src/jalview/xml/binding/uniprot/Entry.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  20
  21 /**
  22  * <p>
  23  * Java class for anonymous complex type.
  24  *
  25  * <p>
  26  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  27  * this class.
  28  *
  29  * <pre>
  30  * &lt;complexType>
  31  *   &lt;complexContent>
  32  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  33  *       &lt;sequence>
  34  *         &lt;element name="accession" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  35  *         &lt;element name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  36  *         &lt;element name="protein" type="{http://uniprot.org/uniprot}proteinType"/>
  37  *         &lt;element name="gene" type="{http://uniprot.org/uniprot}geneType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  38  *         &lt;element name="organism" type="{http://uniprot.org/uniprot}organismType"/>
  39  *         &lt;element name="organismHost" type="{http://uniprot.org/uniprot}organismType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  40  *         &lt;element name="geneLocation" type="{http://uniprot.org/uniprot}geneLocationType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  41  *         &lt;element name="reference" type="{http://uniprot.org/uniprot}referenceType" maxOccurs="unbounded"/>
  42  *         &lt;element name="comment" type="{http://uniprot.org/uniprot}commentType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  43  *         &lt;element name="dbReference" type="{http://uniprot.org/uniprot}dbReferenceType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  44  *         &lt;element name="proteinExistence" type="{http://uniprot.org/uniprot}proteinExistenceType"/>
  45  *         &lt;element name="keyword" type="{http://uniprot.org/uniprot}keywordType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  46  *         &lt;element name="feature" type="{http://uniprot.org/uniprot}featureType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  47  *         &lt;element name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}evidenceType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  48  *         &lt;element name="sequence" type="{http://uniprot.org/uniprot}sequenceType"/>
  49  *       &lt;/sequence>
  50  *       &lt;attribute name="dataset" use="required">
  51  *         &lt;simpleType>
  52  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  53  *             &lt;enumeration value="Swiss-Prot"/>
  54  *             &lt;enumeration value="TrEMBL"/>
  55  *           &lt;/restriction>
  56  *         &lt;/simpleType>
  57  *       &lt;/attribute>
  58  *       &lt;attribute name="created" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}date" />
  59  *       &lt;attribute name="modified" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}date" />
  60  *       &lt;attribute name="version" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  61  *     &lt;/restriction>
  62  *   &lt;/complexContent>
  63  * &lt;/complexType>
  64  * </pre>
  65  *
  66  *
  67  */
  68 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  69 @XmlType(
  70   name = "",
  71   propOrder =
  72   { "accession", "name", "protein", "gene", "organism", "organismHost",
  73       "geneLocation", "reference", "comment", "dbReference",
  74       "proteinExistence", "keyword", "feature", "evidence", "sequence" })
  75 @XmlRootElement(name = "entry")
  76 public class Entry
  77 {
  78
  79   @XmlElement(required = true)
  80   protected List<String> accession;
  81
  82   @XmlElement(required = true)
  83   protected List<String> name;
  84
  85   @XmlElement(required = true)
  86   protected ProteinType protein;
  87
  88   protected List<GeneType> gene;
  89
  90   @XmlElement(required = true)
  91   protected OrganismType organism;
  92
  93   protected List<OrganismType> organismHost;
  94
  95   protected List<GeneLocationType> geneLocation;
  96
  97   @XmlElement(required = true)
  98   protected List<ReferenceType> reference;
  99
 100   @XmlElement(nillable = true)
 101   protected List<CommentType> comment;
 102
 103   protected List<DbReferenceType> dbReference;
 104
 105   @XmlElement(required = true)
 106   protected ProteinExistenceType proteinExistence;
 107
 108   protected List<KeywordType> keyword;
 109
 110   protected List<FeatureType> feature;
 111
 112   protected List<EvidenceType> evidence;
 113
 114   @XmlElement(required = true)
 115   protected SequenceType sequence;
 116
 117   @XmlAttribute(name = "dataset", required = true)
 118   protected String dataset;
 119
 120   @XmlAttribute(name = "created", required = true)
 121   @XmlSchemaType(name = "date")
 122   protected XMLGregorianCalendar created;
 123
 124   @XmlAttribute(name = "modified", required = true)
 125   @XmlSchemaType(name = "date")
 126   protected XMLGregorianCalendar modified;
 127
 128   @XmlAttribute(name = "version", required = true)
 129   protected int version;
 130
 131   /**
 132    * Gets the value of the accession property.
 133    *
 134    * <p>
 135    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 136    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 137    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 138    * for the accession property.
 139    *
 140    * <p>
 141    * For example, to add a new item, do as follows:
 142    *
 143    * <pre>
 144    * getAccession().add(newItem);
 145    * </pre>
 146    *
 147    *
 148    * <p>
 149    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 150    *
 151    *
 152    */
 153   public List<String> getAccession()
 154   {
 155     if (accession == null)
 156     {
 157       accession = new ArrayList<String>();
 158     }
 159     return this.accession;
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Gets the value of the name property.
 164    *
 165    * <p>
 166    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 167    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 168    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 169    * for the name property.
 170    *
 171    * <p>
 172    * For example, to add a new item, do as follows:
 173    *
 174    * <pre>
 175    * getName().add(newItem);
 176    * </pre>
 177    *
 178    *
 179    * <p>
 180    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 181    *
 182    *
 183    */
 184   public List<String> getName()
 185   {
 186     if (name == null)
 187     {
 188       name = new ArrayList<String>();
 189     }
 190     return this.name;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Gets the value of the protein property.
 195    *
 196    * @return possible object is {@link ProteinType }
 197    *
 198    */
 199   public ProteinType getProtein()
 200   {
 201     return protein;
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Sets the value of the protein property.
 206    *
 207    * @param value
 208    *          allowed object is {@link ProteinType }
 209    *
 210    */
 211   public void setProtein(ProteinType value)
 212   {
 213     this.protein = value;
 214   }
 215
 216   /**
 217    * Gets the value of the gene property.
 218    *
 219    * <p>
 220    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 221    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 222    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 223    * for the gene property.
 224    *
 225    * <p>
 226    * For example, to add a new item, do as follows:
 227    *
 228    * <pre>
 229    * getGene().add(newItem);
 230    * </pre>
 231    *
 232    *
 233    * <p>
 234    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link GeneType }
 235    *
 236    *
 237    */
 238   public List<GeneType> getGene()
 239   {
 240     if (gene == null)
 241     {
 242       gene = new ArrayList<GeneType>();
 243     }
 244     return this.gene;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Gets the value of the organism property.
 249    *
 250    * @return possible object is {@link OrganismType }
 251    *
 252    */
 253   public OrganismType getOrganism()
 254   {
 255     return organism;
 256   }
 257
 258   /**
 259    * Sets the value of the organism property.
 260    *
 261    * @param value
 262    *          allowed object is {@link OrganismType }
 263    *
 264    */
 265   public void setOrganism(OrganismType value)
 266   {
 267     this.organism = value;
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Gets the value of the organismHost property.
 272    *
 273    * <p>
 274    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 275    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 276    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 277    * for the organismHost property.
 278    *
 279    * <p>
 280    * For example, to add a new item, do as follows:
 281    *
 282    * <pre>
 283    * getOrganismHost().add(newItem);
 284    * </pre>
 285    *
 286    *
 287    * <p>
 288    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 289    * {@link OrganismType }
 290    *
 291    *
 292    */
 293   public List<OrganismType> getOrganismHost()
 294   {
 295     if (organismHost == null)
 296     {
 297       organismHost = new ArrayList<OrganismType>();
 298     }
 299     return this.organismHost;
 300   }
 301
 302   /**
 303    * Gets the value of the geneLocation property.
 304    *
 305    * <p>
 306    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 307    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 308    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 309    * for the geneLocation property.
 310    *
 311    * <p>
 312    * For example, to add a new item, do as follows:
 313    *
 314    * <pre>
 315    * getGeneLocation().add(newItem);
 316    * </pre>
 317    *
 318    *
 319    * <p>
 320    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 321    * {@link GeneLocationType }
 322    *
 323    *
 324    */
 325   public List<GeneLocationType> getGeneLocation()
 326   {
 327     if (geneLocation == null)
 328     {
 329       geneLocation = new ArrayList<GeneLocationType>();
 330     }
 331     return this.geneLocation;
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Gets the value of the reference property.
 336    *
 337    * <p>
 338    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 339    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 340    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 341    * for the reference property.
 342    *
 343    * <p>
 344    * For example, to add a new item, do as follows:
 345    *
 346    * <pre>
 347    * getReference().add(newItem);
 348    * </pre>
 349    *
 350    *
 351    * <p>
 352    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 353    * {@link ReferenceType }
 354    *
 355    *
 356    */
 357   public List<ReferenceType> getReference()
 358   {
 359     if (reference == null)
 360     {
 361       reference = new ArrayList<ReferenceType>();
 362     }
 363     return this.reference;
 364   }
 365
 366   /**
 367    * Gets the value of the comment property.
 368    *
 369    * <p>
 370    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 371    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 372    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 373    * for the comment property.
 374    *
 375    * <p>
 376    * For example, to add a new item, do as follows:
 377    *
 378    * <pre>
 379    * getComment().add(newItem);
 380    * </pre>
 381    *
 382    *
 383    * <p>
 384    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link CommentType
 385    * }
 386    *
 387    *
 388    */
 389   public List<CommentType> getComment()
 390   {
 391     if (comment == null)
 392     {
 393       comment = new ArrayList<CommentType>();
 394     }
 395     return this.comment;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Gets the value of the dbReference property.
 400    *
 401    * <p>
 402    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 403    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 404    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 405    * for the dbReference property.
 406    *
 407    * <p>
 408    * For example, to add a new item, do as follows:
 409    *
 410    * <pre>
 411    * getDbReference().add(newItem);
 412    * </pre>
 413    *
 414    *
 415    * <p>
 416    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 417    * {@link DbReferenceType }
 418    *
 419    *
 420    */
 421   public List<DbReferenceType> getDbReference()
 422   {
 423     if (dbReference == null)
 424     {
 425       dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
 426     }
 427     return this.dbReference;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * Gets the value of the proteinExistence property.
 432    *
 433    * @return possible object is {@link ProteinExistenceType }
 434    *
 435    */
 436   public ProteinExistenceType getProteinExistence()
 437   {
 438     return proteinExistence;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * Sets the value of the proteinExistence property.
 443    *
 444    * @param value
 445    *          allowed object is {@link ProteinExistenceType }
 446    *
 447    */
 448   public void setProteinExistence(ProteinExistenceType value)
 449   {
 450     this.proteinExistence = value;
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Gets the value of the keyword property.
 455    *
 456    * <p>
 457    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 458    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 459    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 460    * for the keyword property.
 461    *
 462    * <p>
 463    * For example, to add a new item, do as follows:
 464    *
 465    * <pre>
 466    * getKeyword().add(newItem);
 467    * </pre>
 468    *
 469    *
 470    * <p>
 471    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link KeywordType
 472    * }
 473    *
 474    *
 475    */
 476   public List<KeywordType> getKeyword()
 477   {
 478     if (keyword == null)
 479     {
 480       keyword = new ArrayList<KeywordType>();
 481     }
 482     return this.keyword;
 483   }
 484
 485   /**
 486    * Gets the value of the feature property.
 487    *
 488    * <p>
 489    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 490    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 491    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 492    * for the feature property.
 493    *
 494    * <p>
 495    * For example, to add a new item, do as follows:
 496    *
 497    * <pre>
 498    * getFeature().add(newItem);
 499    * </pre>
 500    *
 501    *
 502    * <p>
 503    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link FeatureType
 504    * }
 505    *
 506    *
 507    */
 508   public List<FeatureType> getFeature()
 509   {
 510     if (feature == null)
 511     {
 512       feature = new ArrayList<FeatureType>();
 513     }
 514     return this.feature;
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Gets the value of the evidence property.
 519    *
 520    * <p>
 521    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 522    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 523    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 524    * for the evidence property.
 525    *
 526    * <p>
 527    * For example, to add a new item, do as follows:
 528    *
 529    * <pre>
 530    * getEvidence().add(newItem);
 531    * </pre>
 532    *
 533    *
 534    * <p>
 535    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 536    * {@link EvidenceType }
 537    *
 538    *
 539    */
 540   public List<EvidenceType> getEvidence()
 541   {
 542     if (evidence == null)
 543     {
 544       evidence = new ArrayList<EvidenceType>();
 545     }
 546     return this.evidence;
 547   }
 548
 549   /**
 550    * Gets the value of the sequence property.
 551    *
 552    * @return possible object is {@link SequenceType }
 553    *
 554    */
 555   public SequenceType getSequence()
 556   {
 557     return sequence;
 558   }
 559
 560   /**
 561    * Sets the value of the sequence property.
 562    *
 563    * @param value
 564    *          allowed object is {@link SequenceType }
 565    *
 566    */
 567   public void setSequence(SequenceType value)
 568   {
 569     this.sequence = value;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * Gets the value of the dataset property.
 574    *
 575    * @return possible object is {@link String }
 576    *
 577    */
 578   public String getDataset()
 579   {
 580     return dataset;
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Sets the value of the dataset property.
 585    *
 586    * @param value
 587    *          allowed object is {@link String }
 588    *
 589    */
 590   public void setDataset(String value)
 591   {
 592     this.dataset = value;
 593   }
 594
 595   /**
 596    * Gets the value of the created property.
 597    *
 598    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
 599    *
 600    */
 601   public XMLGregorianCalendar getCreated()
 602   {
 603     return created;
 604   }
 605
 606   /**
 607    * Sets the value of the created property.
 608    *
 609    * @param value
 610    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
 611    *
 612    */
 613   public void setCreated(XMLGregorianCalendar value)
 614   {
 615     this.created = value;
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Gets the value of the modified property.
 620    *
 621    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
 622    *
 623    */
 624   public XMLGregorianCalendar getModified()
 625   {
 626     return modified;
 627   }
 628
 629   /**
 630    * Sets the value of the modified property.
 631    *
 632    * @param value
 633    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
 634    *
 635    */
 636   public void setModified(XMLGregorianCalendar value)
 637   {
 638     this.modified = value;
 639   }
 640
 641   /**
 642    * Gets the value of the version property.
 643    *
 644    */
 645   public int getVersion()
 646   {
 647     return version;
 648   }
 649
 650   /**
 651    * Sets the value of the version property.
 652    *
 653    */
 654   public void setVersion(int value)
 655   {
 656     this.version = value;
 657   }
 658
 659 }