src2/fr/orsay/lri/varna/models/naView/Loop.java

   1 /*
   2  VARNA is a tool for the automated drawing, visualization and annotation of the secondary structure of RNA, designed as a companion software for web servers and databases.
   3  Copyright (C) 2008  Kevin Darty, Alain Denise and Yann Ponty.
   4  electronic mail : Yann.Ponty@lri.fr
   5  paper mail : LRI, bat 490 Université Paris-Sud 91405 Orsay Cedex France
   6
   7  This file is part of VARNA version 3.1.
   8  VARNA version 3.1 is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11  VARNA version 3.1 is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY;
  12  without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
  13  See the GNU General Public License for more details.
  14
  15  You should have received a copy of the GNU General Public License along with VARNA version 3.1.
  16  If not, see http://www.gnu.org/licenses.
  17  */
  18 package fr.orsay.lri.varna.models.naView;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.Hashtable;
  22
  23 public class Loop {
  24         private int nconnection;
  25         private ArrayList<Connection> connections = new ArrayList<Connection>();
  26         private Hashtable<Integer,Connection> _connections = new Hashtable<Integer,Connection>();
  27         private int number;
  28         private int depth;
  29         private boolean mark;
  30         private double x, y, radius;
  31
  32         public int getNconnection() {
  33                 return nconnection;
  34         }
  35
  36         public void setNconnection(int nconnection) {
  37                 this.nconnection = nconnection;
  38         }
  39
  40         public void setConnection(int i, Connection c)
  41         {
  42                 Integer n = new Integer(i);
  43                 if (c != null)
  44                 _connections.put(n, c);
  45                 else
  46                 {
  47                         if (!_connections.containsKey(n))
  48                         {
  49                                 _connections.put(n, new Connection());
  50                         }
  51                         _connections.get(i).setNull(true);
  52                 }
  53         }
  54
  55         public Connection getConnection(int i)
  56         {
  57                 Integer n = new Integer(i);
  58                 if (!_connections.containsKey(n))
  59                 { _connections.put(n, new Connection()); }
  60                 Connection c = _connections.get(n);
  61                 if (c.isNull())
  62                         return null;
  63                 else
  64                         return c;
  65         }
  66
  67         public void addConnection(int i, Connection c)
  68         {
  69                 _connections.put(_connections.size(),c);
  70         }
  71
  72
  73         public int getNumber() {
  74                 return number;
  75         }
  76
  77         public void setNumber(int number) {
  78                 this.number = number;
  79         }
  80
  81         public int getDepth() {
  82                 return depth;
  83         }
  84
  85         public void setDepth(int depth) {
  86                 this.depth = depth;
  87         }
  88
  89         public boolean isMark() {
  90                 return mark;
  91         }
  92
  93         public void setMark(boolean mark) {
  94                 this.mark = mark;
  95         }
  96
  97         public double getX() {
  98                 return x;
  99         }
 100
 101         public void setX(double x) {
 102                 this.x = x;
 103         }
 104
 105         public double getY() {
 106                 return y;
 107         }
 108
 109         public void setY(double y) {
 110                 this.y = y;
 111         }
 112
 113         public double getRadius() {
 114                 return radius;
 115         }
 116
 117         public void setRadius(double radius) {
 118                 this.radius = radius;
 119         }
 120
 121         public String toString()
 122         {
 123                 String result = "Loop:";
 124                 result += " nconnection "+nconnection;
 125                 result += " depth "+depth;
 126                 return result;
 127         }
 128 }