src/jalview/xml/binding/jalview/JalviewModelType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlID;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  20 import javax.xml.bind.annotation.adapters.CollapsedStringAdapter;
  21 import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlJavaTypeAdapter;
  22 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  23
  24 /**
  25  * <p>
  26  * Java class for JalviewModelType complex type.
  27  *
  28  * <p>
  29  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  30  * this class.
  31  *
  32  * <pre>
  33  * &lt;complexType name="JalviewModelType">
  34  *   &lt;complexContent>
  35  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  36  *       &lt;sequence>
  37  *         &lt;element name="creationDate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}dateTime"/>
  38  *         &lt;element name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  39  *         &lt;element name="vamsasModel" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}VAMSAS"/>
  40  *         &lt;sequence>
  41  *           &lt;element name="JSeq" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  42  *             &lt;complexType>
  43  *               &lt;complexContent>
  44  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  45  *                   &lt;sequence>
  46  *                     &lt;element name="features" type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  47  *                     &lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  48  *                       &lt;complexType>
  49  *                         &lt;complexContent>
  50  *                           &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
  51  *                             &lt;sequence>
  52  *                               &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  53  *                                 &lt;complexType>
  54  *                                   &lt;simpleContent>
  55  *                                     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  56  *                                       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
  57  *                                       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  58  *                                       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  59  *                                       &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  60  *                                       &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  61  *                                       &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  62  *                                       &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  63  *                                     &lt;/extension>
  64  *                                   &lt;/simpleContent>
  65  *                                 &lt;/complexType>
  66  *                               &lt;/element>
  67  *                             &lt;/sequence>
  68  *                           &lt;/extension>
  69  *                         &lt;/complexContent>
  70  *                       &lt;/complexType>
  71  *                     &lt;/element>
  72  *                     &lt;element name="hiddenSequences" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  73  *                     &lt;element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  74  *                       &lt;complexType>
  75  *                         &lt;complexContent>
  76  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  77  *                             &lt;sequence>
  78  *                               &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
  79  *                                 &lt;complexType>
  80  *                                   &lt;complexContent>
  81  *                                     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  82  *                                       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  83  *                                       &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  84  *                                       &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  85  *                                       &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  86  *                                     &lt;/restriction>
  87  *                                   &lt;/complexContent>
  88  *                                 &lt;/complexType>
  89  *                               &lt;/element>
  90  *                             &lt;/sequence>
  91  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
  92  *                             &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  93  *                             &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  94  *                             &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  95  *                             &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  96  *                           &lt;/restriction>
  97  *                         &lt;/complexContent>
  98  *                       &lt;/complexType>
  99  *                     &lt;/element>
 100  *                   &lt;/sequence>
 101  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 102  *                   &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 103  *                   &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 104  *                   &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 105  *                   &lt;attribute name="hidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 106  *                   &lt;attribute name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 107  *                 &lt;/restriction>
 108  *               &lt;/complexContent>
 109  *             &lt;/complexType>
 110  *           &lt;/element>
 111  *           &lt;element name="JGroup" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 112  *             &lt;complexType>
 113  *               &lt;complexContent>
 114  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 115  *                   &lt;sequence>
 116  *                     &lt;element name="seq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
 117  *                     &lt;element name="annotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
 118  *                   &lt;/sequence>
 119  *                   &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 120  *                   &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 121  *                   &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 122  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 123  *                   &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 124  *                   &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 125  *                   &lt;attribute name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 126  *                   &lt;attribute name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 127  *                   &lt;attribute name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 128  *                   &lt;attribute name="colourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 129  *                   &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 130  *                   &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 131  *                   &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 132  *                   &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 133  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 134  *                   &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 135  *                   &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 136  *                   &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 137  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 138  *                 &lt;/restriction>
 139  *               &lt;/complexContent>
 140  *             &lt;/complexType>
 141  *           &lt;/element>
 142  *           &lt;element name="Viewport" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 143  *             &lt;complexType>
 144  *               &lt;complexContent>
 145  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 146  *                   &lt;sequence>
 147  *                     &lt;element name="AnnotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
 148  *                     &lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 149  *                       &lt;complexType>
 150  *                         &lt;complexContent>
 151  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 152  *                             &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 153  *                             &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 154  *                           &lt;/restriction>
 155  *                         &lt;/complexContent>
 156  *                       &lt;/complexType>
 157  *                     &lt;/element>
 158  *                     &lt;element name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 159  *                       &lt;complexType>
 160  *                         &lt;complexContent>
 161  *                           &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
 162  *                             &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 163  *                             &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 164  *                             &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 165  *                           &lt;/extension>
 166  *                         &lt;/complexContent>
 167  *                       &lt;/complexType>
 168  *                     &lt;/element>
 169  *                   &lt;/sequence>
 170  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 171  *                   &lt;attribute name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 172  *                   &lt;attribute name="pidSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 173  *                   &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 174  *                   &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 175  *                   &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 176  *                   &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 177  *                   &lt;attribute name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 178  *                   &lt;attribute name="rightAlignIds" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 179  *                   &lt;attribute name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 180  *                   &lt;attribute name="showColourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
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 182  *                   &lt;attribute name="showBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 183  *                   &lt;attribute name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
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 189  *                   &lt;attribute name="followSelection" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 190  *                   &lt;attribute name="showAnnotation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 191  *                   &lt;attribute name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
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 193  *                   &lt;attribute name="showGroupConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 194  *                   &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 195  *                   &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 196  *                   &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 197  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 198  *                   &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 199  *                   &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 200  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 201  *                   &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 202  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 203  *                   &lt;attribute name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 204  *                   &lt;attribute name="viewName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 205  *                   &lt;attribute name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 206  *                   &lt;attribute name="gatheredViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
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 209  *                   &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 210  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
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 212  *                 &lt;/restriction>
 213  *               &lt;/complexContent>
 214  *             &lt;/complexType>
 215  *           &lt;/element>
 216  *           &lt;element name="UserColours" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 217  *             &lt;complexType>
 218  *               &lt;complexContent>
 219  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 220  *                   &lt;sequence>
 221  *                     &lt;element name="UserColourScheme" type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
 222  *                   &lt;/sequence>
 223  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 224  *                 &lt;/restriction>
 225  *               &lt;/complexContent>
 226  *             &lt;/complexType>
 227  *           &lt;/element>
 228  *           &lt;element name="tree" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 229  *             &lt;complexType>
 230  *               &lt;complexContent>
 231  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 232  *                   &lt;sequence minOccurs="0">
 233  *                     &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
 234  *                     &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
 235  *                   &lt;/sequence>
 236  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 237  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 238  *                   &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 239  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 240  *                   &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 241  *                   &lt;attribute name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 242  *                   &lt;attribute name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 243  *                   &lt;attribute name="markUnlinked" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 244  *                   &lt;attribute name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 245  *                   &lt;attribute name="currentTree" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 246  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
 247  *                 &lt;/restriction>
 248  *               &lt;/complexContent>
 249  *             &lt;/complexType>
 250  *           &lt;/element>
 251  *           &lt;element name="FeatureSettings" minOccurs="0">
 252  *             &lt;complexType>
 253  *               &lt;complexContent>
 254  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 255  *                   &lt;sequence>
 256  *                     &lt;element name="setting" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 257  *                       &lt;complexType>
 258  *                         &lt;complexContent>
 259  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 260  *                             &lt;sequence>
 261  *                               &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 262  *                               &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 263  *                             &lt;/sequence>
 264  *                             &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 265  *                             &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 266  *                             &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 267  *                             &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 268  *                             &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 269  *                             &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 270  *                             &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 271  *                             &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 272  *                             &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 273  *                             &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 274  *                             &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 275  *                             &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 276  *                           &lt;/restriction>
 277  *                         &lt;/complexContent>
 278  *                       &lt;/complexType>
 279  *                     &lt;/element>
 280  *                     &lt;element name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 281  *                       &lt;complexType>
 282  *                         &lt;complexContent>
 283  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 284  *                             &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 285  *                             &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 286  *                           &lt;/restriction>
 287  *                         &lt;/complexContent>
 288  *                       &lt;/complexType>
 289  *                     &lt;/element>
 290  *                   &lt;/sequence>
 291  *                 &lt;/restriction>
 292  *               &lt;/complexContent>
 293  *             &lt;/complexType>
 294  *           &lt;/element>
 295  *         &lt;/sequence>
 296  *       &lt;/sequence>
 297  *     &lt;/restriction>
 298  *   &lt;/complexContent>
 299  * &lt;/complexType>
 300  * </pre>
 301  *
 302  *
 303  */
 304 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 305 @XmlType(
 306   name = "JalviewModelType",
 307   namespace = "www.jalview.org",
 308   propOrder =
 309   { "creationDate", "version", "vamsasModel", "jSeq", "jGroup", "viewport",
 310       "userColours", "tree", "featureSettings" })
 311 public class JalviewModelType
 312 {
 313
 314   @XmlElement(required = true)
 315   @XmlSchemaType(name = "dateTime")
 316   protected XMLGregorianCalendar creationDate;
 317
 318   @XmlElement(required = true)
 319   protected String version;
 320
 321   @XmlElement(required = true)
 322   protected VAMSAS vamsasModel;
 323
 324   @XmlElement(name = "JSeq")
 325   protected List<JalviewModelType.JSeq> jSeq;
 326
 327   @XmlElement(name = "JGroup")
 328   protected List<JalviewModelType.JGroup> jGroup;
 329
 330   @XmlElement(name = "Viewport")
 331   protected List<JalviewModelType.Viewport> viewport;
 332
 333   @XmlElement(name = "UserColours")
 334   protected List<JalviewModelType.UserColours> userColours;
 335
 336   protected List<JalviewModelType.Tree> tree;
 337
 338   @XmlElement(name = "FeatureSettings")
 339   protected JalviewModelType.FeatureSettings featureSettings;
 340
 341   /**
 342    * Gets the value of the creationDate property.
 343    *
 344    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
 345    *
 346    */
 347   public XMLGregorianCalendar getCreationDate()
 348   {
 349     return creationDate;
 350   }
 351
 352   /**
 353    * Sets the value of the creationDate property.
 354    *
 355    * @param value
 356    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
 357    *
 358    */
 359   public void setCreationDate(XMLGregorianCalendar value)
 360   {
 361     this.creationDate = value;
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Gets the value of the version property.
 366    *
 367    * @return possible object is {@link String }
 368    *
 369    */
 370   public String getVersion()
 371   {
 372     return version;
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Sets the value of the version property.
 377    *
 378    * @param value
 379    *          allowed object is {@link String }
 380    *
 381    */
 382   public void setVersion(String value)
 383   {
 384     this.version = value;
 385   }
 386
 387   /**
 388    * Gets the value of the vamsasModel property.
 389    *
 390    * @return possible object is {@link VAMSAS }
 391    *
 392    */
 393   public VAMSAS getVamsasModel()
 394   {
 395     return vamsasModel;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Sets the value of the vamsasModel property.
 400    *
 401    * @param value
 402    *          allowed object is {@link VAMSAS }
 403    *
 404    */
 405   public void setVamsasModel(VAMSAS value)
 406   {
 407     this.vamsasModel = value;
 408   }
 409
 410   /**
 411    * Gets the value of the jSeq property.
 412    *
 413    * <p>
 414    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 415    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 416    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 417    * for the jSeq property.
 418    *
 419    * <p>
 420    * For example, to add a new item, do as follows:
 421    *
 422    * <pre>
 423    * getJSeq().add(newItem);
 424    * </pre>
 425    *
 426    *
 427    * <p>
 428    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 429    * {@link JalviewModelType.JSeq }
 430    *
 431    *
 432    */
 433   public List<JalviewModelType.JSeq> getJSeq()
 434   {
 435     if (jSeq == null)
 436     {
 437       jSeq = new ArrayList<JalviewModelType.JSeq>();
 438     }
 439     return this.jSeq;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Gets the value of the jGroup property.
 444    *
 445    * <p>
 446    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 447    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 448    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 449    * for the jGroup property.
 450    *
 451    * <p>
 452    * For example, to add a new item, do as follows:
 453    *
 454    * <pre>
 455    * getJGroup().add(newItem);
 456    * </pre>
 457    *
 458    *
 459    * <p>
 460    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 461    * {@link JalviewModelType.JGroup }
 462    *
 463    *
 464    */
 465   public List<JalviewModelType.JGroup> getJGroup()
 466   {
 467     if (jGroup == null)
 468     {
 469       jGroup = new ArrayList<JalviewModelType.JGroup>();
 470     }
 471     return this.jGroup;
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Gets the value of the viewport property.
 476    *
 477    * <p>
 478    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 479    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 480    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 481    * for the viewport property.
 482    *
 483    * <p>
 484    * For example, to add a new item, do as follows:
 485    *
 486    * <pre>
 487    * getViewport().add(newItem);
 488    * </pre>
 489    *
 490    *
 491    * <p>
 492    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 493    * {@link JalviewModelType.Viewport }
 494    *
 495    *
 496    */
 497   public List<JalviewModelType.Viewport> getViewport()
 498   {
 499     if (viewport == null)
 500     {
 501       viewport = new ArrayList<JalviewModelType.Viewport>();
 502     }
 503     return this.viewport;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Gets the value of the userColours property.
 508    *
 509    * <p>
 510    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 511    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 512    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 513    * for the userColours property.
 514    *
 515    * <p>
 516    * For example, to add a new item, do as follows:
 517    *
 518    * <pre>
 519    * getUserColours().add(newItem);
 520    * </pre>
 521    *
 522    *
 523    * <p>
 524    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 525    * {@link JalviewModelType.UserColours }
 526    *
 527    *
 528    */
 529   public List<JalviewModelType.UserColours> getUserColours()
 530   {
 531     if (userColours == null)
 532     {
 533       userColours = new ArrayList<JalviewModelType.UserColours>();
 534     }
 535     return this.userColours;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Gets the value of the tree property.
 540    *
 541    * <p>
 542    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 543    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 544    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 545    * for the tree property.
 546    *
 547    * <p>
 548    * For example, to add a new item, do as follows:
 549    *
 550    * <pre>
 551    * getTree().add(newItem);
 552    * </pre>
 553    *
 554    *
 555    * <p>
 556    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 557    * {@link JalviewModelType.Tree }
 558    *
 559    *
 560    */
 561   public List<JalviewModelType.Tree> getTree()
 562   {
 563     if (tree == null)
 564     {
 565       tree = new ArrayList<JalviewModelType.Tree>();
 566     }
 567     return this.tree;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Gets the value of the featureSettings property.
 572    *
 573    * @return possible object is {@link JalviewModelType.FeatureSettings }
 574    *
 575    */
 576   public JalviewModelType.FeatureSettings getFeatureSettings()
 577   {
 578     return featureSettings;
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Sets the value of the featureSettings property.
 583    *
 584    * @param value
 585    *          allowed object is {@link JalviewModelType.FeatureSettings }
 586    *
 587    */
 588   public void setFeatureSettings(JalviewModelType.FeatureSettings value)
 589   {
 590     this.featureSettings = value;
 591   }
 592
 593   /**
 594    * <p>
 595    * Java class for anonymous complex type.
 596    *
 597    * <p>
 598    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 599    * within this class.
 600    *
 601    * <pre>
 602    * &lt;complexType>
 603    *   &lt;complexContent>
 604    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 605    *       &lt;sequence>
 606    *         &lt;element name="setting" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 607    *           &lt;complexType>
 608    *             &lt;complexContent>
 609    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 610    *                 &lt;sequence>
 611    *                   &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 612    *                   &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 613    *                 &lt;/sequence>
 614    *                 &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 615    *                 &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 616    *                 &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 617    *                 &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 618    *                 &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 619    *                 &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 620    *                 &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 621    *                 &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 622    *                 &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 623    *                 &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 624    *                 &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 625    *                 &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 626    *               &lt;/restriction>
 627    *             &lt;/complexContent>
 628    *           &lt;/complexType>
 629    *         &lt;/element>
 630    *         &lt;element name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 631    *           &lt;complexType>
 632    *             &lt;complexContent>
 633    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 634    *                 &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 635    *                 &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 636    *               &lt;/restriction>
 637    *             &lt;/complexContent>
 638    *           &lt;/complexType>
 639    *         &lt;/element>
 640    *       &lt;/sequence>
 641    *     &lt;/restriction>
 642    *   &lt;/complexContent>
 643    * &lt;/complexType>
 644    * </pre>
 645    *
 646    *
 647    */
 648   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 649   @XmlType(name = "", propOrder = { "setting", "group" })
 650   public static class FeatureSettings
 651   {
 652
 653     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 654     protected List<JalviewModelType.FeatureSettings.Setting> setting;
 655
 656     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 657     protected List<JalviewModelType.FeatureSettings.Group> group;
 658
 659     /**
 660      * Gets the value of the setting property.
 661      *
 662      * <p>
 663      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 664      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 665      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 666      * <CODE>set</CODE> method for the setting property.
 667      *
 668      * <p>
 669      * For example, to add a new item, do as follows:
 670      *
 671      * <pre>
 672      * getSetting().add(newItem);
 673      * </pre>
 674      *
 675      *
 676      * <p>
 677      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 678      * {@link JalviewModelType.FeatureSettings.Setting }
 679      *
 680      *
 681      */
 682     public List<JalviewModelType.FeatureSettings.Setting> getSetting()
 683     {
 684       if (setting == null)
 685       {
 686         setting = new ArrayList<JalviewModelType.FeatureSettings.Setting>();
 687       }
 688       return this.setting;
 689     }
 690
 691     /**
 692      * Gets the value of the group property.
 693      *
 694      * <p>
 695      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 696      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 697      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 698      * <CODE>set</CODE> method for the group property.
 699      *
 700      * <p>
 701      * For example, to add a new item, do as follows:
 702      *
 703      * <pre>
 704      * getGroup().add(newItem);
 705      * </pre>
 706      *
 707      *
 708      * <p>
 709      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 710      * {@link JalviewModelType.FeatureSettings.Group }
 711      *
 712      *
 713      */
 714     public List<JalviewModelType.FeatureSettings.Group> getGroup()
 715     {
 716       if (group == null)
 717       {
 718         group = new ArrayList<JalviewModelType.FeatureSettings.Group>();
 719       }
 720       return this.group;
 721     }
 722
 723     /**
 724      * <p>
 725      * Java class for anonymous complex type.
 726      *
 727      * <p>
 728      * The following schema fragment specifies the expected content contained
 729      * within this class.
 730      *
 731      * <pre>
 732      * &lt;complexType>
 733      *   &lt;complexContent>
 734      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 735      *       &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 736      *       &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 737      *     &lt;/restriction>
 738      *   &lt;/complexContent>
 739      * &lt;/complexType>
 740      * </pre>
 741      *
 742      *
 743      */
 744     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 745     @XmlType(name = "")
 746     public static class Group
 747     {
 748
 749       @XmlAttribute(name = "name", required = true)
 750       protected String name;
 751
 752       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
 753       protected boolean display;
 754
 755       /**
 756        * Gets the value of the name property.
 757        *
 758        * @return possible object is {@link String }
 759        *
 760        */
 761       public String getName()
 762       {
 763         return name;
 764       }
 765
 766       /**
 767        * Sets the value of the name property.
 768        *
 769        * @param value
 770        *          allowed object is {@link String }
 771        *
 772        */
 773       public void setName(String value)
 774       {
 775         this.name = value;
 776       }
 777
 778       /**
 779        * Gets the value of the display property.
 780        *
 781        */
 782       public boolean isDisplay()
 783       {
 784         return display;
 785       }
 786
 787       /**
 788        * Sets the value of the display property.
 789        *
 790        */
 791       public void setDisplay(boolean value)
 792       {
 793         this.display = value;
 794       }
 795
 796     }
 797
 798     /**
 799      * <p>
 800      * Java class for anonymous complex type.
 801      *
 802      * <p>
 803      * The following schema fragment specifies the expected content contained
 804      * within this class.
 805      *
 806      * <pre>
 807      * &lt;complexType>
 808      *   &lt;complexContent>
 809      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 810      *       &lt;sequence>
 811      *         &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 812      *         &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 813      *       &lt;/sequence>
 814      *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 815      *       &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 816      *       &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 817      *       &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 818      *       &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 819      *       &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 820      *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 821      *       &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 822      *       &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 823      *       &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 824      *       &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 825      *       &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 826      *     &lt;/restriction>
 827      *   &lt;/complexContent>
 828      * &lt;/complexType>
 829      * </pre>
 830      *
 831      *
 832      */
 833     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 834     @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName", "matcherSet" })
 835     public static class Setting
 836     {
 837
 838       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 839       protected List<String> attributeName;
 840
 841       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 842       protected FeatureMatcherSet matcherSet;
 843
 844       @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 845       protected String type;
 846
 847       @XmlAttribute(name = "colour", required = true)
 848       protected int colour;
 849
 850       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
 851       protected boolean display;
 852
 853       @XmlAttribute(name = "order")
 854       protected Float order;
 855
 856       @XmlAttribute(name = "mincolour")
 857       protected Integer mincolour;
 858
 859       @XmlAttribute(name = "noValueColour")
 860       protected NoValueColour noValueColour;
 861
 862       @XmlAttribute(name = "threshold")
 863       protected Float threshold;
 864
 865       @XmlAttribute(name = "threshstate")
 866       protected Integer threshstate;
 867
 868       @XmlAttribute(name = "max")
 869       protected Float max;
 870
 871       @XmlAttribute(name = "min")
 872       protected Float min;
 873
 874       @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
 875       protected Boolean colourByLabel;
 876
 877       @XmlAttribute(name = "autoScale")
 878       protected Boolean autoScale;
 879
 880       /**
 881        * Gets the value of the attributeName property.
 882        *
 883        * <p>
 884        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 885        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 886        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 887        * <CODE>set</CODE> method for the attributeName property.
 888        *
 889        * <p>
 890        * For example, to add a new item, do as follows:
 891        *
 892        * <pre>
 893        * getAttributeName().add(newItem);
 894        * </pre>
 895        *
 896        *
 897        * <p>
 898        * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String
 899        * }
 900        *
 901        *
 902        */
 903       public List<String> getAttributeName()
 904       {
 905         if (attributeName == null)
 906         {
 907           attributeName = new ArrayList<String>();
 908         }
 909         return this.attributeName;
 910       }
 911
 912       /**
 913        * Gets the value of the matcherSet property.
 914        *
 915        * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
 916        *
 917        */
 918       public FeatureMatcherSet getMatcherSet()
 919       {
 920         return matcherSet;
 921       }
 922
 923       /**
 924        * Sets the value of the matcherSet property.
 925        *
 926        * @param value
 927        *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
 928        *
 929        */
 930       public void setMatcherSet(FeatureMatcherSet value)
 931       {
 932         this.matcherSet = value;
 933       }
 934
 935       /**
 936        * Gets the value of the type property.
 937        *
 938        * @return possible object is {@link String }
 939        *
 940        */
 941       public String getType()
 942       {
 943         return type;
 944       }
 945
 946       /**
 947        * Sets the value of the type property.
 948        *
 949        * @param value
 950        *          allowed object is {@link String }
 951        *
 952        */
 953       public void setType(String value)
 954       {
 955         this.type = value;
 956       }
 957
 958       /**
 959        * Gets the value of the colour property.
 960        *
 961        */
 962       public int getColour()
 963       {
 964         return colour;
 965       }
 966
 967       /**
 968        * Sets the value of the colour property.
 969        *
 970        */
 971       public void setColour(int value)
 972       {
 973         this.colour = value;
 974       }
 975
 976       /**
 977        * Gets the value of the display property.
 978        *
 979        */
 980       public boolean isDisplay()
 981       {
 982         return display;
 983       }
 984
 985       /**
 986        * Sets the value of the display property.
 987        *
 988        */
 989       public void setDisplay(boolean value)
 990       {
 991         this.display = value;
 992       }
 993
 994       /**
 995        * Gets the value of the order property.
 996        *
 997        * @return possible object is {@link Float }
 998        *
 999        */
1000       public Float getOrder()
1001       {
1002         return order;
1003       }
1004
1005       /**
1006        * Sets the value of the order property.
1007        *
1008        * @param value
1009        *          allowed object is {@link Float }
1010        *
1011        */
1012       public void setOrder(Float value)
1013       {
1014         this.order = value;
1015       }
1016
1017       /**
1018        * Gets the value of the mincolour property.
1019        *
1020        * @return possible object is {@link Integer }
1021        *
1022        */
1023       public Integer getMincolour()
1024       {
1025         return mincolour;
1026       }
1027
1028       /**
1029        * Sets the value of the mincolour property.
1030        *
1031        * @param value
1032        *          allowed object is {@link Integer }
1033        *
1034        */
1035       public void setMincolour(Integer value)
1036       {
1037         this.mincolour = value;
1038       }
1039
1040       /**
1041        * Gets the value of the noValueColour property.
1042        *
1043        * @return possible object is {@link NoValueColour }
1044        *
1045        */
1046       public NoValueColour getNoValueColour()
1047       {
1048         if (noValueColour == null)
1049         {
1050           return NoValueColour.MIN;
1051         }
1052         else
1053         {
1054           return noValueColour;
1055         }
1056       }
1057
1058       /**
1059        * Sets the value of the noValueColour property.
1060        *
1061        * @param value
1062        *          allowed object is {@link NoValueColour }
1063        *
1064        */
1065       public void setNoValueColour(NoValueColour value)
1066       {
1067         this.noValueColour = value;
1068       }
1069
1070       /**
1071        * Gets the value of the threshold property.
1072        *
1073        * @return possible object is {@link Float }
1074        *
1075        */
1076       public Float getThreshold()
1077       {
1078         return threshold;
1079       }
1080
1081       /**
1082        * Sets the value of the threshold property.
1083        *
1084        * @param value
1085        *          allowed object is {@link Float }
1086        *
1087        */
1088       public void setThreshold(Float value)
1089       {
1090         this.threshold = value;
1091       }
1092
1093       /**
1094        * Gets the value of the threshstate property.
1095        *
1096        * @return possible object is {@link Integer }
1097        *
1098        */
1099       public Integer getThreshstate()
1100       {
1101         return threshstate;
1102       }
1103
1104       /**
1105        * Sets the value of the threshstate property.
1106        *
1107        * @param value
1108        *          allowed object is {@link Integer }
1109        *
1110        */
1111       public void setThreshstate(Integer value)
1112       {
1113         this.threshstate = value;
1114       }
1115
1116       /**
1117        * Gets the value of the max property.
1118        *
1119        * @return possible object is {@link Float }
1120        *
1121        */
1122       public Float getMax()
1123       {
1124         return max;
1125       }
1126
1127       /**
1128        * Sets the value of the max property.
1129        *
1130        * @param value
1131        *          allowed object is {@link Float }
1132        *
1133        */
1134       public void setMax(Float value)
1135       {
1136         this.max = value;
1137       }
1138
1139       /**
1140        * Gets the value of the min property.
1141        *
1142        * @return possible object is {@link Float }
1143        *
1144        */
1145       public Float getMin()
1146       {
1147         return min;
1148       }
1149
1150       /**
1151        * Sets the value of the min property.
1152        *
1153        * @param value
1154        *          allowed object is {@link Float }
1155        *
1156        */
1157       public void setMin(Float value)
1158       {
1159         this.min = value;
1160       }
1161
1162       /**
1163        * Gets the value of the colourByLabel property.
1164        *
1165        * @return possible object is {@link Boolean }
1166        *
1167        */
1168       public Boolean isColourByLabel()
1169       {
1170         return colourByLabel;
1171       }
1172
1173       /**
1174        * Sets the value of the colourByLabel property.
1175        *
1176        * @param value
1177        *          allowed object is {@link Boolean }
1178        *
1179        */
1180       public void setColourByLabel(Boolean value)
1181       {
1182         this.colourByLabel = value;
1183       }
1184
1185       /**
1186        * Gets the value of the autoScale property.
1187        *
1188        * @return possible object is {@link Boolean }
1189        *
1190        */
1191       public Boolean isAutoScale()
1192       {
1193         return autoScale;
1194       }
1195
1196       /**
1197        * Sets the value of the autoScale property.
1198        *
1199        * @param value
1200        *          allowed object is {@link Boolean }
1201        *
1202        */
1203       public void setAutoScale(Boolean value)
1204       {
1205         this.autoScale = value;
1206       }
1207
1208     }
1209
1210   }
1211
1212   /**
1213    * <p>
1214    * Java class for anonymous complex type.
1215    *
1216    * <p>
1217    * The following schema fragment specifies the expected content contained
1218    * within this class.
1219    *
1220    * <pre>
1221    * &lt;complexType>
1222    *   &lt;complexContent>
1223    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1224    *       &lt;sequence>
1225    *         &lt;element name="seq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
1226    *         &lt;element name="annotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
1227    *       &lt;/sequence>
1228    *       &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1229    *       &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1230    *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1231    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1232    *       &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1233    *       &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1234    *       &lt;attribute name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1235    *       &lt;attribute name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1236    *       &lt;attribute name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1237    *       &lt;attribute name="colourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1238    *       &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1239    *       &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1240    *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1241    *       &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1242    *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1243    *       &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1244    *       &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1245    *       &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1246    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1247    *     &lt;/restriction>
1248    *   &lt;/complexContent>
1249    * &lt;/complexType>
1250    * </pre>
1251    *
1252    *
1253    */
1254   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1255   @XmlType(name = "", propOrder = { "seq", "annotationColours" })
1256   public static class JGroup
1257   {
1258
1259     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
1260     protected List<String> seq;
1261
1262     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1263     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
1264
1265     @XmlAttribute(name = "start")
1266     protected Integer start;
1267
1268     @XmlAttribute(name = "end")
1269     protected Integer end;
1270
1271     @XmlAttribute(name = "name")
1272     protected String name;
1273
1274     @XmlAttribute(name = "colour")
1275     protected String colour;
1276
1277     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
1278     protected Integer consThreshold;
1279
1280     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
1281     protected Integer pidThreshold;
1282
1283     @XmlAttribute(name = "outlineColour")
1284     protected Integer outlineColour;
1285
1286     @XmlAttribute(name = "displayBoxes")
1287     protected Boolean displayBoxes;
1288
1289     @XmlAttribute(name = "displayText")
1290     protected Boolean displayText;
1291
1292     @XmlAttribute(name = "colourText")
1293     protected Boolean colourText;
1294
1295     @XmlAttribute(name = "textCol1")
1296     protected Integer textCol1;
1297
1298     @XmlAttribute(name = "textCol2")
1299     protected Integer textCol2;
1300
1301     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
1302     protected Integer textColThreshold;
1303
1304     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
1305     protected Boolean showUnconserved;
1306
1307     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
1308     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
1309
1310     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
1311     protected Boolean showConsensusHistogram;
1312
1313     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
1314     protected Boolean showSequenceLogo;
1315
1316     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
1317     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
1318
1319     @XmlAttribute(name = "id")
1320     protected String id;
1321
1322     /**
1323      * Gets the value of the seq property.
1324      *
1325      * <p>
1326      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1327      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1328      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1329      * <CODE>set</CODE> method for the seq property.
1330      *
1331      * <p>
1332      * For example, to add a new item, do as follows:
1333      *
1334      * <pre>
1335      * getSeq().add(newItem);
1336      * </pre>
1337      *
1338      *
1339      * <p>
1340      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
1341      *
1342      *
1343      */
1344     public List<String> getSeq()
1345     {
1346       if (seq == null)
1347       {
1348         seq = new ArrayList<String>();
1349       }
1350       return this.seq;
1351     }
1352
1353     /**
1354      * Gets the value of the annotationColours property.
1355      *
1356      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
1357      *
1358      */
1359     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
1360     {
1361       return annotationColours;
1362     }
1363
1364     /**
1365      * Sets the value of the annotationColours property.
1366      *
1367      * @param value
1368      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
1369      *
1370      */
1371     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
1372     {
1373       this.annotationColours = value;
1374     }
1375
1376     /**
1377      * Gets the value of the start property.
1378      *
1379      * @return possible object is {@link Integer }
1380      *
1381      */
1382     public Integer getStart()
1383     {
1384       return start;
1385     }
1386
1387     /**
1388      * Sets the value of the start property.
1389      *
1390      * @param value
1391      *          allowed object is {@link Integer }
1392      *
1393      */
1394     public void setStart(Integer value)
1395     {
1396       this.start = value;
1397     }
1398
1399     /**
1400      * Gets the value of the end property.
1401      *
1402      * @return possible object is {@link Integer }
1403      *
1404      */
1405     public Integer getEnd()
1406     {
1407       return end;
1408     }
1409
1410     /**
1411      * Sets the value of the end property.
1412      *
1413      * @param value
1414      *          allowed object is {@link Integer }
1415      *
1416      */
1417     public void setEnd(Integer value)
1418     {
1419       this.end = value;
1420     }
1421
1422     /**
1423      * Gets the value of the name property.
1424      *
1425      * @return possible object is {@link String }
1426      *
1427      */
1428     public String getName()
1429     {
1430       return name;
1431     }
1432
1433     /**
1434      * Sets the value of the name property.
1435      *
1436      * @param value
1437      *          allowed object is {@link String }
1438      *
1439      */
1440     public void setName(String value)
1441     {
1442       this.name = value;
1443     }
1444
1445     /**
1446      * Gets the value of the colour property.
1447      *
1448      * @return possible object is {@link String }
1449      *
1450      */
1451     public String getColour()
1452     {
1453       return colour;
1454     }
1455
1456     /**
1457      * Sets the value of the colour property.
1458      *
1459      * @param value
1460      *          allowed object is {@link String }
1461      *
1462      */
1463     public void setColour(String value)
1464     {
1465       this.colour = value;
1466     }
1467
1468     /**
1469      * Gets the value of the consThreshold property.
1470      *
1471      * @return possible object is {@link Integer }
1472      *
1473      */
1474     public Integer getConsThreshold()
1475     {
1476       return consThreshold;
1477     }
1478
1479     /**
1480      * Sets the value of the consThreshold property.
1481      *
1482      * @param value
1483      *          allowed object is {@link Integer }
1484      *
1485      */
1486     public void setConsThreshold(Integer value)
1487     {
1488       this.consThreshold = value;
1489     }
1490
1491     /**
1492      * Gets the value of the pidThreshold property.
1493      *
1494      * @return possible object is {@link Integer }
1495      *
1496      */
1497     public Integer getPidThreshold()
1498     {
1499       return pidThreshold;
1500     }
1501
1502     /**
1503      * Sets the value of the pidThreshold property.
1504      *
1505      * @param value
1506      *          allowed object is {@link Integer }
1507      *
1508      */
1509     public void setPidThreshold(Integer value)
1510     {
1511       this.pidThreshold = value;
1512     }
1513
1514     /**
1515      * Gets the value of the outlineColour property.
1516      *
1517      * @return possible object is {@link Integer }
1518      *
1519      */
1520     public Integer getOutlineColour()
1521     {
1522       return outlineColour;
1523     }
1524
1525     /**
1526      * Sets the value of the outlineColour property.
1527      *
1528      * @param value
1529      *          allowed object is {@link Integer }
1530      *
1531      */
1532     public void setOutlineColour(Integer value)
1533     {
1534       this.outlineColour = value;
1535     }
1536
1537     /**
1538      * Gets the value of the displayBoxes property.
1539      *
1540      * @return possible object is {@link Boolean }
1541      *
1542      */
1543     public Boolean isDisplayBoxes()
1544     {
1545       return displayBoxes;
1546     }
1547
1548     /**
1549      * Sets the value of the displayBoxes property.
1550      *
1551      * @param value
1552      *          allowed object is {@link Boolean }
1553      *
1554      */
1555     public void setDisplayBoxes(Boolean value)
1556     {
1557       this.displayBoxes = value;
1558     }
1559
1560     /**
1561      * Gets the value of the displayText property.
1562      *
1563      * @return possible object is {@link Boolean }
1564      *
1565      */
1566     public Boolean isDisplayText()
1567     {
1568       return displayText;
1569     }
1570
1571     /**
1572      * Sets the value of the displayText property.
1573      *
1574      * @param value
1575      *          allowed object is {@link Boolean }
1576      *
1577      */
1578     public void setDisplayText(Boolean value)
1579     {
1580       this.displayText = value;
1581     }
1582
1583     /**
1584      * Gets the value of the colourText property.
1585      *
1586      * @return possible object is {@link Boolean }
1587      *
1588      */
1589     public Boolean isColourText()
1590     {
1591       return colourText;
1592     }
1593
1594     /**
1595      * Sets the value of the colourText property.
1596      *
1597      * @param value
1598      *          allowed object is {@link Boolean }
1599      *
1600      */
1601     public void setColourText(Boolean value)
1602     {
1603       this.colourText = value;
1604     }
1605
1606     /**
1607      * Gets the value of the textCol1 property.
1608      *
1609      * @return possible object is {@link Integer }
1610      *
1611      */
1612     public Integer getTextCol1()
1613     {
1614       return textCol1;
1615     }
1616
1617     /**
1618      * Sets the value of the textCol1 property.
1619      *
1620      * @param value
1621      *          allowed object is {@link Integer }
1622      *
1623      */
1624     public void setTextCol1(Integer value)
1625     {
1626       this.textCol1 = value;
1627     }
1628
1629     /**
1630      * Gets the value of the textCol2 property.
1631      *
1632      * @return possible object is {@link Integer }
1633      *
1634      */
1635     public Integer getTextCol2()
1636     {
1637       return textCol2;
1638     }
1639
1640     /**
1641      * Sets the value of the textCol2 property.
1642      *
1643      * @param value
1644      *          allowed object is {@link Integer }
1645      *
1646      */
1647     public void setTextCol2(Integer value)
1648     {
1649       this.textCol2 = value;
1650     }
1651
1652     /**
1653      * Gets the value of the textColThreshold property.
1654      *
1655      * @return possible object is {@link Integer }
1656      *
1657      */
1658     public Integer getTextColThreshold()
1659     {
1660       return textColThreshold;
1661     }
1662
1663     /**
1664      * Sets the value of the textColThreshold property.
1665      *
1666      * @param value
1667      *          allowed object is {@link Integer }
1668      *
1669      */
1670     public void setTextColThreshold(Integer value)
1671     {
1672       this.textColThreshold = value;
1673     }
1674
1675     /**
1676      * Gets the value of the showUnconserved property.
1677      *
1678      * @return possible object is {@link Boolean }
1679      *
1680      */
1681     public Boolean isShowUnconserved()
1682     {
1683       return showUnconserved;
1684     }
1685
1686     /**
1687      * Sets the value of the showUnconserved property.
1688      *
1689      * @param value
1690      *          allowed object is {@link Boolean }
1691      *
1692      */
1693     public void setShowUnconserved(Boolean value)
1694     {
1695       this.showUnconserved = value;
1696     }
1697
1698     /**
1699      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1700      *
1701      * @return possible object is {@link Boolean }
1702      *
1703      */
1704     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1705     {
1706       if (ignoreGapsinConsensus == null)
1707       {
1708         return true;
1709       }
1710       else
1711       {
1712         return ignoreGapsinConsensus;
1713       }
1714     }
1715
1716     /**
1717      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1718      *
1719      * @param value
1720      *          allowed object is {@link Boolean }
1721      *
1722      */
1723     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
1724     {
1725       this.ignoreGapsinConsensus = value;
1726     }
1727
1728     /**
1729      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
1730      *
1731      * @return possible object is {@link Boolean }
1732      *
1733      */
1734     public boolean isShowConsensusHistogram()
1735     {
1736       if (showConsensusHistogram == null)
1737       {
1738         return true;
1739       }
1740       else
1741       {
1742         return showConsensusHistogram;
1743       }
1744     }
1745
1746     /**
1747      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
1748      *
1749      * @param value
1750      *          allowed object is {@link Boolean }
1751      *
1752      */
1753     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
1754     {
1755       this.showConsensusHistogram = value;
1756     }
1757
1758     /**
1759      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
1760      *
1761      * @return possible object is {@link Boolean }
1762      *
1763      */
1764     public boolean isShowSequenceLogo()
1765     {
1766       if (showSequenceLogo == null)
1767       {
1768         return false;
1769       }
1770       else
1771       {
1772         return showSequenceLogo;
1773       }
1774     }
1775
1776     /**
1777      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
1778      *
1779      * @param value
1780      *          allowed object is {@link Boolean }
1781      *
1782      */
1783     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
1784     {
1785       this.showSequenceLogo = value;
1786     }
1787
1788     /**
1789      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1790      *
1791      * @return possible object is {@link Boolean }
1792      *
1793      */
1794     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1795     {
1796       if (normaliseSequenceLogo == null)
1797       {
1798         return false;
1799       }
1800       else
1801       {
1802         return normaliseSequenceLogo;
1803       }
1804     }
1805
1806     /**
1807      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1808      *
1809      * @param value
1810      *          allowed object is {@link Boolean }
1811      *
1812      */
1813     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
1814     {
1815       this.normaliseSequenceLogo = value;
1816     }
1817
1818     /**
1819      * Gets the value of the id property.
1820      *
1821      * @return possible object is {@link String }
1822      *
1823      */
1824     public String getId()
1825     {
1826       return id;
1827     }
1828
1829     /**
1830      * Sets the value of the id property.
1831      *
1832      * @param value
1833      *          allowed object is {@link String }
1834      *
1835      */
1836     public void setId(String value)
1837     {
1838       this.id = value;
1839     }
1840
1841   }
1842
1843   /**
1844    * <p>
1845    * Java class for anonymous complex type.
1846    *
1847    * <p>
1848    * The following schema fragment specifies the expected content contained
1849    * within this class.
1850    *
1851    * <pre>
1852    * &lt;complexType>
1853    *   &lt;complexContent>
1854    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1855    *       &lt;sequence>
1856    *         &lt;element name="features" type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
1857    *         &lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1858    *           &lt;complexType>
1859    *             &lt;complexContent>
1860    *               &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
1861    *                 &lt;sequence>
1862    *                   &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1863    *                     &lt;complexType>
1864    *                       &lt;simpleContent>
1865    *                         &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
1866    *                           &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
1867    *                           &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1868    *                           &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1869    *                           &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1870    *                           &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1871    *                           &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1872    *                           &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1873    *                         &lt;/extension>
1874    *                       &lt;/simpleContent>
1875    *                     &lt;/complexType>
1876    *                   &lt;/element>
1877    *                 &lt;/sequence>
1878    *               &lt;/extension>
1879    *             &lt;/complexContent>
1880    *           &lt;/complexType>
1881    *         &lt;/element>
1882    *         &lt;element name="hiddenSequences" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
1883    *         &lt;element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1884    *           &lt;complexType>
1885    *             &lt;complexContent>
1886    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1887    *                 &lt;sequence>
1888    *                   &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
1889    *                     &lt;complexType>
1890    *                       &lt;complexContent>
1891    *                         &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1892    *                           &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1893    *                           &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1894    *                           &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1895    *                           &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1896    *                         &lt;/restriction>
1897    *                       &lt;/complexContent>
1898    *                     &lt;/complexType>
1899    *                   &lt;/element>
1900    *                 &lt;/sequence>
1901    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
1902    *                 &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1903    *                 &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1904    *                 &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1905    *                 &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1906    *               &lt;/restriction>
1907    *             &lt;/complexContent>
1908    *           &lt;/complexType>
1909    *         &lt;/element>
1910    *       &lt;/sequence>
1911    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1912    *       &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1913    *       &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1914    *       &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1915    *       &lt;attribute name="hidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1916    *       &lt;attribute name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1917    *     &lt;/restriction>
1918    *   &lt;/complexContent>
1919    * &lt;/complexType>
1920    * </pre>
1921    *
1922    *
1923    */
1924   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1925   @XmlType(
1926     name = "",
1927     propOrder =
1928     { "features", "pdbids", "hiddenSequences", "rnaViewer" })
1929   public static class JSeq
1930   {
1931
1932     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1933     protected List<Feature> features;
1934
1935     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1936     protected List<JalviewModelType.JSeq.Pdbids> pdbids;
1937
1938     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", type = Integer.class)
1939     protected List<Integer> hiddenSequences;
1940
1941     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1942     protected List<JalviewModelType.JSeq.RnaViewer> rnaViewer;
1943
1944     @XmlAttribute(name = "colour")
1945     protected Integer colour;
1946
1947     @XmlAttribute(name = "start", required = true)
1948     protected int start;
1949
1950     @XmlAttribute(name = "end", required = true)
1951     protected int end;
1952
1953     @XmlAttribute(name = "id", required = true)
1954     protected String id;
1955
1956     @XmlAttribute(name = "hidden")
1957     protected Boolean hidden;
1958
1959     @XmlAttribute(name = "viewreference")
1960     protected Boolean viewreference;
1961
1962     /**
1963      * Gets the value of the features property.
1964      *
1965      * <p>
1966      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1967      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1968      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1969      * <CODE>set</CODE> method for the features property.
1970      *
1971      * <p>
1972      * For example, to add a new item, do as follows:
1973      *
1974      * <pre>
1975      * getFeatures().add(newItem);
1976      * </pre>
1977      *
1978      *
1979      * <p>
1980      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Feature }
1981      *
1982      *
1983      */
1984     public List<Feature> getFeatures()
1985     {
1986       if (features == null)
1987       {
1988         features = new ArrayList<Feature>();
1989       }
1990       return this.features;
1991     }
1992
1993     /**
1994      * Gets the value of the pdbids property.
1995      *
1996      * <p>
1997      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1998      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1999      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2000      * <CODE>set</CODE> method for the pdbids property.
2001      *
2002      * <p>
2003      * For example, to add a new item, do as follows:
2004      *
2005      * <pre>
2006      * getPdbids().add(newItem);
2007      * </pre>
2008      *
2009      *
2010      * <p>
2011      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2012      * {@link JalviewModelType.JSeq.Pdbids }
2013      *
2014      *
2015      */
2016     public List<JalviewModelType.JSeq.Pdbids> getPdbids()
2017     {
2018       if (pdbids == null)
2019       {
2020         pdbids = new ArrayList<JalviewModelType.JSeq.Pdbids>();
2021       }
2022       return this.pdbids;
2023     }
2024
2025     /**
2026      * Gets the value of the hiddenSequences property.
2027      *
2028      * <p>
2029      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2030      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2031      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2032      * <CODE>set</CODE> method for the hiddenSequences property.
2033      *
2034      * <p>
2035      * For example, to add a new item, do as follows:
2036      *
2037      * <pre>
2038      * getHiddenSequences().add(newItem);
2039      * </pre>
2040      *
2041      *
2042      * <p>
2043      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
2044      *
2045      *
2046      */
2047     public List<Integer> getHiddenSequences()
2048     {
2049       if (hiddenSequences == null)
2050       {
2051         hiddenSequences = new ArrayList<Integer>();
2052       }
2053       return this.hiddenSequences;
2054     }
2055
2056     /**
2057      * Gets the value of the rnaViewer property.
2058      *
2059      * <p>
2060      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2061      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2062      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2063      * <CODE>set</CODE> method for the rnaViewer property.
2064      *
2065      * <p>
2066      * For example, to add a new item, do as follows:
2067      *
2068      * <pre>
2069      * getRnaViewer().add(newItem);
2070      * </pre>
2071      *
2072      *
2073      * <p>
2074      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2075      * {@link JalviewModelType.JSeq.RnaViewer }
2076      *
2077      *
2078      */
2079     public List<JalviewModelType.JSeq.RnaViewer> getRnaViewer()
2080     {
2081       if (rnaViewer == null)
2082       {
2083         rnaViewer = new ArrayList<JalviewModelType.JSeq.RnaViewer>();
2084       }
2085       return this.rnaViewer;
2086     }
2087
2088     /**
2089      * Gets the value of the colour property.
2090      *
2091      * @return possible object is {@link Integer }
2092      *
2093      */
2094     public Integer getColour()
2095     {
2096       return colour;
2097     }
2098
2099     /**
2100      * Sets the value of the colour property.
2101      *
2102      * @param value
2103      *          allowed object is {@link Integer }
2104      *
2105      */
2106     public void setColour(Integer value)
2107     {
2108       this.colour = value;
2109     }
2110
2111     /**
2112      * Gets the value of the start property.
2113      *
2114      */
2115     public int getStart()
2116     {
2117       return start;
2118     }
2119
2120     /**
2121      * Sets the value of the start property.
2122      *
2123      */
2124     public void setStart(int value)
2125     {
2126       this.start = value;
2127     }
2128
2129     /**
2130      * Gets the value of the end property.
2131      *
2132      */
2133     public int getEnd()
2134     {
2135       return end;
2136     }
2137
2138     /**
2139      * Sets the value of the end property.
2140      *
2141      */
2142     public void setEnd(int value)
2143     {
2144       this.end = value;
2145     }
2146
2147     /**
2148      * Gets the value of the id property.
2149      *
2150      * @return possible object is {@link String }
2151      *
2152      */
2153     public String getId()
2154     {
2155       return id;
2156     }
2157
2158     /**
2159      * Sets the value of the id property.
2160      *
2161      * @param value
2162      *          allowed object is {@link String }
2163      *
2164      */
2165     public void setId(String value)
2166     {
2167       this.id = value;
2168     }
2169
2170     /**
2171      * Gets the value of the hidden property.
2172      *
2173      * @return possible object is {@link Boolean }
2174      *
2175      */
2176     public Boolean isHidden()
2177     {
2178       return hidden;
2179     }
2180
2181     /**
2182      * Sets the value of the hidden property.
2183      *
2184      * @param value
2185      *          allowed object is {@link Boolean }
2186      *
2187      */
2188     public void setHidden(Boolean value)
2189     {
2190       this.hidden = value;
2191     }
2192
2193     /**
2194      * Gets the value of the viewreference property.
2195      *
2196      * @return possible object is {@link Boolean }
2197      *
2198      */
2199     public Boolean isViewreference()
2200     {
2201       return viewreference;
2202     }
2203
2204     /**
2205      * Sets the value of the viewreference property.
2206      *
2207      * @param value
2208      *          allowed object is {@link Boolean }
2209      *
2210      */
2211     public void setViewreference(Boolean value)
2212     {
2213       this.viewreference = value;
2214     }
2215
2216     /**
2217      * <p>
2218      * Java class for anonymous complex type.
2219      *
2220      * <p>
2221      * The following schema fragment specifies the expected content contained
2222      * within this class.
2223      *
2224      * <pre>
2225      * &lt;complexType>
2226      *   &lt;complexContent>
2227      *     &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
2228      *       &lt;sequence>
2229      *         &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
2230      *           &lt;complexType>
2231      *             &lt;simpleContent>
2232      *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
2233      *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2234      *                 &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2235      *                 &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2236      *                 &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2237      *                 &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
2238      *                 &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2239      *                 &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2240      *               &lt;/extension>
2241      *             &lt;/simpleContent>
2242      *           &lt;/complexType>
2243      *         &lt;/element>
2244      *       &lt;/sequence>
2245      *     &lt;/extension>
2246      *   &lt;/complexContent>
2247      * &lt;/complexType>
2248      * </pre>
2249      *
2250      *
2251      */
2252     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2253     @XmlType(name = "", propOrder = { "structureState" })
2254     public static class Pdbids extends Pdbentry
2255     {
2256
2257       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2258       protected List<JalviewModelType.JSeq.Pdbids.StructureState> structureState;
2259
2260       /**
2261        * Gets the value of the structureState property.
2262        *
2263        * <p>
2264        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2265        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2266        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2267        * <CODE>set</CODE> method for the structureState property.
2268        *
2269        * <p>
2270        * For example, to add a new item, do as follows:
2271        *
2272        * <pre>
2273        * getStructureState().add(newItem);
2274        * </pre>
2275        *
2276        *
2277        * <p>
2278        * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2279        * {@link JalviewModelType.JSeq.Pdbids.StructureState }
2280        *
2281        *
2282        */
2283       public List<JalviewModelType.JSeq.Pdbids.StructureState> getStructureState()
2284       {
2285         if (structureState == null)
2286         {
2287           structureState = new ArrayList<JalviewModelType.JSeq.Pdbids.StructureState>();
2288         }
2289         return this.structureState;
2290       }
2291
2292       /**
2293        * <p>
2294        * Java class for anonymous complex type.
2295        *
2296        * <p>
2297        * The following schema fragment specifies the expected content contained
2298        * within this class.
2299        *
2300        * <pre>
2301        * &lt;complexType>
2302        *   &lt;simpleContent>
2303        *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
2304        *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2305        *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2306        *       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2307        *       &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2308        *       &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
2309        *       &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2310        *       &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2311        *     &lt;/extension>
2312        *   &lt;/simpleContent>
2313        * &lt;/complexType>
2314        * </pre>
2315        *
2316        *
2317        */
2318       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2319       @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
2320       public static class StructureState
2321       {
2322
2323         @XmlValue
2324         protected String value;
2325
2326         @XmlAttribute(name = "visible")
2327         protected Boolean visible;
2328
2329         @XmlAttribute(name = "viewId")
2330         protected String viewId;
2331
2332         @XmlAttribute(name = "alignwithAlignPanel")
2333         protected Boolean alignwithAlignPanel;
2334
2335         @XmlAttribute(name = "colourwithAlignPanel")
2336         protected Boolean colourwithAlignPanel;
2337
2338         @XmlAttribute(name = "colourByJmol")
2339         protected Boolean colourByJmol;
2340
2341         @XmlAttribute(name = "type")
2342         protected String type;
2343
2344         @XmlAttribute(name = "width")
2345         protected Integer width;
2346
2347         @XmlAttribute(name = "height")
2348         protected Integer height;
2349
2350         @XmlAttribute(name = "xpos")
2351         protected Integer xpos;
2352
2353         @XmlAttribute(name = "ypos")
2354         protected Integer ypos;
2355
2356         /**
2357          * Gets the value of the value property.
2358          *
2359          * @return possible object is {@link String }
2360          *
2361          */
2362         public String getValue()
2363         {
2364           return value;
2365         }
2366
2367         /**
2368          * Sets the value of the value property.
2369          *
2370          * @param value
2371          *          allowed object is {@link String }
2372          *
2373          */
2374         public void setValue(String value)
2375         {
2376           this.value = value;
2377         }
2378
2379         /**
2380          * Gets the value of the visible property.
2381          *
2382          * @return possible object is {@link Boolean }
2383          *
2384          */
2385         public Boolean isVisible()
2386         {
2387           return visible;
2388         }
2389
2390         /**
2391          * Sets the value of the visible property.
2392          *
2393          * @param value
2394          *          allowed object is {@link Boolean }
2395          *
2396          */
2397         public void setVisible(Boolean value)
2398         {
2399           this.visible = value;
2400         }
2401
2402         /**
2403          * Gets the value of the viewId property.
2404          *
2405          * @return possible object is {@link String }
2406          *
2407          */
2408         public String getViewId()
2409         {
2410           return viewId;
2411         }
2412
2413         /**
2414          * Sets the value of the viewId property.
2415          *
2416          * @param value
2417          *          allowed object is {@link String }
2418          *
2419          */
2420         public void setViewId(String value)
2421         {
2422           this.viewId = value;
2423         }
2424
2425         /**
2426          * Gets the value of the alignwithAlignPanel property.
2427          *
2428          * @return possible object is {@link Boolean }
2429          *
2430          */
2431         public boolean isAlignwithAlignPanel()
2432         {
2433           if (alignwithAlignPanel == null)
2434           {
2435             return true;
2436           }
2437           else
2438           {
2439             return alignwithAlignPanel;
2440           }
2441         }
2442
2443         /**
2444          * Sets the value of the alignwithAlignPanel property.
2445          *
2446          * @param value
2447          *          allowed object is {@link Boolean }
2448          *
2449          */
2450         public void setAlignwithAlignPanel(Boolean value)
2451         {
2452           this.alignwithAlignPanel = value;
2453         }
2454
2455         /**
2456          * Gets the value of the colourwithAlignPanel property.
2457          *
2458          * @return possible object is {@link Boolean }
2459          *
2460          */
2461         public boolean isColourwithAlignPanel()
2462         {
2463           if (colourwithAlignPanel == null)
2464           {
2465             return false;
2466           }
2467           else
2468           {
2469             return colourwithAlignPanel;
2470           }
2471         }
2472
2473         /**
2474          * Sets the value of the colourwithAlignPanel property.
2475          *
2476          * @param value
2477          *          allowed object is {@link Boolean }
2478          *
2479          */
2480         public void setColourwithAlignPanel(Boolean value)
2481         {
2482           this.colourwithAlignPanel = value;
2483         }
2484
2485         /**
2486          * Gets the value of the colourByJmol property.
2487          *
2488          * @return possible object is {@link Boolean }
2489          *
2490          */
2491         public boolean isColourByJmol()
2492         {
2493           if (colourByJmol == null)
2494           {
2495             return true;
2496           }
2497           else
2498           {
2499             return colourByJmol;
2500           }
2501         }
2502
2503         /**
2504          * Sets the value of the colourByJmol property.
2505          *
2506          * @param value
2507          *          allowed object is {@link Boolean }
2508          *
2509          */
2510         public void setColourByJmol(Boolean value)
2511         {
2512           this.colourByJmol = value;
2513         }
2514
2515         /**
2516          * Gets the value of the type property.
2517          *
2518          * @return possible object is {@link String }
2519          *
2520          */
2521         public String getType()
2522         {
2523           return type;
2524         }
2525
2526         /**
2527          * Sets the value of the type property.
2528          *
2529          * @param value
2530          *          allowed object is {@link String }
2531          *
2532          */
2533         public void setType(String value)
2534         {
2535           this.type = value;
2536         }
2537
2538         /**
2539          * Gets the value of the width property.
2540          *
2541          * @return possible object is {@link Integer }
2542          *
2543          */
2544         public Integer getWidth()
2545         {
2546           return width;
2547         }
2548
2549         /**
2550          * Sets the value of the width property.
2551          *
2552          * @param value
2553          *          allowed object is {@link Integer }
2554          *
2555          */
2556         public void setWidth(Integer value)
2557         {
2558           this.width = value;
2559         }
2560
2561         /**
2562          * Gets the value of the height property.
2563          *
2564          * @return possible object is {@link Integer }
2565          *
2566          */
2567         public Integer getHeight()
2568         {
2569           return height;
2570         }
2571
2572         /**
2573          * Sets the value of the height property.
2574          *
2575          * @param value
2576          *          allowed object is {@link Integer }
2577          *
2578          */
2579         public void setHeight(Integer value)
2580         {
2581           this.height = value;
2582         }
2583
2584         /**
2585          * Gets the value of the xpos property.
2586          *
2587          * @return possible object is {@link Integer }
2588          *
2589          */
2590         public Integer getXpos()
2591         {
2592           return xpos;
2593         }
2594
2595         /**
2596          * Sets the value of the xpos property.
2597          *
2598          * @param value
2599          *          allowed object is {@link Integer }
2600          *
2601          */
2602         public void setXpos(Integer value)
2603         {
2604           this.xpos = value;
2605         }
2606
2607         /**
2608          * Gets the value of the ypos property.
2609          *
2610          * @return possible object is {@link Integer }
2611          *
2612          */
2613         public Integer getYpos()
2614         {
2615           return ypos;
2616         }
2617
2618         /**
2619          * Sets the value of the ypos property.
2620          *
2621          * @param value
2622          *          allowed object is {@link Integer }
2623          *
2624          */
2625         public void setYpos(Integer value)
2626         {
2627           this.ypos = value;
2628         }
2629
2630       }
2631
2632     }
2633
2634     /**
2635      * <p>
2636      * Java class for anonymous complex type.
2637      *
2638      * <p>
2639      * The following schema fragment specifies the expected content contained
2640      * within this class.
2641      *
2642      * <pre>
2643      * &lt;complexType>
2644      *   &lt;complexContent>
2645      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2646      *       &lt;sequence>
2647      *         &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
2648      *           &lt;complexType>
2649      *             &lt;complexContent>
2650      *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2651      *                 &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2652      *                 &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2653      *                 &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2654      *                 &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2655      *               &lt;/restriction>
2656      *             &lt;/complexContent>
2657      *           &lt;/complexType>
2658      *         &lt;/element>
2659      *       &lt;/sequence>
2660      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2661      *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2662      *       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2663      *       &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2664      *       &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2665      *     &lt;/restriction>
2666      *   &lt;/complexContent>
2667      * &lt;/complexType>
2668      * </pre>
2669      *
2670      *
2671      */
2672     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2673     @XmlType(name = "", propOrder = { "secondaryStructure" })
2674     public static class RnaViewer
2675     {
2676
2677       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
2678       protected List<JalviewModelType.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> secondaryStructure;
2679
2680       @XmlAttribute(name = "title")
2681       protected String title;
2682
2683       @XmlAttribute(name = "viewId")
2684       protected String viewId;
2685
2686       @XmlAttribute(name = "dividerLocation")
2687       protected Integer dividerLocation;
2688
2689       @XmlAttribute(name = "selectedRna")
2690       protected Integer selectedRna;
2691
2692       @XmlAttribute(name = "width")
2693       protected Integer width;
2694
2695       @XmlAttribute(name = "height")
2696       protected Integer height;
2697
2698       @XmlAttribute(name = "xpos")
2699       protected Integer xpos;
2700
2701       @XmlAttribute(name = "ypos")
2702       protected Integer ypos;
2703
2704       /**
2705        * Gets the value of the secondaryStructure property.
2706        *
2707        * <p>
2708        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2709        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2710        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2711        * <CODE>set</CODE> method for the secondaryStructure property.
2712        *
2713        * <p>
2714        * For example, to add a new item, do as follows:
2715        *
2716        * <pre>
2717        * getSecondaryStructure().add(newItem);
2718        * </pre>
2719        *
2720        *
2721        * <p>
2722        * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2723        * {@link JalviewModelType.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
2724        *
2725        *
2726        */
2727       public List<JalviewModelType.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> getSecondaryStructure()
2728       {
2729         if (secondaryStructure == null)
2730         {
2731           secondaryStructure = new ArrayList<JalviewModelType.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure>();
2732         }
2733         return this.secondaryStructure;
2734       }
2735
2736       /**
2737        * Gets the value of the title property.
2738        *
2739        * @return possible object is {@link String }
2740        *
2741        */
2742       public String getTitle()
2743       {
2744         return title;
2745       }
2746
2747       /**
2748        * Sets the value of the title property.
2749        *
2750        * @param value
2751        *          allowed object is {@link String }
2752        *
2753        */
2754       public void setTitle(String value)
2755       {
2756         this.title = value;
2757       }
2758
2759       /**
2760        * Gets the value of the viewId property.
2761        *
2762        * @return possible object is {@link String }
2763        *
2764        */
2765       public String getViewId()
2766       {
2767         return viewId;
2768       }
2769
2770       /**
2771        * Sets the value of the viewId property.
2772        *
2773        * @param value
2774        *          allowed object is {@link String }
2775        *
2776        */
2777       public void setViewId(String value)
2778       {
2779         this.viewId = value;
2780       }
2781
2782       /**
2783        * Gets the value of the dividerLocation property.
2784        *
2785        * @return possible object is {@link Integer }
2786        *
2787        */
2788       public Integer getDividerLocation()
2789       {
2790         return dividerLocation;
2791       }
2792
2793       /**
2794        * Sets the value of the dividerLocation property.
2795        *
2796        * @param value
2797        *          allowed object is {@link Integer }
2798        *
2799        */
2800       public void setDividerLocation(Integer value)
2801       {
2802         this.dividerLocation = value;
2803       }
2804
2805       /**
2806        * Gets the value of the selectedRna property.
2807        *
2808        * @return possible object is {@link Integer }
2809        *
2810        */
2811       public Integer getSelectedRna()
2812       {
2813         return selectedRna;
2814       }
2815
2816       /**
2817        * Sets the value of the selectedRna property.
2818        *
2819        * @param value
2820        *          allowed object is {@link Integer }
2821        *
2822        */
2823       public void setSelectedRna(Integer value)
2824       {
2825         this.selectedRna = value;
2826       }
2827
2828       /**
2829        * Gets the value of the width property.
2830        *
2831        * @return possible object is {@link Integer }
2832        *
2833        */
2834       public Integer getWidth()
2835       {
2836         return width;
2837       }
2838
2839       /**
2840        * Sets the value of the width property.
2841        *
2842        * @param value
2843        *          allowed object is {@link Integer }
2844        *
2845        */
2846       public void setWidth(Integer value)
2847       {
2848         this.width = value;
2849       }
2850
2851       /**
2852        * Gets the value of the height property.
2853        *
2854        * @return possible object is {@link Integer }
2855        *
2856        */
2857       public Integer getHeight()
2858       {
2859         return height;
2860       }
2861
2862       /**
2863        * Sets the value of the height property.
2864        *
2865        * @param value
2866        *          allowed object is {@link Integer }
2867        *
2868        */
2869       public void setHeight(Integer value)
2870       {
2871         this.height = value;
2872       }
2873
2874       /**
2875        * Gets the value of the xpos property.
2876        *
2877        * @return possible object is {@link Integer }
2878        *
2879        */
2880       public Integer getXpos()
2881       {
2882         return xpos;
2883       }
2884
2885       /**
2886        * Sets the value of the xpos property.
2887        *
2888        * @param value
2889        *          allowed object is {@link Integer }
2890        *
2891        */
2892       public void setXpos(Integer value)
2893       {
2894         this.xpos = value;
2895       }
2896
2897       /**
2898        * Gets the value of the ypos property.
2899        *
2900        * @return possible object is {@link Integer }
2901        *
2902        */
2903       public Integer getYpos()
2904       {
2905         return ypos;
2906       }
2907
2908       /**
2909        * Sets the value of the ypos property.
2910        *
2911        * @param value
2912        *          allowed object is {@link Integer }
2913        *
2914        */
2915       public void setYpos(Integer value)
2916       {
2917         this.ypos = value;
2918       }
2919
2920       /**
2921        * <p>
2922        * Java class for anonymous complex type.
2923        *
2924        * <p>
2925        * The following schema fragment specifies the expected content contained
2926        * within this class.
2927        *
2928        * <pre>
2929        * &lt;complexType>
2930        *   &lt;complexContent>
2931        *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2932        *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2933        *       &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2934        *       &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2935        *       &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2936        *     &lt;/restriction>
2937        *   &lt;/complexContent>
2938        * &lt;/complexType>
2939        * </pre>
2940        *
2941        *
2942        */
2943       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2944       @XmlType(name = "")
2945       public static class SecondaryStructure
2946       {
2947
2948         @XmlAttribute(name = "title")
2949         protected String title;
2950
2951         @XmlAttribute(name = "annotationId", required = true)
2952         protected String annotationId;
2953
2954         @XmlAttribute(name = "gapped")
2955         protected Boolean gapped;
2956
2957         @XmlAttribute(name = "viewerState")
2958         protected String viewerState;
2959
2960         /**
2961          * Gets the value of the title property.
2962          *
2963          * @return possible object is {@link String }
2964          *
2965          */
2966         public String getTitle()
2967         {
2968           return title;
2969         }
2970
2971         /**
2972          * Sets the value of the title property.
2973          *
2974          * @param value
2975          *          allowed object is {@link String }
2976          *
2977          */
2978         public void setTitle(String value)
2979         {
2980           this.title = value;
2981         }
2982
2983         /**
2984          * Gets the value of the annotationId property.
2985          *
2986          * @return possible object is {@link String }
2987          *
2988          */
2989         public String getAnnotationId()
2990         {
2991           return annotationId;
2992         }
2993
2994         /**
2995          * Sets the value of the annotationId property.
2996          *
2997          * @param value
2998          *          allowed object is {@link String }
2999          *
3000          */
3001         public void setAnnotationId(String value)
3002         {
3003           this.annotationId = value;
3004         }
3005
3006         /**
3007          * Gets the value of the gapped property.
3008          *
3009          * @return possible object is {@link Boolean }
3010          *
3011          */
3012         public Boolean isGapped()
3013         {
3014           return gapped;
3015         }
3016
3017         /**
3018          * Sets the value of the gapped property.
3019          *
3020          * @param value
3021          *          allowed object is {@link Boolean }
3022          *
3023          */
3024         public void setGapped(Boolean value)
3025         {
3026           this.gapped = value;
3027         }
3028
3029         /**
3030          * Gets the value of the viewerState property.
3031          *
3032          * @return possible object is {@link String }
3033          *
3034          */
3035         public String getViewerState()
3036         {
3037           return viewerState;
3038         }
3039
3040         /**
3041          * Sets the value of the viewerState property.
3042          *
3043          * @param value
3044          *          allowed object is {@link String }
3045          *
3046          */
3047         public void setViewerState(String value)
3048         {
3049           this.viewerState = value;
3050         }
3051
3052       }
3053
3054     }
3055
3056   }
3057
3058   /**
3059    * <p>
3060    * Java class for anonymous complex type.
3061    *
3062    * <p>
3063    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3064    * within this class.
3065    *
3066    * <pre>
3067    * &lt;complexType>
3068    *   &lt;complexContent>
3069    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3070    *       &lt;sequence minOccurs="0">
3071    *         &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
3072    *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
3073    *       &lt;/sequence>
3074    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
3075    *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3076    *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3077    *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3078    *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
3079    *       &lt;attribute name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3080    *       &lt;attribute name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3081    *       &lt;attribute name="markUnlinked" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3082    *       &lt;attribute name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3083    *       &lt;attribute name="currentTree" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3084    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
3085    *     &lt;/restriction>
3086    *   &lt;/complexContent>
3087    * &lt;/complexType>
3088    * </pre>
3089    *
3090    *
3091    */
3092   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3093   @XmlType(name = "", propOrder = { "title", "newick" })
3094   public static class Tree
3095   {
3096
3097     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3098     protected String title;
3099
3100     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3101     protected String newick;
3102
3103     @XmlAttribute(name = "fontName")
3104     protected String fontName;
3105
3106     @XmlAttribute(name = "fontSize")
3107     protected Integer fontSize;
3108
3109     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
3110     protected Integer fontStyle;
3111
3112     @XmlAttribute(name = "threshold")
3113     protected Float threshold;
3114
3115     @XmlAttribute(name = "showBootstrap")
3116     protected Boolean showBootstrap;
3117
3118     @XmlAttribute(name = "showDistances")
3119     protected Boolean showDistances;
3120
3121     @XmlAttribute(name = "markUnlinked")
3122     protected Boolean markUnlinked;
3123
3124     @XmlAttribute(name = "fitToWindow")
3125     protected Boolean fitToWindow;
3126
3127     @XmlAttribute(name = "currentTree")
3128     protected Boolean currentTree;
3129
3130     @XmlAttribute(name = "id")
3131     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
3132     @XmlID
3133     @XmlSchemaType(name = "ID")
3134     protected String id;
3135
3136     @XmlAttribute(name = "width")
3137     protected Integer width;
3138
3139     @XmlAttribute(name = "height")
3140     protected Integer height;
3141
3142     @XmlAttribute(name = "xpos")
3143     protected Integer xpos;
3144
3145     @XmlAttribute(name = "ypos")
3146     protected Integer ypos;
3147
3148     /**
3149      * Gets the value of the title property.
3150      *
3151      * @return possible object is {@link String }
3152      *
3153      */
3154     public String getTitle()
3155     {
3156       return title;
3157     }
3158
3159     /**
3160      * Sets the value of the title property.
3161      *
3162      * @param value
3163      *          allowed object is {@link String }
3164      *
3165      */
3166     public void setTitle(String value)
3167     {
3168       this.title = value;
3169     }
3170
3171     /**
3172      * Gets the value of the newick property.
3173      *
3174      * @return possible object is {@link String }
3175      *
3176      */
3177     public String getNewick()
3178     {
3179       return newick;
3180     }
3181
3182     /**
3183      * Sets the value of the newick property.
3184      *
3185      * @param value
3186      *          allowed object is {@link String }
3187      *
3188      */
3189     public void setNewick(String value)
3190     {
3191       this.newick = value;
3192     }
3193
3194     /**
3195      * Gets the value of the fontName property.
3196      *
3197      * @return possible object is {@link String }
3198      *
3199      */
3200     public String getFontName()
3201     {
3202       return fontName;
3203     }
3204
3205     /**
3206      * Sets the value of the fontName property.
3207      *
3208      * @param value
3209      *          allowed object is {@link String }
3210      *
3211      */
3212     public void setFontName(String value)
3213     {
3214       this.fontName = value;
3215     }
3216
3217     /**
3218      * Gets the value of the fontSize property.
3219      *
3220      * @return possible object is {@link Integer }
3221      *
3222      */
3223     public Integer getFontSize()
3224     {
3225       return fontSize;
3226     }
3227
3228     /**
3229      * Sets the value of the fontSize property.
3230      *
3231      * @param value
3232      *          allowed object is {@link Integer }
3233      *
3234      */
3235     public void setFontSize(Integer value)
3236     {
3237       this.fontSize = value;
3238     }
3239
3240     /**
3241      * Gets the value of the fontStyle property.
3242      *
3243      * @return possible object is {@link Integer }
3244      *
3245      */
3246     public Integer getFontStyle()
3247     {
3248       return fontStyle;
3249     }
3250
3251     /**
3252      * Sets the value of the fontStyle property.
3253      *
3254      * @param value
3255      *          allowed object is {@link Integer }
3256      *
3257      */
3258     public void setFontStyle(Integer value)
3259     {
3260       this.fontStyle = value;
3261     }
3262
3263     /**
3264      * Gets the value of the threshold property.
3265      *
3266      * @return possible object is {@link Float }
3267      *
3268      */
3269     public Float getThreshold()
3270     {
3271       return threshold;
3272     }
3273
3274     /**
3275      * Sets the value of the threshold property.
3276      *
3277      * @param value
3278      *          allowed object is {@link Float }
3279      *
3280      */
3281     public void setThreshold(Float value)
3282     {
3283       this.threshold = value;
3284     }
3285
3286     /**
3287      * Gets the value of the showBootstrap property.
3288      *
3289      * @return possible object is {@link Boolean }
3290      *
3291      */
3292     public Boolean isShowBootstrap()
3293     {
3294       return showBootstrap;
3295     }
3296
3297     /**
3298      * Sets the value of the showBootstrap property.
3299      *
3300      * @param value
3301      *          allowed object is {@link Boolean }
3302      *
3303      */
3304     public void setShowBootstrap(Boolean value)
3305     {
3306       this.showBootstrap = value;
3307     }
3308
3309     /**
3310      * Gets the value of the showDistances property.
3311      *
3312      * @return possible object is {@link Boolean }
3313      *
3314      */
3315     public Boolean isShowDistances()
3316     {
3317       return showDistances;
3318     }
3319
3320     /**
3321      * Sets the value of the showDistances property.
3322      *
3323      * @param value
3324      *          allowed object is {@link Boolean }
3325      *
3326      */
3327     public void setShowDistances(Boolean value)
3328     {
3329       this.showDistances = value;
3330     }
3331
3332     /**
3333      * Gets the value of the markUnlinked property.
3334      *
3335      * @return possible object is {@link Boolean }
3336      *
3337      */
3338     public Boolean isMarkUnlinked()
3339     {
3340       return markUnlinked;
3341     }
3342
3343     /**
3344      * Sets the value of the markUnlinked property.
3345      *
3346      * @param value
3347      *          allowed object is {@link Boolean }
3348      *
3349      */
3350     public void setMarkUnlinked(Boolean value)
3351     {
3352       this.markUnlinked = value;
3353     }
3354
3355     /**
3356      * Gets the value of the fitToWindow property.
3357      *
3358      * @return possible object is {@link Boolean }
3359      *
3360      */
3361     public Boolean isFitToWindow()
3362     {
3363       return fitToWindow;
3364     }
3365
3366     /**
3367      * Sets the value of the fitToWindow property.
3368      *
3369      * @param value
3370      *          allowed object is {@link Boolean }
3371      *
3372      */
3373     public void setFitToWindow(Boolean value)
3374     {
3375       this.fitToWindow = value;
3376     }
3377
3378     /**
3379      * Gets the value of the currentTree property.
3380      *
3381      * @return possible object is {@link Boolean }
3382      *
3383      */
3384     public Boolean isCurrentTree()
3385     {
3386       return currentTree;
3387     }
3388
3389     /**
3390      * Sets the value of the currentTree property.
3391      *
3392      * @param value
3393      *          allowed object is {@link Boolean }
3394      *
3395      */
3396     public void setCurrentTree(Boolean value)
3397     {
3398       this.currentTree = value;
3399     }
3400
3401     /**
3402      * Gets the value of the id property.
3403      *
3404      * @return possible object is {@link String }
3405      *
3406      */
3407     public String getId()
3408     {
3409       return id;
3410     }
3411
3412     /**
3413      * Sets the value of the id property.
3414      *
3415      * @param value
3416      *          allowed object is {@link String }
3417      *
3418      */
3419     public void setId(String value)
3420     {
3421       this.id = value;
3422     }
3423
3424     /**
3425      * Gets the value of the width property.
3426      *
3427      * @return possible object is {@link Integer }
3428      *
3429      */
3430     public Integer getWidth()
3431     {
3432       return width;
3433     }
3434
3435     /**
3436      * Sets the value of the width property.
3437      *
3438      * @param value
3439      *          allowed object is {@link Integer }
3440      *
3441      */
3442     public void setWidth(Integer value)
3443     {
3444       this.width = value;
3445     }
3446
3447     /**
3448      * Gets the value of the height property.
3449      *
3450      * @return possible object is {@link Integer }
3451      *
3452      */
3453     public Integer getHeight()
3454     {
3455       return height;
3456     }
3457
3458     /**
3459      * Sets the value of the height property.
3460      *
3461      * @param value
3462      *          allowed object is {@link Integer }
3463      *
3464      */
3465     public void setHeight(Integer value)
3466     {
3467       this.height = value;
3468     }
3469
3470     /**
3471      * Gets the value of the xpos property.
3472      *
3473      * @return possible object is {@link Integer }
3474      *
3475      */
3476     public Integer getXpos()
3477     {
3478       return xpos;
3479     }
3480
3481     /**
3482      * Sets the value of the xpos property.
3483      *
3484      * @param value
3485      *          allowed object is {@link Integer }
3486      *
3487      */
3488     public void setXpos(Integer value)
3489     {
3490       this.xpos = value;
3491     }
3492
3493     /**
3494      * Gets the value of the ypos property.
3495      *
3496      * @return possible object is {@link Integer }
3497      *
3498      */
3499     public Integer getYpos()
3500     {
3501       return ypos;
3502     }
3503
3504     /**
3505      * Sets the value of the ypos property.
3506      *
3507      * @param value
3508      *          allowed object is {@link Integer }
3509      *
3510      */
3511     public void setYpos(Integer value)
3512     {
3513       this.ypos = value;
3514     }
3515
3516   }
3517
3518   /**
3519    * <p>
3520    * Java class for anonymous complex type.
3521    *
3522    * <p>
3523    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3524    * within this class.
3525    *
3526    * <pre>
3527    * &lt;complexType>
3528    *   &lt;complexContent>
3529    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3530    *       &lt;sequence>
3531    *         &lt;element name="UserColourScheme" type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
3532    *       &lt;/sequence>
3533    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3534    *     &lt;/restriction>
3535    *   &lt;/complexContent>
3536    * &lt;/complexType>
3537    * </pre>
3538    *
3539    *
3540    */
3541   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3542   @XmlType(name = "", propOrder = { "userColourScheme" })
3543   public static class UserColours
3544   {
3545
3546     @XmlElement(
3547       name = "UserColourScheme",
3548       namespace = "www.jalview.org",
3549       required = true)
3550     protected JalviewUserColours userColourScheme;
3551
3552     @XmlAttribute(name = "id")
3553     protected String id;
3554
3555     /**
3556      * Gets the value of the userColourScheme property.
3557      *
3558      * @return possible object is {@link JalviewUserColours }
3559      *
3560      */
3561     public JalviewUserColours getUserColourScheme()
3562     {
3563       return userColourScheme;
3564     }
3565
3566     /**
3567      * Sets the value of the userColourScheme property.
3568      *
3569      * @param value
3570      *          allowed object is {@link JalviewUserColours }
3571      *
3572      */
3573     public void setUserColourScheme(JalviewUserColours value)
3574     {
3575       this.userColourScheme = value;
3576     }
3577
3578     /**
3579      * Gets the value of the id property.
3580      *
3581      * @return possible object is {@link String }
3582      *
3583      */
3584     public String getId()
3585     {
3586       return id;
3587     }
3588
3589     /**
3590      * Sets the value of the id property.
3591      *
3592      * @param value
3593      *          allowed object is {@link String }
3594      *
3595      */
3596     public void setId(String value)
3597     {
3598       this.id = value;
3599     }
3600
3601   }
3602
3603   /**
3604    * <p>
3605    * Java class for anonymous complex type.
3606    *
3607    * <p>
3608    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3609    * within this class.
3610    *
3611    * <pre>
3612    * &lt;complexType>
3613    *   &lt;complexContent>
3614    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3615    *       &lt;sequence>
3616    *         &lt;element name="AnnotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
3617    *         &lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
3618    *           &lt;complexType>
3619    *             &lt;complexContent>
3620    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3621    *                 &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3622    *                 &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3623    *               &lt;/restriction>
3624    *             &lt;/complexContent>
3625    *           &lt;/complexType>
3626    *         &lt;/element>
3627    *         &lt;element name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
3628    *           &lt;complexType>
3629    *             &lt;complexContent>
3630    *               &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
3631    *                 &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3632    *                 &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3633    *                 &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3634    *               &lt;/extension>
3635    *             &lt;/complexContent>
3636    *           &lt;/complexType>
3637    *         &lt;/element>
3638    *       &lt;/sequence>
3639    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
3640    *       &lt;attribute name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3641    *       &lt;attribute name="pidSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3642    *       &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3643    *       &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3644    *       &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3645    *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3646    *       &lt;attribute name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3647    *       &lt;attribute name="rightAlignIds" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3648    *       &lt;attribute name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3649    *       &lt;attribute name="showColourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3650    *       &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3651    *       &lt;attribute name="showBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3652    *       &lt;attribute name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3653    *       &lt;attribute name="renderGaps" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3654    *       &lt;attribute name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3655    *       &lt;attribute name="showNPfeatureTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3656    *       &lt;attribute name="showDbRefTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3657    *       &lt;attribute name="followHighlight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3658    *       &lt;attribute name="followSelection" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3659    *       &lt;attribute name="showAnnotation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3660    *       &lt;attribute name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3661    *       &lt;attribute name="showGroupConservation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3662    *       &lt;attribute name="showGroupConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3663    *       &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3664    *       &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3665    *       &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3666    *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3667    *       &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3668    *       &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3669    *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3670    *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3671    *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3672    *       &lt;attribute name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3673    *       &lt;attribute name="viewName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3674    *       &lt;attribute name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3675    *       &lt;attribute name="gatheredViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3676    *       &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3677    *       &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3678    *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3679    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
3680    *       &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3681    *     &lt;/restriction>
3682    *   &lt;/complexContent>
3683    * &lt;/complexType>
3684    * </pre>
3685    *
3686    *
3687    */
3688   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3689   @XmlType(
3690     name = "",
3691     propOrder =
3692     { "annotationColours", "hiddenColumns", "calcIdParam" })
3693   public static class Viewport
3694   {
3695
3696     @XmlElement(name = "AnnotationColours", namespace = "www.jalview.org")
3697     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
3698
3699     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3700     protected List<JalviewModelType.Viewport.HiddenColumns> hiddenColumns;
3701
3702     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3703     protected List<JalviewModelType.Viewport.CalcIdParam> calcIdParam;
3704
3705     @XmlAttribute(name = "conservationSelected")
3706     protected Boolean conservationSelected;
3707
3708     @XmlAttribute(name = "pidSelected")
3709     protected Boolean pidSelected;
3710
3711     @XmlAttribute(name = "bgColour")
3712     protected String bgColour;
3713
3714     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
3715     protected Integer consThreshold;
3716
3717     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
3718     protected Integer pidThreshold;
3719
3720     @XmlAttribute(name = "title")
3721     protected String title;
3722
3723     @XmlAttribute(name = "showFullId")
3724     protected Boolean showFullId;
3725
3726     @XmlAttribute(name = "rightAlignIds")
3727     protected Boolean rightAlignIds;
3728
3729     @XmlAttribute(name = "showText")
3730     protected Boolean showText;
3731
3732     @XmlAttribute(name = "showColourText")
3733     protected Boolean showColourText;
3734
3735     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
3736     protected Boolean showUnconserved;
3737
3738     @XmlAttribute(name = "showBoxes")
3739     protected Boolean showBoxes;
3740
3741     @XmlAttribute(name = "wrapAlignment")
3742     protected Boolean wrapAlignment;
3743
3744     @XmlAttribute(name = "renderGaps")
3745     protected Boolean renderGaps;
3746
3747     @XmlAttribute(name = "showSequenceFeatures")
3748     protected Boolean showSequenceFeatures;
3749
3750     @XmlAttribute(name = "showNPfeatureTooltip")
3751     protected Boolean showNPfeatureTooltip;
3752
3753     @XmlAttribute(name = "showDbRefTooltip")
3754     protected Boolean showDbRefTooltip;
3755
3756     @XmlAttribute(name = "followHighlight")
3757     protected Boolean followHighlight;
3758
3759     @XmlAttribute(name = "followSelection")
3760     protected Boolean followSelection;
3761
3762     @XmlAttribute(name = "showAnnotation")
3763     protected Boolean showAnnotation;
3764
3765     @XmlAttribute(name = "centreColumnLabels")
3766     protected Boolean centreColumnLabels;
3767
3768     @XmlAttribute(name = "showGroupConservation")
3769     protected Boolean showGroupConservation;
3770
3771     @XmlAttribute(name = "showGroupConsensus")
3772     protected Boolean showGroupConsensus;
3773
3774     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
3775     protected Boolean showConsensusHistogram;
3776
3777     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
3778     protected Boolean showSequenceLogo;
3779
3780     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
3781     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
3782
3783     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
3784     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
3785
3786     @XmlAttribute(name = "startRes")
3787     protected Integer startRes;
3788
3789     @XmlAttribute(name = "startSeq")
3790     protected Integer startSeq;
3791
3792     @XmlAttribute(name = "fontName")
3793     protected String fontName;
3794
3795     @XmlAttribute(name = "fontSize")
3796     protected Integer fontSize;
3797
3798     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
3799     protected Integer fontStyle;
3800
3801     @XmlAttribute(name = "scaleProteinAsCdna")
3802     protected Boolean scaleProteinAsCdna;
3803
3804     @XmlAttribute(name = "viewName")
3805     protected String viewName;
3806
3807     @XmlAttribute(name = "sequenceSetId")
3808     protected String sequenceSetId;
3809
3810     @XmlAttribute(name = "gatheredViews")
3811     protected Boolean gatheredViews;
3812
3813     @XmlAttribute(name = "textCol1")
3814     protected Integer textCol1;
3815
3816     @XmlAttribute(name = "textCol2")
3817     protected Integer textCol2;
3818
3819     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
3820     protected Integer textColThreshold;
3821
3822     @XmlAttribute(name = "id")
3823     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
3824     @XmlID
3825     @XmlSchemaType(name = "ID")
3826     protected String id;
3827
3828     @XmlAttribute(name = "complementId")
3829     protected String complementId;
3830
3831     @XmlAttribute(name = "width")
3832     protected Integer width;
3833
3834     @XmlAttribute(name = "height")
3835     protected Integer height;
3836
3837     @XmlAttribute(name = "xpos")
3838     protected Integer xpos;
3839
3840     @XmlAttribute(name = "ypos")
3841     protected Integer ypos;
3842
3843     /**
3844      * Gets the value of the annotationColours property.
3845      *
3846      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
3847      *
3848      */
3849     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
3850     {
3851       return annotationColours;
3852     }
3853
3854     /**
3855      * Sets the value of the annotationColours property.
3856      *
3857      * @param value
3858      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
3859      *
3860      */
3861     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
3862     {
3863       this.annotationColours = value;
3864     }
3865
3866     /**
3867      * Gets the value of the hiddenColumns property.
3868      *
3869      * <p>
3870      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
3871      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3872      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3873      * <CODE>set</CODE> method for the hiddenColumns property.
3874      *
3875      * <p>
3876      * For example, to add a new item, do as follows:
3877      *
3878      * <pre>
3879      * getHiddenColumns().add(newItem);
3880      * </pre>
3881      *
3882      *
3883      * <p>
3884      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
3885      * {@link JalviewModelType.Viewport.HiddenColumns }
3886      *
3887      *
3888      */
3889     public List<JalviewModelType.Viewport.HiddenColumns> getHiddenColumns()
3890     {
3891       if (hiddenColumns == null)
3892       {
3893         hiddenColumns = new ArrayList<JalviewModelType.Viewport.HiddenColumns>();
3894       }
3895       return this.hiddenColumns;
3896     }
3897
3898     /**
3899      * Gets the value of the calcIdParam property.
3900      *
3901      * <p>
3902      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
3903      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3904      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3905      * <CODE>set</CODE> method for the calcIdParam property.
3906      *
3907      * <p>
3908      * For example, to add a new item, do as follows:
3909      *
3910      * <pre>
3911      * getCalcIdParam().add(newItem);
3912      * </pre>
3913      *
3914      *
3915      * <p>
3916      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
3917      * {@link JalviewModelType.Viewport.CalcIdParam }
3918      *
3919      *
3920      */
3921     public List<JalviewModelType.Viewport.CalcIdParam> getCalcIdParam()
3922     {
3923       if (calcIdParam == null)
3924       {
3925         calcIdParam = new ArrayList<JalviewModelType.Viewport.CalcIdParam>();
3926       }
3927       return this.calcIdParam;
3928     }
3929
3930     /**
3931      * Gets the value of the conservationSelected property.
3932      *
3933      * @return possible object is {@link Boolean }
3934      *
3935      */
3936     public Boolean isConservationSelected()
3937     {
3938       return conservationSelected;
3939     }
3940
3941     /**
3942      * Sets the value of the conservationSelected property.
3943      *
3944      * @param value
3945      *          allowed object is {@link Boolean }
3946      *
3947      */
3948     public void setConservationSelected(Boolean value)
3949     {
3950       this.conservationSelected = value;
3951     }
3952
3953     /**
3954      * Gets the value of the pidSelected property.
3955      *
3956      * @return possible object is {@link Boolean }
3957      *
3958      */
3959     public Boolean isPidSelected()
3960     {
3961       return pidSelected;
3962     }
3963
3964     /**
3965      * Sets the value of the pidSelected property.
3966      *
3967      * @param value
3968      *          allowed object is {@link Boolean }
3969      *
3970      */
3971     public void setPidSelected(Boolean value)
3972     {
3973       this.pidSelected = value;
3974     }
3975
3976     /**
3977      * Gets the value of the bgColour property.
3978      *
3979      * @return possible object is {@link String }
3980      *
3981      */
3982     public String getBgColour()
3983     {
3984       return bgColour;
3985     }
3986
3987     /**
3988      * Sets the value of the bgColour property.
3989      *
3990      * @param value
3991      *          allowed object is {@link String }
3992      *
3993      */
3994     public void setBgColour(String value)
3995     {
3996       this.bgColour = value;
3997     }
3998
3999     /**
4000      * Gets the value of the consThreshold property.
4001      *
4002      * @return possible object is {@link Integer }
4003      *
4004      */
4005     public Integer getConsThreshold()
4006     {
4007       return consThreshold;
4008     }
4009
4010     /**
4011      * Sets the value of the consThreshold property.
4012      *
4013      * @param value
4014      *          allowed object is {@link Integer }
4015      *
4016      */
4017     public void setConsThreshold(Integer value)
4018     {
4019       this.consThreshold = value;
4020     }
4021
4022     /**
4023      * Gets the value of the pidThreshold property.
4024      *
4025      * @return possible object is {@link Integer }
4026      *
4027      */
4028     public Integer getPidThreshold()
4029     {
4030       return pidThreshold;
4031     }
4032
4033     /**
4034      * Sets the value of the pidThreshold property.
4035      *
4036      * @param value
4037      *          allowed object is {@link Integer }
4038      *
4039      */
4040     public void setPidThreshold(Integer value)
4041     {
4042       this.pidThreshold = value;
4043     }
4044
4045     /**
4046      * Gets the value of the title property.
4047      *
4048      * @return possible object is {@link String }
4049      *
4050      */
4051     public String getTitle()
4052     {
4053       return title;
4054     }
4055
4056     /**
4057      * Sets the value of the title property.
4058      *
4059      * @param value
4060      *          allowed object is {@link String }
4061      *
4062      */
4063     public void setTitle(String value)
4064     {
4065       this.title = value;
4066     }
4067
4068     /**
4069      * Gets the value of the showFullId property.
4070      *
4071      * @return possible object is {@link Boolean }
4072      *
4073      */
4074     public Boolean isShowFullId()
4075     {
4076       return showFullId;
4077     }
4078
4079     /**
4080      * Sets the value of the showFullId property.
4081      *
4082      * @param value
4083      *          allowed object is {@link Boolean }
4084      *
4085      */
4086     public void setShowFullId(Boolean value)
4087     {
4088       this.showFullId = value;
4089     }
4090
4091     /**
4092      * Gets the value of the rightAlignIds property.
4093      *
4094      * @return possible object is {@link Boolean }
4095      *
4096      */
4097     public Boolean isRightAlignIds()
4098     {
4099       return rightAlignIds;
4100     }
4101
4102     /**
4103      * Sets the value of the rightAlignIds property.
4104      *
4105      * @param value
4106      *          allowed object is {@link Boolean }
4107      *
4108      */
4109     public void setRightAlignIds(Boolean value)
4110     {
4111       this.rightAlignIds = value;
4112     }
4113
4114     /**
4115      * Gets the value of the showText property.
4116      *
4117      * @return possible object is {@link Boolean }
4118      *
4119      */
4120     public Boolean isShowText()
4121     {
4122       return showText;
4123     }
4124
4125     /**
4126      * Sets the value of the showText property.
4127      *
4128      * @param value
4129      *          allowed object is {@link Boolean }
4130      *
4131      */
4132     public void setShowText(Boolean value)
4133     {
4134       this.showText = value;
4135     }
4136
4137     /**
4138      * Gets the value of the showColourText property.
4139      *
4140      * @return possible object is {@link Boolean }
4141      *
4142      */
4143     public Boolean isShowColourText()
4144     {
4145       return showColourText;
4146     }
4147
4148     /**
4149      * Sets the value of the showColourText property.
4150      *
4151      * @param value
4152      *          allowed object is {@link Boolean }
4153      *
4154      */
4155     public void setShowColourText(Boolean value)
4156     {
4157       this.showColourText = value;
4158     }
4159
4160     /**
4161      * Gets the value of the showUnconserved property.
4162      *
4163      * @return possible object is {@link Boolean }
4164      *
4165      */
4166     public boolean isShowUnconserved()
4167     {
4168       if (showUnconserved == null)
4169       {
4170         return false;
4171       }
4172       else
4173       {
4174         return showUnconserved;
4175       }
4176     }
4177
4178     /**
4179      * Sets the value of the showUnconserved property.
4180      *
4181      * @param value
4182      *          allowed object is {@link Boolean }
4183      *
4184      */
4185     public void setShowUnconserved(Boolean value)
4186     {
4187       this.showUnconserved = value;
4188     }
4189
4190     /**
4191      * Gets the value of the showBoxes property.
4192      *
4193      * @return possible object is {@link Boolean }
4194      *
4195      */
4196     public Boolean isShowBoxes()
4197     {
4198       return showBoxes;
4199     }
4200
4201     /**
4202      * Sets the value of the showBoxes property.
4203      *
4204      * @param value
4205      *          allowed object is {@link Boolean }
4206      *
4207      */
4208     public void setShowBoxes(Boolean value)
4209     {
4210       this.showBoxes = value;
4211     }
4212
4213     /**
4214      * Gets the value of the wrapAlignment property.
4215      *
4216      * @return possible object is {@link Boolean }
4217      *
4218      */
4219     public Boolean isWrapAlignment()
4220     {
4221       return wrapAlignment;
4222     }
4223
4224     /**
4225      * Sets the value of the wrapAlignment property.
4226      *
4227      * @param value
4228      *          allowed object is {@link Boolean }
4229      *
4230      */
4231     public void setWrapAlignment(Boolean value)
4232     {
4233       this.wrapAlignment = value;
4234     }
4235
4236     /**
4237      * Gets the value of the renderGaps property.
4238      *
4239      * @return possible object is {@link Boolean }
4240      *
4241      */
4242     public Boolean isRenderGaps()
4243     {
4244       return renderGaps;
4245     }
4246
4247     /**
4248      * Sets the value of the renderGaps property.
4249      *
4250      * @param value
4251      *          allowed object is {@link Boolean }
4252      *
4253      */
4254     public void setRenderGaps(Boolean value)
4255     {
4256       this.renderGaps = value;
4257     }
4258
4259     /**
4260      * Gets the value of the showSequenceFeatures property.
4261      *
4262      * @return possible object is {@link Boolean }
4263      *
4264      */
4265     public Boolean isShowSequenceFeatures()
4266     {
4267       return showSequenceFeatures;
4268     }
4269
4270     /**
4271      * Sets the value of the showSequenceFeatures property.
4272      *
4273      * @param value
4274      *          allowed object is {@link Boolean }
4275      *
4276      */
4277     public void setShowSequenceFeatures(Boolean value)
4278     {
4279       this.showSequenceFeatures = value;
4280     }
4281
4282     /**
4283      * Gets the value of the showNPfeatureTooltip property.
4284      *
4285      * @return possible object is {@link Boolean }
4286      *
4287      */
4288     public Boolean isShowNPfeatureTooltip()
4289     {
4290       return showNPfeatureTooltip;
4291     }
4292
4293     /**
4294      * Sets the value of the showNPfeatureTooltip property.
4295      *
4296      * @param value
4297      *          allowed object is {@link Boolean }
4298      *
4299      */
4300     public void setShowNPfeatureTooltip(Boolean value)
4301     {
4302       this.showNPfeatureTooltip = value;
4303     }
4304
4305     /**
4306      * Gets the value of the showDbRefTooltip property.
4307      *
4308      * @return possible object is {@link Boolean }
4309      *
4310      */
4311     public Boolean isShowDbRefTooltip()
4312     {
4313       return showDbRefTooltip;
4314     }
4315
4316     /**
4317      * Sets the value of the showDbRefTooltip property.
4318      *
4319      * @param value
4320      *          allowed object is {@link Boolean }
4321      *
4322      */
4323     public void setShowDbRefTooltip(Boolean value)
4324     {
4325       this.showDbRefTooltip = value;
4326     }
4327
4328     /**
4329      * Gets the value of the followHighlight property.
4330      *
4331      * @return possible object is {@link Boolean }
4332      *
4333      */
4334     public boolean isFollowHighlight()
4335     {
4336       if (followHighlight == null)
4337       {
4338         return true;
4339       }
4340       else
4341       {
4342         return followHighlight;
4343       }
4344     }
4345
4346     /**
4347      * Sets the value of the followHighlight property.
4348      *
4349      * @param value
4350      *          allowed object is {@link Boolean }
4351      *
4352      */
4353     public void setFollowHighlight(Boolean value)
4354     {
4355       this.followHighlight = value;
4356     }
4357
4358     /**
4359      * Gets the value of the followSelection property.
4360      *
4361      * @return possible object is {@link Boolean }
4362      *
4363      */
4364     public boolean isFollowSelection()
4365     {
4366       if (followSelection == null)
4367       {
4368         return true;
4369       }
4370       else
4371       {
4372         return followSelection;
4373       }
4374     }
4375
4376     /**
4377      * Sets the value of the followSelection property.
4378      *
4379      * @param value
4380      *          allowed object is {@link Boolean }
4381      *
4382      */
4383     public void setFollowSelection(Boolean value)
4384     {
4385       this.followSelection = value;
4386     }
4387
4388     /**
4389      * Gets the value of the showAnnotation property.
4390      *
4391      * @return possible object is {@link Boolean }
4392      *
4393      */
4394     public Boolean isShowAnnotation()
4395     {
4396       return showAnnotation;
4397     }
4398
4399     /**
4400      * Sets the value of the showAnnotation property.
4401      *
4402      * @param value
4403      *          allowed object is {@link Boolean }
4404      *
4405      */
4406     public void setShowAnnotation(Boolean value)
4407     {
4408       this.showAnnotation = value;
4409     }
4410
4411     /**
4412      * Gets the value of the centreColumnLabels property.
4413      *
4414      * @return possible object is {@link Boolean }
4415      *
4416      */
4417     public boolean isCentreColumnLabels()
4418     {
4419       if (centreColumnLabels == null)
4420       {
4421         return false;
4422       }
4423       else
4424       {
4425         return centreColumnLabels;
4426       }
4427     }
4428
4429     /**
4430      * Sets the value of the centreColumnLabels property.
4431      *
4432      * @param value
4433      *          allowed object is {@link Boolean }
4434      *
4435      */
4436     public void setCentreColumnLabels(Boolean value)
4437     {
4438       this.centreColumnLabels = value;
4439     }
4440
4441     /**
4442      * Gets the value of the showGroupConservation property.
4443      *
4444      * @return possible object is {@link Boolean }
4445      *
4446      */
4447     public boolean isShowGroupConservation()
4448     {
4449       if (showGroupConservation == null)
4450       {
4451         return false;
4452       }
4453       else
4454       {
4455         return showGroupConservation;
4456       }
4457     }
4458
4459     /**
4460      * Sets the value of the showGroupConservation property.
4461      *
4462      * @param value
4463      *          allowed object is {@link Boolean }
4464      *
4465      */
4466     public void setShowGroupConservation(Boolean value)
4467     {
4468       this.showGroupConservation = value;
4469     }
4470
4471     /**
4472      * Gets the value of the showGroupConsensus property.
4473      *
4474      * @return possible object is {@link Boolean }
4475      *
4476      */
4477     public boolean isShowGroupConsensus()
4478     {
4479       if (showGroupConsensus == null)
4480       {
4481         return false;
4482       }
4483       else
4484       {
4485         return showGroupConsensus;
4486       }
4487     }
4488
4489     /**
4490      * Sets the value of the showGroupConsensus property.
4491      *
4492      * @param value
4493      *          allowed object is {@link Boolean }
4494      *
4495      */
4496     public void setShowGroupConsensus(Boolean value)
4497     {
4498       this.showGroupConsensus = value;
4499     }
4500
4501     /**
4502      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
4503      *
4504      * @return possible object is {@link Boolean }
4505      *
4506      */
4507     public boolean isShowConsensusHistogram()
4508     {
4509       if (showConsensusHistogram == null)
4510       {
4511         return true;
4512       }
4513       else
4514       {
4515         return showConsensusHistogram;
4516       }
4517     }
4518
4519     /**
4520      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
4521      *
4522      * @param value
4523      *          allowed object is {@link Boolean }
4524      *
4525      */
4526     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
4527     {
4528       this.showConsensusHistogram = value;
4529     }
4530
4531     /**
4532      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
4533      *
4534      * @return possible object is {@link Boolean }
4535      *
4536      */
4537     public boolean isShowSequenceLogo()
4538     {
4539       if (showSequenceLogo == null)
4540       {
4541         return false;
4542       }
4543       else
4544       {
4545         return showSequenceLogo;
4546       }
4547     }
4548
4549     /**
4550      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
4551      *
4552      * @param value
4553      *          allowed object is {@link Boolean }
4554      *
4555      */
4556     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
4557     {
4558       this.showSequenceLogo = value;
4559     }
4560
4561     /**
4562      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
4563      *
4564      * @return possible object is {@link Boolean }
4565      *
4566      */
4567     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
4568     {
4569       if (normaliseSequenceLogo == null)
4570       {
4571         return false;
4572       }
4573       else
4574       {
4575         return normaliseSequenceLogo;
4576       }
4577     }
4578
4579     /**
4580      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
4581      *
4582      * @param value
4583      *          allowed object is {@link Boolean }
4584      *
4585      */
4586     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
4587     {
4588       this.normaliseSequenceLogo = value;
4589     }
4590
4591     /**
4592      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
4593      *
4594      * @return possible object is {@link Boolean }
4595      *
4596      */
4597     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
4598     {
4599       if (ignoreGapsinConsensus == null)
4600       {
4601         return true;
4602       }
4603       else
4604       {
4605         return ignoreGapsinConsensus;
4606       }
4607     }
4608
4609     /**
4610      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
4611      *
4612      * @param value
4613      *          allowed object is {@link Boolean }
4614      *
4615      */
4616     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
4617     {
4618       this.ignoreGapsinConsensus = value;
4619     }
4620
4621     /**
4622      * Gets the value of the startRes property.
4623      *
4624      * @return possible object is {@link Integer }
4625      *
4626      */
4627     public Integer getStartRes()
4628     {
4629       return startRes;
4630     }
4631
4632     /**
4633      * Sets the value of the startRes property.
4634      *
4635      * @param value
4636      *          allowed object is {@link Integer }
4637      *
4638      */
4639     public void setStartRes(Integer value)
4640     {
4641       this.startRes = value;
4642     }
4643
4644     /**
4645      * Gets the value of the startSeq property.
4646      *
4647      * @return possible object is {@link Integer }
4648      *
4649      */
4650     public Integer getStartSeq()
4651     {
4652       return startSeq;
4653     }
4654
4655     /**
4656      * Sets the value of the startSeq property.
4657      *
4658      * @param value
4659      *          allowed object is {@link Integer }
4660      *
4661      */
4662     public void setStartSeq(Integer value)
4663     {
4664       this.startSeq = value;
4665     }
4666
4667     /**
4668      * Gets the value of the fontName property.
4669      *
4670      * @return possible object is {@link String }
4671      *
4672      */
4673     public String getFontName()
4674     {
4675       return fontName;
4676     }
4677
4678     /**
4679      * Sets the value of the fontName property.
4680      *
4681      * @param value
4682      *          allowed object is {@link String }
4683      *
4684      */
4685     public void setFontName(String value)
4686     {
4687       this.fontName = value;
4688     }
4689
4690     /**
4691      * Gets the value of the fontSize property.
4692      *
4693      * @return possible object is {@link Integer }
4694      *
4695      */
4696     public Integer getFontSize()
4697     {
4698       return fontSize;
4699     }
4700
4701     /**
4702      * Sets the value of the fontSize property.
4703      *
4704      * @param value
4705      *          allowed object is {@link Integer }
4706      *
4707      */
4708     public void setFontSize(Integer value)
4709     {
4710       this.fontSize = value;
4711     }
4712
4713     /**
4714      * Gets the value of the fontStyle property.
4715      *
4716      * @return possible object is {@link Integer }
4717      *
4718      */
4719     public Integer getFontStyle()
4720     {
4721       return fontStyle;
4722     }
4723
4724     /**
4725      * Sets the value of the fontStyle property.
4726      *
4727      * @param value
4728      *          allowed object is {@link Integer }
4729      *
4730      */
4731     public void setFontStyle(Integer value)
4732     {
4733       this.fontStyle = value;
4734     }
4735
4736     /**
4737      * Gets the value of the scaleProteinAsCdna property.
4738      *
4739      * @return possible object is {@link Boolean }
4740      *
4741      */
4742     public boolean isScaleProteinAsCdna()
4743     {
4744       if (scaleProteinAsCdna == null)
4745       {
4746         return true;
4747       }
4748       else
4749       {
4750         return scaleProteinAsCdna;
4751       }
4752     }
4753
4754     /**
4755      * Sets the value of the scaleProteinAsCdna property.
4756      *
4757      * @param value
4758      *          allowed object is {@link Boolean }
4759      *
4760      */
4761     public void setScaleProteinAsCdna(Boolean value)
4762     {
4763       this.scaleProteinAsCdna = value;
4764     }
4765
4766     /**
4767      * Gets the value of the viewName property.
4768      *
4769      * @return possible object is {@link String }
4770      *
4771      */
4772     public String getViewName()
4773     {
4774       return viewName;
4775     }
4776
4777     /**
4778      * Sets the value of the viewName property.
4779      *
4780      * @param value
4781      *          allowed object is {@link String }
4782      *
4783      */
4784     public void setViewName(String value)
4785     {
4786       this.viewName = value;
4787     }
4788
4789     /**
4790      * Gets the value of the sequenceSetId property.
4791      *
4792      * @return possible object is {@link String }
4793      *
4794      */
4795     public String getSequenceSetId()
4796     {
4797       return sequenceSetId;
4798     }
4799
4800     /**
4801      * Sets the value of the sequenceSetId property.
4802      *
4803      * @param value
4804      *          allowed object is {@link String }
4805      *
4806      */
4807     public void setSequenceSetId(String value)
4808     {
4809       this.sequenceSetId = value;
4810     }
4811
4812     /**
4813      * Gets the value of the gatheredViews property.
4814      *
4815      * @return possible object is {@link Boolean }
4816      *
4817      */
4818     public Boolean isGatheredViews()
4819     {
4820       return gatheredViews;
4821     }
4822
4823     /**
4824      * Sets the value of the gatheredViews property.
4825      *
4826      * @param value
4827      *          allowed object is {@link Boolean }
4828      *
4829      */
4830     public void setGatheredViews(Boolean value)
4831     {
4832       this.gatheredViews = value;
4833     }
4834
4835     /**
4836      * Gets the value of the textCol1 property.
4837      *
4838      * @return possible object is {@link Integer }
4839      *
4840      */
4841     public Integer getTextCol1()
4842     {
4843       return textCol1;
4844     }
4845
4846     /**
4847      * Sets the value of the textCol1 property.
4848      *
4849      * @param value
4850      *          allowed object is {@link Integer }
4851      *
4852      */
4853     public void setTextCol1(Integer value)
4854     {
4855       this.textCol1 = value;
4856     }
4857
4858     /**
4859      * Gets the value of the textCol2 property.
4860      *
4861      * @return possible object is {@link Integer }
4862      *
4863      */
4864     public Integer getTextCol2()
4865     {
4866       return textCol2;
4867     }
4868
4869     /**
4870      * Sets the value of the textCol2 property.
4871      *
4872      * @param value
4873      *          allowed object is {@link Integer }
4874      *
4875      */
4876     public void setTextCol2(Integer value)
4877     {
4878       this.textCol2 = value;
4879     }
4880
4881     /**
4882      * Gets the value of the textColThreshold property.
4883      *
4884      * @return possible object is {@link Integer }
4885      *
4886      */
4887     public Integer getTextColThreshold()
4888     {
4889       return textColThreshold;
4890     }
4891
4892     /**
4893      * Sets the value of the textColThreshold property.
4894      *
4895      * @param value
4896      *          allowed object is {@link Integer }
4897      *
4898      */
4899     public void setTextColThreshold(Integer value)
4900     {
4901       this.textColThreshold = value;
4902     }
4903
4904     /**
4905      * Gets the value of the id property.
4906      *
4907      * @return possible object is {@link String }
4908      *
4909      */
4910     public String getId()
4911     {
4912       return id;
4913     }
4914
4915     /**
4916      * Sets the value of the id property.
4917      *
4918      * @param value
4919      *          allowed object is {@link String }
4920      *
4921      */
4922     public void setId(String value)
4923     {
4924       this.id = value;
4925     }
4926
4927     /**
4928      * Gets the value of the complementId property.
4929      *
4930      * @return possible object is {@link String }
4931      *
4932      */
4933     public String getComplementId()
4934     {
4935       return complementId;
4936     }
4937
4938     /**
4939      * Sets the value of the complementId property.
4940      *
4941      * @param value
4942      *          allowed object is {@link String }
4943      *
4944      */
4945     public void setComplementId(String value)
4946     {
4947       this.complementId = value;
4948     }
4949
4950     /**
4951      * Gets the value of the width property.
4952      *
4953      * @return possible object is {@link Integer }
4954      *
4955      */
4956     public Integer getWidth()
4957     {
4958       return width;
4959     }
4960
4961     /**
4962      * Sets the value of the width property.
4963      *
4964      * @param value
4965      *          allowed object is {@link Integer }
4966      *
4967      */
4968     public void setWidth(Integer value)
4969     {
4970       this.width = value;
4971     }
4972
4973     /**
4974      * Gets the value of the height property.
4975      *
4976      * @return possible object is {@link Integer }
4977      *
4978      */
4979     public Integer getHeight()
4980     {
4981       return height;
4982     }
4983
4984     /**
4985      * Sets the value of the height property.
4986      *
4987      * @param value
4988      *          allowed object is {@link Integer }
4989      *
4990      */
4991     public void setHeight(Integer value)
4992     {
4993       this.height = value;
4994     }
4995
4996     /**
4997      * Gets the value of the xpos property.
4998      *
4999      * @return possible object is {@link Integer }
5000      *
5001      */
5002     public Integer getXpos()
5003     {
5004       return xpos;
5005     }
5006
5007     /**
5008      * Sets the value of the xpos property.
5009      *
5010      * @param value
5011      *          allowed object is {@link Integer }
5012      *
5013      */
5014     public void setXpos(Integer value)
5015     {
5016       this.xpos = value;
5017     }
5018
5019     /**
5020      * Gets the value of the ypos property.
5021      *
5022      * @return possible object is {@link Integer }
5023      *
5024      */
5025     public Integer getYpos()
5026     {
5027       return ypos;
5028     }
5029
5030     /**
5031      * Sets the value of the ypos property.
5032      *
5033      * @param value
5034      *          allowed object is {@link Integer }
5035      *
5036      */
5037     public void setYpos(Integer value)
5038     {
5039       this.ypos = value;
5040     }
5041
5042     /**
5043      * <p>
5044      * Java class for anonymous complex type.
5045      *
5046      * <p>
5047      * The following schema fragment specifies the expected content contained
5048      * within this class.
5049      *
5050      * <pre>
5051      * &lt;complexType>
5052      *   &lt;complexContent>
5053      *     &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
5054      *       &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
5055      *       &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5056      *       &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
5057      *     &lt;/extension>
5058      *   &lt;/complexContent>
5059      * &lt;/complexType>
5060      * </pre>
5061      *
5062      *
5063      */
5064     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
5065     @XmlType(name = "")
5066     public static class CalcIdParam extends WebServiceParameterSet
5067     {
5068
5069       @XmlAttribute(name = "calcId", required = true)
5070       protected String calcId;
5071
5072       @XmlAttribute(name = "needsUpdate")
5073       protected Boolean needsUpdate;
5074
5075       @XmlAttribute(name = "autoUpdate", required = true)
5076       protected boolean autoUpdate;
5077
5078       /**
5079        * Gets the value of the calcId property.
5080        *
5081        * @return possible object is {@link String }
5082        *
5083        */
5084       public String getCalcId()
5085       {
5086         return calcId;
5087       }
5088
5089       /**
5090        * Sets the value of the calcId property.
5091        *
5092        * @param value
5093        *          allowed object is {@link String }
5094        *
5095        */
5096       public void setCalcId(String value)
5097       {
5098         this.calcId = value;
5099       }
5100
5101       /**
5102        * Gets the value of the needsUpdate property.
5103        *
5104        * @return possible object is {@link Boolean }
5105        *
5106        */
5107       public boolean isNeedsUpdate()
5108       {
5109         if (needsUpdate == null)
5110         {
5111           return false;
5112         }
5113         else
5114         {
5115           return needsUpdate;
5116         }
5117       }
5118
5119       /**
5120        * Sets the value of the needsUpdate property.
5121        *
5122        * @param value
5123        *          allowed object is {@link Boolean }
5124        *
5125        */
5126       public void setNeedsUpdate(Boolean value)
5127       {
5128         this.needsUpdate = value;
5129       }
5130
5131       /**
5132        * Gets the value of the autoUpdate property.
5133        *
5134        */
5135       public boolean isAutoUpdate()
5136       {
5137         return autoUpdate;
5138       }
5139
5140       /**
5141        * Sets the value of the autoUpdate property.
5142        *
5143        */
5144       public void setAutoUpdate(boolean value)
5145       {
5146         this.autoUpdate = value;
5147       }
5148
5149     }
5150
5151     /**
5152      * <p>
5153      * Java class for anonymous complex type.
5154      *
5155      * <p>
5156      * The following schema fragment specifies the expected content contained
5157      * within this class.
5158      *
5159      * <pre>
5160      * &lt;complexType>
5161      *   &lt;complexContent>
5162      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
5163      *       &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5164      *       &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5165      *     &lt;/restriction>
5166      *   &lt;/complexContent>
5167      * &lt;/complexType>
5168      * </pre>
5169      *
5170      *
5171      */
5172     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
5173     @XmlType(name = "")
5174     public static class HiddenColumns
5175     {
5176
5177       @XmlAttribute(name = "start")
5178       protected Integer start;
5179
5180       @XmlAttribute(name = "end")
5181       protected Integer end;
5182
5183       /**
5184        * Gets the value of the start property.
5185        *
5186        * @return possible object is {@link Integer }
5187        *
5188        */
5189       public Integer getStart()
5190       {
5191         return start;
5192       }
5193
5194       /**
5195        * Sets the value of the start property.
5196        *
5197        * @param value
5198        *          allowed object is {@link Integer }
5199        *
5200        */
5201       public void setStart(Integer value)
5202       {
5203         this.start = value;
5204       }
5205
5206       /**
5207        * Gets the value of the end property.
5208        *
5209        * @return possible object is {@link Integer }
5210        *
5211        */
5212       public Integer getEnd()
5213       {
5214         return end;
5215       }
5216
5217       /**
5218        * Sets the value of the end property.
5219        *
5220        * @param value
5221        *          allowed object is {@link Integer }
5222        *
5223        */
5224       public void setEnd(Integer value)
5225       {
5226         this.end = value;
5227       }
5228
5229     }
5230
5231   }
5232
5233 }