src/jalview/ws/jws2/dm/JabaWsParamSet.java

   1 /*
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import compbio.metadata.Option;
  27
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  30 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  31 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  32
  33 public class JabaWsParamSet implements WsParamSetI
  34 {
  35   /**
  36    * raw jaba arguments.
  37    */
  38   List<Option> jabaArguments;
  39
  40   String name, description, applicableUrls[], sourceFile;
  41
  42   public JabaWsParamSet(String storeSetName, String descr, List jobParams)
  43   {
  44     if (jobParams.size() > 0)
  45     {
  46       if (jobParams.get(0) instanceof Option)
  47       {
  48         jabaArguments = new ArrayList<Option>();
  49         // if classCastExceptions are raised then there has been an
  50         // implementation error.
  51         jabaArguments.addAll((List<Option>) jobParams);
  52       }
  53       else
  54       {
  55         if (!allJaba(jobParams))
  56         {
  57           throw new Error(MessageManager.getString("error.cannot_create_jabaws_param_set"));
  58         }
  59         else
  60         {
  61           jabaArguments = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobParams);
  62         }
  63       }
  64     }
  65     name = storeSetName;
  66     description = descr;
  67     sourceFile = null;
  68     applicableUrls = null;
  69   }
  70
  71   public JabaWsParamSet()
  72   {
  73
  74   }
  75
  76   private boolean allJaba(List jobParams)
  77   {
  78
  79     boolean allJaba = true;
  80     for (Object jp : jobParams)
  81     {
  82       if (jp instanceof JabaParameter || jp instanceof JabaOption)
  83       {
  84         allJaba &= true;
  85       }
  86       else
  87       {
  88         allJaba = false;
  89         break;
  90       }
  91     }
  92     return allJaba;
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public String getName()
  97   {
  98     return name;
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public String getDescription()
 103   {
 104     return description;
 105   }
 106
 107   /**
 108    * @param name
 109    *          the name to set
 110    */
 111   public void setName(String name)
 112   {
 113     this.name = name;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * @param description
 118    *          the description to set
 119    */
 120   public void setDescription(String description)
 121   {
 122     this.description = description;
 123   }
 124
 125   /**
 126    * @param applicableUrls
 127    *          the applicableUrls to set
 128    */
 129   public void setApplicableUrls(String[] applicableUrls)
 130   {
 131     this.applicableUrls = applicableUrls;
 132   }
 133
 134   /**
 135    * @param modifiable
 136    *          the modifiable to set
 137    */
 138   public void setModifiable(boolean modifiable)
 139   {
 140     this.modifiable = modifiable;
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public String[] getApplicableUrls()
 145   {
 146     return applicableUrls;
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public String getSourceFile()
 151   {
 152     return sourceFile;
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public void setSourceFile(String newfile)
 157   {
 158     sourceFile = newfile;
 159   }
 160
 161   boolean modifiable = true;
 162
 163   @Override
 164   public boolean isModifiable()
 165   {
 166     return modifiable;
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public List<ArgumentI> getArguments()
 171   {
 172     return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jabaArguments);
 173   }
 174
 175   @Override
 176   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 177   {
 178     if (!allJaba(args))
 179     {
 180       throw new Error(MessageManager.getString("error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set"));
 181     }
 182     jabaArguments = new ArrayList<Option>();
 183     for (ArgumentI rg : args)
 184     {
 185       jabaArguments.add(((JabaOption) rg).opt);
 186     }
 187   }
 188
 189   public List<Option> getjabaArguments()
 190   {
 191     return jabaArguments;
 192   }
 193
 194   public void setjabaArguments(List<Option> args)
 195   {
 196     jabaArguments = args;
 197   }
 198
 199 }