src/jalview/xml/binding/uniprot/CitationType.java

   1 //
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  16
  17 /**
  18  * Describes different types of citations. Equivalent to the flat file RX-, RG-,
  19  * RA-, RT- and RL-lines.
  20  *
  21  * <p>
  22  * Java class for citationType complex type.
  23  *
  24  * <p>
  25  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  26  * this class.
  27  *
  28  * <pre>
  29  * &lt;complexType name="citationType">
  30  *   &lt;complexContent>
  31  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  32  *       &lt;sequence>
  33  *         &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="editorList" type="{http://uniprot.org/uniprot}nameListType" minOccurs="0"/>
  35  *         &lt;element name="authorList" type="{http://uniprot.org/uniprot}nameListType" minOccurs="0"/>
  36  *         &lt;element name="locator" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  37  *         &lt;element name="dbReference" type="{http://uniprot.org/uniprot}dbReferenceType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  38  *       &lt;/sequence>
  39  *       &lt;attribute name="type" use="required">
  40  *         &lt;simpleType>
  41  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  42  *             &lt;enumeration value="book"/>
  43  *             &lt;enumeration value="journal article"/>
  44  *             &lt;enumeration value="online journal article"/>
  45  *             &lt;enumeration value="patent"/>
  46  *             &lt;enumeration value="submission"/>
  47  *             &lt;enumeration value="thesis"/>
  48  *             &lt;enumeration value="unpublished observations"/>
  49  *           &lt;/restriction>
  50  *         &lt;/simpleType>
  51  *       &lt;/attribute>
  52  *       &lt;attribute name="date">
  53  *         &lt;simpleType>
  54  *           &lt;union memberTypes=" {http://www.w3.org/2001/XMLSchema}date {http://www.w3.org/2001/XMLSchema}gYearMonth {http://www.w3.org/2001/XMLSchema}gYear">
  55  *           &lt;/union>
  56  *         &lt;/simpleType>
  57  *       &lt;/attribute>
  58  *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  59  *       &lt;attribute name="volume" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  60  *       &lt;attribute name="first" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  61  *       &lt;attribute name="last" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  62  *       &lt;attribute name="publisher" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  63  *       &lt;attribute name="city" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  64  *       &lt;attribute name="db" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  65  *       &lt;attribute name="number" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  66  *       &lt;attribute name="institute" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  67  *       &lt;attribute name="country" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  68  *     &lt;/restriction>
  69  *   &lt;/complexContent>
  70  * &lt;/complexType>
  71  * </pre>
  72  *
  73  *
  74  */
  75 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  76 @XmlType(
  77   name = "citationType",
  78   propOrder =
  79   { "title", "editorList", "authorList", "locator", "dbReference" })
  80 public class CitationType
  81 {
  82
  83   protected String title;
  84
  85   protected NameListType editorList;
  86
  87   protected NameListType authorList;
  88
  89   protected String locator;
  90
  91   protected List<DbReferenceType> dbReference;
  92
  93   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  94   protected String type;
  95
  96   @XmlAttribute(name = "date")
  97   protected String date;
  98
  99   @XmlAttribute(name = "name")
 100   protected String name;
 101
 102   @XmlAttribute(name = "volume")
 103   protected String volume;
 104
 105   @XmlAttribute(name = "first")
 106   protected String first;
 107
 108   @XmlAttribute(name = "last")
 109   protected String last;
 110
 111   @XmlAttribute(name = "publisher")
 112   protected String publisher;
 113
 114   @XmlAttribute(name = "city")
 115   protected String city;
 116
 117   @XmlAttribute(name = "db")
 118   protected String db;
 119
 120   @XmlAttribute(name = "number")
 121   protected String number;
 122
 123   @XmlAttribute(name = "institute")
 124   protected String institute;
 125
 126   @XmlAttribute(name = "country")
 127   protected String country;
 128
 129   /**
 130    * Gets the value of the title property.
 131    *
 132    * @return possible object is {@link String }
 133    *
 134    */
 135   public String getTitle()
 136   {
 137     return title;
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Sets the value of the title property.
 142    *
 143    * @param value
 144    *          allowed object is {@link String }
 145    *
 146    */
 147   public void setTitle(String value)
 148   {
 149     this.title = value;
 150   }
 151
 152   /**
 153    * Gets the value of the editorList property.
 154    *
 155    * @return possible object is {@link NameListType }
 156    *
 157    */
 158   public NameListType getEditorList()
 159   {
 160     return editorList;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Sets the value of the editorList property.
 165    *
 166    * @param value
 167    *          allowed object is {@link NameListType }
 168    *
 169    */
 170   public void setEditorList(NameListType value)
 171   {
 172     this.editorList = value;
 173   }
 174
 175   /**
 176    * Gets the value of the authorList property.
 177    *
 178    * @return possible object is {@link NameListType }
 179    *
 180    */
 181   public NameListType getAuthorList()
 182   {
 183     return authorList;
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Sets the value of the authorList property.
 188    *
 189    * @param value
 190    *          allowed object is {@link NameListType }
 191    *
 192    */
 193   public void setAuthorList(NameListType value)
 194   {
 195     this.authorList = value;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Gets the value of the locator property.
 200    *
 201    * @return possible object is {@link String }
 202    *
 203    */
 204   public String getLocator()
 205   {
 206     return locator;
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Sets the value of the locator property.
 211    *
 212    * @param value
 213    *          allowed object is {@link String }
 214    *
 215    */
 216   public void setLocator(String value)
 217   {
 218     this.locator = value;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Gets the value of the dbReference property.
 223    *
 224    * <p>
 225    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 226    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 227    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 228    * for the dbReference property.
 229    *
 230    * <p>
 231    * For example, to add a new item, do as follows:
 232    *
 233    * <pre>
 234    * getDbReference().add(newItem);
 235    * </pre>
 236    *
 237    *
 238    * <p>
 239    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 240    * {@link DbReferenceType }
 241    *
 242    *
 243    */
 244   public List<DbReferenceType> getDbReference()
 245   {
 246     if (dbReference == null)
 247     {
 248       dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
 249     }
 250     return this.dbReference;
 251   }
 252
 253   /**
 254    * Gets the value of the type property.
 255    *
 256    * @return possible object is {@link String }
 257    *
 258    */
 259   public String getType()
 260   {
 261     return type;
 262   }
 263
 264   /**
 265    * Sets the value of the type property.
 266    *
 267    * @param value
 268    *          allowed object is {@link String }
 269    *
 270    */
 271   public void setType(String value)
 272   {
 273     this.type = value;
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Gets the value of the date property.
 278    *
 279    * @return possible object is {@link String }
 280    *
 281    */
 282   public String getDate()
 283   {
 284     return date;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Sets the value of the date property.
 289    *
 290    * @param value
 291    *          allowed object is {@link String }
 292    *
 293    */
 294   public void setDate(String value)
 295   {
 296     this.date = value;
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Gets the value of the name property.
 301    *
 302    * @return possible object is {@link String }
 303    *
 304    */
 305   public String getName()
 306   {
 307     return name;
 308   }
 309
 310   /**
 311    * Sets the value of the name property.
 312    *
 313    * @param value
 314    *          allowed object is {@link String }
 315    *
 316    */
 317   public void setName(String value)
 318   {
 319     this.name = value;
 320   }
 321
 322   /**
 323    * Gets the value of the volume property.
 324    *
 325    * @return possible object is {@link String }
 326    *
 327    */
 328   public String getVolume()
 329   {
 330     return volume;
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Sets the value of the volume property.
 335    *
 336    * @param value
 337    *          allowed object is {@link String }
 338    *
 339    */
 340   public void setVolume(String value)
 341   {
 342     this.volume = value;
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Gets the value of the first property.
 347    *
 348    * @return possible object is {@link String }
 349    *
 350    */
 351   public String getFirst()
 352   {
 353     return first;
 354   }
 355
 356   /**
 357    * Sets the value of the first property.
 358    *
 359    * @param value
 360    *          allowed object is {@link String }
 361    *
 362    */
 363   public void setFirst(String value)
 364   {
 365     this.first = value;
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Gets the value of the last property.
 370    *
 371    * @return possible object is {@link String }
 372    *
 373    */
 374   public String getLast()
 375   {
 376     return last;
 377   }
 378
 379   /**
 380    * Sets the value of the last property.
 381    *
 382    * @param value
 383    *          allowed object is {@link String }
 384    *
 385    */
 386   public void setLast(String value)
 387   {
 388     this.last = value;
 389   }
 390
 391   /**
 392    * Gets the value of the publisher property.
 393    *
 394    * @return possible object is {@link String }
 395    *
 396    */
 397   public String getPublisher()
 398   {
 399     return publisher;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Sets the value of the publisher property.
 404    *
 405    * @param value
 406    *          allowed object is {@link String }
 407    *
 408    */
 409   public void setPublisher(String value)
 410   {
 411     this.publisher = value;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * Gets the value of the city property.
 416    *
 417    * @return possible object is {@link String }
 418    *
 419    */
 420   public String getCity()
 421   {
 422     return city;
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Sets the value of the city property.
 427    *
 428    * @param value
 429    *          allowed object is {@link String }
 430    *
 431    */
 432   public void setCity(String value)
 433   {
 434     this.city = value;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Gets the value of the db property.
 439    *
 440    * @return possible object is {@link String }
 441    *
 442    */
 443   public String getDb()
 444   {
 445     return db;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Sets the value of the db property.
 450    *
 451    * @param value
 452    *          allowed object is {@link String }
 453    *
 454    */
 455   public void setDb(String value)
 456   {
 457     this.db = value;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * Gets the value of the number property.
 462    *
 463    * @return possible object is {@link String }
 464    *
 465    */
 466   public String getNumber()
 467   {
 468     return number;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Sets the value of the number property.
 473    *
 474    * @param value
 475    *          allowed object is {@link String }
 476    *
 477    */
 478   public void setNumber(String value)
 479   {
 480     this.number = value;
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Gets the value of the institute property.
 485    *
 486    * @return possible object is {@link String }
 487    *
 488    */
 489   public String getInstitute()
 490   {
 491     return institute;
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Sets the value of the institute property.
 496    *
 497    * @param value
 498    *          allowed object is {@link String }
 499    *
 500    */
 501   public void setInstitute(String value)
 502   {
 503     this.institute = value;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Gets the value of the country property.
 508    *
 509    * @return possible object is {@link String }
 510    *
 511    */
 512   public String getCountry()
 513   {
 514     return country;
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Sets the value of the country property.
 519    *
 520    * @param value
 521    *          allowed object is {@link String }
 522    *
 523    */
 524   public void setCountry(String value)
 525   {
 526     this.country = value;
 527   }
 528
 529 }