src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  */
  19 package jalview.ws.jws2;
  20
  21 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  22 import jalview.gui.AlignFrame;
  23 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  25 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31 import java.util.Set;
  32 import java.util.TreeSet;
  33
  34 import compbio.data.sequence.Score;
  35 import compbio.metadata.Argument;
  36
  37 public class AAConClient extends JabawsAlignCalcWorker
  38 {
  39
  40   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  41           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  42   {
  43     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  44     submitGaps = true;
  45     alignedSeqs = true;
  46     nucleotidesAllowed = false;
  47     proteinAllowed = true;
  48     gapMap = new boolean[0];
  49     initViewportParams();
  50   }
  51
  52   protected void initViewportParams()
  53   {
  54     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  55             getCalcId(),
  56             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  57                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  58                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset,
  63           java.util.List<Argument> newarguments)
  64   {
  65     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  66     initViewportParams();
  67   };
  68
  69   public String getServiceActionText()
  70   {
  71     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  72   }
  73
  74   /**
  75    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  76    * current visualization settings.
  77    */
  78
  79   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  80   {
  81     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  82     {
  83       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  84       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  85       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  86       for (String score : scoremap.keySet())
  87       {
  88         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  89         for (Score scr : scores)
  90         {
  91           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  92           {
  93             /**
  94              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  95              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  96              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  97              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  98              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  99              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
 100              * annotation.validateRangeAndDisplay();
 101              */
 102           }
 103           else
 104           {
 105             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
 106                     scr);
 107           }
 108         }
 109       }
 110
 111       if (ourAnnot.size() > 0)
 112       {
 113         updateOurAnnots(ourAnnot);
 114       }
 115     }
 116   }
 117
 118   public String getCalcId()
 119   {
 120     return SequenceAnnotationWSClient.AAConCalcId;
 121   }
 122
 123   public static void removeAAConsAnnotation(AlignmentPanel alignPanel)
 124   {
 125     for (AlignmentAnnotation aa : alignPanel.getAlignment().findAnnotation(
 126             SequenceAnnotationWSClient.AAConCalcId))
 127     {
 128       alignPanel.getAlignment().deleteAnnotation(aa);
 129     }
 130   }
 131 }