src/jalview/ws/ebi/EBIFetchClient.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.ebi;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24
  25 import java.io.BufferedInputStream;
  26 import java.io.BufferedReader;
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.FileOutputStream;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.net.URL;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.StringTokenizer;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class EBIFetchClient
  41 {
  42   String format = "default";
  43
  44   String style = "raw";
  45
  46   /**
  47    * Creates a new EBIFetchClient object.
  48    */
  49   public EBIFetchClient()
  50   {
  51   }
  52
  53   /**
  54    * DOCUMENT ME!
  55    *
  56    * @return DOCUMENT ME!
  57    */
  58   public String[] getSupportedDBs()
  59   {
  60     // TODO - implement rest call for dbfetch getSupportedDBs
  61     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
  62   }
  63
  64   /**
  65    * DOCUMENT ME!
  66    *
  67    * @return DOCUMENT ME!
  68    */
  69   public String[] getSupportedFormats()
  70   {
  71     // TODO - implement rest call for dbfetch getSupportedFormats
  72     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
  73   }
  74
  75   /**
  76    * DOCUMENT ME!
  77    *
  78    * @return DOCUMENT ME!
  79    */
  80   public String[] getSupportedStyles()
  81   {
  82     // TODO - implement rest call for dbfetch getSupportedStyles
  83     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
  84   }
  85
  86   public File fetchDataAsFile(String ids, String f, String s)
  87           throws OutOfMemoryError
  88   {
  89     File outFile = null;
  90     try
  91     {
  92       outFile = File.createTempFile("jalview", ".xml");
  93       outFile.deleteOnExit();
  94       fetchData(ids, f, s, outFile);
  95       if (outFile.length() == 0)
  96       {
  97         outFile.delete();
  98         return null;
  99       }
 100     } catch (Exception ex)
 101     {
 102     }
 103     return outFile;
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Single DB multiple record retrieval
 108    *
 109    * @param ids
 110    *          db:query1;query2;query3
 111    * @param f
 112    *          raw/xml
 113    * @param s
 114    *          ?
 115    *
 116    * @return Raw string array result of query set
 117    */
 118   public String[] fetchData(String ids, String f, String s)
 119           throws OutOfMemoryError
 120   {
 121     return fetchData(ids, f, s, null);
 122   }
 123
 124   public String[] fetchData(String ids, String f, String s, File outFile)
 125           throws OutOfMemoryError
 126   {
 127     // Need to split
 128     // ids of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;
 129     String[] rslts = new String[0];
 130     StringTokenizer queries = new StringTokenizer(ids, ";");
 131     String db = null;
 132     StringBuffer querystring = null;
 133     int nq = 0;
 134     while (queries.hasMoreTokens())
 135     {
 136       String query = queries.nextToken();
 137       int p;
 138       if ((p = query.indexOf(':')) > -1)
 139       {
 140         db = query.substring(0, p);
 141         query = query.substring(p + 1);
 142       }
 143       if (querystring == null)
 144       {
 145         querystring = new StringBuffer(query);
 146         nq++;
 147       }
 148       else
 149       {
 150         querystring.append("," + query);
 151         nq++;
 152       }
 153     }
 154     if (db == null)
 155     {
 156       System.err.println("Invalid Query string : '" + ids
 157               + "'\nShould be of form 'dbname:q1;q2;q3;q4'");
 158       return null;
 159     }
 160     String[] rslt = fetchBatch(querystring.toString(), db, f, s, outFile);
 161     if (rslt != null)
 162     {
 163       String[] nrslts = new String[rslt.length + rslts.length];
 164       System.arraycopy(rslts, 0, nrslts, 0, rslts.length);
 165       System.arraycopy(rslt, 0, nrslts, rslts.length, rslt.length);
 166       rslts = nrslts;
 167     }
 168
 169     return (rslts.length == 0 ? null : rslts);
 170   }
 171
 172   public String[] fetchBatch(String ids, String db, String f, String s,
 173           File outFile) throws OutOfMemoryError
 174   {
 175     long time = System.currentTimeMillis();
 176     // max 200 ids can be added at one time
 177     try
 178     {
 179       URL rcall = new URL("http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/"
 180               + db.toLowerCase() + "/" + ids.toLowerCase()
 181               + (f != null ? "/" + f : ""));
 182
 183       BufferedInputStream is = new BufferedInputStream(rcall.openStream());
 184       if (outFile != null)
 185       {
 186         FileOutputStream fio = new FileOutputStream(outFile);
 187         byte[] bb = new byte[32 * 1024];
 188         int l;
 189         while ((l = is.read(bb)) > 0)
 190         {
 191           fio.write(bb, 0, l);
 192         }
 193         fio.close();
 194         is.close();
 195       }
 196       else
 197       {
 198         BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
 199         String rtn;
 200         ArrayList<String> arl = new ArrayList<String>();
 201         while ((rtn = br.readLine()) != null)
 202         {
 203           arl.add(rtn);
 204         }
 205         return arl.toArray(new String[arl.size()]);
 206       }
 207     } catch (OutOfMemoryError er)
 208     {
 209
 210       System.out.println("OUT OF MEMORY DOWNLOADING QUERY FROM " + db
 211               + ":\n" + ids);
 212       throw er;
 213     } catch (Exception ex)
 214     {
 215       if (ex.getMessage().startsWith(
 216               "uk.ac.ebi.jdbfetch.exceptions.DbfNoEntryFoundException"))
 217       {
 218         return null;
 219       }
 220       System.err.println("Unexpected exception when retrieving from " + db
 221               + "\nQuery was : '" + ids + "'");
 222       ex.printStackTrace(System.err);
 223       return null;
 224     } finally
 225     {
 226       // System.err.println("Took " + (System.currentTimeMillis() - time)
 227       // / 1000 + " secs for one call.");
 228     }
 229     return null;
 230   }
 231 }