src/jalview/xml/binding/uniprot/GeneNameType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  17
  18 /**
  19  * Describes different types of gene designations. Equivalent to the flat file
  20  * GN-line.
  21  *
  22  * <p>
  23  * Java class for geneNameType complex type.
  24  *
  25  * <p>
  26  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  27  * this class.
  28  *
  29  * <pre>
  30  * &lt;complexType name="geneNameType">
  31  *   &lt;simpleContent>
  32  *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  33  *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  34  *       &lt;attribute name="type" use="required">
  35  *         &lt;simpleType>
  36  *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  37  *             &lt;enumeration value="primary"/>
  38  *             &lt;enumeration value="synonym"/>
  39  *             &lt;enumeration value="ordered locus"/>
  40  *             &lt;enumeration value="ORF"/>
  41  *           &lt;/restriction>
  42  *         &lt;/simpleType>
  43  *       &lt;/attribute>
  44  *     &lt;/extension>
  45  *   &lt;/simpleContent>
  46  * &lt;/complexType>
  47  * </pre>
  48  *
  49  *
  50  */
  51 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  52 @XmlType(name = "geneNameType", propOrder = { "value" })
  53 public class GeneNameType
  54 {
  55
  56   @XmlValue
  57   protected String value;
  58
  59   @XmlAttribute(name = "evidence")
  60   protected List<Integer> evidence;
  61
  62   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  63   protected String type;
  64
  65   /**
  66    * Gets the value of the value property.
  67    *
  68    * @return possible object is {@link String }
  69    *
  70    */
  71   public String getValue()
  72   {
  73     return value;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * Sets the value of the value property.
  78    *
  79    * @param value
  80    *          allowed object is {@link String }
  81    *
  82    */
  83   public void setValue(String value)
  84   {
  85     this.value = value;
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Gets the value of the evidence property.
  90    *
  91    * <p>
  92    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  93    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  94    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  95    * for the evidence property.
  96    *
  97    * <p>
  98    * For example, to add a new item, do as follows:
  99    *
 100    * <pre>
 101    * getEvidence().add(newItem);
 102    * </pre>
 103    *
 104    *
 105    * <p>
 106    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 107    *
 108    *
 109    */
 110   public List<Integer> getEvidence()
 111   {
 112     if (evidence == null)
 113     {
 114       evidence = new ArrayList<Integer>();
 115     }
 116     return this.evidence;
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Gets the value of the type property.
 121    *
 122    * @return possible object is {@link String }
 123    *
 124    */
 125   public String getType()
 126   {
 127     return type;
 128   }
 129
 130   /**
 131    * Sets the value of the type property.
 132    *
 133    * @param value
 134    *          allowed object is {@link String }
 135    *
 136    */
 137   public void setType(String value)
 138   {
 139     this.type = value;
 140   }
 141
 142 }