src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java

   1 //
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.math.BigInteger;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20 /**
  21  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  22  *
  23  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  24  * contained within this class.
  25  *
  26  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  27  * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  28  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded"
  29  * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
  30  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  31  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
  32  * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  33  * &amp;lt;attribute name="pos2"
  34  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  35  * name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  36  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  37  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
  38  * name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  39  * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  40  * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  41  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
  42  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
  43  * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
  44  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  45  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  46  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
  47  * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  48  * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  49  *
  50  *
  51  */
  52 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  53 @XmlType(name = "", propOrder = { "alcodon", "alcodMap" })
  54 @XmlRootElement(name = "AlcodonFrame")
  55 public class AlcodonFrame
  56 {
  57
  58   protected List<AlcodonFrame.Alcodon> alcodon;
  59
  60   protected List<AlcodonFrame.AlcodMap> alcodMap;
  61
  62   /**
  63    * Gets the value of the alcodon property.
  64    *
  65    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
  66    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
  67    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
  68    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodon property.
  69    *
  70    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
  71    * getAlcodon().add(newItem); &lt;/pre&gt;
  72    *
  73    *
  74    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
  75    * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
  76    *
  77    *
  78    */
  79   public List<AlcodonFrame.Alcodon> getAlcodon()
  80   {
  81     if (alcodon == null)
  82     {
  83       alcodon = new ArrayList<AlcodonFrame.Alcodon>();
  84     }
  85     return this.alcodon;
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Gets the value of the alcodMap property.
  90    *
  91    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
  92    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
  93    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
  94    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodMap property.
  95    *
  96    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
  97    * getAlcodMap().add(newItem); &lt;/pre&gt;
  98    *
  99    *
 100    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 101    * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
 102    *
 103    *
 104    */
 105   public List<AlcodonFrame.AlcodMap> getAlcodMap()
 106   {
 107     if (alcodMap == null)
 108     {
 109       alcodMap = new ArrayList<AlcodonFrame.AlcodMap>();
 110     }
 111     return this.alcodMap;
 112   }
 113
 114   /**
 115    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 116    *
 117    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
 118    * contained within this class.
 119    *
 120    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 121    * &amp;lt;restriction
 122    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 123    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
 124    * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
 125    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
 126    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 127    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 128    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
 129    *
 130    *
 131    */
 132   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 133   @XmlType(name = "", propOrder = { "mapping" })
 134   public static class AlcodMap
 135   {
 136
 137     @XmlElement(name = "Mapping", required = true)
 138     protected Mapping mapping;
 139
 140     @XmlAttribute(name = "dnasq", required = true)
 141     protected String dnasq;
 142
 143     /**
 144      *
 145      * a Mapping entry and an associated protein sequence
 146      *
 147      *
 148      * @return possible object is {@link Mapping }
 149      *
 150      */
 151     public Mapping getMapping()
 152     {
 153       return mapping;
 154     }
 155
 156     /**
 157      * Sets the value of the mapping property.
 158      *
 159      * @param value
 160      *          allowed object is {@link Mapping }
 161      *
 162      */
 163     public void setMapping(Mapping value)
 164     {
 165       this.mapping = value;
 166     }
 167
 168     /**
 169      * Gets the value of the dnasq property.
 170      *
 171      * @return possible object is {@link String }
 172      *
 173      */
 174     public String getDnasq()
 175     {
 176       return dnasq;
 177     }
 178
 179     /**
 180      * Sets the value of the dnasq property.
 181      *
 182      * @param value
 183      *          allowed object is {@link String }
 184      *
 185      */
 186     public void setDnasq(String value)
 187     {
 188       this.dnasq = value;
 189     }
 190
 191   }
 192
 193   /**
 194    *
 195    * specifies a series of aligned codons from an associated DNA sequence
 196    * alignment that when translated correspond to columns of a peptide
 197    * alignment. Element may have either all pos1,2,3 attributes specified, or
 198    * none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
 199    *
 200    *
 201    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 202    *
 203    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
 204    * contained within this class.
 205    *
 206    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 207    * &amp;lt;restriction
 208    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
 209    * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 210    * &amp;lt;attribute name="pos2"
 211    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 212    * &amp;lt;attribute name="pos3"
 213    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 214    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 215    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
 216    *
 217    *
 218    */
 219   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 220   @XmlType(name = "")
 221   public static class Alcodon
 222   {
 223
 224     @XmlAttribute(name = "pos1")
 225     protected BigInteger pos1;
 226
 227     @XmlAttribute(name = "pos2")
 228     protected BigInteger pos2;
 229
 230     @XmlAttribute(name = "pos3")
 231     protected BigInteger pos3;
 232
 233     /**
 234      * Gets the value of the pos1 property.
 235      *
 236      * @return possible object is {@link BigInteger }
 237      *
 238      */
 239     public BigInteger getPos1()
 240     {
 241       return pos1;
 242     }
 243
 244     /**
 245      * Sets the value of the pos1 property.
 246      *
 247      * @param value
 248      *          allowed object is {@link BigInteger }
 249      *
 250      */
 251     public void setPos1(BigInteger value)
 252     {
 253       this.pos1 = value;
 254     }
 255
 256     /**
 257      * Gets the value of the pos2 property.
 258      *
 259      * @return possible object is {@link BigInteger }
 260      *
 261      */
 262     public BigInteger getPos2()
 263     {
 264       return pos2;
 265     }
 266
 267     /**
 268      * Sets the value of the pos2 property.
 269      *
 270      * @param value
 271      *          allowed object is {@link BigInteger }
 272      *
 273      */
 274     public void setPos2(BigInteger value)
 275     {
 276       this.pos2 = value;
 277     }
 278
 279     /**
 280      * Gets the value of the pos3 property.
 281      *
 282      * @return possible object is {@link BigInteger }
 283      *
 284      */
 285     public BigInteger getPos3()
 286     {
 287       return pos3;
 288     }
 289
 290     /**
 291      * Sets the value of the pos3 property.
 292      *
 293      * @param value
 294      *          allowed object is {@link BigInteger }
 295      *
 296      */
 297     public void setPos3(BigInteger value)
 298     {
 299       this.pos3 = value;
 300     }
 301
 302   }
 303
 304 }