src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws1;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.io.FileParse;
  26 import jalview.io.FormatAdapter;
  27 import jalview.io.InputStreamParser;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.io.InputStreamReader;
  34 import java.io.Reader;
  35 import java.net.MalformedURLException;
  36 import java.net.URL;
  37 import java.net.URLEncoder;
  38 import java.util.Iterator;
  39
  40 public class Annotate3D
  41 {
  42   // protected BufferedReader in;
  43   // protected BufferedWriter out;
  44
  45   public Annotate3D()
  46   {
  47     System.out.println("Annotate3D");
  48     // try {
  49     // Create a URL for the desired page
  50     // String id = "1HR2";
  51     // URL url = new
  52     // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?pdbid="+id);
  53     // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
  54     // String str;
  55     // OutputStream out1 = null;
  56     // out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1, "temp.rnaml"));
  57     // while ((str = in.readLine()) != null) {
  58     // System.out.println(str);
  59     // out.write(str);
  60     // }
  61     // in.close();
  62     // out.close();
  63     // } catch (MalformedURLException e) {
  64     // } catch (IOException e) {
  65     // }
  66   }
  67
  68   public AlignmentI getRNAMLFor(final FileParse source) throws IOException
  69   {
  70     try
  71     {
  72       StringBuffer sb = new StringBuffer();
  73
  74       Reader fpr = source.getReader();
  75       int p = 0;
  76       char[] cbuff = new char[2048];
  77       while ((p = fpr.read(cbuff)) > 0)
  78       {
  79         for (int i = 0; i < p; i++)
  80         {
  81           sb.append(cbuff[i]);
  82         }
  83       }
  84       Iterator<Reader> r = jalview.ext.paradise.Annotate3D
  85               .getRNAMLForPDBFileAsString(sb.toString());
  86       AlignmentI al = null;
  87       while (r.hasNext())
  88       {
  89         FileParse fp = new InputStreamParser(r.next(), source.getDataName());
  90         AlignmentI nal = new FormatAdapter().readFromFile(fp, "RNAML");
  91         if (al == null)
  92         {
  93           al = nal;
  94         }
  95         else
  96         {
  97           al.append(nal);
  98         }
  99       }
 100       return al;
 101     } catch (Throwable x)
 102     {
 103       if (x instanceof IOException)
 104       {
 105         throw ((IOException) x);
 106       }
 107       else
 108       {
 109         throw new IOException(MessageManager.getString("exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb"),
 110                 x);
 111       }
 112     }
 113   }
 114
 115   public Annotate3D(String path) throws InterruptedException
 116   {
 117     System.out.println("Annotate3D");
 118     try
 119     {
 120       // //URL url = new
 121       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+inFile);
 122       // System.out.println("Step1");
 123       // FileReader r = new FileReader(inFile);
 124       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 125       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 126       // System.out.println("Step2");
 127       // while(in.readLine()!=null){
 128       // content.append(in.readLine());
 129       // //System.out.println("Step3"+in.readLine());
 130       // }
 131       //
 132       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 133       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 134       // for (int i=0;i<data.length();i++)
 135       // {
 136       // System.out.print(data.charAt(i));
 137       // }
 138
 139       // String data = "width=50&height=100";
 140
 141       // // Send the request
 142       // FileReader r = new FileReader(path);
 143       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 144       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 145       // System.out.println("Step1");
 146       // while(in.readLine()!=null){
 147       // content.append(in.readLine());
 148       //
 149       // }
 150       // System.out.println("Step2");
 151       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 152       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 153       // System.out.println("Step2");
 154       // URL url = new
 155       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 156       // DataInputStream is = new DataInputStream(url.openStream());
 157       // String str;
 158       // while ((str = is.readLine()) != null) {
 159       // System.out.println(str);
 160       // //out.write(str);
 161       // }
 162       FileReader r = new FileReader(path);
 163       BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 164       String content = "";
 165       String str;
 166
 167       while ((str = in.readLine()) != null)
 168       {
 169         // System.out.println(str);
 170
 171         content = content + str;
 172       }
 173       System.out.println("pdbfile=" + content.toString());
 174       System.out.println("capacité=" + content.length());
 175       String paramfile = URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 176       System.out.println("param=" + paramfile);
 177       URL url = new URL(
 178               "http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="
 179                       + content);
 180       BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 181               url.openStream()));
 182       String str4;
 183       while ((str4 = is.readLine()) != null)
 184       {
 185         System.out.println(str4);
 186         // out.write(str);
 187       }
 188       in.close();
 189       is.close();
 190
 191       // HttpURLConnection connection = (HttpURLConnection)url.openConnection();
 192       // connection.setRequestMethod("POST" );
 193       // connection.setRequestProperty("data", path );
 194       // //connection.setRequestProperty("nomDuChamp2", "valeurDuChamp2" );
 195       // BufferedReader input = new BufferedReader(new
 196       // InputStreamReader(connection.getInputStream()));
 197       // //DataInputStream input = new
 198       // DataInputStream(connection.getInputStream());
 199       // String c;
 200       // while((c=input.readLine())!=null){
 201       // System.out.print(c);
 202       // }
 203       // input.close();
 204       // BufferedReader in1 = new BufferedReader(is);
 205
 206       // OutputStream out1 = null;
 207       // System.out.println("Step3");
 208       // BufferedWriter out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1,
 209       // "temp.rnaml"));
 210       //
 211       // in.close();
 212       // out.close();
 213
 214       // return;
 215
 216       // System.out.println(data.length());
 217       // System.out.println("step2");
 218       // URL url = new
 219       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 220       // System.out.println("step3");
 221       // URLConnection conn = url.openConnection();
 222       // conn.setDoOutput(true);
 223       // OutputStreamWriter writer = new
 224       // OutputStreamWriter(conn.getOutputStream());
 225
 226       // write parameters
 227       // writer.write(data);
 228       // writer.flush();
 229
 230       // Get the response
 231       // StringBuffer answer = new StringBuffer();
 232       // //BufferedReader reader = new BufferedReader(new
 233       // InputStreamReader(conn.getInputStream()));
 234       // //String line;
 235       // while ((line = reader.readLine()) != null) {
 236       // answer.append(line);
 237       // System.out.println(line);
 238       // }
 239       // writer.close();
 240       // reader.close();
 241
 242       // Output the response
 243
 244     } catch (MalformedURLException ex)
 245     {
 246       ex.printStackTrace();
 247     } catch (IOException ex)
 248     {
 249       ex.printStackTrace();
 250     }
 251   }
 252
 253   // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 254
 255   // String str;
 256
 257   // out = new FileOutputStream("temp.rnaml");
 258   // out = new BufferedWriter(new FileWriter("temp.rnaml"));
 259
 260   // while ((str = in.readLine()) != null) {
 261   // System.out.println(str);
 262   // out.write(str);
 263   // System.out.println(str);
 264   // in.close();
 265
 266   // out.close();
 267   // } catch (MalformedURLException e) {
 268   // } catch (IOException e) {
 269   // }
 270   //
 271   // }
 272
 273   // public BufferedWriter getReader()
 274   // {
 275   // System.out.println("The buffer");
 276
 277   // return out;
 278
 279   // }
 280
 281 }