src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java

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   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  11 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  16
  17 /**
  18  *
  19  * Represent the jalview.datamodel.Mapping object - it also provides a way of
  20  * storing sequences that are mapped 'to' without adding them to the sequence
  21  * set (which will mean they are then added to the alignment too).
  22  *
  23  *
  24  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  25  *
  26  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  27  * contained within this class.
  28  *
  29  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  30  * &amp;lt;extension
  31  * base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType"&amp;gt;
  32  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;choice minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;element
  33  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence"/&amp;gt; &amp;lt;element
  34  * name="dseqFor"&amp;gt; &amp;lt;simpleType&amp;gt; &amp;lt;restriction
  35  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
  36  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
  37  * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;/choice&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  38  * &amp;lt;attribute name="mappingType"
  39  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  40  * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  41  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  42  *
  43  *
  44  */
  45 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  46 @XmlType(name = "", propOrder = { "sequence", "dseqFor" })
  47 @XmlRootElement(name = "Mapping")
  48 public class Mapping extends MapListType
  49 {
  50
  51   @XmlElement(name = "Sequence")
  52   protected Sequence sequence;
  53
  54   protected String dseqFor;
  55
  56   @XmlAttribute(name = "mappingType")
  57   protected String mappingType;
  58
  59   /**
  60    * Gets the value of the sequence property.
  61    *
  62    * @return possible object is {@link Sequence }
  63    *
  64    */
  65   public Sequence getSequence()
  66   {
  67     return sequence;
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Sets the value of the sequence property.
  72    *
  73    * @param value
  74    *          allowed object is {@link Sequence }
  75    *
  76    */
  77   public void setSequence(Sequence value)
  78   {
  79     this.sequence = value;
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Gets the value of the dseqFor property.
  84    *
  85    * @return possible object is {@link String }
  86    *
  87    */
  88   public String getDseqFor()
  89   {
  90     return dseqFor;
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Sets the value of the dseqFor property.
  95    *
  96    * @param value
  97    *          allowed object is {@link String }
  98    *
  99    */
 100   public void setDseqFor(String value)
 101   {
 102     this.dseqFor = value;
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Gets the value of the mappingType property.
 107    *
 108    * @return possible object is {@link String }
 109    *
 110    */
 111   public String getMappingType()
 112   {
 113     return mappingType;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Sets the value of the mappingType property.
 118    *
 119    * @param value
 120    *          allowed object is {@link String }
 121    *
 122    */
 123   public void setMappingType(String value)
 124   {
 125     this.mappingType = value;
 126   }
 127
 128 }