src/jalview/xml/binding/uniprot/FeatureType.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18 /**
  19  * Describes different types of sequence annotations. Equivalent to the flat
  20  * file FT-line.
  21  *
  22  * <p>
  23  * Java class for featureType complex type.
  24  *
  25  * <p>
  26  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  27  * this class.
  28  *
  29  * <pre>
  30  * &lt;complexType name="featureType">
  31  *   &lt;complexContent>
  32  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  33  *       &lt;sequence>
  34  *         &lt;element name="original" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  35  *         &lt;element name="variation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  36  *         &lt;element name="location" type="{http://uniprot.org/uniprot}locationType"/>
  37  *       &lt;/sequence>
  38  *       &lt;attribute name="type" use="required">
  39  *         &lt;simpleType>
  40  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  41  *             &lt;enumeration value="active site"/>
  42  *             &lt;enumeration value="binding site"/>
  43  *             &lt;enumeration value="calcium-binding region"/>
  44  *             &lt;enumeration value="chain"/>
  45  *             &lt;enumeration value="coiled-coil region"/>
  46  *             &lt;enumeration value="compositionally biased region"/>
  47  *             &lt;enumeration value="cross-link"/>
  48  *             &lt;enumeration value="disulfide bond"/>
  49  *             &lt;enumeration value="DNA-binding region"/>
  50  *             &lt;enumeration value="domain"/>
  51  *             &lt;enumeration value="glycosylation site"/>
  52  *             &lt;enumeration value="helix"/>
  53  *             &lt;enumeration value="initiator methionine"/>
  54  *             &lt;enumeration value="lipid moiety-binding region"/>
  55  *             &lt;enumeration value="metal ion-binding site"/>
  56  *             &lt;enumeration value="modified residue"/>
  57  *             &lt;enumeration value="mutagenesis site"/>
  58  *             &lt;enumeration value="non-consecutive residues"/>
  59  *             &lt;enumeration value="non-terminal residue"/>
  60  *             &lt;enumeration value="nucleotide phosphate-binding region"/>
  61  *             &lt;enumeration value="peptide"/>
  62  *             &lt;enumeration value="propeptide"/>
  63  *             &lt;enumeration value="region of interest"/>
  64  *             &lt;enumeration value="repeat"/>
  65  *             &lt;enumeration value="non-standard amino acid"/>
  66  *             &lt;enumeration value="sequence conflict"/>
  67  *             &lt;enumeration value="sequence variant"/>
  68  *             &lt;enumeration value="short sequence motif"/>
  69  *             &lt;enumeration value="signal peptide"/>
  70  *             &lt;enumeration value="site"/>
  71  *             &lt;enumeration value="splice variant"/>
  72  *             &lt;enumeration value="strand"/>
  73  *             &lt;enumeration value="topological domain"/>
  74  *             &lt;enumeration value="transit peptide"/>
  75  *             &lt;enumeration value="transmembrane region"/>
  76  *             &lt;enumeration value="turn"/>
  77  *             &lt;enumeration value="unsure residue"/>
  78  *             &lt;enumeration value="zinc finger region"/>
  79  *             &lt;enumeration value="intramembrane region"/>
  80  *           &lt;/restriction>
  81  *         &lt;/simpleType>
  82  *       &lt;/attribute>
  83  *       &lt;attribute name="status">
  84  *         &lt;simpleType>
  85  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  86  *             &lt;enumeration value="by similarity"/>
  87  *             &lt;enumeration value="probable"/>
  88  *             &lt;enumeration value="potential"/>
  89  *           &lt;/restriction>
  90  *         &lt;/simpleType>
  91  *       &lt;/attribute>
  92  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  93  *       &lt;attribute name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  94  *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  95  *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  96  *     &lt;/restriction>
  97  *   &lt;/complexContent>
  98  * &lt;/complexType>
  99  * </pre>
 100  *
 101  *
 102  */
 103 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 104 @XmlType(
 105   name = "featureType",
 106   propOrder =
 107   { "original", "variation", "location" })
 108 public class FeatureType
 109 {
 110
 111   protected String original;
 112
 113   protected List<String> variation;
 114
 115   @XmlElement(required = true)
 116   protected LocationType location;
 117
 118   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 119   protected String type;
 120
 121   @XmlAttribute(name = "status")
 122   protected String status;
 123
 124   @XmlAttribute(name = "id")
 125   protected String id;
 126
 127   @XmlAttribute(name = "description")
 128   protected String description;
 129
 130   @XmlAttribute(name = "evidence")
 131   protected List<Integer> evidence;
 132
 133   @XmlAttribute(name = "ref")
 134   protected String ref;
 135
 136   /**
 137    * Gets the value of the original property.
 138    *
 139    * @return possible object is {@link String }
 140    *
 141    */
 142   public String getOriginal()
 143   {
 144     return original;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Sets the value of the original property.
 149    *
 150    * @param value
 151    *          allowed object is {@link String }
 152    *
 153    */
 154   public void setOriginal(String value)
 155   {
 156     this.original = value;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Gets the value of the variation property.
 161    *
 162    * <p>
 163    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 164    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 165    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 166    * for the variation property.
 167    *
 168    * <p>
 169    * For example, to add a new item, do as follows:
 170    *
 171    * <pre>
 172    * getVariation().add(newItem);
 173    * </pre>
 174    *
 175    *
 176    * <p>
 177    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 178    *
 179    *
 180    */
 181   public List<String> getVariation()
 182   {
 183     if (variation == null)
 184     {
 185       variation = new ArrayList<String>();
 186     }
 187     return this.variation;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Gets the value of the location property.
 192    *
 193    * @return possible object is {@link LocationType }
 194    *
 195    */
 196   public LocationType getLocation()
 197   {
 198     return location;
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Sets the value of the location property.
 203    *
 204    * @param value
 205    *          allowed object is {@link LocationType }
 206    *
 207    */
 208   public void setLocation(LocationType value)
 209   {
 210     this.location = value;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Gets the value of the type property.
 215    *
 216    * @return possible object is {@link String }
 217    *
 218    */
 219   public String getType()
 220   {
 221     return type;
 222   }
 223
 224   /**
 225    * Sets the value of the type property.
 226    *
 227    * @param value
 228    *          allowed object is {@link String }
 229    *
 230    */
 231   public void setType(String value)
 232   {
 233     this.type = value;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Gets the value of the status property.
 238    *
 239    * @return possible object is {@link String }
 240    *
 241    */
 242   public String getStatus()
 243   {
 244     return status;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Sets the value of the status property.
 249    *
 250    * @param value
 251    *          allowed object is {@link String }
 252    *
 253    */
 254   public void setStatus(String value)
 255   {
 256     this.status = value;
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Gets the value of the id property.
 261    *
 262    * @return possible object is {@link String }
 263    *
 264    */
 265   public String getId()
 266   {
 267     return id;
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Sets the value of the id property.
 272    *
 273    * @param value
 274    *          allowed object is {@link String }
 275    *
 276    */
 277   public void setId(String value)
 278   {
 279     this.id = value;
 280   }
 281
 282   /**
 283    * Gets the value of the description property.
 284    *
 285    * @return possible object is {@link String }
 286    *
 287    */
 288   public String getDescription()
 289   {
 290     return description;
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Sets the value of the description property.
 295    *
 296    * @param value
 297    *          allowed object is {@link String }
 298    *
 299    */
 300   public void setDescription(String value)
 301   {
 302     this.description = value;
 303   }
 304
 305   /**
 306    * Gets the value of the evidence property.
 307    *
 308    * <p>
 309    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 310    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 311    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 312    * for the evidence property.
 313    *
 314    * <p>
 315    * For example, to add a new item, do as follows:
 316    *
 317    * <pre>
 318    * getEvidence().add(newItem);
 319    * </pre>
 320    *
 321    *
 322    * <p>
 323    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 324    *
 325    *
 326    */
 327   public List<Integer> getEvidence()
 328   {
 329     if (evidence == null)
 330     {
 331       evidence = new ArrayList<Integer>();
 332     }
 333     return this.evidence;
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Gets the value of the ref property.
 338    *
 339    * @return possible object is {@link String }
 340    *
 341    */
 342   public String getRef()
 343   {
 344     return ref;
 345   }
 346
 347   /**
 348    * Sets the value of the ref property.
 349    *
 350    * @param value
 351    *          allowed object is {@link String }
 352    *
 353    */
 354   public void setRef(String value)
 355   {
 356     this.ref = value;
 357   }
 358
 359 }