src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

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  18  */
  19 package vamsas.objects.simple;
  20
  21 public class Alignment extends vamsas.objects.simple.Object implements
  22         java.io.Serializable
  23 {
  24   private java.lang.String gapchar;
  25
  26   private java.lang.String[] method;
  27
  28   private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
  29
  30   public Alignment()
  31   {
  32   }
  33
  34   public Alignment(java.lang.String gapchar, java.lang.String[] method,
  35           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)
  36   {
  37     this.gapchar = gapchar;
  38     this.method = method;
  39     this.seqs = seqs;
  40   }
  41
  42   /**
  43    * Gets the gapchar value for this Alignment.
  44    *
  45    * @return gapchar
  46    */
  47   public java.lang.String getGapchar()
  48   {
  49     return gapchar;
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Sets the gapchar value for this Alignment.
  54    *
  55    * @param gapchar
  56    */
  57   public void setGapchar(java.lang.String gapchar)
  58   {
  59     this.gapchar = gapchar;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * Gets the method value for this Alignment.
  64    *
  65    * @return method
  66    */
  67   public java.lang.String[] getMethod()
  68   {
  69     return method;
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Sets the method value for this Alignment.
  74    *
  75    * @param method
  76    */
  77   public void setMethod(java.lang.String[] method)
  78   {
  79     this.method = method;
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Gets the seqs value for this Alignment.
  84    *
  85    * @return seqs
  86    */
  87   public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs()
  88   {
  89     return seqs;
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Sets the seqs value for this Alignment.
  94    *
  95    * @param seqs
  96    */
  97   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)
  98   {
  99     this.seqs = seqs;
 100   }
 101
 102   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
 103
 104   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
 105   {
 106     if (!(obj instanceof Alignment))
 107       return false;
 108     Alignment other = (Alignment) obj;
 109     if (obj == null)
 110       return false;
 111     if (this == obj)
 112       return true;
 113     if (__equalsCalc != null)
 114     {
 115       return (__equalsCalc == obj);
 116     }
 117     __equalsCalc = obj;
 118     boolean _equals;
 119     _equals = super.equals(obj)
 120             && ((this.gapchar == null && other.getGapchar() == null) || (this.gapchar != null && this.gapchar
 121                     .equals(other.getGapchar())))
 122             && ((this.method == null && other.getMethod() == null) || (this.method != null && java.util.Arrays
 123                     .equals(this.method, other.getMethod())))
 124             && ((this.seqs == null && other.getSeqs() == null) || (this.seqs != null && this.seqs
 125                     .equals(other.getSeqs())));
 126     __equalsCalc = null;
 127     return _equals;
 128   }
 129
 130   private boolean __hashCodeCalc = false;
 131
 132   public synchronized int hashCode()
 133   {
 134     if (__hashCodeCalc)
 135     {
 136       return 0;
 137     }
 138     __hashCodeCalc = true;
 139     int _hashCode = super.hashCode();
 140     if (getGapchar() != null)
 141     {
 142       _hashCode += getGapchar().hashCode();
 143     }
 144     if (getMethod() != null)
 145     {
 146       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod()); i++)
 147       {
 148         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(), i);
 149         if (obj != null && !obj.getClass().isArray())
 150         {
 151           _hashCode += obj.hashCode();
 152         }
 153       }
 154     }
 155     if (getSeqs() != null)
 156     {
 157       _hashCode += getSeqs().hashCode();
 158     }
 159     __hashCodeCalc = false;
 160     return _hashCode;
 161   }
 162
 163 }