src/jalview/xml/binding/uniprot/SourceDataType.java

   1 //
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   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
   4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema.
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.uniprot;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElements;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  19
  20 /**
  21  * Describes the source of the sequence according to the citation. Equivalent to
  22  * the flat file RC-line.
  23  *
  24  * <p>
  25  * Java class for sourceDataType complex type.
  26  *
  27  * <p>
  28  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  29  * this class.
  30  *
  31  * <pre>
  32  * &lt;complexType name="sourceDataType">
  33  *   &lt;complexContent>
  34  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  35  *       &lt;choice maxOccurs="unbounded">
  36  *         &lt;element name="strain">
  37  *           &lt;complexType>
  38  *             &lt;simpleContent>
  39  *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  40  *                 &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  41  *               &lt;/extension>
  42  *             &lt;/simpleContent>
  43  *           &lt;/complexType>
  44  *         &lt;/element>
  45  *         &lt;element name="plasmid">
  46  *           &lt;complexType>
  47  *             &lt;simpleContent>
  48  *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  49  *                 &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  50  *               &lt;/extension>
  51  *             &lt;/simpleContent>
  52  *           &lt;/complexType>
  53  *         &lt;/element>
  54  *         &lt;element name="transposon">
  55  *           &lt;complexType>
  56  *             &lt;simpleContent>
  57  *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  58  *                 &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  59  *               &lt;/extension>
  60  *             &lt;/simpleContent>
  61  *           &lt;/complexType>
  62  *         &lt;/element>
  63  *         &lt;element name="tissue">
  64  *           &lt;complexType>
  65  *             &lt;simpleContent>
  66  *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  67  *                 &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
  68  *               &lt;/extension>
  69  *             &lt;/simpleContent>
  70  *           &lt;/complexType>
  71  *         &lt;/element>
  72  *       &lt;/choice>
  73  *     &lt;/restriction>
  74  *   &lt;/complexContent>
  75  * &lt;/complexType>
  76  * </pre>
  77  *
  78  *
  79  */
  80 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  81 @XmlType(
  82   name = "sourceDataType",
  83   propOrder =
  84   { "strainOrPlasmidOrTransposon" })
  85 public class SourceDataType
  86 {
  87
  88   @XmlElements({
  89       @XmlElement(name = "strain", type = SourceDataType.Strain.class),
  90       @XmlElement(name = "plasmid", type = SourceDataType.Plasmid.class),
  91       @XmlElement(
  92         name = "transposon",
  93         type = SourceDataType.Transposon.class),
  94       @XmlElement(name = "tissue", type = SourceDataType.Tissue.class) })
  95   protected List<Object> strainOrPlasmidOrTransposon;
  96
  97   /**
  98    * Gets the value of the strainOrPlasmidOrTransposon property.
  99    *
 100    * <p>
 101    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 102    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 103    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 104    * for the strainOrPlasmidOrTransposon property.
 105    *
 106    * <p>
 107    * For example, to add a new item, do as follows:
 108    *
 109    * <pre>
 110    * getStrainOrPlasmidOrTransposon().add(newItem);
 111    * </pre>
 112    *
 113    *
 114    * <p>
 115    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 116    * {@link SourceDataType.Strain } {@link SourceDataType.Plasmid }
 117    * {@link SourceDataType.Transposon } {@link SourceDataType.Tissue }
 118    *
 119    *
 120    */
 121   public List<Object> getStrainOrPlasmidOrTransposon()
 122   {
 123     if (strainOrPlasmidOrTransposon == null)
 124     {
 125       strainOrPlasmidOrTransposon = new ArrayList<Object>();
 126     }
 127     return this.strainOrPlasmidOrTransposon;
 128   }
 129
 130   /**
 131    * <p>
 132    * Java class for anonymous complex type.
 133    *
 134    * <p>
 135    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 136    * within this class.
 137    *
 138    * <pre>
 139    * &lt;complexType>
 140    *   &lt;simpleContent>
 141    *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
 142    *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
 143    *     &lt;/extension>
 144    *   &lt;/simpleContent>
 145    * &lt;/complexType>
 146    * </pre>
 147    *
 148    *
 149    */
 150   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 151   @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
 152   public static class Plasmid
 153   {
 154
 155     @XmlValue
 156     protected String value;
 157
 158     @XmlAttribute(name = "evidence")
 159     protected List<Integer> evidence;
 160
 161     /**
 162      * Gets the value of the value property.
 163      *
 164      * @return possible object is {@link String }
 165      *
 166      */
 167     public String getValue()
 168     {
 169       return value;
 170     }
 171
 172     /**
 173      * Sets the value of the value property.
 174      *
 175      * @param value
 176      *          allowed object is {@link String }
 177      *
 178      */
 179     public void setValue(String value)
 180     {
 181       this.value = value;
 182     }
 183
 184     /**
 185      * Gets the value of the evidence property.
 186      *
 187      * <p>
 188      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 189      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 190      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 191      * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 192      *
 193      * <p>
 194      * For example, to add a new item, do as follows:
 195      *
 196      * <pre>
 197      * getEvidence().add(newItem);
 198      * </pre>
 199      *
 200      *
 201      * <p>
 202      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 203      *
 204      *
 205      */
 206     public List<Integer> getEvidence()
 207     {
 208       if (evidence == null)
 209       {
 210         evidence = new ArrayList<Integer>();
 211       }
 212       return this.evidence;
 213     }
 214
 215   }
 216
 217   /**
 218    * <p>
 219    * Java class for anonymous complex type.
 220    *
 221    * <p>
 222    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 223    * within this class.
 224    *
 225    * <pre>
 226    * &lt;complexType>
 227    *   &lt;simpleContent>
 228    *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
 229    *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
 230    *     &lt;/extension>
 231    *   &lt;/simpleContent>
 232    * &lt;/complexType>
 233    * </pre>
 234    *
 235    *
 236    */
 237   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 238   @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
 239   public static class Strain
 240   {
 241
 242     @XmlValue
 243     protected String value;
 244
 245     @XmlAttribute(name = "evidence")
 246     protected List<Integer> evidence;
 247
 248     /**
 249      * Gets the value of the value property.
 250      *
 251      * @return possible object is {@link String }
 252      *
 253      */
 254     public String getValue()
 255     {
 256       return value;
 257     }
 258
 259     /**
 260      * Sets the value of the value property.
 261      *
 262      * @param value
 263      *          allowed object is {@link String }
 264      *
 265      */
 266     public void setValue(String value)
 267     {
 268       this.value = value;
 269     }
 270
 271     /**
 272      * Gets the value of the evidence property.
 273      *
 274      * <p>
 275      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 276      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 277      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 278      * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 279      *
 280      * <p>
 281      * For example, to add a new item, do as follows:
 282      *
 283      * <pre>
 284      * getEvidence().add(newItem);
 285      * </pre>
 286      *
 287      *
 288      * <p>
 289      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 290      *
 291      *
 292      */
 293     public List<Integer> getEvidence()
 294     {
 295       if (evidence == null)
 296       {
 297         evidence = new ArrayList<Integer>();
 298       }
 299       return this.evidence;
 300     }
 301
 302   }
 303
 304   /**
 305    * <p>
 306    * Java class for anonymous complex type.
 307    *
 308    * <p>
 309    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 310    * within this class.
 311    *
 312    * <pre>
 313    * &lt;complexType>
 314    *   &lt;simpleContent>
 315    *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
 316    *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
 317    *     &lt;/extension>
 318    *   &lt;/simpleContent>
 319    * &lt;/complexType>
 320    * </pre>
 321    *
 322    *
 323    */
 324   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 325   @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
 326   public static class Tissue
 327   {
 328
 329     @XmlValue
 330     protected String value;
 331
 332     @XmlAttribute(name = "evidence")
 333     protected List<Integer> evidence;
 334
 335     /**
 336      * Gets the value of the value property.
 337      *
 338      * @return possible object is {@link String }
 339      *
 340      */
 341     public String getValue()
 342     {
 343       return value;
 344     }
 345
 346     /**
 347      * Sets the value of the value property.
 348      *
 349      * @param value
 350      *          allowed object is {@link String }
 351      *
 352      */
 353     public void setValue(String value)
 354     {
 355       this.value = value;
 356     }
 357
 358     /**
 359      * Gets the value of the evidence property.
 360      *
 361      * <p>
 362      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 363      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 364      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 365      * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 366      *
 367      * <p>
 368      * For example, to add a new item, do as follows:
 369      *
 370      * <pre>
 371      * getEvidence().add(newItem);
 372      * </pre>
 373      *
 374      *
 375      * <p>
 376      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 377      *
 378      *
 379      */
 380     public List<Integer> getEvidence()
 381     {
 382       if (evidence == null)
 383       {
 384         evidence = new ArrayList<Integer>();
 385       }
 386       return this.evidence;
 387     }
 388
 389   }
 390
 391   /**
 392    * <p>
 393    * Java class for anonymous complex type.
 394    *
 395    * <p>
 396    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 397    * within this class.
 398    *
 399    * <pre>
 400    * &lt;complexType>
 401    *   &lt;simpleContent>
 402    *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
 403    *       &lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" />
 404    *     &lt;/extension>
 405    *   &lt;/simpleContent>
 406    * &lt;/complexType>
 407    * </pre>
 408    *
 409    *
 410    */
 411   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 412   @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
 413   public static class Transposon
 414   {
 415
 416     @XmlValue
 417     protected String value;
 418
 419     @XmlAttribute(name = "evidence")
 420     protected List<Integer> evidence;
 421
 422     /**
 423      * Gets the value of the value property.
 424      *
 425      * @return possible object is {@link String }
 426      *
 427      */
 428     public String getValue()
 429     {
 430       return value;
 431     }
 432
 433     /**
 434      * Sets the value of the value property.
 435      *
 436      * @param value
 437      *          allowed object is {@link String }
 438      *
 439      */
 440     public void setValue(String value)
 441     {
 442       this.value = value;
 443     }
 444
 445     /**
 446      * Gets the value of the evidence property.
 447      *
 448      * <p>
 449      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 450      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 451      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 452      * <CODE>set</CODE> method for the evidence property.
 453      *
 454      * <p>
 455      * For example, to add a new item, do as follows:
 456      *
 457      * <pre>
 458      * getEvidence().add(newItem);
 459      * </pre>
 460      *
 461      *
 462      * <p>
 463      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
 464      *
 465      *
 466      */
 467     public List<Integer> getEvidence()
 468     {
 469       if (evidence == null)
 470       {
 471         evidence = new ArrayList<Integer>();
 472       }
 473       return this.evidence;
 474     }
 475
 476   }
 477
 478 }