23   DasSequenceSource oursource=null;\r
  24   /**\r
  25    * \r
  26    * @param source the DAS Sequence DbProxy object containing database details for this source\r
  27    * @param query the query string sent to the das source that we should be listening for.\r
  28    */\r
  29   public DasSequenceSourceListener(DasSequenceSource source, String query)\r
  30   {\r
  31     oursource=source;\r
  32     ourAccession=query;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public void clearSelection()\r
  36   {\r
  37     // TODO Auto-generated method stub\r
  38 \r
  39   }\r
  40   java.util.Vector seqs = null;\r
  41   public void newSequence(SequenceEvent e)\r
  42   {\r
  43     if (!e.getAccessionCode().equals(ourAccession))\r
  44     {\r
  45       System.err.println("Warning - received sequence event for strange accession code ("\r
  46               +e.getAccessionCode()+") - we expected "+ourAccession);\r
  47       \r
  48       return;\r
  49     }\r
  50     if (seqs==null)\r
  51     {\r
  52       if (e.getSequence().length()==0)\r
  53       {\r
  54         System.err.println("Empty sequence returned for accession code ("\r
  55                 +e.getAccessionCode()+") from "+oursource.getDbName());\r
  56         called=true;\r
  57         noSequences=true;\r
  58         return;\r
  59       }\r
  60       seqs = new java.util.Vector();\r
  61     }\r
  62     Sequence sq = new Sequence(e.getAccessionCode(), e.getSequence());\r
  63     sq.addDBRef(new DBRefEntry(oursource.getDbSource(), oursource.getDbVersion()+":"+e.getVersion(), e.getAccessionCode()));\r
  64     seqs.addElement(sq);\r
  65     called=true;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void selectedSeqPosition(int position)\r
  69   {\r
  70     // TODO Auto-generated method stub\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void selectedSeqRange(int start, int end)\r
  75   {\r
  76     // TODO Auto-generated method stub\r
  77 \r
  78   }\r
  79 \r
  80   public void selectionLocked(boolean flag)\r
  81   {\r
  82     // TODO Auto-generated method stub\r
  83 \r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void newObjectRequested(String accessionCode)\r
  87   {\r
  88     // TODO Auto-generated method stub\r
  89 \r
  90   }\r
  91   boolean noSequences=false;\r
  92   public void noObjectFound(String accessionCode)\r
  93   {\r
  94     if (accessionCode.equals(ourAccession))\r
  95     {\r
  96       noSequences=true;\r
  97       called = true;\r
  98     }\r
  99   }\r
 100   public boolean hasNoSequences() {\r
 101     return noSequences;\r
 102   }\r
 103   boolean called=false;\r
 104   public boolean isNotCalled()\r
 105   {\r
 106     return !called;\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public AlignmentI getSequences()\r
 110   {\r
 111     if (noSequences || seqs!=null && seqs.size()==0)\r
 112       return null;\r
 113     SequenceI[] sqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 114     for (int i=0,iSize=seqs.size(); i<iSize;i++)\r
 115     {\r
 116       sqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 117     }\r
 118     Alignment al = new Alignment(sqs);\r
 119     if (oursource.getSource().hasCapability("features"))\r
 120     {\r
 121       java.util.Vector src = new java.util.Vector();\r
 122       src.addElement(oursource.getSource());\r
 123       new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(sqs, \r
 124               null,\r
 125               src, false, false);\r
 126     }\r
 127     \r
 128     return al;\r
 129   }\r
 130 \r
 131 }\r