git://source.jalview.org / jalview.git / blob
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
history | raw | HEAD
JAL-3438 spotless for 2.11.2.0
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / JalviewModel.java
1 //
2 // This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
5 // Generated on: 2021.08.30 at 11:05:22 AM BST 
6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlID;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
19 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
20 import javax.xml.bind.annotation.adapters.CollapsedStringAdapter;
21 import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlJavaTypeAdapter;
22 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
23
24 /**
25  * <p>Java class for JalviewModel complex type.
26  * 
27  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
28  * contained within this class.
29  * 
30  * <pre> <complexType name="JalviewModel">
31  * <complexContent> <restriction
32  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
33  * <sequence> <element name="creationDate"
34  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}dateTime"/> <element
35  * name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
36  * <element name="vamsasModel"
37  * type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}VAMSAS"/>
38  * <sequence> <element name="JSeq" maxOccurs="unbounded"
39  * minOccurs="0"> <complexType>
40  * <complexContent> <restriction
41  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
42  * <sequence> <element name="features"
43  * type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
44  * <element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
45  * <complexType> <complexContent> <extension
46  * base="{www.jalview.org}pdbentry"> <sequence>
47  * <element name="structureState" maxOccurs="unbounded"
48  * minOccurs="0"> <complexType>
49  * <simpleContent> <extension
50  * base="<http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
51  * <attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
52  * <attribute name="visible"
53  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
54  * name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
55  * <attribute name="alignwithAlignPanel"
56  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
57  * <attribute name="colourwithAlignPanel"
58  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
59  * <attribute name="colourByJmol"
60  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
61  * <attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
62  * /> </extension> </simpleContent>
63  * </complexType> </element>
64  * </sequence> </extension>
65  * </complexContent> </complexType>
66  * </element> <element name="hiddenSequences"
67  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded"
68  * minOccurs="0"/> <element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded"
69  * minOccurs="0"> <complexType>
70  * <complexContent> <restriction
71  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
72  * <sequence> <element name="secondaryStructure"
73  * maxOccurs="unbounded"> <complexType>
74  * <complexContent> <restriction
75  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
76  * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
77  * <attribute name="annotationId" use="required"
78  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
79  * name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
80  * <attribute name="viewerState"
81  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
82  * </restriction> </complexContent>
83  * </complexType> </element>
84  * </sequence> <attGroup
85  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute name="title"
86  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
87  * name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
88  * <attribute name="dividerLocation"
89  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
90  * name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
91  * </restriction> </complexContent>
92  * </complexType> </element>
93  * </sequence> <attribute name="colour"
94  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
95  * name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
96  * /> <attribute name="end" use="required"
97  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
98  * name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
99  * /> <attribute name="hidden"
100  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
101  * name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
102  * /> </restriction> </complexContent>
103  * </complexType> </element> <element
104  * name="JGroup" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
105  * <complexType> <complexContent>
106  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
107  * <sequence> <element name="seq"
108  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
109  * maxOccurs="unbounded"/> <element name="annotationColours"
110  * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
111  * </sequence> <attribute name="start"
112  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
113  * name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
114  * <attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
115  * /> <attribute name="colour"
116  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
117  * name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
118  * <attribute name="pidThreshold"
119  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
120  * name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
121  * <attribute name="displayBoxes"
122  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
123  * name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
124  * <attribute name="colourText"
125  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
126  * name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
127  * <attribute name="textCol2"
128  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
129  * name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
130  * /> <attribute name="showUnconserved"
131  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
132  * name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
133  * default="true" /> <attribute name="showConsensusHistogram"
134  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
135  * <attribute name="showSequenceLogo"
136  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
137  * <attribute name="normaliseSequenceLogo"
138  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
139  * <attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
140  * /> </restriction> </complexContent>
141  * </complexType> </element> <element
142  * name="Viewport" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
143  * <complexType> <complexContent>
144  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
145  * <sequence> <element name="AnnotationColours"
146  * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
147  * <element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded"
148  * minOccurs="0"> <complexType>
149  * <complexContent> <restriction
150  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
151  * name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
152  * <attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
153  * /> </restriction> </complexContent>
154  * </complexType> </element> <element
155  * name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
156  * <complexType> <complexContent> <extension
157  * base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
158  * <attribute name="calcId" use="required"
159  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
160  * name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
161  * default="false" /> <attribute name="autoUpdate" use="required"
162  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
163  * </extension> </complexContent>
164  * </complexType> </element>
165  * </sequence> <attGroup
166  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute
167  * name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
168  * /> <attribute name="pidSelected"
169  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
170  * name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
171  * <attribute name="consThreshold"
172  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
173  * name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
174  * <attribute name="title"
175  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
176  * name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
177  * <attribute name="rightAlignIds"
178  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
179  * name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
180  * <attribute name="showColourText"
181  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
182  * name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
183  * default="false" /> <attribute name="showBoxes"
184  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
185  * name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
186  * /> <attribute name="renderGaps"
187  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
188  * name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
189  * /> <attribute name="showNPfeatureTooltip"
190  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
191  * name="showDbRefTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
192  * /> <attribute name="followHighlight"
193  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
194  * <attribute name="followSelection"
195  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
196  * <attribute name="showAnnotation"
197  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
198  * name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
199  * default="false" /> <attribute name="showGroupConservation"
200  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
201  * <attribute name="showGroupConsensus"
202  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
203  * <attribute name="showConsensusHistogram"
204  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
205  * <attribute name="showSequenceLogo"
206  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
207  * <attribute name="normaliseSequenceLogo"
208  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
209  * <attribute name="ignoreGapsinConsensus"
210  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
211  * <attribute name="startRes"
212  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
213  * name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
214  * <attribute name="fontName"
215  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
216  * name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
217  * <attribute name="fontStyle"
218  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
219  * name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
220  * default="true" /> <attribute name="viewName"
221  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
222  * name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
223  * /> <attribute name="gatheredViews"
224  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
225  * name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
226  * <attribute name="textCol2"
227  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
228  * name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
229  * /> <attribute name="id"
230  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" /> <attribute
231  * name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
232  * <attribute name="showComplementFeatures"
233  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
234  * <attribute name="showComplementFeaturesOnTop"
235  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
236  * </restriction> </complexContent>
237  * </complexType> </element> <element
238  * name="UserColours" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
239  * <complexType> <complexContent>
240  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
241  * <sequence> <element name="UserColourScheme"
242  * type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
243  * </sequence> <attribute name="id"
244  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
245  * </restriction> </complexContent>
246  * </complexType> </element> <element
247  * name="tree" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
248  * <complexType> <complexContent>
249  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
250  * <sequence minOccurs="0"> <element name="title"
251  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/> <element
252  * name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
253  * </sequence> <attGroup
254  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute name="fontName"
255  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
256  * name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
257  * <attribute name="fontStyle"
258  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
259  * name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
260  * <attribute name="showBootstrap"
261  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
262  * name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
263  * /> <attribute name="markUnlinked"
264  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
265  * name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
266  * <attribute name="currentTree"
267  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
268  * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
269  * <attribute name="linkToAllViews"
270  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
271  * </restriction> </complexContent>
272  * </complexType> </element> <element
273  * name="PcaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
274  * <complexType> <complexContent>
275  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
276  * <sequence> <element name="sequencePoint"
277  * maxOccurs="unbounded"> <complexType>
278  * <complexContent> <restriction
279  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
280  * ref="{www.jalview.org}position"/> <attribute name="sequenceRef"
281  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
282  * </restriction> </complexContent>
283  * </complexType> </element> <element
284  * name="axis" maxOccurs="3" minOccurs="3"> <complexType>
285  * <complexContent> <restriction
286  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
287  * ref="{www.jalview.org}position"/> </restriction>
288  * </complexContent> </complexType>
289  * </element> <element name="seqPointMin">
290  * <complexType> <complexContent>
291  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
292  * <attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
293  * </restriction> </complexContent>
294  * </complexType> </element> <element
295  * name="seqPointMax"> <complexType>
296  * <complexContent> <restriction
297  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
298  * ref="{www.jalview.org}position"/> </restriction>
299  * </complexContent> </complexType>
300  * </element> <element name="pcaData"
301  * type="{www.jalview.org}PcaDataType"/> </sequence>
302  * <attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attGroup
303  * ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/> <attribute
304  * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
305  * <attribute name="scoreModelName"
306  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
307  * name="xDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
308  * <attribute name="yDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
309  * /> <attribute name="zDim"
310  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
311  * name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
312  * <attribute name="scaleFactor"
313  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
314  * name="showLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
315  * <attribute name="linkToAllViews"
316  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
317  * </restriction> </complexContent>
318  * </complexType> </element> <element
319  * name="FeatureSettings" minOccurs="0"> <complexType>
320  * <complexContent> <restriction
321  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
322  * <sequence> <element name="setting" maxOccurs="unbounded"
323  * minOccurs="0"> <complexType>
324  * <complexContent> <restriction
325  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
326  * <sequence> <element name="attributeName"
327  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
328  * minOccurs="0"/> <element name="matcherSet"
329  * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
330  * </sequence> <attribute name="type" use="required"
331  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
332  * name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
333  * /> <attribute name="display" use="required"
334  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
335  * name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
336  * <attribute name="mincolour"
337  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
338  * name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour"
339  * default="Min" /> <attribute name="threshold"
340  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
341  * name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
342  * <attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
343  * /> <attribute name="min"
344  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
345  * name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
346  * /> <attribute name="autoScale"
347  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
348  * </restriction> </complexContent>
349  * </complexType> </element> <element
350  * name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
351  * <complexType> <complexContent>
352  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
353  * <attribute name="name" use="required"
354  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
355  * name="display" use="required"
356  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
357  * </restriction> </complexContent>
358  * </complexType> </element>
359  * </sequence> </restriction>
360  * </complexContent> </complexType>
361  * </element> </sequence> </sequence>
362  * </restriction> </complexContent>
363  * </complexType> </pre>
364  * 
365  * 
366  */
367 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
368 @XmlType(
369   name = "JalviewModel",
370   namespace = "www.jalview.org",
371   propOrder =
372   { "creationDate", "version", "vamsasModel", "jSeq", "jGroup", "viewport",
373       "userColours", "tree", "pcaViewer", "featureSettings" })
374 public class JalviewModel
375 {
376
377   @XmlElement(required = true)
378   @XmlSchemaType(name = "dateTime")
379   protected XMLGregorianCalendar creationDate;
380
381   @XmlElement(required = true)
382   protected String version;
383
384   @XmlElement(required = true)
385   protected VAMSAS vamsasModel;
386
387   @XmlElement(name = "JSeq")
388   protected List<JalviewModel.JSeq> jSeq;
389
390   @XmlElement(name = "JGroup")
391   protected List<JalviewModel.JGroup> jGroup;
392
393   @XmlElement(name = "Viewport")
394   protected List<JalviewModel.Viewport> viewport;
395
396   @XmlElement(name = "UserColours")
397   protected List<JalviewModel.UserColours> userColours;
398
399   protected List<JalviewModel.Tree> tree;
400
401   @XmlElement(name = "PcaViewer")
402   protected List<JalviewModel.PcaViewer> pcaViewer;
403
404   @XmlElement(name = "FeatureSettings")
405   protected JalviewModel.FeatureSettings featureSettings;
406
407   /**
408    * Gets the value of the creationDate property.
409    * 
410    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
411    * 
412    */
413   public XMLGregorianCalendar getCreationDate()
414   {
415     return creationDate;
416   }
417
418   /**
419    * Sets the value of the creationDate property.
420    * 
421    * @param value
422    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
423    * 
424    */
425   public void setCreationDate(XMLGregorianCalendar value)
426   {
427     this.creationDate = value;
428   }
429
430   /**
431    * Gets the value of the version property.
432    * 
433    * @return possible object is {@link String }
434    * 
435    */
436   public String getVersion()
437   {
438     return version;
439   }
440
441   /**
442    * Sets the value of the version property.
443    * 
444    * @param value
445    *          allowed object is {@link String }
446    * 
447    */
448   public void setVersion(String value)
449   {
450     this.version = value;
451   }
452
453   /**
454    * Gets the value of the vamsasModel property.
455    * 
456    * @return possible object is {@link VAMSAS }
457    * 
458    */
459   public VAMSAS getVamsasModel()
460   {
461     return vamsasModel;
462   }
463
464   /**
465    * Sets the value of the vamsasModel property.
466    * 
467    * @param value
468    *          allowed object is {@link VAMSAS }
469    * 
470    */
471   public void setVamsasModel(VAMSAS value)
472   {
473     this.vamsasModel = value;
474   }
475
476   /**
477    * Gets the value of the jSeq property.
478    * 
479    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
480    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
481    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
482    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the jSeq property.
483    * 
484    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
485    * getJSeq().add(newItem); &lt;/pre&gt;
486    * 
487    * 
488    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
489    * {@link JalviewModel.JSeq }
490    * 
491    * 
492    */
493   public List<JalviewModel.JSeq> getJSeq()
494   {
495     if (jSeq == null)
496     {
497       jSeq = new ArrayList<JalviewModel.JSeq>();
498     }
499     return this.jSeq;
500   }
501
502   /**
503    * Gets the value of the jGroup property.
504    * 
505    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
506    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
507    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
508    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the jGroup property.
509    * 
510    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
511    * getJGroup().add(newItem); &lt;/pre&gt;
512    * 
513    * 
514    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
515    * {@link JalviewModel.JGroup }
516    * 
517    * 
518    */
519   public List<JalviewModel.JGroup> getJGroup()
520   {
521     if (jGroup == null)
522     {
523       jGroup = new ArrayList<JalviewModel.JGroup>();
524     }
525     return this.jGroup;
526   }
527
528   /**
529    * Gets the value of the viewport property.
530    * 
531    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
532    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
533    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
534    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the viewport property.
535    * 
536    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
537    * getViewport().add(newItem); &lt;/pre&gt;
538    * 
539    * 
540    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
541    * {@link JalviewModel.Viewport }
542    * 
543    * 
544    */
545   public List<JalviewModel.Viewport> getViewport()
546   {
547     if (viewport == null)
548     {
549       viewport = new ArrayList<JalviewModel.Viewport>();
550     }
551     return this.viewport;
552   }
553
554   /**
555    * Gets the value of the userColours property.
556    * 
557    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
558    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
559    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
560    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the userColours property.
561    * 
562    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
563    * getUserColours().add(newItem); &lt;/pre&gt;
564    * 
565    * 
566    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
567    * {@link JalviewModel.UserColours }
568    * 
569    * 
570    */
571   public List<JalviewModel.UserColours> getUserColours()
572   {
573     if (userColours == null)
574     {
575       userColours = new ArrayList<JalviewModel.UserColours>();
576     }
577     return this.userColours;
578   }
579
580   /**
581    * Gets the value of the tree property.
582    * 
583    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
584    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
585    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
586    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the tree property.
587    * 
588    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
589    * getTree().add(newItem); &lt;/pre&gt;
590    * 
591    * 
592    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
593    * {@link JalviewModel.Tree }
594    * 
595    * 
596    */
597   public List<JalviewModel.Tree> getTree()
598   {
599     if (tree == null)
600     {
601       tree = new ArrayList<JalviewModel.Tree>();
602     }
603     return this.tree;
604   }
605
606   /**
607    * Gets the value of the pcaViewer property.
608    * 
609    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
610    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
611    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
612    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the pcaViewer property.
613    * 
614    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
615    * getPcaViewer().add(newItem); &lt;/pre&gt;
616    * 
617    * 
618    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
619    * {@link JalviewModel.PcaViewer }
620    * 
621    * 
622    */
623   public List<JalviewModel.PcaViewer> getPcaViewer()
624   {
625     if (pcaViewer == null)
626     {
627       pcaViewer = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer>();
628     }
629     return this.pcaViewer;
630   }
631
632   /**
633    * Gets the value of the featureSettings property.
634    * 
635    * @return possible object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
636    * 
637    */
638   public JalviewModel.FeatureSettings getFeatureSettings()
639   {
640     return featureSettings;
641   }
642
643   /**
644    * Sets the value of the featureSettings property.
645    * 
646    * @param value
647    *          allowed object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
648    * 
649    */
650   public void setFeatureSettings(JalviewModel.FeatureSettings value)
651   {
652     this.featureSettings = value;
653   }
654
655   /**
656    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
657    * 
658    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
659    * contained within this class.
660    * 
661    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
662    * &amp;lt;restriction
663    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
664    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="setting"
665    * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
666    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
667    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
668    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="attributeName"
669    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
670    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="matcherSet"
671    * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/&amp;gt;
672    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type" use="required"
673    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
674    * name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
675    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="display" use="required"
676    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
677    * &amp;lt;attribute name="order"
678    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
679    * name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
680    * &amp;lt;attribute name="noValueColour"
681    * type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" /&amp;gt;
682    * &amp;lt;attribute name="threshold"
683    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
684    * name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
685    * &amp;lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
686    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="min"
687    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
688    * name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
689    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoScale"
690    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
691    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
692    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
693    * name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
694    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
695    * &amp;lt;restriction
696    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
697    * name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
698    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="display" use="required"
699    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
700    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
701    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
702    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
703    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
704    * 
705    * 
706    */
707   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
708   @XmlType(name = "", propOrder = { "setting", "group" })
709   public static class FeatureSettings
710   {
711
712     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
713     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> setting;
714
715     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
716     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> group;
717
718     /**
719      * Gets the value of the setting property.
720      * 
721      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
722      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
723      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
724      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the setting property.
725      * 
726      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
727      * getSetting().add(newItem); &lt;/pre&gt;
728      * 
729      * 
730      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
731      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
732      * 
733      * 
734      */
735     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> getSetting()
736     {
737       if (setting == null)
738       {
739         setting = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Setting>();
740       }
741       return this.setting;
742     }
743
744     /**
745      * Gets the value of the group property.
746      * 
747      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
748      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
749      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
750      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the group property.
751      * 
752      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
753      * getGroup().add(newItem); &lt;/pre&gt;
754      * 
755      * 
756      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
757      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
758      * 
759      * 
760      */
761     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> getGroup()
762     {
763       if (group == null)
764       {
765         group = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Group>();
766       }
767       return this.group;
768     }
769
770     /**
771      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
772      * 
773      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
774      * contained within this class.
775      * 
776      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
777      * &amp;lt;restriction
778      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
779      * &amp;lt;attribute name="name" use="required"
780      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
781      * &amp;lt;attribute name="display" use="required"
782      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
783      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
784      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
785      * 
786      * 
787      */
788     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
789     @XmlType(name = "")
790     public static class Group
791     {
792
793       @XmlAttribute(name = "name", required = true)
794       protected String name;
795
796       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
797       protected boolean display;
798
799       /**
800        * Gets the value of the name property.
801        * 
802        * @return possible object is {@link String }
803        * 
804        */
805       public String getName()
806       {
807         return name;
808       }
809
810       /**
811        * Sets the value of the name property.
812        * 
813        * @param value
814        *          allowed object is {@link String }
815        * 
816        */
817       public void setName(String value)
818       {
819         this.name = value;
820       }
821
822       /**
823        * Gets the value of the display property.
824        * 
825        */
826       public boolean isDisplay()
827       {
828         return display;
829       }
830
831       /**
832        * Sets the value of the display property.
833        * 
834        */
835       public void setDisplay(boolean value)
836       {
837         this.display = value;
838       }
839
840     }
841
842     /**
843      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
844      * 
845      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
846      * contained within this class.
847      * 
848      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
849      * &amp;lt;restriction
850      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
851      * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="attributeName"
852      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
853      * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="matcherSet"
854      * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/&amp;gt;
855      * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type" use="required"
856      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
857      * &amp;lt;attribute name="colour" use="required"
858      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
859      * name="display" use="required"
860      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
861      * &amp;lt;attribute name="order"
862      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
863      * &amp;lt;attribute name="mincolour"
864      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
865      * name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour"
866      * default="Min" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="threshold"
867      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
868      * &amp;lt;attribute name="threshstate"
869      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
870      * name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
871      * &amp;lt;attribute name="min"
872      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
873      * &amp;lt;attribute name="colourByLabel"
874      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
875      * &amp;lt;attribute name="autoScale"
876      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
877      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
878      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
879      * 
880      * 
881      */
882     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
883     @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName", "matcherSet" })
884     public static class Setting
885     {
886
887       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
888       protected List<String> attributeName;
889
890       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
891       protected FeatureMatcherSet matcherSet;
892
893       @XmlAttribute(name = "type", required = true)
894       protected String type;
895
896       @XmlAttribute(name = "colour", required = true)
897       protected int colour;
898
899       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
900       protected boolean display;
901
902       @XmlAttribute(name = "order")
903       protected Float order;
904
905       @XmlAttribute(name = "mincolour")
906       protected Integer mincolour;
907
908       @XmlAttribute(name = "noValueColour")
909       protected NoValueColour noValueColour;
910
911       @XmlAttribute(name = "threshold")
912       protected Float threshold;
913
914       @XmlAttribute(name = "threshstate")
915       protected Integer threshstate;
916
917       @XmlAttribute(name = "max")
918       protected Float max;
919
920       @XmlAttribute(name = "min")
921       protected Float min;
922
923       @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
924       protected Boolean colourByLabel;
925
926       @XmlAttribute(name = "autoScale")
927       protected Boolean autoScale;
928
929       /**
930        * Gets the value of the attributeName property.
931        * 
932        * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list,
933        * not a snapshot. Therefore any modification you make to the returned
934        * list will be present inside the JAXB object. This is why there is not a
935        * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the attributeName property.
936        * 
937        * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
938        * getAttributeName().add(newItem); &lt;/pre&gt;
939        * 
940        * 
941        * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
942        * {@link String }
943        * 
944        * 
945        */
946       public List<String> getAttributeName()
947       {
948         if (attributeName == null)
949         {
950           attributeName = new ArrayList<String>();
951         }
952         return this.attributeName;
953       }
954
955       /**
956        * Gets the value of the matcherSet property.
957        * 
958        * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
959        * 
960        */
961       public FeatureMatcherSet getMatcherSet()
962       {
963         return matcherSet;
964       }
965
966       /**
967        * Sets the value of the matcherSet property.
968        * 
969        * @param value
970        *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
971        * 
972        */
973       public void setMatcherSet(FeatureMatcherSet value)
974       {
975         this.matcherSet = value;
976       }
977
978       /**
979        * Gets the value of the type property.
980        * 
981        * @return possible object is {@link String }
982        * 
983        */
984       public String getType()
985       {
986         return type;
987       }
988
989       /**
990        * Sets the value of the type property.
991        * 
992        * @param value
993        *          allowed object is {@link String }
994        * 
995        */
996       public void setType(String value)
997       {
998         this.type = value;
999       }
1000
1001       /**
1002        * Gets the value of the colour property.
1003        * 
1004        */
1005       public int getColour()
1006       {
1007         return colour;
1008       }
1009
1010       /**
1011        * Sets the value of the colour property.
1012        * 
1013        */
1014       public void setColour(int value)
1015       {
1016         this.colour = value;
1017       }
1018
1019       /**
1020        * Gets the value of the display property.
1021        * 
1022        */
1023       public boolean isDisplay()
1024       {
1025         return display;
1026       }
1027
1028       /**
1029        * Sets the value of the display property.
1030        * 
1031        */
1032       public void setDisplay(boolean value)
1033       {
1034         this.display = value;
1035       }
1036
1037       /**
1038        * Gets the value of the order property.
1039        * 
1040        * @return possible object is {@link Float }
1041        * 
1042        */
1043       public Float getOrder()
1044       {
1045         return order;
1046       }
1047
1048       /**
1049        * Sets the value of the order property.
1050        * 
1051        * @param value
1052        *          allowed object is {@link Float }
1053        * 
1054        */
1055       public void setOrder(Float value)
1056       {
1057         this.order = value;
1058       }
1059
1060       /**
1061        * Gets the value of the mincolour property.
1062        * 
1063        * @return possible object is {@link Integer }
1064        * 
1065        */
1066       public Integer getMincolour()
1067       {
1068         return mincolour;
1069       }
1070
1071       /**
1072        * Sets the value of the mincolour property.
1073        * 
1074        * @param value
1075        *          allowed object is {@link Integer }
1076        * 
1077        */
1078       public void setMincolour(Integer value)
1079       {
1080         this.mincolour = value;
1081       }
1082
1083       /**
1084        * Gets the value of the noValueColour property.
1085        * 
1086        * @return possible object is {@link NoValueColour }
1087        * 
1088        */
1089       public NoValueColour getNoValueColour()
1090       {
1091         if (noValueColour == null)
1092         {
1093           return NoValueColour.MIN;
1094         }
1095         else
1096         {
1097           return noValueColour;
1098         }
1099       }
1100
1101       /**
1102        * Sets the value of the noValueColour property.
1103        * 
1104        * @param value
1105        *          allowed object is {@link NoValueColour }
1106        * 
1107        */
1108       public void setNoValueColour(NoValueColour value)
1109       {
1110         this.noValueColour = value;
1111       }
1112
1113       /**
1114        * Gets the value of the threshold property.
1115        * 
1116        * @return possible object is {@link Float }
1117        * 
1118        */
1119       public Float getThreshold()
1120       {
1121         return threshold;
1122       }
1123
1124       /**
1125        * Sets the value of the threshold property.
1126        * 
1127        * @param value
1128        *          allowed object is {@link Float }
1129        * 
1130        */
1131       public void setThreshold(Float value)
1132       {
1133         this.threshold = value;
1134       }
1135
1136       /**
1137        * Gets the value of the threshstate property.
1138        * 
1139        * @return possible object is {@link Integer }
1140        * 
1141        */
1142       public Integer getThreshstate()
1143       {
1144         return threshstate;
1145       }
1146
1147       /**
1148        * Sets the value of the threshstate property.
1149        * 
1150        * @param value
1151        *          allowed object is {@link Integer }
1152        * 
1153        */
1154       public void setThreshstate(Integer value)
1155       {
1156         this.threshstate = value;
1157       }
1158
1159       /**
1160        * Gets the value of the max property.
1161        * 
1162        * @return possible object is {@link Float }
1163        * 
1164        */
1165       public Float getMax()
1166       {
1167         return max;
1168       }
1169
1170       /**
1171        * Sets the value of the max property.
1172        * 
1173        * @param value
1174        *          allowed object is {@link Float }
1175        * 
1176        */
1177       public void setMax(Float value)
1178       {
1179         this.max = value;
1180       }
1181
1182       /**
1183        * Gets the value of the min property.
1184        * 
1185        * @return possible object is {@link Float }
1186        * 
1187        */
1188       public Float getMin()
1189       {
1190         return min;
1191       }
1192
1193       /**
1194        * Sets the value of the min property.
1195        * 
1196        * @param value
1197        *          allowed object is {@link Float }
1198        * 
1199        */
1200       public void setMin(Float value)
1201       {
1202         this.min = value;
1203       }
1204
1205       /**
1206        * Gets the value of the colourByLabel property.
1207        * 
1208        * @return possible object is {@link Boolean }
1209        * 
1210        */
1211       public Boolean isColourByLabel()
1212       {
1213         return colourByLabel;
1214       }
1215
1216       /**
1217        * Sets the value of the colourByLabel property.
1218        * 
1219        * @param value
1220        *          allowed object is {@link Boolean }
1221        * 
1222        */
1223       public void setColourByLabel(Boolean value)
1224       {
1225         this.colourByLabel = value;
1226       }
1227
1228       /**
1229        * Gets the value of the autoScale property.
1230        * 
1231        * @return possible object is {@link Boolean }
1232        * 
1233        */
1234       public Boolean isAutoScale()
1235       {
1236         return autoScale;
1237       }
1238
1239       /**
1240        * Sets the value of the autoScale property.
1241        * 
1242        * @param value
1243        *          allowed object is {@link Boolean }
1244        * 
1245        */
1246       public void setAutoScale(Boolean value)
1247       {
1248         this.autoScale = value;
1249       }
1250
1251     }
1252
1253   }
1254
1255   /**
1256    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
1257    * 
1258    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
1259    * contained within this class.
1260    * 
1261    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
1262    * &amp;lt;restriction
1263    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
1264    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="seq"
1265    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
1266    * maxOccurs="unbounded"/&amp;gt; &amp;lt;element name="annotationColours"
1267    * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/&amp;gt;
1268    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="start"
1269    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1270    * name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1271    * &amp;lt;attribute name="name"
1272    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1273    * name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1274    * &amp;lt;attribute name="consThreshold"
1275    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1276    * name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1277    * &amp;lt;attribute name="outlineColour"
1278    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1279    * name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
1280    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="displayText"
1281    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1282    * &amp;lt;attribute name="colourText"
1283    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1284    * &amp;lt;attribute name="textCol1"
1285    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1286    * name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1287    * &amp;lt;attribute name="textColThreshold"
1288    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1289    * name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
1290    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus"
1291    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
1292    * &amp;lt;attribute name="showConsensusHistogram"
1293    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
1294    * &amp;lt;attribute name="showSequenceLogo"
1295    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
1296    * &amp;lt;attribute name="normaliseSequenceLogo"
1297    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
1298    * &amp;lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
1299    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1300    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
1301    * 
1302    * 
1303    */
1304   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1305   @XmlType(name = "", propOrder = { "seq", "annotationColours" })
1306   public static class JGroup
1307   {
1308
1309     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
1310     protected List<String> seq;
1311
1312     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1313     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
1314
1315     @XmlAttribute(name = "start")
1316     protected Integer start;
1317
1318     @XmlAttribute(name = "end")
1319     protected Integer end;
1320
1321     @XmlAttribute(name = "name")
1322     protected String name;
1323
1324     @XmlAttribute(name = "colour")
1325     protected String colour;
1326
1327     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
1328     protected Integer consThreshold;
1329
1330     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
1331     protected Integer pidThreshold;
1332
1333     @XmlAttribute(name = "outlineColour")
1334     protected Integer outlineColour;
1335
1336     @XmlAttribute(name = "displayBoxes")
1337     protected Boolean displayBoxes;
1338
1339     @XmlAttribute(name = "displayText")
1340     protected Boolean displayText;
1341
1342     @XmlAttribute(name = "colourText")
1343     protected Boolean colourText;
1344
1345     @XmlAttribute(name = "textCol1")
1346     protected Integer textCol1;
1347
1348     @XmlAttribute(name = "textCol2")
1349     protected Integer textCol2;
1350
1351     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
1352     protected Integer textColThreshold;
1353
1354     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
1355     protected Boolean showUnconserved;
1356
1357     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
1358     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
1359
1360     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
1361     protected Boolean showConsensusHistogram;
1362
1363     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
1364     protected Boolean showSequenceLogo;
1365
1366     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
1367     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
1368
1369     @XmlAttribute(name = "id")
1370     protected String id;
1371
1372     /**
1373      * Gets the value of the seq property.
1374      * 
1375      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
1376      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1377      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1378      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the seq property.
1379      * 
1380      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
1381      * getSeq().add(newItem); &lt;/pre&gt;
1382      * 
1383      * 
1384      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
1385      * {@link String }
1386      * 
1387      * 
1388      */
1389     public List<String> getSeq()
1390     {
1391       if (seq == null)
1392       {
1393         seq = new ArrayList<String>();
1394       }
1395       return this.seq;
1396     }
1397
1398     /**
1399      * Gets the value of the annotationColours property.
1400      * 
1401      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
1402      * 
1403      */
1404     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
1405     {
1406       return annotationColours;
1407     }
1408
1409     /**
1410      * Sets the value of the annotationColours property.
1411      * 
1412      * @param value
1413      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
1414      * 
1415      */
1416     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
1417     {
1418       this.annotationColours = value;
1419     }
1420
1421     /**
1422      * Gets the value of the start property.
1423      * 
1424      * @return possible object is {@link Integer }
1425      * 
1426      */
1427     public Integer getStart()
1428     {
1429       return start;
1430     }
1431
1432     /**
1433      * Sets the value of the start property.
1434      * 
1435      * @param value
1436      *          allowed object is {@link Integer }
1437      * 
1438      */
1439     public void setStart(Integer value)
1440     {
1441       this.start = value;
1442     }
1443
1444     /**
1445      * Gets the value of the end property.
1446      * 
1447      * @return possible object is {@link Integer }
1448      * 
1449      */
1450     public Integer getEnd()
1451     {
1452       return end;
1453     }
1454
1455     /**
1456      * Sets the value of the end property.
1457      * 
1458      * @param value
1459      *          allowed object is {@link Integer }
1460      * 
1461      */
1462     public void setEnd(Integer value)
1463     {
1464       this.end = value;
1465     }
1466
1467     /**
1468      * Gets the value of the name property.
1469      * 
1470      * @return possible object is {@link String }
1471      * 
1472      */
1473     public String getName()
1474     {
1475       return name;
1476     }
1477
1478     /**
1479      * Sets the value of the name property.
1480      * 
1481      * @param value
1482      *          allowed object is {@link String }
1483      * 
1484      */
1485     public void setName(String value)
1486     {
1487       this.name = value;
1488     }
1489
1490     /**
1491      * Gets the value of the colour property.
1492      * 
1493      * @return possible object is {@link String }
1494      * 
1495      */
1496     public String getColour()
1497     {
1498       return colour;
1499     }
1500
1501     /**
1502      * Sets the value of the colour property.
1503      * 
1504      * @param value
1505      *          allowed object is {@link String }
1506      * 
1507      */
1508     public void setColour(String value)
1509     {
1510       this.colour = value;
1511     }
1512
1513     /**
1514      * Gets the value of the consThreshold property.
1515      * 
1516      * @return possible object is {@link Integer }
1517      * 
1518      */
1519     public Integer getConsThreshold()
1520     {
1521       return consThreshold;
1522     }
1523
1524     /**
1525      * Sets the value of the consThreshold property.
1526      * 
1527      * @param value
1528      *          allowed object is {@link Integer }
1529      * 
1530      */
1531     public void setConsThreshold(Integer value)
1532     {
1533       this.consThreshold = value;
1534     }
1535
1536     /**
1537      * Gets the value of the pidThreshold property.
1538      * 
1539      * @return possible object is {@link Integer }
1540      * 
1541      */
1542     public Integer getPidThreshold()
1543     {
1544       return pidThreshold;
1545     }
1546
1547     /**
1548      * Sets the value of the pidThreshold property.
1549      * 
1550      * @param value
1551      *          allowed object is {@link Integer }
1552      * 
1553      */
1554     public void setPidThreshold(Integer value)
1555     {
1556       this.pidThreshold = value;
1557     }
1558
1559     /**
1560      * Gets the value of the outlineColour property.
1561      * 
1562      * @return possible object is {@link Integer }
1563      * 
1564      */
1565     public Integer getOutlineColour()
1566     {
1567       return outlineColour;
1568     }
1569
1570     /**
1571      * Sets the value of the outlineColour property.
1572      * 
1573      * @param value
1574      *          allowed object is {@link Integer }
1575      * 
1576      */
1577     public void setOutlineColour(Integer value)
1578     {
1579       this.outlineColour = value;
1580     }
1581
1582     /**
1583      * Gets the value of the displayBoxes property.
1584      * 
1585      * @return possible object is {@link Boolean }
1586      * 
1587      */
1588     public Boolean isDisplayBoxes()
1589     {
1590       return displayBoxes;
1591     }
1592
1593     /**
1594      * Sets the value of the displayBoxes property.
1595      * 
1596      * @param value
1597      *          allowed object is {@link Boolean }
1598      * 
1599      */
1600     public void setDisplayBoxes(Boolean value)
1601     {
1602       this.displayBoxes = value;
1603     }
1604
1605     /**
1606      * Gets the value of the displayText property.
1607      * 
1608      * @return possible object is {@link Boolean }
1609      * 
1610      */
1611     public Boolean isDisplayText()
1612     {
1613       return displayText;
1614     }
1615
1616     /**
1617      * Sets the value of the displayText property.
1618      * 
1619      * @param value
1620      *          allowed object is {@link Boolean }
1621      * 
1622      */
1623     public void setDisplayText(Boolean value)
1624     {
1625       this.displayText = value;
1626     }
1627
1628     /**
1629      * Gets the value of the colourText property.
1630      * 
1631      * @return possible object is {@link Boolean }
1632      * 
1633      */
1634     public Boolean isColourText()
1635     {
1636       return colourText;
1637     }
1638
1639     /**
1640      * Sets the value of the colourText property.
1641      * 
1642      * @param value
1643      *          allowed object is {@link Boolean }
1644      * 
1645      */
1646     public void setColourText(Boolean value)
1647     {
1648       this.colourText = value;
1649     }
1650
1651     /**
1652      * Gets the value of the textCol1 property.
1653      * 
1654      * @return possible object is {@link Integer }
1655      * 
1656      */
1657     public Integer getTextCol1()
1658     {
1659       return textCol1;
1660     }
1661
1662     /**
1663      * Sets the value of the textCol1 property.
1664      * 
1665      * @param value
1666      *          allowed object is {@link Integer }
1667      * 
1668      */
1669     public void setTextCol1(Integer value)
1670     {
1671       this.textCol1 = value;
1672     }
1673
1674     /**
1675      * Gets the value of the textCol2 property.
1676      * 
1677      * @return possible object is {@link Integer }
1678      * 
1679      */
1680     public Integer getTextCol2()
1681     {
1682       return textCol2;
1683     }
1684
1685     /**
1686      * Sets the value of the textCol2 property.
1687      * 
1688      * @param value
1689      *          allowed object is {@link Integer }
1690      * 
1691      */
1692     public void setTextCol2(Integer value)
1693     {
1694       this.textCol2 = value;
1695     }
1696
1697     /**
1698      * Gets the value of the textColThreshold property.
1699      * 
1700      * @return possible object is {@link Integer }
1701      * 
1702      */
1703     public Integer getTextColThreshold()
1704     {
1705       return textColThreshold;
1706     }
1707
1708     /**
1709      * Sets the value of the textColThreshold property.
1710      * 
1711      * @param value
1712      *          allowed object is {@link Integer }
1713      * 
1714      */
1715     public void setTextColThreshold(Integer value)
1716     {
1717       this.textColThreshold = value;
1718     }
1719
1720     /**
1721      * Gets the value of the showUnconserved property.
1722      * 
1723      * @return possible object is {@link Boolean }
1724      * 
1725      */
1726     public Boolean isShowUnconserved()
1727     {
1728       return showUnconserved;
1729     }
1730
1731     /**
1732      * Sets the value of the showUnconserved property.
1733      * 
1734      * @param value
1735      *          allowed object is {@link Boolean }
1736      * 
1737      */
1738     public void setShowUnconserved(Boolean value)
1739     {
1740       this.showUnconserved = value;
1741     }
1742
1743     /**
1744      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1745      * 
1746      * @return possible object is {@link Boolean }
1747      * 
1748      */
1749     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1750     {
1751       if (ignoreGapsinConsensus == null)
1752       {
1753         return true;
1754       }
1755       else
1756       {
1757         return ignoreGapsinConsensus;
1758       }
1759     }
1760
1761     /**
1762      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1763      * 
1764      * @param value
1765      *          allowed object is {@link Boolean }
1766      * 
1767      */
1768     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
1769     {
1770       this.ignoreGapsinConsensus = value;
1771     }
1772
1773     /**
1774      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
1775      * 
1776      * @return possible object is {@link Boolean }
1777      * 
1778      */
1779     public boolean isShowConsensusHistogram()
1780     {
1781       if (showConsensusHistogram == null)
1782       {
1783         return true;
1784       }
1785       else
1786       {
1787         return showConsensusHistogram;
1788       }
1789     }
1790
1791     /**
1792      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
1793      * 
1794      * @param value
1795      *          allowed object is {@link Boolean }
1796      * 
1797      */
1798     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
1799     {
1800       this.showConsensusHistogram = value;
1801     }
1802
1803     /**
1804      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
1805      * 
1806      * @return possible object is {@link Boolean }
1807      * 
1808      */
1809     public boolean isShowSequenceLogo()
1810     {
1811       if (showSequenceLogo == null)
1812       {
1813         return false;
1814       }
1815       else
1816       {
1817         return showSequenceLogo;
1818       }
1819     }
1820
1821     /**
1822      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
1823      * 
1824      * @param value
1825      *          allowed object is {@link Boolean }
1826      * 
1827      */
1828     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
1829     {
1830       this.showSequenceLogo = value;
1831     }
1832
1833     /**
1834      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1835      * 
1836      * @return possible object is {@link Boolean }
1837      * 
1838      */
1839     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1840     {
1841       if (normaliseSequenceLogo == null)
1842       {
1843         return false;
1844       }
1845       else
1846       {
1847         return normaliseSequenceLogo;
1848       }
1849     }
1850
1851     /**
1852      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1853      * 
1854      * @param value
1855      *          allowed object is {@link Boolean }
1856      * 
1857      */
1858     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
1859     {
1860       this.normaliseSequenceLogo = value;
1861     }
1862
1863     /**
1864      * Gets the value of the id property.
1865      * 
1866      * @return possible object is {@link String }
1867      * 
1868      */
1869     public String getId()
1870     {
1871       return id;
1872     }
1873
1874     /**
1875      * Sets the value of the id property.
1876      * 
1877      * @param value
1878      *          allowed object is {@link String }
1879      * 
1880      */
1881     public void setId(String value)
1882     {
1883       this.id = value;
1884     }
1885
1886   }
1887
1888   /**
1889    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
1890    * 
1891    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
1892    * contained within this class.
1893    * 
1894    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
1895    * &amp;lt;restriction
1896    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
1897    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="features"
1898    * type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded"
1899    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded"
1900    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1901    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;extension
1902    * base="{www.jalview.org}pdbentry"&amp;gt; &amp;lt;sequence&amp;gt;
1903    * &amp;lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded"
1904    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1905    * &amp;lt;simpleContent&amp;gt; &amp;lt;extension
1906    * base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
1907    * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
1908    * &amp;lt;attribute name="visible"
1909    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1910    * &amp;lt;attribute name="viewId"
1911    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1912    * name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
1913    * default="true" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourwithAlignPanel"
1914    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
1915    * &amp;lt;attribute name="colourByJmol"
1916    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
1917    * &amp;lt;attribute name="type"
1918    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1919    * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
1920    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
1921    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/extension&amp;gt;
1922    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
1923    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="hiddenSequences"
1924    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded"
1925    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="rnaViewer"
1926    * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1927    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
1928    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
1929    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="secondaryStructure"
1930    * maxOccurs="unbounded"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1931    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
1932    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
1933    * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1934    * &amp;lt;attribute name="annotationId" use="required"
1935    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1936    * name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1937    * &amp;lt;attribute name="viewerState"
1938    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1939    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1940    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
1941    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
1942    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute name="title"
1943    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1944    * name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1945    * &amp;lt;attribute name="dividerLocation"
1946    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1947    * name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1948    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1949    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
1950    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colour"
1951    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1952    * name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
1953    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="end" use="required"
1954    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1955    * name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
1956    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="hidden"
1957    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1958    * &amp;lt;attribute name="viewreference"
1959    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1960    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1961    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
1962    * 
1963    * 
1964    */
1965   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1966   @XmlType(
1967     name = "",
1968     propOrder =
1969     { "features", "pdbids", "hiddenSequences", "rnaViewer" })
1970   public static class JSeq
1971   {
1972
1973     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1974     protected List<Feature> features;
1975
1976     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1977     protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> pdbids;
1978
1979     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", type = Integer.class)
1980     protected List<Integer> hiddenSequences;
1981
1982     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1983     protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> rnaViewer;
1984
1985     @XmlAttribute(name = "colour")
1986     protected Integer colour;
1987
1988     @XmlAttribute(name = "start", required = true)
1989     protected int start;
1990
1991     @XmlAttribute(name = "end", required = true)
1992     protected int end;
1993
1994     @XmlAttribute(name = "id", required = true)
1995     protected String id;
1996
1997     @XmlAttribute(name = "hidden")
1998     protected Boolean hidden;
1999
2000     @XmlAttribute(name = "viewreference")
2001     protected Boolean viewreference;
2002
2003     /**
2004      * Gets the value of the features property.
2005      * 
2006      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2007      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2008      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2009      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the features property.
2010      * 
2011      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2012      * getFeatures().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2013      * 
2014      * 
2015      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2016      * {@link Feature }
2017      * 
2018      * 
2019      */
2020     public List<Feature> getFeatures()
2021     {
2022       if (features == null)
2023       {
2024         features = new ArrayList<Feature>();
2025       }
2026       return this.features;
2027     }
2028
2029     /**
2030      * Gets the value of the pdbids property.
2031      * 
2032      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2033      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2034      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2035      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the pdbids property.
2036      * 
2037      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2038      * getPdbids().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2039      * 
2040      * 
2041      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2042      * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
2043      * 
2044      * 
2045      */
2046     public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> getPdbids()
2047     {
2048       if (pdbids == null)
2049       {
2050         pdbids = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids>();
2051       }
2052       return this.pdbids;
2053     }
2054
2055     /**
2056      * Gets the value of the hiddenSequences property.
2057      * 
2058      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2059      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2060      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2061      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the hiddenSequences property.
2062      * 
2063      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2064      * getHiddenSequences().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2065      * 
2066      * 
2067      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2068      * {@link Integer }
2069      * 
2070      * 
2071      */
2072     public List<Integer> getHiddenSequences()
2073     {
2074       if (hiddenSequences == null)
2075       {
2076         hiddenSequences = new ArrayList<Integer>();
2077       }
2078       return this.hiddenSequences;
2079     }
2080
2081     /**
2082      * Gets the value of the rnaViewer property.
2083      * 
2084      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2085      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2086      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2087      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the rnaViewer property.
2088      * 
2089      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2090      * getRnaViewer().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2091      * 
2092      * 
2093      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2094      * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
2095      * 
2096      * 
2097      */
2098     public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> getRnaViewer()
2099     {
2100       if (rnaViewer == null)
2101       {
2102         rnaViewer = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer>();
2103       }
2104       return this.rnaViewer;
2105     }
2106
2107     /**
2108      * Gets the value of the colour property.
2109      * 
2110      * @return possible object is {@link Integer }
2111      * 
2112      */
2113     public Integer getColour()
2114     {
2115       return colour;
2116     }
2117
2118     /**
2119      * Sets the value of the colour property.
2120      * 
2121      * @param value
2122      *          allowed object is {@link Integer }
2123      * 
2124      */
2125     public void setColour(Integer value)
2126     {
2127       this.colour = value;
2128     }
2129
2130     /**
2131      * Gets the value of the start property.
2132      * 
2133      */
2134     public int getStart()
2135     {
2136       return start;
2137     }
2138
2139     /**
2140      * Sets the value of the start property.
2141      * 
2142      */
2143     public void setStart(int value)
2144     {
2145       this.start = value;
2146     }
2147
2148     /**
2149      * Gets the value of the end property.
2150      * 
2151      */
2152     public int getEnd()
2153     {
2154       return end;
2155     }
2156
2157     /**
2158      * Sets the value of the end property.
2159      * 
2160      */
2161     public void setEnd(int value)
2162     {
2163       this.end = value;
2164     }
2165
2166     /**
2167      * Gets the value of the id property.
2168      * 
2169      * @return possible object is {@link String }
2170      * 
2171      */
2172     public String getId()
2173     {
2174       return id;
2175     }
2176
2177     /**
2178      * Sets the value of the id property.
2179      * 
2180      * @param value
2181      *          allowed object is {@link String }
2182      * 
2183      */
2184     public void setId(String value)
2185     {
2186       this.id = value;
2187     }
2188
2189     /**
2190      * Gets the value of the hidden property.
2191      * 
2192      * @return possible object is {@link Boolean }
2193      * 
2194      */
2195     public Boolean isHidden()
2196     {
2197       return hidden;
2198     }
2199
2200     /**
2201      * Sets the value of the hidden property.
2202      * 
2203      * @param value
2204      *          allowed object is {@link Boolean }
2205      * 
2206      */
2207     public void setHidden(Boolean value)
2208     {
2209       this.hidden = value;
2210     }
2211
2212     /**
2213      * Gets the value of the viewreference property.
2214      * 
2215      * @return possible object is {@link Boolean }
2216      * 
2217      */
2218     public Boolean isViewreference()
2219     {
2220       return viewreference;
2221     }
2222
2223     /**
2224      * Sets the value of the viewreference property.
2225      * 
2226      * @param value
2227      *          allowed object is {@link Boolean }
2228      * 
2229      */
2230     public void setViewreference(Boolean value)
2231     {
2232       this.viewreference = value;
2233     }
2234
2235     /**
2236      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2237      * 
2238      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2239      * contained within this class.
2240      * 
2241      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
2242      * &amp;lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry"&amp;gt;
2243      * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="structureState"
2244      * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
2245      * &amp;lt;simpleContent&amp;gt; &amp;lt;extension
2246      * base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
2247      * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
2248      * &amp;lt;attribute name="visible"
2249      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2250      * &amp;lt;attribute name="viewId"
2251      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2252      * &amp;lt;attribute name="alignwithAlignPanel"
2253      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
2254      * &amp;lt;attribute name="colourwithAlignPanel"
2255      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
2256      * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourByJmol"
2257      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
2258      * &amp;lt;attribute name="type"
2259      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2260      * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
2261      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
2262      * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/extension&amp;gt;
2263      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2264      * 
2265      * 
2266      */
2267     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2268     @XmlType(name = "", propOrder = { "structureState" })
2269     public static class Pdbids extends Pdbentry
2270     {
2271
2272       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2273       protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> structureState;
2274
2275       /**
2276        * Gets the value of the structureState property.
2277        * 
2278        * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list,
2279        * not a snapshot. Therefore any modification you make to the returned
2280        * list will be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2281        * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the structureState property.
2282        * 
2283        * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2284        * getStructureState().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2285        * 
2286        * 
2287        * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2288        * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
2289        * 
2290        * 
2291        */
2292       public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> getStructureState()
2293       {
2294         if (structureState == null)
2295         {
2296           structureState = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState>();
2297         }
2298         return this.structureState;
2299       }
2300
2301       /**
2302        * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2303        * 
2304        * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2305        * contained within this class.
2306        * 
2307        * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;simpleContent&amp;gt;
2308        * &amp;lt;extension
2309        * base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
2310        * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
2311        * &amp;lt;attribute name="visible"
2312        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2313        * &amp;lt;attribute name="viewId"
2314        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2315        * &amp;lt;attribute name="alignwithAlignPanel"
2316        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true"
2317        * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourwithAlignPanel"
2318        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
2319        * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourByJmol"
2320        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true"
2321        * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type"
2322        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2323        * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
2324        * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2325        * 
2326        * 
2327        */
2328       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2329       @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
2330       public static class StructureState
2331       {
2332
2333         @XmlValue
2334         protected String value;
2335
2336         @XmlAttribute(name = "visible")
2337         protected Boolean visible;
2338
2339         @XmlAttribute(name = "viewId")
2340         protected String viewId;
2341
2342         @XmlAttribute(name = "alignwithAlignPanel")
2343         protected Boolean alignwithAlignPanel;
2344
2345         @XmlAttribute(name = "colourwithAlignPanel")
2346         protected Boolean colourwithAlignPanel;
2347
2348         @XmlAttribute(name = "colourByJmol")
2349         protected Boolean colourByJmol;
2350
2351         @XmlAttribute(name = "type")
2352         protected String type;
2353
2354         @XmlAttribute(name = "width")
2355         protected Integer width;
2356
2357         @XmlAttribute(name = "height")
2358         protected Integer height;
2359
2360         @XmlAttribute(name = "xpos")
2361         protected Integer xpos;
2362
2363         @XmlAttribute(name = "ypos")
2364         protected Integer ypos;
2365
2366         /**
2367          * Gets the value of the value property.
2368          * 
2369          * @return possible object is {@link String }
2370          * 
2371          */
2372         public String getValue()
2373         {
2374           return value;
2375         }
2376
2377         /**
2378          * Sets the value of the value property.
2379          * 
2380          * @param value
2381          *          allowed object is {@link String }
2382          * 
2383          */
2384         public void setValue(String value)
2385         {
2386           this.value = value;
2387         }
2388
2389         /**
2390          * Gets the value of the visible property.
2391          * 
2392          * @return possible object is {@link Boolean }
2393          * 
2394          */
2395         public Boolean isVisible()
2396         {
2397           return visible;
2398         }
2399
2400         /**
2401          * Sets the value of the visible property.
2402          * 
2403          * @param value
2404          *          allowed object is {@link Boolean }
2405          * 
2406          */
2407         public void setVisible(Boolean value)
2408         {
2409           this.visible = value;
2410         }
2411
2412         /**
2413          * Gets the value of the viewId property.
2414          * 
2415          * @return possible object is {@link String }
2416          * 
2417          */
2418         public String getViewId()
2419         {
2420           return viewId;
2421         }
2422
2423         /**
2424          * Sets the value of the viewId property.
2425          * 
2426          * @param value
2427          *          allowed object is {@link String }
2428          * 
2429          */
2430         public void setViewId(String value)
2431         {
2432           this.viewId = value;
2433         }
2434
2435         /**
2436          * Gets the value of the alignwithAlignPanel property.
2437          * 
2438          * @return possible object is {@link Boolean }
2439          * 
2440          */
2441         public boolean isAlignwithAlignPanel()
2442         {
2443           if (alignwithAlignPanel == null)
2444           {
2445             return true;
2446           }
2447           else
2448           {
2449             return alignwithAlignPanel;
2450           }
2451         }
2452
2453         /**
2454          * Sets the value of the alignwithAlignPanel property.
2455          * 
2456          * @param value
2457          *          allowed object is {@link Boolean }
2458          * 
2459          */
2460         public void setAlignwithAlignPanel(Boolean value)
2461         {
2462           this.alignwithAlignPanel = value;
2463         }
2464
2465         /**
2466          * Gets the value of the colourwithAlignPanel property.
2467          * 
2468          * @return possible object is {@link Boolean }
2469          * 
2470          */
2471         public boolean isColourwithAlignPanel()
2472         {
2473           if (colourwithAlignPanel == null)
2474           {
2475             return false;
2476           }
2477           else
2478           {
2479             return colourwithAlignPanel;
2480           }
2481         }
2482
2483         /**
2484          * Sets the value of the colourwithAlignPanel property.
2485          * 
2486          * @param value
2487          *          allowed object is {@link Boolean }
2488          * 
2489          */
2490         public void setColourwithAlignPanel(Boolean value)
2491         {
2492           this.colourwithAlignPanel = value;
2493         }
2494
2495         /**
2496          * Gets the value of the colourByJmol property.
2497          * 
2498          * @return possible object is {@link Boolean }
2499          * 
2500          */
2501         public boolean isColourByJmol()
2502         {
2503           if (colourByJmol == null)
2504           {
2505             return true;
2506           }
2507           else
2508           {
2509             return colourByJmol;
2510           }
2511         }
2512
2513         /**
2514          * Sets the value of the colourByJmol property.
2515          * 
2516          * @param value
2517          *          allowed object is {@link Boolean }
2518          * 
2519          */
2520         public void setColourByJmol(Boolean value)
2521         {
2522           this.colourByJmol = value;
2523         }
2524
2525         /**
2526          * Gets the value of the type property.
2527          * 
2528          * @return possible object is {@link String }
2529          * 
2530          */
2531         public String getType()
2532         {
2533           return type;
2534         }
2535
2536         /**
2537          * Sets the value of the type property.
2538          * 
2539          * @param value
2540          *          allowed object is {@link String }
2541          * 
2542          */
2543         public void setType(String value)
2544         {
2545           this.type = value;
2546         }
2547
2548         /**
2549          * Gets the value of the width property.
2550          * 
2551          * @return possible object is {@link Integer }
2552          * 
2553          */
2554         public Integer getWidth()
2555         {
2556           return width;
2557         }
2558
2559         /**
2560          * Sets the value of the width property.
2561          * 
2562          * @param value
2563          *          allowed object is {@link Integer }
2564          * 
2565          */
2566         public void setWidth(Integer value)
2567         {
2568           this.width = value;
2569         }
2570
2571         /**
2572          * Gets the value of the height property.
2573          * 
2574          * @return possible object is {@link Integer }
2575          * 
2576          */
2577         public Integer getHeight()
2578         {
2579           return height;
2580         }
2581
2582         /**
2583          * Sets the value of the height property.
2584          * 
2585          * @param value
2586          *          allowed object is {@link Integer }
2587          * 
2588          */
2589         public void setHeight(Integer value)
2590         {
2591           this.height = value;
2592         }
2593
2594         /**
2595          * Gets the value of the xpos property.
2596          * 
2597          * @return possible object is {@link Integer }
2598          * 
2599          */
2600         public Integer getXpos()
2601         {
2602           return xpos;
2603         }
2604
2605         /**
2606          * Sets the value of the xpos property.
2607          * 
2608          * @param value
2609          *          allowed object is {@link Integer }
2610          * 
2611          */
2612         public void setXpos(Integer value)
2613         {
2614           this.xpos = value;
2615         }
2616
2617         /**
2618          * Gets the value of the ypos property.
2619          * 
2620          * @return possible object is {@link Integer }
2621          * 
2622          */
2623         public Integer getYpos()
2624         {
2625           return ypos;
2626         }
2627
2628         /**
2629          * Sets the value of the ypos property.
2630          * 
2631          * @param value
2632          *          allowed object is {@link Integer }
2633          * 
2634          */
2635         public void setYpos(Integer value)
2636         {
2637           this.ypos = value;
2638         }
2639
2640       }
2641
2642     }
2643
2644     /**
2645      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2646      * 
2647      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2648      * contained within this class.
2649      * 
2650      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
2651      * &amp;lt;restriction
2652      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
2653      * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="secondaryStructure"
2654      * maxOccurs="unbounded"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
2655      * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
2656      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
2657      * &amp;lt;attribute name="title"
2658      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2659      * &amp;lt;attribute name="annotationId" use="required"
2660      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2661      * &amp;lt;attribute name="gapped"
2662      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2663      * &amp;lt;attribute name="viewerState"
2664      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2665      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
2666      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
2667      * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
2668      * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
2669      * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2670      * &amp;lt;attribute name="viewId"
2671      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2672      * &amp;lt;attribute name="dividerLocation"
2673      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
2674      * name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
2675      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
2676      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2677      * 
2678      * 
2679      */
2680     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2681     @XmlType(name = "", propOrder = { "secondaryStructure" })
2682     public static class RnaViewer
2683     {
2684
2685       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
2686       protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> secondaryStructure;
2687
2688       @XmlAttribute(name = "title")
2689       protected String title;
2690
2691       @XmlAttribute(name = "viewId")
2692       protected String viewId;
2693
2694       @XmlAttribute(name = "dividerLocation")
2695       protected Integer dividerLocation;
2696
2697       @XmlAttribute(name = "selectedRna")
2698       protected Integer selectedRna;
2699
2700       @XmlAttribute(name = "width")
2701       protected Integer width;
2702
2703       @XmlAttribute(name = "height")
2704       protected Integer height;
2705
2706       @XmlAttribute(name = "xpos")
2707       protected Integer xpos;
2708
2709       @XmlAttribute(name = "ypos")
2710       protected Integer ypos;
2711
2712       /**
2713        * Gets the value of the secondaryStructure property.
2714        * 
2715        * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list,
2716        * not a snapshot. Therefore any modification you make to the returned
2717        * list will be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2718        * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the secondaryStructure
2719        * property.
2720        * 
2721        * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2722        * getSecondaryStructure().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2723        * 
2724        * 
2725        * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2726        * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
2727        * 
2728        * 
2729        */
2730       public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> getSecondaryStructure()
2731       {
2732         if (secondaryStructure == null)
2733         {
2734           secondaryStructure = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure>();
2735         }
2736         return this.secondaryStructure;
2737       }
2738
2739       /**
2740        * Gets the value of the title property.
2741        * 
2742        * @return possible object is {@link String }
2743        * 
2744        */
2745       public String getTitle()
2746       {
2747         return title;
2748       }
2749
2750       /**
2751        * Sets the value of the title property.
2752        * 
2753        * @param value
2754        *          allowed object is {@link String }
2755        * 
2756        */
2757       public void setTitle(String value)
2758       {
2759         this.title = value;
2760       }
2761
2762       /**
2763        * Gets the value of the viewId property.
2764        * 
2765        * @return possible object is {@link String }
2766        * 
2767        */
2768       public String getViewId()
2769       {
2770         return viewId;
2771       }
2772
2773       /**
2774        * Sets the value of the viewId property.
2775        * 
2776        * @param value
2777        *          allowed object is {@link String }
2778        * 
2779        */
2780       public void setViewId(String value)
2781       {
2782         this.viewId = value;
2783       }
2784
2785       /**
2786        * Gets the value of the dividerLocation property.
2787        * 
2788        * @return possible object is {@link Integer }
2789        * 
2790        */
2791       public Integer getDividerLocation()
2792       {
2793         return dividerLocation;
2794       }
2795
2796       /**
2797        * Sets the value of the dividerLocation property.
2798        * 
2799        * @param value
2800        *          allowed object is {@link Integer }
2801        * 
2802        */
2803       public void setDividerLocation(Integer value)
2804       {
2805         this.dividerLocation = value;
2806       }
2807
2808       /**
2809        * Gets the value of the selectedRna property.
2810        * 
2811        * @return possible object is {@link Integer }
2812        * 
2813        */
2814       public Integer getSelectedRna()
2815       {
2816         return selectedRna;
2817       }
2818
2819       /**
2820        * Sets the value of the selectedRna property.
2821        * 
2822        * @param value
2823        *          allowed object is {@link Integer }
2824        * 
2825        */
2826       public void setSelectedRna(Integer value)
2827       {
2828         this.selectedRna = value;
2829       }
2830
2831       /**
2832        * Gets the value of the width property.
2833        * 
2834        * @return possible object is {@link Integer }
2835        * 
2836        */
2837       public Integer getWidth()
2838       {
2839         return width;
2840       }
2841
2842       /**
2843        * Sets the value of the width property.
2844        * 
2845        * @param value
2846        *          allowed object is {@link Integer }
2847        * 
2848        */
2849       public void setWidth(Integer value)
2850       {
2851         this.width = value;
2852       }
2853
2854       /**
2855        * Gets the value of the height property.
2856        * 
2857        * @return possible object is {@link Integer }
2858        * 
2859        */
2860       public Integer getHeight()
2861       {
2862         return height;
2863       }
2864
2865       /**
2866        * Sets the value of the height property.
2867        * 
2868        * @param value
2869        *          allowed object is {@link Integer }
2870        * 
2871        */
2872       public void setHeight(Integer value)
2873       {
2874         this.height = value;
2875       }
2876
2877       /**
2878        * Gets the value of the xpos property.
2879        * 
2880        * @return possible object is {@link Integer }
2881        * 
2882        */
2883       public Integer getXpos()
2884       {
2885         return xpos;
2886       }
2887
2888       /**
2889        * Sets the value of the xpos property.
2890        * 
2891        * @param value
2892        *          allowed object is {@link Integer }
2893        * 
2894        */
2895       public void setXpos(Integer value)
2896       {
2897         this.xpos = value;
2898       }
2899
2900       /**
2901        * Gets the value of the ypos property.
2902        * 
2903        * @return possible object is {@link Integer }
2904        * 
2905        */
2906       public Integer getYpos()
2907       {
2908         return ypos;
2909       }
2910
2911       /**
2912        * Sets the value of the ypos property.
2913        * 
2914        * @param value
2915        *          allowed object is {@link Integer }
2916        * 
2917        */
2918       public void setYpos(Integer value)
2919       {
2920         this.ypos = value;
2921       }
2922
2923       /**
2924        * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2925        * 
2926        * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2927        * contained within this class.
2928        * 
2929        * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
2930        * &amp;lt;restriction
2931        * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
2932        * &amp;lt;attribute name="title"
2933        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2934        * &amp;lt;attribute name="annotationId" use="required"
2935        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2936        * &amp;lt;attribute name="gapped"
2937        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2938        * &amp;lt;attribute name="viewerState"
2939        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2940        * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
2941        * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2942        * 
2943        * 
2944        */
2945       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2946       @XmlType(name = "")
2947       public static class SecondaryStructure
2948       {
2949
2950         @XmlAttribute(name = "title")
2951         protected String title;
2952
2953         @XmlAttribute(name = "annotationId", required = true)
2954         protected String annotationId;
2955
2956         @XmlAttribute(name = "gapped")
2957         protected Boolean gapped;
2958
2959         @XmlAttribute(name = "viewerState")
2960         protected String viewerState;
2961
2962         /**
2963          * Gets the value of the title property.
2964          * 
2965          * @return possible object is {@link String }
2966          * 
2967          */
2968         public String getTitle()
2969         {
2970           return title;
2971         }
2972
2973         /**
2974          * Sets the value of the title property.
2975          * 
2976          * @param value
2977          *          allowed object is {@link String }
2978          * 
2979          */
2980         public void setTitle(String value)
2981         {
2982           this.title = value;
2983         }
2984
2985         /**
2986          * Gets the value of the annotationId property.
2987          * 
2988          * @return possible object is {@link String }
2989          * 
2990          */
2991         public String getAnnotationId()
2992         {
2993           return annotationId;
2994         }
2995
2996         /**
2997          * Sets the value of the annotationId property.
2998          * 
2999          * @param value
3000          *          allowed object is {@link String }
3001          * 
3002          */
3003         public void setAnnotationId(String value)
3004         {
3005           this.annotationId = value;
3006         }
3007
3008         /**
3009          * Gets the value of the gapped property.
3010          * 
3011          * @return possible object is {@link Boolean }
3012          * 
3013          */
3014         public Boolean isGapped()
3015         {
3016           return gapped;
3017         }
3018
3019         /**
3020          * Sets the value of the gapped property.
3021          * 
3022          * @param value
3023          *          allowed object is {@link Boolean }
3024          * 
3025          */
3026         public void setGapped(Boolean value)
3027         {
3028           this.gapped = value;
3029         }
3030
3031         /**
3032          * Gets the value of the viewerState property.
3033          * 
3034          * @return possible object is {@link String }
3035          * 
3036          */
3037         public String getViewerState()
3038         {
3039           return viewerState;
3040         }
3041
3042         /**
3043          * Sets the value of the viewerState property.
3044          * 
3045          * @param value
3046          *          allowed object is {@link String }
3047          * 
3048          */
3049         public void setViewerState(String value)
3050         {
3051           this.viewerState = value;
3052         }
3053
3054       }
3055
3056     }
3057
3058   }
3059
3060   /**
3061    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3062    * 
3063    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3064    * contained within this class.
3065    * 
3066    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3067    * &amp;lt;restriction
3068    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
3069    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="sequencePoint"
3070    * maxOccurs="unbounded"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
3071    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
3072    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3073    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
3074    * name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
3075    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
3076    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
3077    * name="axis" maxOccurs="3" minOccurs="3"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
3078    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
3079    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3080    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3081    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
3082    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="seqPointMin"&amp;gt;
3083    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3084    * &amp;lt;restriction
3085    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3086    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3087    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
3088    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="seqPointMax"&amp;gt;
3089    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3090    * &amp;lt;restriction
3091    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3092    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3093    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
3094    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="pcaData"
3095    * type="{www.jalview.org}PcaDataType"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt;
3096    * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
3097    * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/&amp;gt;
3098    * &amp;lt;attribute name="title"
3099    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
3100    * name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
3101    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="xDim"
3102    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
3103    * name="yDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
3104    * &amp;lt;attribute name="zDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
3105    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="bgColour"
3106    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
3107    * name="scaleFactor" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
3108    * &amp;lt;attribute name="showLabels"
3109    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
3110    * &amp;lt;attribute name="linkToAllViews"
3111    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
3112    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
3113    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3114    * 
3115    * 
3116    */
3117   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3118   @XmlType(
3119     name = "",
3120     propOrder =
3121     { "sequencePoint", "axis", "seqPointMin", "seqPointMax", "pcaData" })
3122   public static class PcaViewer
3123   {
3124
3125     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3126     protected List<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint> sequencePoint;
3127
3128     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3129     protected List<JalviewModel.PcaViewer.Axis> axis;
3130
3131     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3132     protected JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin seqPointMin;
3133
3134     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3135     protected JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax seqPointMax;
3136
3137     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3138     protected PcaDataType pcaData;
3139
3140     @XmlAttribute(name = "title")
3141     protected String title;
3142
3143     @XmlAttribute(name = "scoreModelName")
3144     protected String scoreModelName;
3145
3146     @XmlAttribute(name = "xDim")
3147     protected Integer xDim;
3148
3149     @XmlAttribute(name = "yDim")
3150     protected Integer yDim;
3151
3152     @XmlAttribute(name = "zDim")
3153     protected Integer zDim;
3154
3155     @XmlAttribute(name = "bgColour")
3156     protected Integer bgColour;
3157
3158     @XmlAttribute(name = "scaleFactor")
3159     protected Float scaleFactor;
3160
3161     @XmlAttribute(name = "showLabels")
3162     protected Boolean showLabels;
3163
3164     @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
3165     protected Boolean linkToAllViews;
3166
3167     @XmlAttribute(name = "width")
3168     protected Integer width;
3169
3170     @XmlAttribute(name = "height")
3171     protected Integer height;
3172
3173     @XmlAttribute(name = "xpos")
3174     protected Integer xpos;
3175
3176     @XmlAttribute(name = "ypos")
3177     protected Integer ypos;
3178
3179     @XmlAttribute(name = "includeGaps")
3180     protected Boolean includeGaps;
3181
3182     @XmlAttribute(name = "matchGaps")
3183     protected Boolean matchGaps;
3184
3185     @XmlAttribute(name = "includeGappedColumns")
3186     protected Boolean includeGappedColumns;
3187
3188     @XmlAttribute(name = "denominateByShortestLength")
3189     protected Boolean denominateByShortestLength;
3190
3191     /**
3192      * Gets the value of the sequencePoint property.
3193      * 
3194      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
3195      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3196      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3197      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequencePoint property.
3198      * 
3199      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
3200      * getSequencePoint().add(newItem); &lt;/pre&gt;
3201      * 
3202      * 
3203      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
3204      * {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
3205      * 
3206      * 
3207      */
3208     public List<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint> getSequencePoint()
3209     {
3210       if (sequencePoint == null)
3211       {
3212         sequencePoint = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint>();
3213       }
3214       return this.sequencePoint;
3215     }
3216
3217     /**
3218      * Gets the value of the axis property.
3219      * 
3220      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
3221      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3222      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3223      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the axis property.
3224      * 
3225      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
3226      * getAxis().add(newItem); &lt;/pre&gt;
3227      * 
3228      * 
3229      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
3230      * {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
3231      * 
3232      * 
3233      */
3234     public List<JalviewModel.PcaViewer.Axis> getAxis()
3235     {
3236       if (axis == null)
3237       {
3238         axis = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer.Axis>();
3239       }
3240       return this.axis;
3241     }
3242
3243     /**
3244      * Gets the value of the seqPointMin property.
3245      * 
3246      * @return possible object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
3247      * 
3248      */
3249     public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin getSeqPointMin()
3250     {
3251       return seqPointMin;
3252     }
3253
3254     /**
3255      * Sets the value of the seqPointMin property.
3256      * 
3257      * @param value
3258      *          allowed object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
3259      * 
3260      */
3261     public void setSeqPointMin(JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin value)
3262     {
3263       this.seqPointMin = value;
3264     }
3265
3266     /**
3267      * Gets the value of the seqPointMax property.
3268      * 
3269      * @return possible object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
3270      * 
3271      */
3272     public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax getSeqPointMax()
3273     {
3274       return seqPointMax;
3275     }
3276
3277     /**
3278      * Sets the value of the seqPointMax property.
3279      * 
3280      * @param value
3281      *          allowed object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
3282      * 
3283      */
3284     public void setSeqPointMax(JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax value)
3285     {
3286       this.seqPointMax = value;
3287     }
3288
3289     /**
3290      * Gets the value of the pcaData property.
3291      * 
3292      * @return possible object is {@link PcaDataType }
3293      * 
3294      */
3295     public PcaDataType getPcaData()
3296     {
3297       return pcaData;
3298     }
3299
3300     /**
3301      * Sets the value of the pcaData property.
3302      * 
3303      * @param value
3304      *          allowed object is {@link PcaDataType }
3305      * 
3306      */
3307     public void setPcaData(PcaDataType value)
3308     {
3309       this.pcaData = value;
3310     }
3311
3312     /**
3313      * Gets the value of the title property.
3314      * 
3315      * @return possible object is {@link String }
3316      * 
3317      */
3318     public String getTitle()
3319     {
3320       return title;
3321     }
3322
3323     /**
3324      * Sets the value of the title property.
3325      * 
3326      * @param value
3327      *          allowed object is {@link String }
3328      * 
3329      */
3330     public void setTitle(String value)
3331     {
3332       this.title = value;
3333     }
3334
3335     /**
3336      * Gets the value of the scoreModelName property.
3337      * 
3338      * @return possible object is {@link String }
3339      * 
3340      */
3341     public String getScoreModelName()
3342     {
3343       return scoreModelName;
3344     }
3345
3346     /**
3347      * Sets the value of the scoreModelName property.
3348      * 
3349      * @param value
3350      *          allowed object is {@link String }
3351      * 
3352      */
3353     public void setScoreModelName(String value)
3354     {
3355       this.scoreModelName = value;
3356     }
3357
3358     /**
3359      * Gets the value of the xDim property.
3360      * 
3361      * @return possible object is {@link Integer }
3362      * 
3363      */
3364     public Integer getXDim()
3365     {
3366       return xDim;
3367     }
3368
3369     /**
3370      * Sets the value of the xDim property.
3371      * 
3372      * @param value
3373      *          allowed object is {@link Integer }
3374      * 
3375      */
3376     public void setXDim(Integer value)
3377     {
3378       this.xDim = value;
3379     }
3380
3381     /**
3382      * Gets the value of the yDim property.
3383      * 
3384      * @return possible object is {@link Integer }
3385      * 
3386      */
3387     public Integer getYDim()
3388     {
3389       return yDim;
3390     }
3391
3392     /**
3393      * Sets the value of the yDim property.
3394      * 
3395      * @param value
3396      *          allowed object is {@link Integer }
3397      * 
3398      */
3399     public void setYDim(Integer value)
3400     {
3401       this.yDim = value;
3402     }
3403
3404     /**
3405      * Gets the value of the zDim property.
3406      * 
3407      * @return possible object is {@link Integer }
3408      * 
3409      */
3410     public Integer getZDim()
3411     {
3412       return zDim;
3413     }
3414
3415     /**
3416      * Sets the value of the zDim property.
3417      * 
3418      * @param value
3419      *          allowed object is {@link Integer }
3420      * 
3421      */
3422     public void setZDim(Integer value)
3423     {
3424       this.zDim = value;
3425     }
3426
3427     /**
3428      * Gets the value of the bgColour property.
3429      * 
3430      * @return possible object is {@link Integer }
3431      * 
3432      */
3433     public Integer getBgColour()
3434     {
3435       return bgColour;
3436     }
3437
3438     /**
3439      * Sets the value of the bgColour property.
3440      * 
3441      * @param value
3442      *          allowed object is {@link Integer }
3443      * 
3444      */
3445     public void setBgColour(Integer value)
3446     {
3447       this.bgColour = value;
3448     }
3449
3450     /**
3451      * Gets the value of the scaleFactor property.
3452      * 
3453      * @return possible object is {@link Float }
3454      * 
3455      */
3456     public Float getScaleFactor()
3457     {
3458       return scaleFactor;
3459     }
3460
3461     /**
3462      * Sets the value of the scaleFactor property.
3463      * 
3464      * @param value
3465      *          allowed object is {@link Float }
3466      * 
3467      */
3468     public void setScaleFactor(Float value)
3469     {
3470       this.scaleFactor = value;
3471     }
3472
3473     /**
3474      * Gets the value of the showLabels property.
3475      * 
3476      * @return possible object is {@link Boolean }
3477      * 
3478      */
3479     public Boolean isShowLabels()
3480     {
3481       return showLabels;
3482     }
3483
3484     /**
3485      * Sets the value of the showLabels property.
3486      * 
3487      * @param value
3488      *          allowed object is {@link Boolean }
3489      * 
3490      */
3491     public void setShowLabels(Boolean value)
3492     {
3493       this.showLabels = value;
3494     }
3495
3496     /**
3497      * Gets the value of the linkToAllViews property.
3498      * 
3499      * @return possible object is {@link Boolean }
3500      * 
3501      */
3502     public Boolean isLinkToAllViews()
3503     {
3504       return linkToAllViews;
3505     }
3506
3507     /**
3508      * Sets the value of the linkToAllViews property.
3509      * 
3510      * @param value
3511      *          allowed object is {@link Boolean }
3512      * 
3513      */
3514     public void setLinkToAllViews(Boolean value)
3515     {
3516       this.linkToAllViews = value;
3517     }
3518
3519     /**
3520      * Gets the value of the width property.
3521      * 
3522      * @return possible object is {@link Integer }
3523      * 
3524      */
3525     public Integer getWidth()
3526     {
3527       return width;
3528     }
3529
3530     /**
3531      * Sets the value of the width property.
3532      * 
3533      * @param value
3534      *          allowed object is {@link Integer }
3535      * 
3536      */
3537     public void setWidth(Integer value)
3538     {
3539       this.width = value;
3540     }
3541
3542     /**
3543      * Gets the value of the height property.
3544      * 
3545      * @return possible object is {@link Integer }
3546      * 
3547      */
3548     public Integer getHeight()
3549     {
3550       return height;
3551     }
3552
3553     /**
3554      * Sets the value of the height property.
3555      * 
3556      * @param value
3557      *          allowed object is {@link Integer }
3558      * 
3559      */
3560     public void setHeight(Integer value)
3561     {
3562       this.height = value;
3563     }
3564
3565     /**
3566      * Gets the value of the xpos property.
3567      * 
3568      * @return possible object is {@link Integer }
3569      * 
3570      */
3571     public Integer getXpos()
3572     {
3573       return xpos;
3574     }
3575
3576     /**
3577      * Sets the value of the xpos property.
3578      * 
3579      * @param value
3580      *          allowed object is {@link Integer }
3581      * 
3582      */
3583     public void setXpos(Integer value)
3584     {
3585       this.xpos = value;
3586     }
3587
3588     /**
3589      * Gets the value of the ypos property.
3590      * 
3591      * @return possible object is {@link Integer }
3592      * 
3593      */
3594     public Integer getYpos()
3595     {
3596       return ypos;
3597     }
3598
3599     /**
3600      * Sets the value of the ypos property.
3601      * 
3602      * @param value
3603      *          allowed object is {@link Integer }
3604      * 
3605      */
3606     public void setYpos(Integer value)
3607     {
3608       this.ypos = value;
3609     }
3610
3611     /**
3612      * Gets the value of the includeGaps property.
3613      * 
3614      * @return possible object is {@link Boolean }
3615      * 
3616      */
3617     public Boolean isIncludeGaps()
3618     {
3619       return includeGaps;
3620     }
3621
3622     /**
3623      * Sets the value of the includeGaps property.
3624      * 
3625      * @param value
3626      *          allowed object is {@link Boolean }
3627      * 
3628      */
3629     public void setIncludeGaps(Boolean value)
3630     {
3631       this.includeGaps = value;
3632     }
3633
3634     /**
3635      * Gets the value of the matchGaps property.
3636      * 
3637      * @return possible object is {@link Boolean }
3638      * 
3639      */
3640     public Boolean isMatchGaps()
3641     {
3642       return matchGaps;
3643     }
3644
3645     /**
3646      * Sets the value of the matchGaps property.
3647      * 
3648      * @param value
3649      *          allowed object is {@link Boolean }
3650      * 
3651      */
3652     public void setMatchGaps(Boolean value)
3653     {
3654       this.matchGaps = value;
3655     }
3656
3657     /**
3658      * Gets the value of the includeGappedColumns property.
3659      * 
3660      * @return possible object is {@link Boolean }
3661      * 
3662      */
3663     public Boolean isIncludeGappedColumns()
3664     {
3665       return includeGappedColumns;
3666     }
3667
3668     /**
3669      * Sets the value of the includeGappedColumns property.
3670      * 
3671      * @param value
3672      *          allowed object is {@link Boolean }
3673      * 
3674      */
3675     public void setIncludeGappedColumns(Boolean value)
3676     {
3677       this.includeGappedColumns = value;
3678     }
3679
3680     /**
3681      * Gets the value of the denominateByShortestLength property.
3682      * 
3683      * @return possible object is {@link Boolean }
3684      * 
3685      */
3686     public Boolean isDenominateByShortestLength()
3687     {
3688       return denominateByShortestLength;
3689     }
3690
3691     /**
3692      * Sets the value of the denominateByShortestLength property.
3693      * 
3694      * @param value
3695      *          allowed object is {@link Boolean }
3696      * 
3697      */
3698     public void setDenominateByShortestLength(Boolean value)
3699     {
3700       this.denominateByShortestLength = value;
3701     }
3702
3703     /**
3704      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3705      * 
3706      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3707      * contained within this class.
3708      * 
3709      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3710      * &amp;lt;restriction
3711      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3712      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3713      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3714      * 
3715      * 
3716      */
3717     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3718     @XmlType(name = "")
3719     public static class Axis
3720     {
3721
3722       @XmlAttribute(name = "xPos")
3723       protected Float xPos;
3724
3725       @XmlAttribute(name = "yPos")
3726       protected Float yPos;
3727
3728       @XmlAttribute(name = "zPos")
3729       protected Float zPos;
3730
3731       /**
3732        * Gets the value of the xPos property.
3733        * 
3734        * @return possible object is {@link Float }
3735        * 
3736        */
3737       public Float getXPos()
3738       {
3739         return xPos;
3740       }
3741
3742       /**
3743        * Sets the value of the xPos property.
3744        * 
3745        * @param value
3746        *          allowed object is {@link Float }
3747        * 
3748        */
3749       public void setXPos(Float value)
3750       {
3751         this.xPos = value;
3752       }
3753
3754       /**
3755        * Gets the value of the yPos property.
3756        * 
3757        * @return possible object is {@link Float }
3758        * 
3759        */
3760       public Float getYPos()
3761       {
3762         return yPos;
3763       }
3764
3765       /**
3766        * Sets the value of the yPos property.
3767        * 
3768        * @param value
3769        *          allowed object is {@link Float }
3770        * 
3771        */
3772       public void setYPos(Float value)
3773       {
3774         this.yPos = value;
3775       }
3776
3777       /**
3778        * Gets the value of the zPos property.
3779        * 
3780        * @return possible object is {@link Float }
3781        * 
3782        */
3783       public Float getZPos()
3784       {
3785         return zPos;
3786       }
3787
3788       /**
3789        * Sets the value of the zPos property.
3790        * 
3791        * @param value
3792        *          allowed object is {@link Float }
3793        * 
3794        */
3795       public void setZPos(Float value)
3796       {
3797         this.zPos = value;
3798       }
3799
3800     }
3801
3802     /**
3803      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3804      * 
3805      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3806      * contained within this class.
3807      * 
3808      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3809      * &amp;lt;restriction
3810      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3811      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3812      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3813      * 
3814      * 
3815      */
3816     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3817     @XmlType(name = "")
3818     public static class SeqPointMax
3819     {
3820
3821       @XmlAttribute(name = "xPos")
3822       protected Float xPos;
3823
3824       @XmlAttribute(name = "yPos")
3825       protected Float yPos;
3826
3827       @XmlAttribute(name = "zPos")
3828       protected Float zPos;
3829
3830       /**
3831        * Gets the value of the xPos property.
3832        * 
3833        * @return possible object is {@link Float }
3834        * 
3835        */
3836       public Float getXPos()
3837       {
3838         return xPos;
3839       }
3840
3841       /**
3842        * Sets the value of the xPos property.
3843        * 
3844        * @param value
3845        *          allowed object is {@link Float }
3846        * 
3847        */
3848       public void setXPos(Float value)
3849       {
3850         this.xPos = value;
3851       }
3852
3853       /**
3854        * Gets the value of the yPos property.
3855        * 
3856        * @return possible object is {@link Float }
3857        * 
3858        */
3859       public Float getYPos()
3860       {
3861         return yPos;
3862       }
3863
3864       /**
3865        * Sets the value of the yPos property.
3866        * 
3867        * @param value
3868        *          allowed object is {@link Float }
3869        * 
3870        */
3871       public void setYPos(Float value)
3872       {
3873         this.yPos = value;
3874       }
3875
3876       /**
3877        * Gets the value of the zPos property.
3878        * 
3879        * @return possible object is {@link Float }
3880        * 
3881        */
3882       public Float getZPos()
3883       {
3884         return zPos;
3885       }
3886
3887       /**
3888        * Sets the value of the zPos property.
3889        * 
3890        * @param value
3891        *          allowed object is {@link Float }
3892        * 
3893        */
3894       public void setZPos(Float value)
3895       {
3896         this.zPos = value;
3897       }
3898
3899     }
3900
3901     /**
3902      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3903      * 
3904      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3905      * contained within this class.
3906      * 
3907      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3908      * &amp;lt;restriction
3909      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3910      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3911      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3912      * 
3913      * 
3914      */
3915     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3916     @XmlType(name = "")
3917     public static class SeqPointMin
3918     {
3919
3920       @XmlAttribute(name = "xPos")
3921       protected Float xPos;
3922
3923       @XmlAttribute(name = "yPos")
3924       protected Float yPos;
3925
3926       @XmlAttribute(name = "zPos")
3927       protected Float zPos;
3928
3929       /**
3930        * Gets the value of the xPos property.
3931        * 
3932        * @return possible object is {@link Float }
3933        * 
3934        */
3935       public Float getXPos()
3936       {
3937         return xPos;
3938       }
3939
3940       /**
3941        * Sets the value of the xPos property.
3942        * 
3943        * @param value
3944        *          allowed object is {@link Float }
3945        * 
3946        */
3947       public void setXPos(Float value)
3948       {
3949         this.xPos = value;
3950       }
3951
3952       /**
3953        * Gets the value of the yPos property.
3954        * 
3955        * @return possible object is {@link Float }
3956        * 
3957        */
3958       public Float getYPos()
3959       {
3960         return yPos;
3961       }
3962
3963       /**
3964        * Sets the value of the yPos property.
3965        * 
3966        * @param value
3967        *          allowed object is {@link Float }
3968        * 
3969        */
3970       public void setYPos(Float value)
3971       {
3972         this.yPos = value;
3973       }
3974
3975       /**
3976        * Gets the value of the zPos property.
3977        * 
3978        * @return possible object is {@link Float }
3979        * 
3980        */
3981       public Float getZPos()
3982       {
3983         return zPos;
3984       }
3985
3986       /**
3987        * Sets the value of the zPos property.
3988        * 
3989        * @param value
3990        *          allowed object is {@link Float }
3991        * 
3992        */
3993       public void setZPos(Float value)
3994       {
3995         this.zPos = value;
3996       }
3997
3998     }
3999
4000     /**
4001      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4002      * 
4003      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4004      * contained within this class.
4005      * 
4006      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4007      * &amp;lt;restriction
4008      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4009      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4010      * name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
4011      * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4012      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4013      * 
4014      * 
4015      */
4016     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4017     @XmlType(name = "")
4018     public static class SequencePoint
4019     {
4020
4021       @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
4022       protected String sequenceRef;
4023
4024       @XmlAttribute(name = "xPos")
4025       protected Float xPos;
4026
4027       @XmlAttribute(name = "yPos")
4028       protected Float yPos;
4029
4030       @XmlAttribute(name = "zPos")
4031       protected Float zPos;
4032
4033       /**
4034        * Gets the value of the sequenceRef property.
4035        * 
4036        * @return possible object is {@link String }
4037        * 
4038        */
4039       public String getSequenceRef()
4040       {
4041         return sequenceRef;
4042       }
4043
4044       /**
4045        * Sets the value of the sequenceRef property.
4046        * 
4047        * @param value
4048        *          allowed object is {@link String }
4049        * 
4050        */
4051       public void setSequenceRef(String value)
4052       {
4053         this.sequenceRef = value;
4054       }
4055
4056       /**
4057        * Gets the value of the xPos property.
4058        * 
4059        * @return possible object is {@link Float }
4060        * 
4061        */
4062       public Float getXPos()
4063       {
4064         return xPos;
4065       }
4066
4067       /**
4068        * Sets the value of the xPos property.
4069        * 
4070        * @param value
4071        *          allowed object is {@link Float }
4072        * 
4073        */
4074       public void setXPos(Float value)
4075       {
4076         this.xPos = value;
4077       }
4078
4079       /**
4080        * Gets the value of the yPos property.
4081        * 
4082        * @return possible object is {@link Float }
4083        * 
4084        */
4085       public Float getYPos()
4086       {
4087         return yPos;
4088       }
4089
4090       /**
4091        * Sets the value of the yPos property.
4092        * 
4093        * @param value
4094        *          allowed object is {@link Float }
4095        * 
4096        */
4097       public void setYPos(Float value)
4098       {
4099         this.yPos = value;
4100       }
4101
4102       /**
4103        * Gets the value of the zPos property.
4104        * 
4105        * @return possible object is {@link Float }
4106        * 
4107        */
4108       public Float getZPos()
4109       {
4110         return zPos;
4111       }
4112
4113       /**
4114        * Sets the value of the zPos property.
4115        * 
4116        * @param value
4117        *          allowed object is {@link Float }
4118        * 
4119        */
4120       public void setZPos(Float value)
4121       {
4122         this.zPos = value;
4123       }
4124
4125     }
4126
4127   }
4128
4129   /**
4130    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4131    * 
4132    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4133    * contained within this class.
4134    * 
4135    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4136    * &amp;lt;restriction
4137    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;sequence
4138    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;element name="title"
4139    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt; &amp;lt;element
4140    * name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt;
4141    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4142    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4143    * name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4144    * &amp;lt;attribute name="fontSize"
4145    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4146    * name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4147    * &amp;lt;attribute name="threshold"
4148    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4149    * name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
4150    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="showDistances"
4151    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4152    * &amp;lt;attribute name="markUnlinked"
4153    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4154    * &amp;lt;attribute name="fitToWindow"
4155    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4156    * &amp;lt;attribute name="currentTree"
4157    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4158    * &amp;lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID"
4159    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="linkToAllViews"
4160    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4161    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4162    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4163    * 
4164    * 
4165    */
4166   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4167   @XmlType(name = "", propOrder = { "title", "newick" })
4168   public static class Tree
4169   {
4170
4171     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4172     protected String title;
4173
4174     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4175     protected String newick;
4176
4177     @XmlAttribute(name = "fontName")
4178     protected String fontName;
4179
4180     @XmlAttribute(name = "fontSize")
4181     protected Integer fontSize;
4182
4183     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
4184     protected Integer fontStyle;
4185
4186     @XmlAttribute(name = "threshold")
4187     protected Float threshold;
4188
4189     @XmlAttribute(name = "showBootstrap")
4190     protected Boolean showBootstrap;
4191
4192     @XmlAttribute(name = "showDistances")
4193     protected Boolean showDistances;
4194
4195     @XmlAttribute(name = "markUnlinked")
4196     protected Boolean markUnlinked;
4197
4198     @XmlAttribute(name = "fitToWindow")
4199     protected Boolean fitToWindow;
4200
4201     @XmlAttribute(name = "currentTree")
4202     protected Boolean currentTree;
4203
4204     @XmlAttribute(name = "id")
4205     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
4206     @XmlID
4207     @XmlSchemaType(name = "ID")
4208     protected String id;
4209
4210     @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
4211     protected Boolean linkToAllViews;
4212
4213     @XmlAttribute(name = "width")
4214     protected Integer width;
4215
4216     @XmlAttribute(name = "height")
4217     protected Integer height;
4218
4219     @XmlAttribute(name = "xpos")
4220     protected Integer xpos;
4221
4222     @XmlAttribute(name = "ypos")
4223     protected Integer ypos;
4224
4225     /**
4226      * Gets the value of the title property.
4227      * 
4228      * @return possible object is {@link String }
4229      * 
4230      */
4231     public String getTitle()
4232     {
4233       return title;
4234     }
4235
4236     /**
4237      * Sets the value of the title property.
4238      * 
4239      * @param value
4240      *          allowed object is {@link String }
4241      * 
4242      */
4243     public void setTitle(String value)
4244     {
4245       this.title = value;
4246     }
4247
4248     /**
4249      * Gets the value of the newick property.
4250      * 
4251      * @return possible object is {@link String }
4252      * 
4253      */
4254     public String getNewick()
4255     {
4256       return newick;
4257     }
4258
4259     /**
4260      * Sets the value of the newick property.
4261      * 
4262      * @param value
4263      *          allowed object is {@link String }
4264      * 
4265      */
4266     public void setNewick(String value)
4267     {
4268       this.newick = value;
4269     }
4270
4271     /**
4272      * Gets the value of the fontName property.
4273      * 
4274      * @return possible object is {@link String }
4275      * 
4276      */
4277     public String getFontName()
4278     {
4279       return fontName;
4280     }
4281
4282     /**
4283      * Sets the value of the fontName property.
4284      * 
4285      * @param value
4286      *          allowed object is {@link String }
4287      * 
4288      */
4289     public void setFontName(String value)
4290     {
4291       this.fontName = value;
4292     }
4293
4294     /**
4295      * Gets the value of the fontSize property.
4296      * 
4297      * @return possible object is {@link Integer }
4298      * 
4299      */
4300     public Integer getFontSize()
4301     {
4302       return fontSize;
4303     }
4304
4305     /**
4306      * Sets the value of the fontSize property.
4307      * 
4308      * @param value
4309      *          allowed object is {@link Integer }
4310      * 
4311      */
4312     public void setFontSize(Integer value)
4313     {
4314       this.fontSize = value;
4315     }
4316
4317     /**
4318      * Gets the value of the fontStyle property.
4319      * 
4320      * @return possible object is {@link Integer }
4321      * 
4322      */
4323     public Integer getFontStyle()
4324     {
4325       return fontStyle;
4326     }
4327
4328     /**
4329      * Sets the value of the fontStyle property.
4330      * 
4331      * @param value
4332      *          allowed object is {@link Integer }
4333      * 
4334      */
4335     public void setFontStyle(Integer value)
4336     {
4337       this.fontStyle = value;
4338     }
4339
4340     /**
4341      * Gets the value of the threshold property.
4342      * 
4343      * @return possible object is {@link Float }
4344      * 
4345      */
4346     public Float getThreshold()
4347     {
4348       return threshold;
4349     }
4350
4351     /**
4352      * Sets the value of the threshold property.
4353      * 
4354      * @param value
4355      *          allowed object is {@link Float }
4356      * 
4357      */
4358     public void setThreshold(Float value)
4359     {
4360       this.threshold = value;
4361     }
4362
4363     /**
4364      * Gets the value of the showBootstrap property.
4365      * 
4366      * @return possible object is {@link Boolean }
4367      * 
4368      */
4369     public Boolean isShowBootstrap()
4370     {
4371       return showBootstrap;
4372     }
4373
4374     /**
4375      * Sets the value of the showBootstrap property.
4376      * 
4377      * @param value
4378      *          allowed object is {@link Boolean }
4379      * 
4380      */
4381     public void setShowBootstrap(Boolean value)
4382     {
4383       this.showBootstrap = value;
4384     }
4385
4386     /**
4387      * Gets the value of the showDistances property.
4388      * 
4389      * @return possible object is {@link Boolean }
4390      * 
4391      */
4392     public Boolean isShowDistances()
4393     {
4394       return showDistances;
4395     }
4396
4397     /**
4398      * Sets the value of the showDistances property.
4399      * 
4400      * @param value
4401      *          allowed object is {@link Boolean }
4402      * 
4403      */
4404     public void setShowDistances(Boolean value)
4405     {
4406       this.showDistances = value;
4407     }
4408
4409     /**
4410      * Gets the value of the markUnlinked property.
4411      * 
4412      * @return possible object is {@link Boolean }
4413      * 
4414      */
4415     public Boolean isMarkUnlinked()
4416     {
4417       return markUnlinked;
4418     }
4419
4420     /**
4421      * Sets the value of the markUnlinked property.
4422      * 
4423      * @param value
4424      *          allowed object is {@link Boolean }
4425      * 
4426      */
4427     public void setMarkUnlinked(Boolean value)
4428     {
4429       this.markUnlinked = value;
4430     }
4431
4432     /**
4433      * Gets the value of the fitToWindow property.
4434      * 
4435      * @return possible object is {@link Boolean }
4436      * 
4437      */
4438     public Boolean isFitToWindow()
4439     {
4440       return fitToWindow;
4441     }
4442
4443     /**
4444      * Sets the value of the fitToWindow property.
4445      * 
4446      * @param value
4447      *          allowed object is {@link Boolean }
4448      * 
4449      */
4450     public void setFitToWindow(Boolean value)
4451     {
4452       this.fitToWindow = value;
4453     }
4454
4455     /**
4456      * Gets the value of the currentTree property.
4457      * 
4458      * @return possible object is {@link Boolean }
4459      * 
4460      */
4461     public Boolean isCurrentTree()
4462     {
4463       return currentTree;
4464     }
4465
4466     /**
4467      * Sets the value of the currentTree property.
4468      * 
4469      * @param value
4470      *          allowed object is {@link Boolean }
4471      * 
4472      */
4473     public void setCurrentTree(Boolean value)
4474     {
4475       this.currentTree = value;
4476     }
4477
4478     /**
4479      * Gets the value of the id property.
4480      * 
4481      * @return possible object is {@link String }
4482      * 
4483      */
4484     public String getId()
4485     {
4486       return id;
4487     }
4488
4489     /**
4490      * Sets the value of the id property.
4491      * 
4492      * @param value
4493      *          allowed object is {@link String }
4494      * 
4495      */
4496     public void setId(String value)
4497     {
4498       this.id = value;
4499     }
4500
4501     /**
4502      * Gets the value of the linkToAllViews property.
4503      * 
4504      * @return possible object is {@link Boolean }
4505      * 
4506      */
4507     public boolean isLinkToAllViews()
4508     {
4509       if (linkToAllViews == null)
4510       {
4511         return false;
4512       }
4513       else
4514       {
4515         return linkToAllViews;
4516       }
4517     }
4518
4519     /**
4520      * Sets the value of the linkToAllViews property.
4521      * 
4522      * @param value
4523      *          allowed object is {@link Boolean }
4524      * 
4525      */
4526     public void setLinkToAllViews(Boolean value)
4527     {
4528       this.linkToAllViews = value;
4529     }
4530
4531     /**
4532      * Gets the value of the width property.
4533      * 
4534      * @return possible object is {@link Integer }
4535      * 
4536      */
4537     public Integer getWidth()
4538     {
4539       return width;
4540     }
4541
4542     /**
4543      * Sets the value of the width property.
4544      * 
4545      * @param value
4546      *          allowed object is {@link Integer }
4547      * 
4548      */
4549     public void setWidth(Integer value)
4550     {
4551       this.width = value;
4552     }
4553
4554     /**
4555      * Gets the value of the height property.
4556      * 
4557      * @return possible object is {@link Integer }
4558      * 
4559      */
4560     public Integer getHeight()
4561     {
4562       return height;
4563     }
4564
4565     /**
4566      * Sets the value of the height property.
4567      * 
4568      * @param value
4569      *          allowed object is {@link Integer }
4570      * 
4571      */
4572     public void setHeight(Integer value)
4573     {
4574       this.height = value;
4575     }
4576
4577     /**
4578      * Gets the value of the xpos property.
4579      * 
4580      * @return possible object is {@link Integer }
4581      * 
4582      */
4583     public Integer getXpos()
4584     {
4585       return xpos;
4586     }
4587
4588     /**
4589      * Sets the value of the xpos property.
4590      * 
4591      * @param value
4592      *          allowed object is {@link Integer }
4593      * 
4594      */
4595     public void setXpos(Integer value)
4596     {
4597       this.xpos = value;
4598     }
4599
4600     /**
4601      * Gets the value of the ypos property.
4602      * 
4603      * @return possible object is {@link Integer }
4604      * 
4605      */
4606     public Integer getYpos()
4607     {
4608       return ypos;
4609     }
4610
4611     /**
4612      * Sets the value of the ypos property.
4613      * 
4614      * @param value
4615      *          allowed object is {@link Integer }
4616      * 
4617      */
4618     public void setYpos(Integer value)
4619     {
4620       this.ypos = value;
4621     }
4622
4623   }
4624
4625   /**
4626    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4627    * 
4628    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4629    * contained within this class.
4630    * 
4631    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4632    * &amp;lt;restriction
4633    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
4634    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="UserColourScheme"
4635    * type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/&amp;gt;
4636    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="id"
4637    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4638    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4639    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4640    * 
4641    * 
4642    */
4643   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4644   @XmlType(name = "", propOrder = { "userColourScheme" })
4645   public static class UserColours
4646   {
4647
4648     @XmlElement(
4649       name = "UserColourScheme",
4650       namespace = "www.jalview.org",
4651       required = true)
4652     protected JalviewUserColours userColourScheme;
4653
4654     @XmlAttribute(name = "id")
4655     protected String id;
4656
4657     /**
4658      * Gets the value of the userColourScheme property.
4659      * 
4660      * @return possible object is {@link JalviewUserColours }
4661      * 
4662      */
4663     public JalviewUserColours getUserColourScheme()
4664     {
4665       return userColourScheme;
4666     }
4667
4668     /**
4669      * Sets the value of the userColourScheme property.
4670      * 
4671      * @param value
4672      *          allowed object is {@link JalviewUserColours }
4673      * 
4674      */
4675     public void setUserColourScheme(JalviewUserColours value)
4676     {
4677       this.userColourScheme = value;
4678     }
4679
4680     /**
4681      * Gets the value of the id property.
4682      * 
4683      * @return possible object is {@link String }
4684      * 
4685      */
4686     public String getId()
4687     {
4688       return id;
4689     }
4690
4691     /**
4692      * Sets the value of the id property.
4693      * 
4694      * @param value
4695      *          allowed object is {@link String }
4696      * 
4697      */
4698     public void setId(String value)
4699     {
4700       this.id = value;
4701     }
4702
4703   }
4704
4705   /**
4706    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4707    * 
4708    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4709    * contained within this class.
4710    * 
4711    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4712    * &amp;lt;restriction
4713    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
4714    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="AnnotationColours"
4715    * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/&amp;gt;
4716    * &amp;lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded"
4717    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
4718    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
4719    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
4720    * name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4721    * &amp;lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
4722    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4723    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
4724    * name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
4725    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4726    * &amp;lt;extension
4727    * base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet"&amp;gt;
4728    * &amp;lt;attribute name="calcId" use="required"
4729    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4730    * name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
4731    * default="false" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoUpdate"
4732    * use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4733    * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4734    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
4735    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4736    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4737    * name="conservationSelected"
4738    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4739    * &amp;lt;attribute name="pidSelected"
4740    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4741    * &amp;lt;attribute name="bgColour"
4742    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4743    * name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4744    * &amp;lt;attribute name="pidThreshold"
4745    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4746    * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4747    * &amp;lt;attribute name="showFullId"
4748    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4749    * &amp;lt;attribute name="rightAlignIds"
4750    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4751    * &amp;lt;attribute name="showText"
4752    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4753    * &amp;lt;attribute name="showColourText"
4754    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4755    * &amp;lt;attribute name="showUnconserved"
4756    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4757    * &amp;lt;attribute name="showBoxes"
4758    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4759    * &amp;lt;attribute name="wrapAlignment"
4760    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4761    * &amp;lt;attribute name="renderGaps"
4762    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4763    * &amp;lt;attribute name="showSequenceFeatures"
4764    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4765    * &amp;lt;attribute name="showNPfeatureTooltip"
4766    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4767    * &amp;lt;attribute name="showDbRefTooltip"
4768    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4769    * &amp;lt;attribute name="followHighlight"
4770    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4771    * &amp;lt;attribute name="followSelection"
4772    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4773    * &amp;lt;attribute name="showAnnotation"
4774    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4775    * &amp;lt;attribute name="centreColumnLabels"
4776    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4777    * &amp;lt;attribute name="showGroupConservation"
4778    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4779    * &amp;lt;attribute name="showGroupConsensus"
4780    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4781    * &amp;lt;attribute name="showConsensusHistogram"
4782    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4783    * &amp;lt;attribute name="showSequenceLogo"
4784    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4785    * &amp;lt;attribute name="normaliseSequenceLogo"
4786    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4787    * &amp;lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus"
4788    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4789    * &amp;lt;attribute name="startRes"
4790    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4791    * name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4792    * &amp;lt;attribute name="fontName"
4793    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4794    * name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4795    * &amp;lt;attribute name="fontStyle"
4796    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4797    * name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
4798    * default="true" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="viewName"
4799    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4800    * name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
4801    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="gatheredViews"
4802    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4803    * &amp;lt;attribute name="textCol1"
4804    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4805    * name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4806    * &amp;lt;attribute name="textColThreshold"
4807    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4808    * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" /&amp;gt;
4809    * &amp;lt;attribute name="complementId"
4810    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4811    * name="showComplementFeatures"
4812    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4813    * &amp;lt;attribute name="showComplementFeaturesOnTop"
4814    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4815    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4816    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4817    * 
4818    * 
4819    */
4820   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4821   @XmlType(
4822     name = "",
4823     propOrder =
4824     { "annotationColours", "hiddenColumns", "calcIdParam" })
4825   public static class Viewport
4826   {
4827
4828     @XmlElement(name = "AnnotationColours", namespace = "www.jalview.org")
4829     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
4830
4831     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4832     protected List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> hiddenColumns;
4833
4834     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4835     protected List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> calcIdParam;
4836
4837     @XmlAttribute(name = "conservationSelected")
4838     protected Boolean conservationSelected;
4839
4840     @XmlAttribute(name = "pidSelected")
4841     protected Boolean pidSelected;
4842
4843     @XmlAttribute(name = "bgColour")
4844     protected String bgColour;
4845
4846     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
4847     protected Integer consThreshold;
4848
4849     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
4850     protected Integer pidThreshold;
4851
4852     @XmlAttribute(name = "title")
4853     protected String title;
4854
4855     @XmlAttribute(name = "showFullId")
4856     protected Boolean showFullId;
4857
4858     @XmlAttribute(name = "rightAlignIds")
4859     protected Boolean rightAlignIds;
4860
4861     @XmlAttribute(name = "showText")
4862     protected Boolean showText;
4863
4864     @XmlAttribute(name = "showColourText")
4865     protected Boolean showColourText;
4866
4867     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
4868     protected Boolean showUnconserved;
4869
4870     @XmlAttribute(name = "showBoxes")
4871     protected Boolean showBoxes;
4872
4873     @XmlAttribute(name = "wrapAlignment")
4874     protected Boolean wrapAlignment;
4875
4876     @XmlAttribute(name = "renderGaps")
4877     protected Boolean renderGaps;
4878
4879     @XmlAttribute(name = "showSequenceFeatures")
4880     protected Boolean showSequenceFeatures;
4881
4882     @XmlAttribute(name = "showNPfeatureTooltip")
4883     protected Boolean showNPfeatureTooltip;
4884
4885     @XmlAttribute(name = "showDbRefTooltip")
4886     protected Boolean showDbRefTooltip;
4887
4888     @XmlAttribute(name = "followHighlight")
4889     protected Boolean followHighlight;
4890
4891     @XmlAttribute(name = "followSelection")
4892     protected Boolean followSelection;
4893
4894     @XmlAttribute(name = "showAnnotation")
4895     protected Boolean showAnnotation;
4896
4897     @XmlAttribute(name = "centreColumnLabels")
4898     protected Boolean centreColumnLabels;
4899
4900     @XmlAttribute(name = "showGroupConservation")
4901     protected Boolean showGroupConservation;
4902
4903     @XmlAttribute(name = "showGroupConsensus")
4904     protected Boolean showGroupConsensus;
4905
4906     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
4907     protected Boolean showConsensusHistogram;
4908
4909     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
4910     protected Boolean showSequenceLogo;
4911
4912     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
4913     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
4914
4915     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
4916     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
4917
4918     @XmlAttribute(name = "startRes")
4919     protected Integer startRes;
4920
4921     @XmlAttribute(name = "startSeq")
4922     protected Integer startSeq;
4923
4924     @XmlAttribute(name = "fontName")
4925     protected String fontName;
4926
4927     @XmlAttribute(name = "fontSize")
4928     protected Integer fontSize;
4929
4930     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
4931     protected Integer fontStyle;
4932
4933     @XmlAttribute(name = "scaleProteinAsCdna")
4934     protected Boolean scaleProteinAsCdna;
4935
4936     @XmlAttribute(name = "viewName")
4937     protected String viewName;
4938
4939     @XmlAttribute(name = "sequenceSetId")
4940     protected String sequenceSetId;
4941
4942     @XmlAttribute(name = "gatheredViews")
4943     protected Boolean gatheredViews;
4944
4945     @XmlAttribute(name = "textCol1")
4946     protected Integer textCol1;
4947
4948     @XmlAttribute(name = "textCol2")
4949     protected Integer textCol2;
4950
4951     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
4952     protected Integer textColThreshold;
4953
4954     @XmlAttribute(name = "id")
4955     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
4956     @XmlID
4957     @XmlSchemaType(name = "ID")
4958     protected String id;
4959
4960     @XmlAttribute(name = "complementId")
4961     protected String complementId;
4962
4963     @XmlAttribute(name = "showComplementFeatures")
4964     protected Boolean showComplementFeatures;
4965
4966     @XmlAttribute(name = "showComplementFeaturesOnTop")
4967     protected Boolean showComplementFeaturesOnTop;
4968
4969     @XmlAttribute(name = "width")
4970     protected Integer width;
4971
4972     @XmlAttribute(name = "height")
4973     protected Integer height;
4974
4975     @XmlAttribute(name = "xpos")
4976     protected Integer xpos;
4977
4978     @XmlAttribute(name = "ypos")
4979     protected Integer ypos;
4980
4981     /**
4982      * Gets the value of the annotationColours property.
4983      * 
4984      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
4985      * 
4986      */
4987     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
4988     {
4989       return annotationColours;
4990     }
4991
4992     /**
4993      * Sets the value of the annotationColours property.
4994      * 
4995      * @param value
4996      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
4997      * 
4998      */
4999     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
5000     {
5001       this.annotationColours = value;
5002     }
5003
5004     /**
5005      * Gets the value of the hiddenColumns property.
5006      * 
5007      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
5008      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
5009      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
5010      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the hiddenColumns property.
5011      * 
5012      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
5013      * getHiddenColumns().add(newItem); &lt;/pre&gt;
5014      * 
5015      * 
5016      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
5017      * {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
5018      * 
5019      * 
5020      */
5021     public List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> getHiddenColumns()
5022     {
5023       if (hiddenColumns == null)
5024       {
5025         hiddenColumns = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns>();
5026       }
5027       return this.hiddenColumns;
5028     }
5029
5030     /**
5031      * Gets the value of the calcIdParam property.
5032      * 
5033      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
5034      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
5035      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
5036      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the calcIdParam property.
5037      * 
5038      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
5039      * getCalcIdParam().add(newItem); &lt;/pre&gt;
5040      * 
5041      * 
5042      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
5043      * {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
5044      * 
5045      * 
5046      */
5047     public List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> getCalcIdParam()
5048     {
5049       if (calcIdParam == null)
5050       {
5051         calcIdParam = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam>();
5052       }
5053       return this.calcIdParam;
5054     }
5055
5056     /**
5057      * Gets the value of the conservationSelected property.
5058      * 
5059      * @return possible object is {@link Boolean }
5060      * 
5061      */
5062     public Boolean isConservationSelected()
5063     {
5064       return conservationSelected;
5065     }
5066
5067     /**
5068      * Sets the value of the conservationSelected property.
5069      * 
5070      * @param value
5071      *          allowed object is {@link Boolean }
5072      * 
5073      */
5074     public void setConservationSelected(Boolean value)
5075     {
5076       this.conservationSelected = value;
5077     }
5078
5079     /**
5080      * Gets the value of the pidSelected property.
5081      * 
5082      * @return possible object is {@link Boolean }
5083      * 
5084      */
5085     public Boolean isPidSelected()
5086     {
5087       return pidSelected;
5088     }
5089
5090     /**
5091      * Sets the value of the pidSelected property.
5092      * 
5093      * @param value
5094      *          allowed object is {@link Boolean }
5095      * 
5096      */
5097     public void setPidSelected(Boolean value)
5098     {
5099       this.pidSelected = value;
5100     }
5101
5102     /**
5103      * Gets the value of the bgColour property.
5104      * 
5105      * @return possible object is {@link String }
5106      * 
5107      */
5108     public String getBgColour()
5109     {
5110       return bgColour;
5111     }
5112
5113     /**
5114      * Sets the value of the bgColour property.
5115      * 
5116      * @param value
5117      *          allowed object is {@link String }
5118      * 
5119      */
5120     public void setBgColour(String value)
5121     {
5122       this.bgColour = value;
5123     }
5124
5125     /**
5126      * Gets the value of the consThreshold property.
5127      * 
5128      * @return possible object is {@link Integer }
5129      * 
5130      */
5131     public Integer getConsThreshold()
5132     {
5133       return consThreshold;
5134     }
5135
5136     /**
5137      * Sets the value of the consThreshold property.
5138      * 
5139      * @param value
5140      *          allowed object is {@link Integer }
5141      * 
5142      */
5143     public void setConsThreshold(Integer value)
5144     {
5145       this.consThreshold = value;
5146     }
5147
5148     /**
5149      * Gets the value of the pidThreshold property.
5150      * 
5151      * @return possible object is {@link Integer }
5152      * 
5153      */
5154     public Integer getPidThreshold()
5155     {
5156       return pidThreshold;
5157     }
5158
5159     /**
5160      * Sets the value of the pidThreshold property.
5161      * 
5162      * @param value
5163      *          allowed object is {@link Integer }
5164      * 
5165      */
5166     public void setPidThreshold(Integer value)
5167     {
5168       this.pidThreshold = value;
5169     }
5170
5171     /**
5172      * Gets the value of the title property.
5173      * 
5174      * @return possible object is {@link String }
5175      * 
5176      */
5177     public String getTitle()
5178     {
5179       return title;
5180     }
5181
5182     /**
5183      * Sets the value of the title property.
5184      * 
5185      * @param value
5186      *          allowed object is {@link String }
5187      * 
5188      */
5189     public void setTitle(String value)
5190     {
5191       this.title = value;
5192     }
5193
5194     /**
5195      * Gets the value of the showFullId property.
5196      * 
5197      * @return possible object is {@link Boolean }
5198      * 
5199      */
5200     public Boolean isShowFullId()
5201     {
5202       return showFullId;
5203     }
5204
5205     /**
5206      * Sets the value of the showFullId property.
5207      * 
5208      * @param value
5209      *          allowed object is {@link Boolean }
5210      * 
5211      */
5212     public void setShowFullId(Boolean value)
5213     {
5214       this.showFullId = value;
5215     }
5216
5217     /**
5218      * Gets the value of the rightAlignIds property.
5219      * 
5220      * @return possible object is {@link Boolean }
5221      * 
5222      */
5223     public Boolean isRightAlignIds()
5224     {
5225       return rightAlignIds;
5226     }
5227
5228     /**
5229      * Sets the value of the rightAlignIds property.
5230      * 
5231      * @param value
5232      *          allowed object is {@link Boolean }
5233      * 
5234      */
5235     public void setRightAlignIds(Boolean value)
5236     {
5237       this.rightAlignIds = value;
5238     }
5239
5240     /**
5241      * Gets the value of the showText property.
5242      * 
5243      * @return possible object is {@link Boolean }
5244      * 
5245      */
5246     public Boolean isShowText()
5247     {
5248       return showText;
5249     }
5250
5251     /**
5252      * Sets the value of the showText property.
5253      * 
5254      * @param value
5255      *          allowed object is {@link Boolean }
5256      * 
5257      */
5258     public void setShowText(Boolean value)
5259     {
5260       this.showText = value;
5261     }
5262
5263     /**
5264      * Gets the value of the showColourText property.
5265      * 
5266      * @return possible object is {@link Boolean }
5267      * 
5268      */
5269     public Boolean isShowColourText()
5270     {
5271       return showColourText;
5272     }
5273
5274     /**
5275      * Sets the value of the showColourText property.
5276      * 
5277      * @param value
5278      *          allowed object is {@link Boolean }
5279      * 
5280      */
5281     public void setShowColourText(Boolean value)
5282     {
5283       this.showColourText = value;
5284     }
5285
5286     /**
5287      * Gets the value of the showUnconserved property.
5288      * 
5289      * @return possible object is {@link Boolean }
5290      * 
5291      */
5292     public boolean isShowUnconserved()
5293     {
5294       if (showUnconserved == null)
5295       {
5296         return false;
5297       }
5298       else
5299       {
5300         return showUnconserved;
5301       }
5302     }
5303
5304     /**
5305      * Sets the value of the showUnconserved property.
5306      * 
5307      * @param value
5308      *          allowed object is {@link Boolean }
5309      * 
5310      */
5311     public void setShowUnconserved(Boolean value)
5312     {
5313       this.showUnconserved = value;
5314     }
5315
5316     /**
5317      * Gets the value of the showBoxes property.
5318      * 
5319      * @return possible object is {@link Boolean }
5320      * 
5321      */
5322     public Boolean isShowBoxes()
5323     {
5324       return showBoxes;
5325     }
5326
5327     /**
5328      * Sets the value of the showBoxes property.
5329      * 
5330      * @param value
5331      *          allowed object is {@link Boolean }
5332      * 
5333      */
5334     public void setShowBoxes(Boolean value)
5335     {
5336       this.showBoxes = value;
5337     }
5338
5339     /**
5340      * Gets the value of the wrapAlignment property.
5341      * 
5342      * @return possible object is {@link Boolean }
5343      * 
5344      */
5345     public Boolean isWrapAlignment()
5346     {
5347       return wrapAlignment;
5348     }
5349
5350     /**
5351      * Sets the value of the wrapAlignment property.
5352      * 
5353      * @param value
5354      *          allowed object is {@link Boolean }
5355      * 
5356      */
5357     public void setWrapAlignment(Boolean value)
5358     {
5359       this.wrapAlignment = value;
5360     }
5361
5362     /**
5363      * Gets the value of the renderGaps property.
5364      * 
5365      * @return possible object is {@link Boolean }
5366      * 
5367      */
5368     public Boolean isRenderGaps()
5369     {
5370       return renderGaps;
5371     }
5372
5373     /**
5374      * Sets the value of the renderGaps property.
5375      * 
5376      * @param value
5377      *          allowed object is {@link Boolean }
5378      * 
5379      */
5380     public void setRenderGaps(Boolean value)
5381     {
5382       this.renderGaps = value;
5383     }
5384
5385     /**
5386      * Gets the value of the showSequenceFeatures property.
5387      * 
5388      * @return possible object is {@link Boolean }
5389      * 
5390      */
5391     public Boolean isShowSequenceFeatures()
5392     {
5393       return showSequenceFeatures;
5394     }
5395
5396     /**
5397      * Sets the value of the showSequenceFeatures property.
5398      * 
5399      * @param value
5400      *          allowed object is {@link Boolean }
5401      * 
5402      */
5403     public void setShowSequenceFeatures(Boolean value)
5404     {
5405       this.showSequenceFeatures = value;
5406     }
5407
5408     /**
5409      * Gets the value of the showNPfeatureTooltip property.
5410      * 
5411      * @return possible object is {@link Boolean }
5412      * 
5413      */
5414     public Boolean isShowNPfeatureTooltip()
5415     {
5416       return showNPfeatureTooltip;
5417     }
5418
5419     /**
5420      * Sets the value of the showNPfeatureTooltip property.
5421      * 
5422      * @param value
5423      *          allowed object is {@link Boolean }
5424      * 
5425      */
5426     public void setShowNPfeatureTooltip(Boolean value)
5427     {
5428       this.showNPfeatureTooltip = value;
5429     }
5430
5431     /**
5432      * Gets the value of the showDbRefTooltip property.
5433      * 
5434      * @return possible object is {@link Boolean }
5435      * 
5436      */
5437     public Boolean isShowDbRefTooltip()
5438     {
5439       return showDbRefTooltip;
5440     }
5441
5442     /**
5443      * Sets the value of the showDbRefTooltip property.
5444      * 
5445      * @param value
5446      *          allowed object is {@link Boolean }
5447      * 
5448      */
5449     public void setShowDbRefTooltip(Boolean value)
5450     {
5451       this.showDbRefTooltip = value;
5452     }
5453
5454     /**
5455      * Gets the value of the followHighlight property.
5456      * 
5457      * @return possible object is {@link Boolean }
5458      * 
5459      */
5460     public boolean isFollowHighlight()
5461     {
5462       if (followHighlight == null)
5463       {
5464         return true;
5465       }
5466       else
5467       {
5468         return followHighlight;
5469       }
5470     }
5471
5472     /**
5473      * Sets the value of the followHighlight property.
5474      * 
5475      * @param value
5476      *          allowed object is {@link Boolean }
5477      * 
5478      */
5479     public void setFollowHighlight(Boolean value)
5480     {
5481       this.followHighlight = value;
5482     }
5483
5484     /**
5485      * Gets the value of the followSelection property.
5486      * 
5487      * @return possible object is {@link Boolean }
5488      * 
5489      */
5490     public boolean isFollowSelection()
5491     {
5492       if (followSelection == null)
5493       {
5494         return true;
5495       }
5496       else
5497       {
5498         return followSelection;
5499       }
5500     }
5501
5502     /**
5503      * Sets the value of the followSelection property.
5504      * 
5505      * @param value
5506      *          allowed object is {@link Boolean }
5507      * 
5508      */
5509     public void setFollowSelection(Boolean value)
5510     {
5511       this.followSelection = value;
5512     }
5513
5514     /**
5515      * Gets the value of the showAnnotation property.
5516      * 
5517      * @return possible object is {@link Boolean }
5518      * 
5519      */
5520     public Boolean isShowAnnotation()
5521     {
5522       return showAnnotation;
5523     }
5524
5525     /**
5526      * Sets the value of the showAnnotation property.
5527      * 
5528      * @param value
5529      *          allowed object is {@link Boolean }
5530      * 
5531      */
5532     public void setShowAnnotation(Boolean value)
5533     {
5534       this.showAnnotation = value;
5535     }
5536
5537     /**
5538      * Gets the value of the centreColumnLabels property.
5539      * 
5540      * @return possible object is {@link Boolean }
5541      * 
5542      */
5543     public boolean isCentreColumnLabels()
5544     {
5545       if (centreColumnLabels == null)
5546       {
5547         return false;
5548       }
5549       else
5550       {
5551         return centreColumnLabels;
5552       }
5553     }
5554
5555     /**
5556      * Sets the value of the centreColumnLabels property.
5557      * 
5558      * @param value
5559      *          allowed object is {@link Boolean }
5560      * 
5561      */
5562     public void setCentreColumnLabels(Boolean value)
5563     {
5564       this.centreColumnLabels = value;
5565     }
5566
5567     /**
5568      * Gets the value of the showGroupConservation property.
5569      * 
5570      * @return possible object is {@link Boolean }
5571      * 
5572      */
5573     public boolean isShowGroupConservation()
5574     {
5575       if (showGroupConservation == null)
5576       {
5577         return false;
5578       }
5579       else
5580       {
5581         return showGroupConservation;
5582       }
5583     }
5584
5585     /**
5586      * Sets the value of the showGroupConservation property.
5587      * 
5588      * @param value
5589      *          allowed object is {@link Boolean }
5590      * 
5591      */
5592     public void setShowGroupConservation(Boolean value)
5593     {
5594       this.showGroupConservation = value;
5595     }
5596
5597     /**
5598      * Gets the value of the showGroupConsensus property.
5599      * 
5600      * @return possible object is {@link Boolean }
5601      * 
5602      */
5603     public boolean isShowGroupConsensus()
5604     {
5605       if (showGroupConsensus == null)
5606       {
5607         return false;
5608       }
5609       else
5610       {
5611         return showGroupConsensus;
5612       }
5613     }
5614
5615     /**
5616      * Sets the value of the showGroupConsensus property.
5617      * 
5618      * @param value
5619      *          allowed object is {@link Boolean }
5620      * 
5621      */
5622     public void setShowGroupConsensus(Boolean value)
5623     {
5624       this.showGroupConsensus = value;
5625     }
5626
5627     /**
5628      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
5629      * 
5630      * @return possible object is {@link Boolean }
5631      * 
5632      */
5633     public boolean isShowConsensusHistogram()
5634     {
5635       if (showConsensusHistogram == null)
5636       {
5637         return true;
5638       }
5639       else
5640       {
5641         return showConsensusHistogram;
5642       }
5643     }
5644
5645     /**
5646      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
5647      * 
5648      * @param value
5649      *          allowed object is {@link Boolean }
5650      * 
5651      */
5652     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
5653     {
5654       this.showConsensusHistogram = value;
5655     }
5656
5657     /**
5658      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
5659      * 
5660      * @return possible object is {@link Boolean }
5661      * 
5662      */
5663     public boolean isShowSequenceLogo()
5664     {
5665       if (showSequenceLogo == null)
5666       {
5667         return false;
5668       }
5669       else
5670       {
5671         return showSequenceLogo;
5672       }
5673     }
5674
5675     /**
5676      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
5677      * 
5678      * @param value
5679      *          allowed object is {@link Boolean }
5680      * 
5681      */
5682     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
5683     {
5684       this.showSequenceLogo = value;
5685     }
5686
5687     /**
5688      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
5689      * 
5690      * @return possible object is {@link Boolean }
5691      * 
5692      */
5693     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
5694     {
5695       if (normaliseSequenceLogo == null)
5696       {
5697         return false;
5698       }
5699       else
5700       {
5701         return normaliseSequenceLogo;
5702       }
5703     }
5704
5705     /**
5706      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
5707      * 
5708      * @param value
5709      *          allowed object is {@link Boolean }
5710      * 
5711      */
5712     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
5713     {
5714       this.normaliseSequenceLogo = value;
5715     }
5716
5717     /**
5718      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
5719      * 
5720      * @return possible object is {@link Boolean }
5721      * 
5722      */
5723     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
5724     {
5725       if (ignoreGapsinConsensus == null)
5726       {
5727         return true;
5728       }
5729       else
5730       {
5731         return ignoreGapsinConsensus;
5732       }
5733     }
5734
5735     /**
5736      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
5737      * 
5738      * @param value
5739      *          allowed object is {@link Boolean }
5740      * 
5741      */
5742     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
5743     {
5744       this.ignoreGapsinConsensus = value;
5745     }
5746
5747     /**
5748      * Gets the value of the startRes property.
5749      * 
5750      * @return possible object is {@link Integer }
5751      * 
5752      */
5753     public Integer getStartRes()
5754     {
5755       return startRes;
5756     }
5757
5758     /**
5759      * Sets the value of the startRes property.
5760      * 
5761      * @param value
5762      *          allowed object is {@link Integer }
5763      * 
5764      */
5765     public void setStartRes(Integer value)
5766     {
5767       this.startRes = value;
5768     }
5769
5770     /**
5771      * Gets the value of the startSeq property.
5772      * 
5773      * @return possible object is {@link Integer }
5774      * 
5775      */
5776     public Integer getStartSeq()
5777     {
5778       return startSeq;
5779     }
5780
5781     /**
5782      * Sets the value of the startSeq property.
5783      * 
5784      * @param value
5785      *          allowed object is {@link Integer }
5786      * 
5787      */
5788     public void setStartSeq(Integer value)
5789     {
5790       this.startSeq = value;
5791     }
5792
5793     /**
5794      * Gets the value of the fontName property.
5795      * 
5796      * @return possible object is {@link String }
5797      * 
5798      */
5799     public String getFontName()
5800     {
5801       return fontName;
5802     }
5803
5804     /**
5805      * Sets the value of the fontName property.
5806      * 
5807      * @param value
5808      *          allowed object is {@link String }
5809      * 
5810      */
5811     public void setFontName(String value)
5812     {
5813       this.fontName = value;
5814     }
5815
5816     /**
5817      * Gets the value of the fontSize property.
5818      * 
5819      * @return possible object is {@link Integer }
5820      * 
5821      */
5822     public Integer getFontSize()
5823     {
5824       return fontSize;
5825     }
5826
5827     /**
5828      * Sets the value of the fontSize property.
5829      * 
5830      * @param value
5831      *          allowed object is {@link Integer }
5832      * 
5833      */
5834     public void setFontSize(Integer value)
5835     {
5836       this.fontSize = value;
5837     }
5838
5839     /**
5840      * Gets the value of the fontStyle property.
5841      * 
5842      * @return possible object is {@link Integer }
5843      * 
5844      */
5845     public Integer getFontStyle()
5846     {
5847       return fontStyle;
5848     }
5849
5850     /**
5851      * Sets the value of the fontStyle property.
5852      * 
5853      * @param value
5854      *          allowed object is {@link Integer }
5855      * 
5856      */
5857     public void setFontStyle(Integer value)
5858     {
5859       this.fontStyle = value;
5860     }
5861
5862     /**
5863      * Gets the value of the scaleProteinAsCdna property.
5864      * 
5865      * @return possible object is {@link Boolean }
5866      * 
5867      */
5868     public boolean isScaleProteinAsCdna()
5869     {
5870       if (scaleProteinAsCdna == null)
5871       {
5872         return true;
5873       }
5874       else
5875       {
5876         return scaleProteinAsCdna;
5877       }
5878     }
5879
5880     /**
5881      * Sets the value of the scaleProteinAsCdna property.
5882      * 
5883      * @param value
5884      *          allowed object is {@link Boolean }
5885      * 
5886      */
5887     public void setScaleProteinAsCdna(Boolean value)
5888     {
5889       this.scaleProteinAsCdna = value;
5890     }
5891
5892     /**
5893      * Gets the value of the viewName property.
5894      * 
5895      * @return possible object is {@link String }
5896      * 
5897      */
5898     public String getViewName()
5899     {
5900       return viewName;
5901     }
5902
5903     /**
5904      * Sets the value of the viewName property.
5905      * 
5906      * @param value
5907      *          allowed object is {@link String }
5908      * 
5909      */
5910     public void setViewName(String value)
5911     {
5912       this.viewName = value;
5913     }
5914
5915     /**
5916      * Gets the value of the sequenceSetId property.
5917      * 
5918      * @return possible object is {@link String }
5919      * 
5920      */
5921     public String getSequenceSetId()
5922     {
5923       return sequenceSetId;
5924     }
5925
5926     /**
5927      * Sets the value of the sequenceSetId property.
5928      * 
5929      * @param value
5930      *          allowed object is {@link String }
5931      * 
5932      */
5933     public void setSequenceSetId(String value)
5934     {
5935       this.sequenceSetId = value;
5936     }
5937
5938     /**
5939      * Gets the value of the gatheredViews property.
5940      * 
5941      * @return possible object is {@link Boolean }
5942      * 
5943      */
5944     public Boolean isGatheredViews()
5945     {
5946       return gatheredViews;
5947     }
5948
5949     /**
5950      * Sets the value of the gatheredViews property.
5951      * 
5952      * @param value
5953      *          allowed object is {@link Boolean }
5954      * 
5955      */
5956     public void setGatheredViews(Boolean value)
5957     {
5958       this.gatheredViews = value;
5959     }
5960
5961     /**
5962      * Gets the value of the textCol1 property.
5963      * 
5964      * @return possible object is {@link Integer }
5965      * 
5966      */
5967     public Integer getTextCol1()
5968     {
5969       return textCol1;
5970     }
5971
5972     /**
5973      * Sets the value of the textCol1 property.
5974      * 
5975      * @param value
5976      *          allowed object is {@link Integer }
5977      * 
5978      */
5979     public void setTextCol1(Integer value)
5980     {
5981       this.textCol1 = value;
5982     }
5983
5984     /**
5985      * Gets the value of the textCol2 property.
5986      * 
5987      * @return possible object is {@link Integer }
5988      * 
5989      */
5990     public Integer getTextCol2()
5991     {
5992       return textCol2;
5993     }
5994
5995     /**
5996      * Sets the value of the textCol2 property.
5997      * 
5998      * @param value
5999      *          allowed object is {@link Integer }
6000      * 
6001      */
6002     public void setTextCol2(Integer value)
6003     {
6004       this.textCol2 = value;
6005     }
6006
6007     /**
6008      * Gets the value of the textColThreshold property.
6009      * 
6010      * @return possible object is {@link Integer }
6011      * 
6012      */
6013     public Integer getTextColThreshold()
6014     {
6015       return textColThreshold;
6016     }
6017
6018     /**
6019      * Sets the value of the textColThreshold property.
6020      * 
6021      * @param value
6022      *          allowed object is {@link Integer }
6023      * 
6024      */
6025     public void setTextColThreshold(Integer value)
6026     {
6027       this.textColThreshold = value;
6028     }
6029
6030     /**
6031      * Gets the value of the id property.
6032      * 
6033      * @return possible object is {@link String }
6034      * 
6035      */
6036     public String getId()
6037     {
6038       return id;
6039     }
6040
6041     /**
6042      * Sets the value of the id property.
6043      * 
6044      * @param value
6045      *          allowed object is {@link String }
6046      * 
6047      */
6048     public void setId(String value)
6049     {
6050       this.id = value;
6051     }
6052
6053     /**
6054      * Gets the value of the complementId property.
6055      * 
6056      * @return possible object is {@link String }
6057      * 
6058      */
6059     public String getComplementId()
6060     {
6061       return complementId;
6062     }
6063
6064     /**
6065      * Sets the value of the complementId property.
6066      * 
6067      * @param value
6068      *          allowed object is {@link String }
6069      * 
6070      */
6071     public void setComplementId(String value)
6072     {
6073       this.complementId = value;
6074     }
6075
6076     /**
6077      * Gets the value of the showComplementFeatures property.
6078      * 
6079      * @return possible object is {@link Boolean }
6080      * 
6081      */
6082     public boolean isShowComplementFeatures()
6083     {
6084       if (showComplementFeatures == null)
6085       {
6086         return false;
6087       }
6088       else
6089       {
6090         return showComplementFeatures;
6091       }
6092     }
6093
6094     /**
6095      * Sets the value of the showComplementFeatures property.
6096      * 
6097      * @param value
6098      *          allowed object is {@link Boolean }
6099      * 
6100      */
6101     public void setShowComplementFeatures(Boolean value)
6102     {
6103       this.showComplementFeatures = value;
6104     }
6105
6106     /**
6107      * Gets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
6108      * 
6109      * @return possible object is {@link Boolean }
6110      * 
6111      */
6112     public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
6113     {
6114       if (showComplementFeaturesOnTop == null)
6115       {
6116         return false;
6117       }
6118       else
6119       {
6120         return showComplementFeaturesOnTop;
6121       }
6122     }
6123
6124     /**
6125      * Sets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
6126      * 
6127      * @param value
6128      *          allowed object is {@link Boolean }
6129      * 
6130      */
6131     public void setShowComplementFeaturesOnTop(Boolean value)
6132     {
6133       this.showComplementFeaturesOnTop = value;
6134     }
6135
6136     /**
6137      * Gets the value of the width property.
6138      * 
6139      * @return possible object is {@link Integer }
6140      * 
6141      */
6142     public Integer getWidth()
6143     {
6144       return width;
6145     }
6146
6147     /**
6148      * Sets the value of the width property.
6149      * 
6150      * @param value
6151      *          allowed object is {@link Integer }
6152      * 
6153      */
6154     public void setWidth(Integer value)
6155     {
6156       this.width = value;
6157     }
6158
6159     /**
6160      * Gets the value of the height property.
6161      * 
6162      * @return possible object is {@link Integer }
6163      * 
6164      */
6165     public Integer getHeight()
6166     {
6167       return height;
6168     }
6169
6170     /**
6171      * Sets the value of the height property.
6172      * 
6173      * @param value
6174      *          allowed object is {@link Integer }
6175      * 
6176      */
6177     public void setHeight(Integer value)
6178     {
6179       this.height = value;
6180     }
6181
6182     /**
6183      * Gets the value of the xpos property.
6184      * 
6185      * @return possible object is {@link Integer }
6186      * 
6187      */
6188     public Integer getXpos()
6189     {
6190       return xpos;
6191     }
6192
6193     /**
6194      * Sets the value of the xpos property.
6195      * 
6196      * @param value
6197      *          allowed object is {@link Integer }
6198      * 
6199      */
6200     public void setXpos(Integer value)
6201     {
6202       this.xpos = value;
6203     }
6204
6205     /**
6206      * Gets the value of the ypos property.
6207      * 
6208      * @return possible object is {@link Integer }
6209      * 
6210      */
6211     public Integer getYpos()
6212     {
6213       return ypos;
6214     }
6215
6216     /**
6217      * Sets the value of the ypos property.
6218      * 
6219      * @param value
6220      *          allowed object is {@link Integer }
6221      * 
6222      */
6223     public void setYpos(Integer value)
6224     {
6225       this.ypos = value;
6226     }
6227
6228     /**
6229      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
6230      * 
6231      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
6232      * contained within this class.
6233      * 
6234      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
6235      * &amp;lt;extension
6236      * base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet"&amp;gt;
6237      * &amp;lt;attribute name="calcId" use="required"
6238      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
6239      * &amp;lt;attribute name="needsUpdate"
6240      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
6241      * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoUpdate" use="required"
6242      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
6243      * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
6244      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
6245      * 
6246      * 
6247      */
6248     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6249     @XmlType(name = "")
6250     public static class CalcIdParam extends WebServiceParameterSet
6251     {
6252
6253       @XmlAttribute(name = "calcId", required = true)
6254       protected String calcId;
6255
6256       @XmlAttribute(name = "needsUpdate")
6257       protected Boolean needsUpdate;
6258
6259       @XmlAttribute(name = "autoUpdate", required = true)
6260       protected boolean autoUpdate;
6261
6262       /**
6263        * Gets the value of the calcId property.
6264        * 
6265        * @return possible object is {@link String }
6266        * 
6267        */
6268       public String getCalcId()
6269       {
6270         return calcId;
6271       }
6272
6273       /**
6274        * Sets the value of the calcId property.
6275        * 
6276        * @param value
6277        *          allowed object is {@link String }
6278        * 
6279        */
6280       public void setCalcId(String value)
6281       {
6282         this.calcId = value;
6283       }
6284
6285       /**
6286        * Gets the value of the needsUpdate property.
6287        * 
6288        * @return possible object is {@link Boolean }
6289        * 
6290        */
6291       public boolean isNeedsUpdate()
6292       {
6293         if (needsUpdate == null)
6294         {
6295           return false;
6296         }
6297         else
6298         {
6299           return needsUpdate;
6300         }
6301       }
6302
6303       /**
6304        * Sets the value of the needsUpdate property.
6305        * 
6306        * @param value
6307        *          allowed object is {@link Boolean }
6308        * 
6309        */
6310       public void setNeedsUpdate(Boolean value)
6311       {
6312         this.needsUpdate = value;
6313       }
6314
6315       /**
6316        * Gets the value of the autoUpdate property.
6317        * 
6318        */
6319       public boolean isAutoUpdate()
6320       {
6321         return autoUpdate;
6322       }
6323
6324       /**
6325        * Sets the value of the autoUpdate property.
6326        * 
6327        */
6328       public void setAutoUpdate(boolean value)
6329       {
6330         this.autoUpdate = value;
6331       }
6332
6333     }
6334
6335     /**
6336      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
6337      * 
6338      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
6339      * contained within this class.
6340      * 
6341      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
6342      * &amp;lt;restriction
6343      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
6344      * &amp;lt;attribute name="start"
6345      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
6346      * name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
6347      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
6348      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
6349      * 
6350      * 
6351      */
6352     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6353     @XmlType(name = "")
6354     public static class HiddenColumns
6355     {
6356
6357       @XmlAttribute(name = "start")
6358       protected Integer start;
6359
6360       @XmlAttribute(name = "end")
6361       protected Integer end;
6362
6363       /**
6364        * Gets the value of the start property.
6365        * 
6366        * @return possible object is {@link Integer }
6367        * 
6368        */
6369       public Integer getStart()
6370       {
6371         return start;
6372       }
6373
6374       /**
6375        * Sets the value of the start property.
6376        * 
6377        * @param value
6378        *          allowed object is {@link Integer }
6379        * 
6380        */
6381       public void setStart(Integer value)
6382       {
6383         this.start = value;
6384       }
6385
6386       /**
6387        * Gets the value of the end property.
6388        * 
6389        * @return possible object is {@link Integer }
6390        * 
6391        */
6392       public Integer getEnd()
6393       {
6394         return end;
6395       }
6396
6397       /**
6398        * Sets the value of the end property.
6399        * 
6400        * @param value
6401        *          allowed object is {@link Integer }
6402        * 
6403        */
6404       public void setEnd(Integer value)
6405       {
6406         this.end = value;
6407       }
6408
6409     }
6410
6411   }
6412
6413 }