src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

   1 /*
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  20  */
  21 package vamsas.objects.simple;
  22
  23 public class Alignment extends vamsas.objects.simple.Object implements
  24         java.io.Serializable
  25 {
  26   private java.lang.String gapchar;
  27
  28   private java.lang.String[] method;
  29
  30   private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
  31
  32   public Alignment()
  33   {
  34   }
  35
  36   public Alignment(java.lang.String gapchar, java.lang.String[] method,
  37           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)
  38   {
  39     this.gapchar = gapchar;
  40     this.method = method;
  41     this.seqs = seqs;
  42   }
  43
  44   /**
  45    * Gets the gapchar value for this Alignment.
  46    *
  47    * @return gapchar
  48    */
  49   public java.lang.String getGapchar()
  50   {
  51     return gapchar;
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Sets the gapchar value for this Alignment.
  56    *
  57    * @param gapchar
  58    */
  59   public void setGapchar(java.lang.String gapchar)
  60   {
  61     this.gapchar = gapchar;
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Gets the method value for this Alignment.
  66    *
  67    * @return method
  68    */
  69   public java.lang.String[] getMethod()
  70   {
  71     return method;
  72   }
  73
  74   /**
  75    * Sets the method value for this Alignment.
  76    *
  77    * @param method
  78    */
  79   public void setMethod(java.lang.String[] method)
  80   {
  81     this.method = method;
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Gets the seqs value for this Alignment.
  86    *
  87    * @return seqs
  88    */
  89   public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs()
  90   {
  91     return seqs;
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Sets the seqs value for this Alignment.
  96    *
  97    * @param seqs
  98    */
  99   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)
 100   {
 101     this.seqs = seqs;
 102   }
 103
 104   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
 105
 106   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
 107   {
 108     if (!(obj instanceof Alignment))
 109       return false;
 110     Alignment other = (Alignment) obj;
 111     if (obj == null)
 112       return false;
 113     if (this == obj)
 114       return true;
 115     if (__equalsCalc != null)
 116     {
 117       return (__equalsCalc == obj);
 118     }
 119     __equalsCalc = obj;
 120     boolean _equals;
 121     _equals = super.equals(obj)
 122             && ((this.gapchar == null && other.getGapchar() == null) || (this.gapchar != null && this.gapchar
 123                     .equals(other.getGapchar())))
 124             && ((this.method == null && other.getMethod() == null) || (this.method != null && java.util.Arrays
 125                     .equals(this.method, other.getMethod())))
 126             && ((this.seqs == null && other.getSeqs() == null) || (this.seqs != null && this.seqs
 127                     .equals(other.getSeqs())));
 128     __equalsCalc = null;
 129     return _equals;
 130   }
 131
 132   private boolean __hashCodeCalc = false;
 133
 134   public synchronized int hashCode()
 135   {
 136     if (__hashCodeCalc)
 137     {
 138       return 0;
 139     }
 140     __hashCodeCalc = true;
 141     int _hashCode = super.hashCode();
 142     if (getGapchar() != null)
 143     {
 144       _hashCode += getGapchar().hashCode();
 145     }
 146     if (getMethod() != null)
 147     {
 148       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod()); i++)
 149       {
 150         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(), i);
 151         if (obj != null && !obj.getClass().isArray())
 152         {
 153           _hashCode += obj.hashCode();
 154         }
 155       }
 156     }
 157     if (getSeqs() != null)
 158     {
 159       _hashCode += getSeqs().hashCode();
 160     }
 161     __hashCodeCalc = false;
 162     return _hashCode;
 163   }
 164
 165 }