src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  21 import jalview.gui.AlignFrame;
  22 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  23 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.Map;
  30 import java.util.Set;
  31 import java.util.TreeSet;
  32
  33 import compbio.data.sequence.Score;
  34 import compbio.metadata.Argument;
  35
  36 public class AAConClient extends JabawsAlignCalcWorker
  37 {
  38
  39   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  40           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  41   {
  42     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  43     submitGaps = true;
  44     alignedSeqs = true;
  45     nucleotidesAllowed = false;
  46     proteinAllowed = true;
  47     gapMap = new boolean[0];
  48     initViewportParams();
  49   }
  50
  51   public String getServiceActionText()
  52   {
  53     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  54   }
  55
  56   /**
  57    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  58    * current visualization settings.
  59    */
  60
  61   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  62   {
  63     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  64     {
  65       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  66       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  67       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  68       for (String score : scoremap.keySet())
  69       {
  70         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  71         for (Score scr : scores)
  72         {
  73           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  74           {
  75             /**
  76              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  77              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  78              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  79              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  80              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  81              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  82              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  83              */
  84           }
  85           else
  86           {
  87             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  88                     scr);
  89           }
  90         }
  91       }
  92
  93       if (ourAnnot.size() > 0)
  94       {
  95         updateOurAnnots(ourAnnot);
  96       }
  97     }
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public String getCalcId()
 102   {
 103     return CALC_ID;
 104   }
 105   private static String CALC_ID="jabaws2.AACon";
 106
 107   {
 108   }
 109 }