src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package vamsas.objects.simple;
  22
  23 public class SequenceSet implements java.io.Serializable
  24 {
  25   private vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs;
  26
  27   public SequenceSet()
  28   {
  29   }
  30
  31   public SequenceSet(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs)
  32   {
  33     this.seqs = seqs;
  34   }
  35
  36   /**
  37    * Gets the seqs value for this SequenceSet.
  38    *
  39    * @return seqs
  40    */
  41   public vamsas.objects.simple.Sequence[] getSeqs()
  42   {
  43     return seqs;
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Sets the seqs value for this SequenceSet.
  48    *
  49    * @param seqs
  50    */
  51   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs)
  52   {
  53     this.seqs = seqs;
  54   }
  55
  56   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
  57
  58   @Override
  59   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
  60   {
  61     if (obj == null)
  62     {
  63       return false;
  64     }
  65     if (!(obj instanceof SequenceSet))
  66     {
  67       return false;
  68     }
  69     SequenceSet other = (SequenceSet) obj;
  70     if (this == obj)
  71     {
  72       return true;
  73     }
  74     if (__equalsCalc != null)
  75     {
  76       return (__equalsCalc == obj);
  77     }
  78     __equalsCalc = obj;
  79     boolean _equals;
  80     _equals = true && ((this.seqs == null && other.getSeqs() == null)
  81             || (this.seqs != null && java.util.Arrays.equals(this.seqs,
  82                     other.getSeqs())));
  83     __equalsCalc = null;
  84     return _equals;
  85   }
  86
  87   private boolean __hashCodeCalc = false;
  88
  89   @Override
  90   public synchronized int hashCode()
  91   {
  92     if (__hashCodeCalc)
  93     {
  94       return 0;
  95     }
  96     __hashCodeCalc = true;
  97     int _hashCode = 1;
  98     if (getSeqs() != null)
  99     {
 100       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getSeqs()); i++)
 101       {
 102         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getSeqs(), i);
 103         if (obj != null && !obj.getClass().isArray())
 104         {
 105           _hashCode += obj.hashCode();
 106         }
 107       }
 108     }
 109     __hashCodeCalc = false;
 110     return _hashCode;
 111   }
 112
 113 }