src/jalview/ws/rest/params/Alignment.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest.params;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.ws.params.OptionI;
  25 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
  26 import jalview.ws.params.simple.Option;
  27 import jalview.ws.rest.InputType;
  28 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
  29 import jalview.ws.rest.RestJob;
  30
  31 import java.io.BufferedOutputStream;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.FileOutputStream;
  34 import java.io.OutputStreamWriter;
  35 import java.io.PrintWriter;
  36 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  37 import java.util.ArrayList;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.List;
  40
  41 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  42 import org.apache.http.entity.mime.content.FileBody;
  43 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  44
  45 /**
  46  * format an alignment for input to rest service.
  47  *
  48  * @author JimP
  49  *
  50  */
  51 public class Alignment extends InputType
  52 {
  53   public Alignment()
  54   {
  55     super(new Class[]
  56     { AlignmentI.class });
  57   }
  58
  59   String format = "FASTA";
  60
  61   molType type;
  62
  63   boolean jvsuffix = false;
  64
  65   /**
  66    * input data as a file upload rather than inline content
  67    */
  68   public boolean writeAsFile = false;
  69
  70   @Override
  71   public ContentBody formatForInput(RestJob rj)
  72           throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  73   {
  74     AlignmentI alignment = rj.getAlignmentForInput(token, type);
  75     if (writeAsFile)
  76     {
  77       try
  78       {
  79         File fa = File.createTempFile("jvmime", ".fa");
  80         PrintWriter pw = new PrintWriter(
  81                 new OutputStreamWriter(new BufferedOutputStream(
  82                         new FileOutputStream(fa)), "UTF-8"));
  83         pw.append(new jalview.io.FormatAdapter().formatSequences(format,
  84                 alignment, jvsuffix));
  85         pw.close();
  86         return new FileBody(fa, "text/plain");
  87       } catch (Exception ex)
  88       {
  89         throw new NoValidInputDataException(
  90                 "Couldn't write out alignment to file.", ex);
  91       }
  92     }
  93     else
  94     {
  95       jalview.io.FormatAdapter fa = new jalview.io.FormatAdapter();
  96       fa.setNewlineString("\r\n");
  97       return new StringBody(
  98               (fa.formatSequences(format, alignment, jvsuffix)));
  99       // ,
 100       // "text/plain",Charset.forName("UTF-8"));
 101       // , "text/plain", Charset.forName("UTF-8"));
 102       // sb.getContentTypeParameters().put("filename", "alignment.fa");
 103     }
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public List<String> getURLEncodedParameter()
 108   {
 109     ArrayList<String> prms = new ArrayList<String>();
 110     prms.add("format='" + format + "'");
 111     if (type != null)
 112     {
 113       prms.add("type='" + type.toString() + "'");
 114     }
 115     if (jvsuffix)
 116     {
 117       prms.add("jvsuffix");
 118     }
 119     ;
 120     if (writeAsFile)
 121     {
 122       prms.add("writeasfile");
 123     }
 124     ;
 125     return prms;
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public String getURLtokenPrefix()
 130   {
 131     return "ALIGNMENT";
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public boolean configureProperty(String tok, String val,
 136           StringBuffer warnings)
 137   {
 138     if (tok.startsWith("jvsuffix"))
 139     {
 140       jvsuffix = true;
 141       return true;
 142     }
 143     if (tok.startsWith("writeasfile"))
 144     {
 145       writeAsFile = true;
 146       return true;
 147     }
 148
 149     if (tok.startsWith("format"))
 150     {
 151       for (String fmt : jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS)
 152       {
 153         if (val.equalsIgnoreCase(fmt))
 154         {
 155           format = fmt;
 156           return true;
 157         }
 158       }
 159       warnings.append("Invalid alignment format '" + val
 160               + "'. Must be one of (");
 161       for (String fmt : jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS)
 162       {
 163         warnings.append(" " + fmt);
 164       }
 165       warnings.append(")\n");
 166     }
 167     if (tok.startsWith("type"))
 168     {
 169       try
 170       {
 171         type = molType.valueOf(val);
 172         return true;
 173       } catch (Exception x)
 174       {
 175         warnings.append("Invalid molecule type '" + val
 176                 + "'. Must be one of (");
 177         for (molType v : molType.values())
 178         {
 179           warnings.append(" " + v);
 180         }
 181         warnings.append(")\n");
 182       }
 183     }
 184     return false;
 185   }
 186
 187   @Override
 188   public List<OptionI> getOptions()
 189   {
 190     List<OptionI> lst = getBaseOptions();
 191     lst.add(new BooleanOption("jvsuffix",
 192             "Append jalview style /start-end suffix to ID", false, false,
 193             jvsuffix, null));
 194     lst.add(new BooleanOption("writeasfile",
 195             "Append jalview style /start-end suffix to ID", false, false,
 196             writeAsFile, null));
 197
 198     lst.add(new Option("format", "Alignment upload format", true, "FASTA",
 199             format, Arrays
 200                     .asList(jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS),
 201             null));
 202     lst.add(createMolTypeOption("type", "Sequence type", false, type, null));
 203
 204     return lst;
 205   }
 206
 207 }