src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordinateSystem.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.dasregistry;
  25
  26 /** a Bean to be returned via SOAP. It takes care of the DAS -  coordinate Systems
  27  * @author Andreas Prlic
  28  */
  29 public class DasCoordinateSystem
  30 {
  31
  32   String name;
  33   String category;
  34   String organism_name;
  35   int ncbi_tax_id;
  36   String uniqueId;
  37   String version;
  38   String testCode;
  39
  40   public DasCoordinateSystem()
  41   {
  42     uniqueId = "";
  43     name = "";
  44     category = "";
  45     organism_name = "";
  46     ncbi_tax_id = 0;
  47     version = "";
  48     testCode = "";
  49   }
  50
  51   public boolean equals(DasCoordinateSystem other)
  52   {
  53     boolean match = true;
  54     System.out.println("comparing " + this.toString() + " to " + other.toString());
  55     // URI has piority
  56     if ( (!uniqueId.equals("")) && (uniqueId.equals(other.getUniqueId())))
  57     {
  58       return true;
  59     }
  60
  61     if (ncbi_tax_id != other.getNCBITaxId())
  62     {
  63       System.out.println("mismatch in ncbi tax id " + ncbi_tax_id + " != " +
  64                          other.getNCBITaxId());
  65       match = false;
  66     }
  67     if (!version.equals(other.getVersion()))
  68     {
  69       System.out.println("mismatch in version");
  70       match = false;
  71     }
  72     if (!category.equals(other.getCategory()))
  73     {
  74       System.out.println("mismatch in category");
  75       match = false;
  76     }
  77     if (!name.equals(other.getName()))
  78     {
  79       System.out.println("mismatch in name");
  80       match = false;
  81     }
  82     System.out.println(" match: " + match);
  83
  84     return match;
  85   }
  86
  87     public int hashCode() {
  88         int h = 7;
  89
  90         h = 31 * h + ( null == name ? 0 : name.hashCode());
  91         h = 31 * h + ( null == category ? 0 : category.hashCode());
  92
  93         return h;
  94     }
  95
  96   public Object clone()
  97   {
  98     DasCoordinateSystem d = new DasCoordinateSystem();
  99     d.setTestCode(testCode);
 100     d.setCategory(category);
 101     d.setName(name);
 102     d.setNCBITaxId(ncbi_tax_id);
 103     d.setUniqueId(getUniqueId());
 104     d.setOrganismName(getOrganismName());
 105     d.setVersion(getVersion());
 106     return d;
 107   }
 108
 109   public String getTestCode()
 110   {
 111     return testCode;
 112   }
 113
 114   public void setTestCode(String testCode)
 115   {
 116     if (testCode == null)
 117     {
 118       testCode = "";
 119     }
 120     this.testCode = testCode;
 121   }
 122
 123   public void setUniqueId(String id)
 124   {
 125     uniqueId = id;
 126   }
 127
 128   public String getUniqueId()
 129   {
 130     return uniqueId;
 131   }
 132
 133   public void setName(String n)
 134   {
 135     name = n;
 136   }
 137
 138   public String getName()
 139   {
 140     return name;
 141   }
 142
 143   public void setCategory(String c)
 144   {
 145     category = c;
 146   }
 147
 148   public String getCategory()
 149   {
 150     return category;
 151   }
 152
 153   public void setOrganismName(String t)
 154   {
 155     organism_name = t;
 156   }
 157
 158   public String getOrganismName()
 159   {
 160     return organism_name;
 161   }
 162
 163   public void setNCBITaxId(int id)
 164   {
 165     ncbi_tax_id = id;
 166   }
 167
 168   public int getNCBITaxId()
 169   {
 170     return ncbi_tax_id;
 171   }
 172
 173   public String getVersion()
 174   {
 175     return version;
 176   }
 177
 178   public void setVersion(String version)
 179   {
 180     if (version == null)
 181     {
 182       version = "";
 183     }
 184     this.version = version;
 185   }
 186
 187   public String toString()
 188   {
 189     String nam = name;
 190     if (!version.equals(""))
 191     {
 192       nam += "_" + version;
 193     }
 194
 195     if (organism_name.equals(""))
 196     {
 197       return nam + "," + category;
 198     }
 199     else
 200     {
 201       return nam + "," + category + "," + organism_name;
 202     }
 203   }
 204
 205   public static DasCoordinateSystem fromString(String rawString)
 206   {
 207     String[] spl = rawString.split(",");
 208     DasCoordinateSystem dcs = new DasCoordinateSystem();
 209     if (spl.length == 2)
 210     {
 211       dcs.setName(spl[0]);
 212       dcs.setCategory(spl[1]);
 213     }
 214     if (spl.length == 3)
 215     {
 216       dcs.setName(spl[0]);
 217       dcs.setCategory(spl[1]);
 218       dcs.setOrganismName(spl[2]);
 219     }
 220     return dcs;
 221   }
 222
 223 }