test/MCview/AtomTest.java

   1 package MCview;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4
   5 import org.testng.Assert;
   6 import org.testng.annotations.Test;
   7
   8 public class AtomTest
   9 {
  10
  11   /**
  12    * Test the constructor that parses a PDB file format ATOM line. Fields are in
  13    * fixed column positions
  14    */
  15   @Test(groups ={ "Functional" })
  16   public void testStringConstructor()
  17   {
  18     Atom a = new Atom(
  19             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  20     assertEquals(349, a.atomIndex);
  21     assertEquals("NE", a.name);
  22     assertEquals("GLN", a.resName);
  23     assertEquals("A", a.chain);
  24     assertEquals(48, a.resNumber);
  25     assertEquals("48", a.resNumIns);
  26     assertEquals(' ', a.insCode);
  27     assertEquals(22.290, a.x, 0.00001);
  28     assertEquals(8.595, a.y, 0.00001);
  29     assertEquals(17.680, a.z, 0.00001);
  30     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  31     assertEquals(14.3, a.tfactor, 0.00001);
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Test the case where occupancy and temp factor are blank - should default to
  36    * 1
  37    */
  38   @Test(groups ={ "Functional" })
  39   public void testStringConstructor_blankOccupancyTempFactor()
  40   {
  41     Atom a = new Atom(
  42             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680                       N");
  43     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  44     assertEquals(1f, a.tfactor, 0.00001);
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Parsing non-numeric data as Atom throws an exception
  49    */
  50   @Test(groups ={ "Functional" })
  51   public void testStringConstructor_malformed()
  52   {
  53     try
  54     {
  55       new Atom(
  56               "ATOM    34N  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  57       Assert.fail("Expected exception");
  58     } catch (NumberFormatException e)
  59     {
  60       // expected
  61     }
  62   }
  63 }