src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  27 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  28 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Set;
  34 import java.util.TreeSet;
  35
  36 import compbio.data.sequence.FastaSequence;
  37 import compbio.data.sequence.Score;
  38 import compbio.metadata.Argument;
  39
  40 public class AAConClient extends JabawsCalcWorker
  41 {
  42
  43   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  44           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  45   {
  46     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  47     submitGaps = true;
  48     alignedSeqs = true;
  49     nucleotidesAllowed = false;
  50     proteinAllowed = true;
  51     gapMap = new boolean[0];
  52     initViewportParams();
  53   }
  54
  55   public String getServiceActionText()
  56   {
  57     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  58   }
  59
  60   /**
  61    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  62    * current visualization settings.
  63    */
  64
  65   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  66   {
  67     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  68     {
  69       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  70       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  71       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  72       for (String score : scoremap.keySet())
  73       {
  74         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  75         for (Score scr : scores)
  76         {
  77           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  78           {
  79             /**
  80              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  81              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  82              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  83              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  84              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  85              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  86              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  87              */
  88           }
  89           else
  90           {
  91             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  92                     scr);
  93           }
  94         }
  95       }
  96
  97       if (ourAnnot.size() > 0)
  98       {
  99         updateOurAnnots(ourAnnot);
 100       }
 101     }
 102   }
 103
 104   @Override
 105   boolean checkValidInputSeqs(boolean dynamic, List<FastaSequence> seqs)
 106   {
 107     return (seqs.size() > 1);
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public String getCalcId()
 112   {
 113     return CALC_ID;
 114   }
 115
 116   private static String CALC_ID = "jabaws2.AACon";
 117
 118   public static AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUITest()
 119   {
 120     return new AlignAnalysisUIText(
 121             compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
 122             jalview.ws.jws2.AAConClient.class, CALC_ID, false, true, true,
 123             MessageManager.getString("label.aacon_calculations"),
 124             MessageManager.getString("tooltip.aacon_calculations"),
 125             MessageManager.getString("label.aacon_settings"),
 126             MessageManager.getString("tooltip.aacon_settings"));
 127   }
 128 }