src/jalview/xml/binding/uniprot/IsoformType.java

   1 //
   2 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802
   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
   4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema.
   5 // Generated on: 2019.04.05 at 08:01:44 AM BST
   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  18
  19 /**
  20  * Describes isoforms in 'alternative products' annotations.
  21  *
  22  * <p>
  23  * Java class for isoformType complex type.
  24  *
  25  * <p>
  26  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  27  * this class.
  28  *
  29  * <pre>
  30  * &lt;complexType name="isoformType">
  31  *   &lt;complexContent>
  32  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  33  *       &lt;sequence>
  34  *         &lt;element name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  35  *         &lt;element name="name" maxOccurs="unbounded">
  36  *           &lt;complexType>
  37  *             &lt;simpleContent>
  38  *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  39  *                 &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  40  *               &lt;/extension>
  41  *             &lt;/simpleContent>
  42  *           &lt;/complexType>
  43  *         &lt;/element>
  44  *         &lt;element name="sequence">
  45  *           &lt;complexType>
  46  *             &lt;complexContent>
  47  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  48  *                 &lt;attribute name="type" use="required">
  49  *                   &lt;simpleType>
  50  *                     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  51  *                       &lt;enumeration value="not described"/>
  52  *                       &lt;enumeration value="described"/>
  53  *                       &lt;enumeration value="displayed"/>
  54  *                       &lt;enumeration value="external"/>
  55  *                     &lt;/restriction>
  56  *                   &lt;/simpleType>
  57  *                 &lt;/attribute>
  58  *                 &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  59  *               &lt;/restriction>
  60  *             &lt;/complexContent>
  61  *           &lt;/complexType>
  62  *         &lt;/element>
  63  *         &lt;element name="text" type="{http://uniprot.org/uniprot}evidencedStringType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  64  *       &lt;/sequence>
  65  *     &lt;/restriction>
  66  *   &lt;/complexContent>
  67  * &lt;/complexType>
  68  * </pre>
  69  *
  70  *
  71  */
  72 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  73 @XmlType(
  74   name = "isoformType",
  75   propOrder =
  76   { "id", "name", "sequence", "text" })
  77 public class IsoformType
  78 {
  79
  80   @XmlElement(required = true)
  81   protected List<String> id;
  82
  83   @XmlElement(required = true)
  84   protected List<IsoformType.Name> name;
  85
  86   @XmlElement(required = true)
  87   protected IsoformType.Sequence sequence;
  88
  89   protected List<EvidencedStringType> text;
  90
  91   /**
  92    * Gets the value of the id property.
  93    *
  94    * <p>
  95    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  96    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  97    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  98    * for the id property.
  99    *
 100    * <p>
 101    * For example, to add a new item, do as follows:
 102    *
 103    * <pre>
 104    * getId().add(newItem);
 105    * </pre>
 106    *
 107    *
 108    * <p>
 109    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 110    *
 111    *
 112    */
 113   public List<String> getId()
 114   {
 115     if (id == null)
 116     {
 117       id = new ArrayList<String>();
 118     }
 119     return this.id;
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Gets the value of the name property.
 124    *
 125    * <p>
 126    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 127    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 128    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 129    * for the name property.
 130    *
 131    * <p>
 132    * For example, to add a new item, do as follows:
 133    *
 134    * <pre>
 135    * getName().add(newItem);
 136    * </pre>
 137    *
 138    *
 139    * <p>
 140    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 141    * {@link IsoformType.Name }
 142    *
 143    *
 144    */
 145   public List<IsoformType.Name> getName()
 146   {
 147     if (name == null)
 148     {
 149       name = new ArrayList<IsoformType.Name>();
 150     }
 151     return this.name;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Gets the value of the sequence property.
 156    *
 157    * @return possible object is {@link IsoformType.Sequence }
 158    *
 159    */
 160   public IsoformType.Sequence getSequence()
 161   {
 162     return sequence;
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Sets the value of the sequence property.
 167    *
 168    * @param value
 169    *          allowed object is {@link IsoformType.Sequence }
 170    *
 171    */
 172   public void setSequence(IsoformType.Sequence value)
 173   {
 174     this.sequence = value;
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Gets the value of the text property.
 179    *
 180    * <p>
 181    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 182    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 183    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 184    * for the text property.
 185    *
 186    * <p>
 187    * For example, to add a new item, do as follows:
 188    *
 189    * <pre>
 190    * getText().add(newItem);
 191    * </pre>
 192    *
 193    *
 194    * <p>
 195    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 196    * {@link EvidencedStringType }
 197    *
 198    *
 199    */
 200   public List<EvidencedStringType> getText()
 201   {
 202     if (text == null)
 203     {
 204       text = new ArrayList<EvidencedStringType>();
 205     }
 206     return this.text;
 207   }
 208
 209   /**
 210    * <p>
 211    * Java class for anonymous complex type.
 212    *
 213    * <p>
 214    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 215    * within this class.
 216    *
 217    * <pre>
 218    * &lt;complexType>
 219    *   &lt;simpleContent>
 220    *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
 221    *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
 222    *     &lt;/extension>
 223    *   &lt;/simpleContent>
 224    * &lt;/complexType>
 225    * </pre>
 226    *
 227    *
 228    */
 229   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 230   @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
 231   public static class Name
 232   {
 233
 234     @XmlValue
 235     protected String value;
 236
 237     @XmlAttribute(name = "evidence")
 238     protected List<Integer> evidence;
 239
 240     /**
 241      * Gets the value of the value property.
 242      *
 243      * @return possible object is {@link String }
 244      *
 245      */
 246     public String getValue()
 247     {
 248       return value;
 249     }
 250
 251     /**
 252      * Sets the value of the value property.
 253      *
 254      * @param value
 255      *          allowed object is {@link String }
 256      *
 257      */
 258     public void setValue(String value)
 259     {
 260       this.value = value;
 261     }
 262
 263     /**
 264      * Gets the value of the evidence property.
 265      *
 266      * <p>
 267      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 268      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 269      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 270      * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 271      *
 272      * <p>
 273      * For example, to add a new item, do as follows:
 274      *
 275      * <pre>
 276      * getEvidence().add(newItem);
 277      * </pre>
 278      *
 279      *
 280      * <p>
 281      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 282      *
 283      *
 284      */
 285     public List<Integer> getEvidence()
 286     {
 287       if (evidence == null)
 288       {
 289         evidence = new ArrayList<Integer>();
 290       }
 291       return this.evidence;
 292     }
 293
 294   }
 295
 296   /**
 297    * <p>
 298    * Java class for anonymous complex type.
 299    *
 300    * <p>
 301    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 302    * within this class.
 303    *
 304    * <pre>
 305    * &lt;complexType>
 306    *   &lt;complexContent>
 307    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 308    *       &lt;attribute name="type" use="required">
 309    *         &lt;simpleType>
 310    *           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
 311    *             &lt;enumeration value="not described"/>
 312    *             &lt;enumeration value="described"/>
 313    *             &lt;enumeration value="displayed"/>
 314    *             &lt;enumeration value="external"/>
 315    *           &lt;/restriction>
 316    *         &lt;/simpleType>
 317    *       &lt;/attribute>
 318    *       &lt;attribute name="ref" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 319    *     &lt;/restriction>
 320    *   &lt;/complexContent>
 321    * &lt;/complexType>
 322    * </pre>
 323    *
 324    *
 325    */
 326   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 327   @XmlType(name = "")
 328   public static class Sequence
 329   {
 330
 331     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 332     protected String type;
 333
 334     @XmlAttribute(name = "ref")
 335     protected String ref;
 336
 337     /**
 338      * Gets the value of the type property.
 339      *
 340      * @return possible object is {@link String }
 341      *
 342      */
 343     public String getType()
 344     {
 345       return type;
 346     }
 347
 348     /**
 349      * Sets the value of the type property.
 350      *
 351      * @param value
 352      *          allowed object is {@link String }
 353      *
 354      */
 355     public void setType(String value)
 356     {
 357       this.type = value;
 358     }
 359
 360     /**
 361      * Gets the value of the ref property.
 362      *
 363      * @return possible object is {@link String }
 364      *
 365      */
 366     public String getRef()
 367     {
 368       return ref;
 369     }
 370
 371     /**
 372      * Sets the value of the ref property.
 373      *
 374      * @param value
 375      *          allowed object is {@link String }
 376      *
 377      */
 378     public void setRef(String value)
 379     {
 380       this.ref = value;
 381     }
 382
 383   }
 384
 385 }