src/jalview/xml/binding/uniprot/OrganismType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18 /**
  19  * Describes the source organism.
  20  *
  21  * <p>
  22  * Java class for organismType complex type.
  23  *
  24  * <p>
  25  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  26  * this class.
  27  *
  28  * <pre>
  29  * &lt;complexType name="organismType">
  30  *   &lt;complexContent>
  31  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  32  *       &lt;sequence>
  33  *         &lt;element name="name" type="{http://uniprot.org/uniprot}organismNameType" maxOccurs="unbounded"/>
  34  *         &lt;element name="dbReference" type="{http://uniprot.org/uniprot}dbReferenceType" maxOccurs="unbounded"/>
  35  *         &lt;element name="lineage" minOccurs="0">
  36  *           &lt;complexType>
  37  *             &lt;complexContent>
  38  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  39  *                 &lt;sequence>
  40  *                   &lt;element name="taxon" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
  41  *                 &lt;/sequence>
  42  *               &lt;/restriction>
  43  *             &lt;/complexContent>
  44  *           &lt;/complexType>
  45  *         &lt;/element>
  46  *       &lt;/sequence>
  47  *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  48  *     &lt;/restriction>
  49  *   &lt;/complexContent>
  50  * &lt;/complexType>
  51  * </pre>
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(
  57   name = "organismType",
  58   propOrder =
  59   { "name", "dbReference", "lineage" })
  60 public class OrganismType
  61 {
  62
  63   @XmlElement(required = true)
  64   protected List<OrganismNameType> name;
  65
  66   @XmlElement(required = true)
  67   protected List<DbReferenceType> dbReference;
  68
  69   protected OrganismType.Lineage lineage;
  70
  71   @XmlAttribute(name = "evidence")
  72   protected List<Integer> evidence;
  73
  74   /**
  75    * Gets the value of the name property.
  76    *
  77    * <p>
  78    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  79    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  80    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  81    * for the name property.
  82    *
  83    * <p>
  84    * For example, to add a new item, do as follows:
  85    *
  86    * <pre>
  87    * getName().add(newItem);
  88    * </pre>
  89    *
  90    *
  91    * <p>
  92    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  93    * {@link OrganismNameType }
  94    *
  95    *
  96    */
  97   public List<OrganismNameType> getName()
  98   {
  99     if (name == null)
 100     {
 101       name = new ArrayList<OrganismNameType>();
 102     }
 103     return this.name;
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Gets the value of the dbReference property.
 108    *
 109    * <p>
 110    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 111    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 112    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 113    * for the dbReference property.
 114    *
 115    * <p>
 116    * For example, to add a new item, do as follows:
 117    *
 118    * <pre>
 119    * getDbReference().add(newItem);
 120    * </pre>
 121    *
 122    *
 123    * <p>
 124    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 125    * {@link DbReferenceType }
 126    *
 127    *
 128    */
 129   public List<DbReferenceType> getDbReference()
 130   {
 131     if (dbReference == null)
 132     {
 133       dbReference = new ArrayList<DbReferenceType>();
 134     }
 135     return this.dbReference;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Gets the value of the lineage property.
 140    *
 141    * @return possible object is {@link OrganismType.Lineage }
 142    *
 143    */
 144   public OrganismType.Lineage getLineage()
 145   {
 146     return lineage;
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Sets the value of the lineage property.
 151    *
 152    * @param value
 153    *          allowed object is {@link OrganismType.Lineage }
 154    *
 155    */
 156   public void setLineage(OrganismType.Lineage value)
 157   {
 158     this.lineage = value;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Gets the value of the evidence property.
 163    *
 164    * <p>
 165    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 166    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 167    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 168    * for the evidence property.
 169    *
 170    * <p>
 171    * For example, to add a new item, do as follows:
 172    *
 173    * <pre>
 174    * getEvidence().add(newItem);
 175    * </pre>
 176    *
 177    *
 178    * <p>
 179    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 180    *
 181    *
 182    */
 183   public List<Integer> getEvidence()
 184   {
 185     if (evidence == null)
 186     {
 187       evidence = new ArrayList<Integer>();
 188     }
 189     return this.evidence;
 190   }
 191
 192   /**
 193    * <p>
 194    * Java class for anonymous complex type.
 195    *
 196    * <p>
 197    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 198    * within this class.
 199    *
 200    * <pre>
 201    * &lt;complexType>
 202    *   &lt;complexContent>
 203    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 204    *       &lt;sequence>
 205    *         &lt;element name="taxon" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
 206    *       &lt;/sequence>
 207    *     &lt;/restriction>
 208    *   &lt;/complexContent>
 209    * &lt;/complexType>
 210    * </pre>
 211    *
 212    *
 213    */
 214   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 215   @XmlType(name = "", propOrder = { "taxon" })
 216   public static class Lineage
 217   {
 218
 219     @XmlElement(required = true)
 220     protected List<String> taxon;
 221
 222     /**
 223      * Gets the value of the taxon property.
 224      *
 225      * <p>
 226      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 227      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 228      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 229      * <CODE>set</CODE> method for the taxon property.
 230      *
 231      * <p>
 232      * For example, to add a new item, do as follows:
 233      *
 234      * <pre>
 235      * getTaxon().add(newItem);
 236      * </pre>
 237      *
 238      *
 239      * <p>
 240      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 241      *
 242      *
 243      */
 244     public List<String> getTaxon()
 245     {
 246       if (taxon == null)
 247       {
 248         taxon = new ArrayList<String>();
 249       }
 250       return this.taxon;
 251     }
 252
 253   }
 254
 255 }