src/jalview/xml/binding/uniprot/ReferenceType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18 /**
  19  * Describes a citation and a summary of its content. Equivalent to the flat
  20  * file RN-, RP-, RC-, RX-, RG-, RA-, RT- and RL-lines.
  21  *
  22  * <p>
  23  * Java class for referenceType complex type.
  24  *
  25  * <p>
  26  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  27  * this class.
  28  *
  29  * <pre>
  30  * &lt;complexType name="referenceType">
  31  *   &lt;complexContent>
  32  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  33  *       &lt;sequence>
  34  *         &lt;element name="citation" type="{http://uniprot.org/uniprot}citationType"/>
  35  *         &lt;group ref="{http://uniprot.org/uniprot}sptrCitationGroup"/>
  36  *       &lt;/sequence>
  37  *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  38  *       &lt;attribute name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *     &lt;/restriction>
  40  *   &lt;/complexContent>
  41  * &lt;/complexType>
  42  * </pre>
  43  *
  44  *
  45  */
  46 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  47 @XmlType(
  48   name = "referenceType",
  49   propOrder =
  50   { "citation", "scope", "source" })
  51 public class ReferenceType
  52 {
  53
  54   @XmlElement(required = true)
  55   protected CitationType citation;
  56
  57   @XmlElement(required = true)
  58   protected List<String> scope;
  59
  60   protected SourceDataType source;
  61
  62   @XmlAttribute(name = "evidence")
  63   protected List<Integer> evidence;
  64
  65   @XmlAttribute(name = "key", required = true)
  66   protected String key;
  67
  68   /**
  69    * Gets the value of the citation property.
  70    *
  71    * @return possible object is {@link CitationType }
  72    *
  73    */
  74   public CitationType getCitation()
  75   {
  76     return citation;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Sets the value of the citation property.
  81    *
  82    * @param value
  83    *          allowed object is {@link CitationType }
  84    *
  85    */
  86   public void setCitation(CitationType value)
  87   {
  88     this.citation = value;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Gets the value of the scope property.
  93    *
  94    * <p>
  95    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  96    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  97    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  98    * for the scope property.
  99    *
 100    * <p>
 101    * For example, to add a new item, do as follows:
 102    *
 103    * <pre>
 104    * getScope().add(newItem);
 105    * </pre>
 106    *
 107    *
 108    * <p>
 109    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 110    *
 111    *
 112    */
 113   public List<String> getScope()
 114   {
 115     if (scope == null)
 116     {
 117       scope = new ArrayList<String>();
 118     }
 119     return this.scope;
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Gets the value of the source property.
 124    *
 125    * @return possible object is {@link SourceDataType }
 126    *
 127    */
 128   public SourceDataType getSource()
 129   {
 130     return source;
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Sets the value of the source property.
 135    *
 136    * @param value
 137    *          allowed object is {@link SourceDataType }
 138    *
 139    */
 140   public void setSource(SourceDataType value)
 141   {
 142     this.source = value;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Gets the value of the evidence property.
 147    *
 148    * <p>
 149    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 150    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 151    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 152    * for the evidence property.
 153    *
 154    * <p>
 155    * For example, to add a new item, do as follows:
 156    *
 157    * <pre>
 158    * getEvidence().add(newItem);
 159    * </pre>
 160    *
 161    *
 162    * <p>
 163    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 164    *
 165    *
 166    */
 167   public List<Integer> getEvidence()
 168   {
 169     if (evidence == null)
 170     {
 171       evidence = new ArrayList<Integer>();
 172     }
 173     return this.evidence;
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Gets the value of the key property.
 178    *
 179    * @return possible object is {@link String }
 180    *
 181    */
 182   public String getKey()
 183   {
 184     return key;
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Sets the value of the key property.
 189    *
 190    * @param value
 191    *          allowed object is {@link String }
 192    *
 193    */
 194   public void setKey(String value)
 195   {
 196     this.key = value;
 197   }
 198
 199 }