test/jalview/analysis/AlignmentUtilsTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Annotation;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.Mapping;
  36 import jalview.datamodel.SearchResults;
  37 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  38 import jalview.datamodel.Sequence;
  39 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  42 import jalview.io.FormatAdapter;
  43 import jalview.util.MapList;
  44 import jalview.util.MappingUtils;
  45
  46 import java.io.IOException;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.Arrays;
  49 import java.util.HashSet;
  50 import java.util.Iterator;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Map;
  53 import java.util.Set;
  54
  55 import org.testng.annotations.Test;
  56
  57 public class AlignmentUtilsTests
  58 {
  59   // @formatter:off
  60   private static final String TEST_DATA =
  61           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  62           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  63           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  64           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  65           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  66           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  67           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  68           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  69           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  70           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n" +
  71           "//";
  72
  73   private static final String AA_SEQS_1 =
  74           ">Seq1Name\n" +
  75           "K-QY--L\n" +
  76           ">Seq2Name\n" +
  77           "-R-FP-W-\n";
  78
  79   private static final String CDNA_SEQS_1 =
  80           ">Seq1Name\n" +
  81           "AC-GG--CUC-CAA-CT\n" +
  82           ">Seq2Name\n" +
  83           "-CG-TTA--ACG---AAGT\n";
  84
  85   private static final String CDNA_SEQS_2 =
  86           ">Seq1Name\n" +
  87           "GCTCGUCGTACT\n" +
  88           ">Seq2Name\n" +
  89           "GGGTCAGGCAGT\n";
  90   // @formatter:on
  91
  92   // public static Sequence ts=new
  93   // Sequence("short","ASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASDASD");
  94   public static Sequence ts = new Sequence("short",
  95           "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklm");
  96
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void testExpandContext()
  99   {
 100     AlignmentI al = new Alignment(new Sequence[] {});
 101     for (int i = 4; i < 14; i += 2)
 102     {
 103       SequenceI s1 = ts.deriveSequence().getSubSequence(i, i + 7);
 104       al.addSequence(s1);
 105     }
 106     System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("Clustal",
 107             al, true));
 108     for (int flnk = -1; flnk < 25; flnk++)
 109     {
 110       AlignmentI exp = AlignmentUtils.expandContext(al, flnk);
 111       System.out.println("\nFlank size: " + flnk);
 112       System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 113               "Clustal", exp, true));
 114       if (flnk == -1)
 115       {
 116         /*
 117          * Full expansion to complete sequences
 118          */
 119         for (SequenceI sq : exp.getSequences())
 120         {
 121           String ung = sq.getSequenceAsString().replaceAll("-+", "");
 122           final String errorMsg = "Flanking sequence not the same as original dataset sequence.\n"
 123                   + ung
 124                   + "\n"
 125                   + sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString();
 126           assertTrue(errorMsg, ung.equalsIgnoreCase(sq.getDatasetSequence()
 127                   .getSequenceAsString()));
 128         }
 129       }
 130       else if (flnk == 24)
 131       {
 132         /*
 133          * Last sequence is fully expanded, others have leading gaps to match
 134          */
 135         assertTrue(exp.getSequenceAt(4).getSequenceAsString()
 136                 .startsWith("abc"));
 137         assertTrue(exp.getSequenceAt(3).getSequenceAsString()
 138                 .startsWith("--abc"));
 139         assertTrue(exp.getSequenceAt(2).getSequenceAsString()
 140                 .startsWith("----abc"));
 141         assertTrue(exp.getSequenceAt(1).getSequenceAsString()
 142                 .startsWith("------abc"));
 143         assertTrue(exp.getSequenceAt(0).getSequenceAsString()
 144                 .startsWith("--------abc"));
 145       }
 146     }
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Test that annotations are correctly adjusted by expandContext
 151    */
 152   @Test(groups = { "Functional" })
 153   public void testExpandContext_annotation()
 154   {
 155     AlignmentI al = new Alignment(new Sequence[] {});
 156     SequenceI ds = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHI");
 157     // subsequence DEF:
 158     SequenceI seq1 = ds.deriveSequence().getSubSequence(3, 6);
 159     al.addSequence(seq1);
 160
 161     /*
 162      * Annotate DEF with 4/5/6 respectively
 163      */
 164     Annotation[] anns = new Annotation[] { new Annotation(4),
 165         new Annotation(5), new Annotation(6) };
 166     AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation("SS",
 167             "secondary structure", anns);
 168     seq1.addAlignmentAnnotation(ann);
 169
 170     /*
 171      * The annotations array should match aligned positions
 172      */
 173     assertEquals(3, ann.annotations.length);
 174     assertEquals(4, ann.annotations[0].value, 0.001);
 175     assertEquals(5, ann.annotations[1].value, 0.001);
 176     assertEquals(6, ann.annotations[2].value, 0.001);
 177
 178     /*
 179      * Check annotation to sequence position mappings before expanding the
 180      * sequence; these are set up in Sequence.addAlignmentAnnotation ->
 181      * Annotation.setSequenceRef -> createSequenceMappings
 182      */
 183     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(1));
 184     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(2));
 185     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(3));
 186     assertEquals(4, ann.getAnnotationForPosition(4).value, 0.001);
 187     assertEquals(5, ann.getAnnotationForPosition(5).value, 0.001);
 188     assertEquals(6, ann.getAnnotationForPosition(6).value, 0.001);
 189     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(7));
 190     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(8));
 191     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(9));
 192
 193     /*
 194      * Expand the subsequence to the full sequence abcDEFghi
 195      */
 196     AlignmentI expanded = AlignmentUtils.expandContext(al, -1);
 197     assertEquals("abcDEFghi", expanded.getSequenceAt(0)
 198             .getSequenceAsString());
 199
 200     /*
 201      * Confirm the alignment and sequence have the same SS annotation,
 202      * referencing the expanded sequence
 203      */
 204     ann = expanded.getSequenceAt(0).getAnnotation()[0];
 205     assertSame(ann, expanded.getAlignmentAnnotation()[0]);
 206     assertSame(expanded.getSequenceAt(0), ann.sequenceRef);
 207
 208     /*
 209      * The annotations array should have null values except for annotated
 210      * positions
 211      */
 212     assertNull(ann.annotations[0]);
 213     assertNull(ann.annotations[1]);
 214     assertNull(ann.annotations[2]);
 215     assertEquals(4, ann.annotations[3].value, 0.001);
 216     assertEquals(5, ann.annotations[4].value, 0.001);
 217     assertEquals(6, ann.annotations[5].value, 0.001);
 218     assertNull(ann.annotations[6]);
 219     assertNull(ann.annotations[7]);
 220     assertNull(ann.annotations[8]);
 221
 222     /*
 223      * sequence position mappings should be unchanged
 224      */
 225     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(1));
 226     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(2));
 227     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(3));
 228     assertEquals(4, ann.getAnnotationForPosition(4).value, 0.001);
 229     assertEquals(5, ann.getAnnotationForPosition(5).value, 0.001);
 230     assertEquals(6, ann.getAnnotationForPosition(6).value, 0.001);
 231     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(7));
 232     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(8));
 233     assertNull(ann.getAnnotationForPosition(9));
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Test method that returns a map of lists of sequences by sequence name.
 238    *
 239    * @throws IOException
 240    */
 241   @Test(groups = { "Functional" })
 242   public void testGetSequencesByName() throws IOException
 243   {
 244     final String data = ">Seq1Name\nKQYL\n" + ">Seq2Name\nRFPW\n"
 245             + ">Seq1Name\nABCD\n";
 246     AlignmentI al = loadAlignment(data, "FASTA");
 247     Map<String, List<SequenceI>> map = AlignmentUtils
 248             .getSequencesByName(al);
 249     assertEquals(2, map.keySet().size());
 250     assertEquals(2, map.get("Seq1Name").size());
 251     assertEquals("KQYL", map.get("Seq1Name").get(0).getSequenceAsString());
 252     assertEquals("ABCD", map.get("Seq1Name").get(1).getSequenceAsString());
 253     assertEquals(1, map.get("Seq2Name").size());
 254     assertEquals("RFPW", map.get("Seq2Name").get(0).getSequenceAsString());
 255   }
 256
 257   /**
 258    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 259    *
 260    * @param data
 261    * @param format
 262    *          TODO
 263    * @return
 264    * @throws IOException
 265    */
 266   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
 267           throws IOException
 268   {
 269     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data,
 270             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 271     a.setDataset(null);
 272     return a;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have no sequence
 277    * cross-references, so mappings are made first-served 1-1 where sequences
 278    * translate.
 279    *
 280    * @throws IOException
 281    */
 282   @Test(groups = { "Functional" })
 283   public void testMapProteinAlignmentToCdna_noXrefs() throws IOException
 284   {
 285     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 286     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 287     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 288     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 289     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 290     protein.setDataset(null);
 291
 292     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 293     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "TCAGCACGC")); // = SAR
 294     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAGATACAA")); // = EIQ
 295     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 296     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 297     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[4]));
 298     cdna.setDataset(null);
 299
 300     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 301
 302     // 3 mappings made, each from 1 to 1 sequence
 303     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 304     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 305     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 306     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 307
 308     // V12345 mapped to A22222
 309     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 310             .get(0);
 311     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 312     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 313             acf.getdnaSeqs()[0]);
 314     Mapping[] protMappings = acf.getProtMappings();
 315     assertEquals(1, protMappings.length);
 316     MapList mapList = protMappings[0].getMap();
 317     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 318     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 319     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 9 }, mapList.getFromRanges()
 320             .get(0)));
 321     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 322     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 323             mapList.getToRanges().get(0)));
 324     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 325
 326     // V12346 mapped to A33333
 327     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 328     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 329     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 330             acf.getdnaSeqs()[0]);
 331
 332     // V12347 mapped to A11111
 333     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 334     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 335     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 336             acf.getdnaSeqs()[0]);
 337
 338     // no mapping involving the 'extra' A44444
 339     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).isEmpty());
 340   }
 341
 342   /**
 343    * Test for the alignSequenceAs method that takes two sequences and a mapping.
 344    */
 345   @Test(groups = { "Functional" })
 346   public void testAlignSequenceAs_withMapping_noIntrons()
 347   {
 348     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 349
 350     /*
 351      * No existing gaps in dna:
 352      */
 353     checkAlignSequenceAs("GGGAAA", "-A-L-", false, false, map,
 354             "---GGG---AAA");
 355
 356     /*
 357      * Now introduce gaps in dna but ignore them when realigning.
 358      */
 359     checkAlignSequenceAs("-G-G-G-A-A-A-", "-A-L-", false, false, map,
 360             "---GGG---AAA");
 361
 362     /*
 363      * Now include gaps in dna when realigning. First retaining 'mapped' gaps
 364      * only, i.e. those within the exon region.
 365      */
 366     checkAlignSequenceAs("-G-G--G-A--A-A-", "-A-L-", true, false, map,
 367             "---G-G--G---A--A-A");
 368
 369     /*
 370      * Include all gaps in dna when realigning (within and without the exon
 371      * region). The leading gap, and the gaps between codons, are subsumed by
 372      * the protein alignment gap.
 373      */
 374     checkAlignSequenceAs("-G-GG--AA-A---", "-A-L-", true, true, map,
 375             "---G-GG---AA-A---");
 376
 377     /*
 378      * Include only unmapped gaps in dna when realigning (outside the exon
 379      * region). The leading gap, and the gaps between codons, are subsumed by
 380      * the protein alignment gap.
 381      */
 382     checkAlignSequenceAs("-G-GG--AA-A-", "-A-L-", false, true, map,
 383             "---GGG---AAA---");
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Test for the alignSequenceAs method that takes two sequences and a mapping.
 388    */
 389   @Test(groups = { "Functional" })
 390   public void testAlignSequenceAs_withMapping_withIntrons()
 391   {
 392     /*
 393      * Exons at codon 2 (AAA) and 4 (TTT)
 394      */
 395     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
 396             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 397
 398     /*
 399      * Simple case: no gaps in dna
 400      */
 401     checkAlignSequenceAs("GGGAAACCCTTTGGG", "--A-L-", false, false, map,
 402             "GGG---AAACCCTTTGGG");
 403
 404     /*
 405      * Add gaps to dna - but ignore when realigning.
 406      */
 407     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---AC-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 408             false, false, map, "GGG---AAACCCTTTGGG");
 409
 410     /*
 411      * Add gaps to dna - include within exons only when realigning.
 412      */
 413     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 414             true, false, map, "GGG---A--A---ACCCT-TTGGG");
 415
 416     /*
 417      * Include gaps outside exons only when realigning.
 418      */
 419     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 420             false, true, map, "-G-G-GAAAC-CCTTT-GG-G-");
 421
 422     /*
 423      * Include gaps following first intron if we are 'preserving mapped gaps'
 424      */
 425     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 426             true, true, map, "-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-");
 427
 428     /*
 429      * Include all gaps in dna when realigning.
 430      */
 431     checkAlignSequenceAs("-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-", "--A-L-",
 432             true, true, map, "-G-G-G--A--A---A-C-CC-T-TT-GG-G-");
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Test for the case where not all of the protein sequence is mapped to cDNA.
 437    */
 438   @Test(groups = { "Functional" })
 439   public void testAlignSequenceAs_withMapping_withUnmappedProtein()
 440   {
 441     /*
 442      * Exons at codon 2 (AAA) and 4 (TTT) mapped to A and P
 443      */
 444     final MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 }, new int[] {
 445         1, 1, 3, 3 }, 3, 1);
 446
 447     /*
 448      * -L- 'aligns' ccc------
 449      */
 450     checkAlignSequenceAs("gggAAAcccTTTggg", "-A-L-P-", false, false, map,
 451             "gggAAAccc------TTTggg");
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Helper method that performs and verifies the method under test.
 456    *
 457    * @param alignee
 458    *          the sequence to be realigned
 459    * @param alignModel
 460    *          the sequence whose alignment is to be copied
 461    * @param preserveMappedGaps
 462    * @param preserveUnmappedGaps
 463    * @param map
 464    * @param expected
 465    */
 466   protected void checkAlignSequenceAs(final String alignee,
 467           final String alignModel, final boolean preserveMappedGaps,
 468           final boolean preserveUnmappedGaps, MapList map,
 469           final String expected)
 470   {
 471     SequenceI alignMe = new Sequence("Seq1", alignee);
 472     alignMe.createDatasetSequence();
 473     SequenceI alignFrom = new Sequence("Seq2", alignModel);
 474     alignFrom.createDatasetSequence();
 475     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 476     acf.addMap(alignMe.getDatasetSequence(), alignFrom.getDatasetSequence(), map);
 477
 478     AlignmentUtils.alignSequenceAs(alignMe, alignFrom, acf, "---", '-',
 479             preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);
 480     assertEquals(expected, alignMe.getSequenceAsString());
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Test for the alignSequenceAs method where we preserve gaps in introns only.
 485    */
 486   @Test(groups = { "Functional" })
 487   public void testAlignSequenceAs_keepIntronGapsOnly()
 488   {
 489
 490     /*
 491      * Intron GGGAAA followed by exon CCCTTT
 492      */
 493     MapList map = new MapList(new int[] { 7, 12 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
 494
 495     checkAlignSequenceAs("GG-G-AA-A-C-CC-T-TT", "AL", false, true, map,
 496             "GG-G-AA-ACCCTTT");
 497   }
 498
 499   /**
 500    * Test for the method that generates an aligned translated sequence from one
 501    * mapping.
 502    */
 503   @Test(groups = { "Functional" })
 504   public void testGetAlignedTranslation_dnaLikeProtein()
 505   {
 506     // dna alignment will be replaced
 507     SequenceI dna = new Sequence("Seq1", "T-G-CC-A--T-TAC-CAG-");
 508     dna.createDatasetSequence();
 509     // protein alignment will be 'applied' to dna
 510     SequenceI protein = new Sequence("Seq1", "-CH-Y--Q-");
 511     protein.createDatasetSequence();
 512     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1, 4 }, 3, 1);
 513     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 514     acf.addMap(dna.getDatasetSequence(), protein.getDatasetSequence(), map);
 515
 516     final SequenceI aligned = AlignmentUtils.getAlignedTranslation(protein,
 517             '-', acf);
 518     assertEquals("---TGCCAT---TAC------CAG---",
 519             aligned.getSequenceAsString());
 520     assertSame(aligned.getDatasetSequence(), dna.getDatasetSequence());
 521   }
 522
 523   /**
 524    * Test the method that realigns protein to match mapped codon alignment.
 525    */
 526   @Test(groups = { "Functional" })
 527   public void testAlignProteinAsDna()
 528   {
 529     // seq1 codons are [1,2,3] [4,5,6] [7,8,9] [10,11,12]
 530     SequenceI dna1 = new Sequence("Seq1", "TGCCATTACCAG-");
 531     // seq2 codons are [1,3,4] [5,6,7] [8,9,10] [11,12,13]
 532     SequenceI dna2 = new Sequence("Seq2", "T-GCCATTACCAG");
 533     // seq3 codons are [1,2,3] [4,5,7] [8,9,10] [11,12,13]
 534     SequenceI dna3 = new Sequence("Seq3", "TGCCA-TTACCAG");
 535     AlignmentI dna = new Alignment(new SequenceI[] { dna1, dna2, dna3 });
 536     dna.setDataset(null);
 537
 538     // protein alignment will be realigned like dna
 539     SequenceI prot1 = new Sequence("Seq1", "CHYQ");
 540     SequenceI prot2 = new Sequence("Seq2", "CHYQ");
 541     SequenceI prot3 = new Sequence("Seq3", "CHYQ");
 542     SequenceI prot4 = new Sequence("Seq4", "R-QSV"); // unmapped, unchanged
 543     AlignmentI protein = new Alignment(new SequenceI[] { prot1, prot2,
 544         prot3, prot4 });
 545     protein.setDataset(null);
 546
 547     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1, 4 }, 3, 1);
 548     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 549     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), prot1.getDatasetSequence(), map);
 550     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), prot2.getDatasetSequence(), map);
 551     acf.addMap(dna3.getDatasetSequence(), prot3.getDatasetSequence(), map);
 552     ArrayList<AlignedCodonFrame> acfs = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 553     acfs.add(acf);
 554     protein.setCodonFrames(acfs);
 555
 556     /*
 557      * Translated codon order is [1,2,3] [1,3,4] [4,5,6] [4,5,7] [5,6,7] [7,8,9]
 558      * [8,9,10] [10,11,12] [11,12,13]
 559      */
 560     AlignmentUtils.alignProteinAsDna(protein, dna);
 561     assertEquals("C-H--Y-Q-", prot1.getSequenceAsString());
 562     assertEquals("-C--H-Y-Q", prot2.getSequenceAsString());
 563     assertEquals("C--H--Y-Q", prot3.getSequenceAsString());
 564     assertEquals("R-QSV", prot4.getSequenceAsString());
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Test the method that tests whether a CDNA sequence translates to a protein
 569    * sequence
 570    */
 571   @Test(groups = { "Functional" })
 572   public void testTranslatesAs()
 573   {
 574     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(), 0,
 575             "FPKG".toCharArray()));
 576     // with start codon (not in protein)
 577     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("atgtttcccaaaggg".toCharArray(),
 578             3, "FPKG".toCharArray()));
 579     // with stop codon1 (not in protein)
 580     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtaa".toCharArray(),
 581             0, "FPKG".toCharArray()));
 582     // with stop codon1 (in protein as *)
 583     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtaa".toCharArray(),
 584             0, "FPKG*".toCharArray()));
 585     // with stop codon2 (not in protein)
 586     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtag".toCharArray(),
 587             0, "FPKG".toCharArray()));
 588     // with stop codon3 (not in protein)
 589     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaagggtga".toCharArray(),
 590             0, "FPKG".toCharArray()));
 591     // with start and stop codon1
 592     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 593             "atgtttcccaaagggtaa".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 594     // with start and stop codon1 (in protein as *)
 595     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 596             "atgtttcccaaagggtaa".toCharArray(), 3, "FPKG*".toCharArray()));
 597     // with start and stop codon2
 598     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 599             "atgtttcccaaagggtag".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 600     // with start and stop codon3
 601     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 602             "atgtttcccaaagggtga".toCharArray(), 3, "FPKG".toCharArray()));
 603
 604     // with embedded stop codon
 605     assertTrue(AlignmentUtils.translatesAs(
 606             "atgtttTAGcccaaaTAAgggtga".toCharArray(), 3,
 607             "F*PK*G".toCharArray()));
 608
 609     // wrong protein
 610     assertFalse(AlignmentUtils.translatesAs("tttcccaaaggg".toCharArray(),
 611             0, "FPMG".toCharArray()));
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Test mapping of protein to cDNA, for cases where the cDNA has start and/or
 616    * stop codons in addition to the protein coding sequence.
 617    *
 618    * @throws IOException
 619    */
 620   @Test(groups = { "Functional" })
 621   public void testMapProteinAlignmentToCdna_withStartAndStopCodons()
 622           throws IOException
 623   {
 624     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 625     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 626     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 627     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 628     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 629     protein.setDataset(null);
 630
 631     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 632     // start + SAR:
 633     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "ATGTCAGCACGC"));
 634     // = EIQ + stop
 635     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAGATACAATAA"));
 636     // = start +EIQ + stop
 637     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "ATGGAAATCCAGTAG"));
 638     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG"));
 639     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[4]));
 640     cdna.setDataset(null);
 641
 642     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 643
 644     // 3 mappings made, each from 1 to 1 sequence
 645     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 646     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 647     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 648     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 649
 650     // V12345 mapped from A22222
 651     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 652             .get(0);
 653     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 654     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 655             acf.getdnaSeqs()[0]);
 656     Mapping[] protMappings = acf.getProtMappings();
 657     assertEquals(1, protMappings.length);
 658     MapList mapList = protMappings[0].getMap();
 659     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 660     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 661     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 9 }, mapList.getFromRanges()
 662             .get(0)));
 663     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 664     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 665             mapList.getToRanges().get(0)));
 666     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 667
 668     // V12346 mapped from A33333 starting position 4
 669     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 670     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 671     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 672             acf.getdnaSeqs()[0]);
 673     protMappings = acf.getProtMappings();
 674     assertEquals(1, protMappings.length);
 675     mapList = protMappings[0].getMap();
 676     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 677     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 678     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 4, 12 }, mapList.getFromRanges()
 679             .get(0)));
 680     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 681     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 682             mapList.getToRanges().get(0)));
 683     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 684
 685     // V12347 mapped to A11111 starting position 4
 686     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 687     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 688     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 689             acf.getdnaSeqs()[0]);
 690     protMappings = acf.getProtMappings();
 691     assertEquals(1, protMappings.length);
 692     mapList = protMappings[0].getMap();
 693     assertEquals(3, mapList.getFromRatio());
 694     assertEquals(1, mapList.getToRatio());
 695     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 4, 12 }, mapList.getFromRanges()
 696             .get(0)));
 697     assertEquals(1, mapList.getFromRanges().size());
 698     assertTrue(Arrays.equals(new int[] { 1, 3 },
 699             mapList.getToRanges().get(0)));
 700     assertEquals(1, mapList.getToRanges().size());
 701
 702     // no mapping involving the 'extra' A44444
 703     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).isEmpty());
 704   }
 705
 706   /**
 707    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have some sequence
 708    * cross-references. Verify that 1-to-many mappings are made where
 709    * cross-references exist and sequences are mappable.
 710    *
 711    * @throws IOException
 712    */
 713   @Test(groups = { "Functional" })
 714   public void testMapProteinAlignmentToCdna_withXrefs() throws IOException
 715   {
 716     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 717     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 718     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 719     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12347", "SAR"));
 720     AlignmentI protein = new Alignment(protseqs.toArray(new SequenceI[3]));
 721     protein.setDataset(null);
 722
 723     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 724     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "TCAGCACGC")); // = SAR
 725     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "ATGGAGATACAA")); // = start + EIQ
 726     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A33333", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 727     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A44444", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 728     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A55555", "GAGATTCAG")); // = EIQ
 729     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[5]));
 730     cdna.setDataset(null);
 731
 732     // Xref A22222 to V12345 (should get mapped)
 733     dnaseqs.get(1).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12345"));
 734     // Xref V12345 to A44444 (should get mapped)
 735     protseqs.get(0).addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A44444"));
 736     // Xref A33333 to V12347 (sequence mismatch - should not get mapped)
 737     dnaseqs.get(2).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12347"));
 738     // as V12345 is mapped to A22222 and A44444, this leaves V12346 unmapped.
 739     // it should get paired up with the unmapped A33333
 740     // A11111 should be mapped to V12347
 741     // A55555 is spare and has no xref so is not mapped
 742
 743     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 744
 745     // 4 protein mappings made for 3 proteins, 2 to V12345, 1 each to V12346/7
 746     assertEquals(3, protein.getCodonFrames().size());
 747     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 748     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 749     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).size());
 750
 751     // one mapping for each of the first 4 cDNA sequences
 752     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(0)).size());
 753     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(1)).size());
 754     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(2)).size());
 755     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(3)).size());
 756
 757     // V12345 mapped to A22222 and A44444
 758     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 759             .get(0);
 760     assertEquals(2, acf.getdnaSeqs().length);
 761     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 762             acf.getdnaSeqs()[0]);
 763     assertEquals(cdna.getSequenceAt(3).getDatasetSequence(),
 764             acf.getdnaSeqs()[1]);
 765
 766     // V12346 mapped to A33333
 767     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 768     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 769     assertEquals(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(),
 770             acf.getdnaSeqs()[0]);
 771
 772     // V12347 mapped to A11111
 773     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(2)).get(0);
 774     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 775     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 776             acf.getdnaSeqs()[0]);
 777
 778     // no mapping involving the 'extra' A55555
 779     assertTrue(protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(4)).isEmpty());
 780   }
 781
 782   /**
 783    * Test mapping of protein to cDNA, for the case where we have some sequence
 784    * cross-references. Verify that once we have made an xref mapping we don't
 785    * also map un-xrefd sequeces.
 786    *
 787    * @throws IOException
 788    */
 789   @Test(groups = { "Functional" })
 790   public void testMapProteinAlignmentToCdna_prioritiseXrefs()
 791           throws IOException
 792   {
 793     List<SequenceI> protseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 794     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12345", "EIQ"));
 795     protseqs.add(new Sequence("UNIPROT|V12346", "EIQ"));
 796     AlignmentI protein = new Alignment(
 797             protseqs.toArray(new SequenceI[protseqs.size()]));
 798     protein.setDataset(null);
 799
 800     List<SequenceI> dnaseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 801     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A11111", "GAAATCCAG")); // = EIQ
 802     dnaseqs.add(new Sequence("EMBL|A22222", "GAAATTCAG")); // = EIQ
 803     AlignmentI cdna = new Alignment(dnaseqs.toArray(new SequenceI[dnaseqs
 804             .size()]));
 805     cdna.setDataset(null);
 806
 807     // Xref A22222 to V12345 (should get mapped)
 808     // A11111 should then be mapped to the unmapped V12346
 809     dnaseqs.get(1).addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V12345"));
 810
 811     assertTrue(AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna));
 812
 813     // 2 protein mappings made
 814     assertEquals(2, protein.getCodonFrames().size());
 815     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0)).size());
 816     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).size());
 817
 818     // one mapping for each of the cDNA sequences
 819     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(0)).size());
 820     assertEquals(1, protein.getCodonFrame(cdna.getSequenceAt(1)).size());
 821
 822     // V12345 mapped to A22222
 823     AlignedCodonFrame acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(0))
 824             .get(0);
 825     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 826     assertEquals(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
 827             acf.getdnaSeqs()[0]);
 828
 829     // V12346 mapped to A11111
 830     acf = protein.getCodonFrame(protein.getSequenceAt(1)).get(0);
 831     assertEquals(1, acf.getdnaSeqs().length);
 832     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
 833             acf.getdnaSeqs()[0]);
 834   }
 835
 836   /**
 837    * Test the method that shows or hides sequence annotations by type(s) and
 838    * selection group.
 839    */
 840   @Test(groups = { "Functional" })
 841   public void testShowOrHideSequenceAnnotations()
 842   {
 843     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AAA");
 844     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "BBB");
 845     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "CCC");
 846     Annotation[] anns = new Annotation[] { new Annotation(2f) };
 847     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann1",
 848             anns);
 849     ann1.setSequenceRef(seq1);
 850     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann2",
 851             anns);
 852     ann2.setSequenceRef(seq2);
 853     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("Structure", "ann3",
 854             anns);
 855     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann4", anns);
 856     ann4.setSequenceRef(seq1);
 857     AlignmentAnnotation ann5 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann5", anns);
 858     ann5.setSequenceRef(seq2);
 859     AlignmentAnnotation ann6 = new AlignmentAnnotation("Temp", "ann6", anns);
 860     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 });
 861     al.addAnnotation(ann1); // Structure for Seq1
 862     al.addAnnotation(ann2); // Structure for Seq2
 863     al.addAnnotation(ann3); // Structure for no sequence
 864     al.addAnnotation(ann4); // Temp for seq1
 865     al.addAnnotation(ann5); // Temp for seq2
 866     al.addAnnotation(ann6); // Temp for no sequence
 867     List<String> types = new ArrayList<String>();
 868     List<SequenceI> scope = new ArrayList<SequenceI>();
 869
 870     /*
 871      * Set all sequence related Structure to hidden (ann1, ann2)
 872      */
 873     types.add("Structure");
 874     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, false,
 875             false);
 876     assertFalse(ann1.visible);
 877     assertFalse(ann2.visible);
 878     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 879     assertTrue(ann4.visible); // not Structure, not affected
 880     assertTrue(ann5.visible); // "
 881     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 882
 883     /*
 884      * Set Temp in {seq1, seq3} to hidden
 885      */
 886     types.clear();
 887     types.add("Temp");
 888     scope.add(seq1);
 889     scope.add(seq3);
 890     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, scope, false,
 891             false);
 892     assertFalse(ann1.visible); // unchanged
 893     assertFalse(ann2.visible); // unchanged
 894     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 895     assertFalse(ann4.visible); // Temp for seq1 hidden
 896     assertTrue(ann5.visible); // not in scope, not affected
 897     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 898
 899     /*
 900      * Set Temp in all sequences to hidden
 901      */
 902     types.clear();
 903     types.add("Temp");
 904     scope.add(seq1);
 905     scope.add(seq3);
 906     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, false,
 907             false);
 908     assertFalse(ann1.visible); // unchanged
 909     assertFalse(ann2.visible); // unchanged
 910     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 911     assertFalse(ann4.visible); // Temp for seq1 hidden
 912     assertFalse(ann5.visible); // Temp for seq2 hidden
 913     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 914
 915     /*
 916      * Set all types in {seq1, seq3} to visible
 917      */
 918     types.clear();
 919     scope.clear();
 920     scope.add(seq1);
 921     scope.add(seq3);
 922     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, scope, true,
 923             true);
 924     assertTrue(ann1.visible); // Structure for seq1 set visible
 925     assertFalse(ann2.visible); // not in scope, unchanged
 926     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 927     assertTrue(ann4.visible); // Temp for seq1 set visible
 928     assertFalse(ann5.visible); // not in scope, unchanged
 929     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 930
 931     /*
 932      * Set all types in all scope to hidden
 933      */
 934     AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(al, types, null, true,
 935             false);
 936     assertFalse(ann1.visible);
 937     assertFalse(ann2.visible);
 938     assertTrue(ann3.visible); // not sequence-related, not affected
 939     assertFalse(ann4.visible);
 940     assertFalse(ann5.visible);
 941     assertTrue(ann6.visible); // not sequence-related, not affected
 942   }
 943
 944   /**
 945    * Tests for the method that checks if one sequence cross-references another
 946    */
 947   @Test(groups = { "Functional" })
 948   public void testHasCrossRef()
 949   {
 950     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, null));
 951     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
 952     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, null));
 953     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, seq1));
 954     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
 955     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 956
 957     // different ref
 958     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20193"));
 959     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 960
 961     // case-insensitive; version number is ignored
 962     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "v20192"));
 963     assertTrue(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 964
 965     // right case!
 966     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 967     assertTrue(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq1, seq2));
 968     // test is one-way only
 969     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(seq2, seq1));
 970   }
 971
 972   /**
 973    * Tests for the method that checks if either sequence cross-references the
 974    * other
 975    */
 976   @Test(groups = { "Functional" })
 977   public void testHaveCrossRef()
 978   {
 979     assertFalse(AlignmentUtils.hasCrossRef(null, null));
 980     SequenceI seq1 = new Sequence("EMBL|A12345", "ABCDEF");
 981     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, null));
 982     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(null, seq1));
 983     SequenceI seq2 = new Sequence("UNIPROT|V20192", "ABCDEF");
 984     assertFalse(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 985
 986     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 987     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 988     // next is true for haveCrossRef, false for hasCrossRef
 989     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 990
 991     // now the other way round
 992     seq1.setDBRefs(null);
 993     seq2.addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1", "A12345"));
 994     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
 995     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
 996
 997     // now both ways
 998     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V20192"));
 999     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq1, seq2));
1000     assertTrue(AlignmentUtils.haveCrossRef(seq2, seq1));
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Test the method that extracts the cds-only part of a dna alignment.
1005    */
1006   @Test(groups = { "Functional" })
1007   public void testMakeCdsAlignment()
1008   {
1009     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
1010     SequenceI dna2 = new Sequence("dna2", "GGGcccTTTaaaCCC");
1011     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF");
1012     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "GFP");
1013     dna1.createDatasetSequence();
1014     dna2.createDatasetSequence();
1015     pep1.createDatasetSequence();
1016     pep2.createDatasetSequence();
1017     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds1", 4, 6, 0f,
1018             null));
1019     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds2", 10, 12, 0f,
1020             null));
1021     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds3", 1, 3, 0f,
1022             null));
1023     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds4", 7, 9, 0f,
1024             null));
1025     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds5", 13, 15, 0f,
1026             null));
1027
1028     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1029     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1030             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1031     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1032     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1033     mappings.add(acf);
1034     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 7, 9, 13, 15 }, new int[] { 1, 3 },
1035             3, 1);
1036     acf = new AlignedCodonFrame();
1037     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1038     mappings.add(acf);
1039
1040     AlignmentI cds = AlignmentUtils.makeCdsAlignment(new SequenceI[] {
1041         dna1, dna2 }, mappings, '-');
1042     assertEquals(2, cds.getSequences().size());
1043     assertEquals("---GGG---TTT---", cds.getSequenceAt(0)
1044             .getSequenceAsString());
1045     assertEquals("GGG---TTT---CCC", cds.getSequenceAt(1)
1046             .getSequenceAsString());
1047
1048     /*
1049      * Verify updated mappings
1050      */
1051     assertEquals(2, mappings.size());
1052
1053     /*
1054      * Mapping from pep1 to GGGTTT in first new exon sequence
1055      */
1056     List<AlignedCodonFrame> pep1Mapping = MappingUtils
1057             .findMappingsForSequence(pep1, mappings);
1058     assertEquals(1, pep1Mapping.size());
1059     // map G to GGG
1060     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 1, mappings);
1061     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1062     Match m = sr.getResults().get(0);
1063     assertSame(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
1064             m.getSequence());
1065     assertEquals(1, m.getStart());
1066     assertEquals(3, m.getEnd());
1067     // map F to TTT
1068     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 2, mappings);
1069     m = sr.getResults().get(0);
1070     assertSame(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
1071             m.getSequence());
1072     assertEquals(4, m.getStart());
1073     assertEquals(6, m.getEnd());
1074
1075     /*
1076      * Mapping from pep2 to GGGTTTCCC in second new exon sequence
1077      */
1078     List<AlignedCodonFrame> pep2Mapping = MappingUtils
1079             .findMappingsForSequence(pep2, mappings);
1080     assertEquals(1, pep2Mapping.size());
1081     // map G to GGG
1082     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 1, mappings);
1083     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1084     m = sr.getResults().get(0);
1085     assertSame(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1086             m.getSequence());
1087     assertEquals(1, m.getStart());
1088     assertEquals(3, m.getEnd());
1089     // map F to TTT
1090     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 2, mappings);
1091     m = sr.getResults().get(0);
1092     assertSame(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1093             m.getSequence());
1094     assertEquals(4, m.getStart());
1095     assertEquals(6, m.getEnd());
1096     // map P to CCC
1097     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 3, mappings);
1098     m = sr.getResults().get(0);
1099     assertSame(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1100             m.getSequence());
1101     assertEquals(7, m.getStart());
1102     assertEquals(9, m.getEnd());
1103   }
1104
1105   /**
1106    * Test the method that makes a cds-only sequence from a DNA sequence and its
1107    * product mapping. Test includes the expected case that the DNA sequence
1108    * already has a protein product (Uniprot translation) which in turn has an
1109    * x-ref to the EMBLCDS record.
1110    */
1111   @Test(groups = { "Functional" })
1112   public void testMakeCdsSequences()
1113   {
1114     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
1115     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF");
1116     dna1.createDatasetSequence();
1117     pep1.createDatasetSequence();
1118     pep1.getDatasetSequence().addDBRef(
1119             new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "A12345"));
1120
1121     /*
1122      * Make the mapping from dna to protein. The protein sequence has a DBRef to
1123      * EMBLCDS|A12345.
1124      */
1125     Set<AlignedCodonFrame> mappings = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
1126     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1127             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1128     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1129     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1130     mappings.add(acf);
1131
1132     AlignedCodonFrame newMapping = new AlignedCodonFrame();
1133     List<int[]> ungappedColumns = new ArrayList<int[]>();
1134     ungappedColumns.add(new int[] { 4, 6 });
1135     ungappedColumns.add(new int[] { 10, 12 });
1136     List<SequenceI> cdsSeqs = AlignmentUtils.makeCdsSequences(dna1, acf,
1137             ungappedColumns,
1138             newMapping, '-');
1139     assertEquals(1, cdsSeqs.size());
1140     SequenceI cdsSeq = cdsSeqs.get(0);
1141
1142     assertEquals("GGGTTT", cdsSeq.getSequenceAsString());
1143     assertEquals("dna1|A12345", cdsSeq.getName());
1144     assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1145     DBRefEntry cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1146     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1147     assertEquals("2", cdsRef.getVersion());
1148     assertEquals("A12345", cdsRef.getAccessionId());
1149   }
1150
1151   /**
1152    * Test the method that makes a cds-only alignment from a DNA sequence and its
1153    * product mappings, for the case where there are multiple exon mappings to
1154    * different protein products.
1155    */
1156   @Test(groups = { "Functional" })
1157   public void testMakeCdsAlignment_multipleProteins()
1158   {
1159     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGcccTTTaaa");
1160     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GF"); // GGGTTT
1161     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "KP"); // aaaccc
1162     SequenceI pep3 = new Sequence("pep3", "KF"); // aaaTTT
1163     dna1.createDatasetSequence();
1164     pep1.createDatasetSequence();
1165     pep2.createDatasetSequence();
1166     pep3.createDatasetSequence();
1167     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds1", 4, 6, 0f,
1168             null));
1169     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds2", 10, 12, 0f,
1170             null));
1171     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds3", 1, 3, 0f,
1172             null));
1173     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds4", 7, 9, 0f,
1174             null));
1175     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds5", 1, 3, 0f,
1176             null));
1177     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds6", 10, 12, 0f,
1178             null));
1179     pep1.getDatasetSequence().addDBRef(
1180             new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "A12345"));
1181     pep2.getDatasetSequence().addDBRef(
1182             new DBRefEntry("EMBLCDS", "3", "A12346"));
1183     pep3.getDatasetSequence().addDBRef(
1184             new DBRefEntry("EMBLCDS", "4", "A12347"));
1185
1186     /*
1187      * Make the mappings from dna to protein
1188      */
1189     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1190     // map ...GGG...TTT to GF
1191     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1192             new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1193     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1194     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1195     mappings.add(acf);
1196
1197     // map aaa...ccc to KP
1198     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 7, 9 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1199     acf = new AlignedCodonFrame();
1200     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1201     mappings.add(acf);
1202
1203     // map aaa......TTT to KF
1204     map = new MapList(new int[] { 1, 3, 10, 12 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
1205     acf = new AlignedCodonFrame();
1206     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep3.getDatasetSequence(), map);
1207     mappings.add(acf);
1208
1209     /*
1210      * Create the Exon alignment; also replaces the dna-to-protein mappings with
1211      * exon-to-protein and exon-to-dna mappings
1212      */
1213     AlignmentI exal = AlignmentUtils.makeCdsAlignment(
1214             new SequenceI[] { dna1 }, mappings, '-');
1215
1216     /*
1217      * Verify we have 3 cds sequences, mapped to pep1/2/3 respectively
1218      */
1219     List<SequenceI> cds = exal.getSequences();
1220     assertEquals(3, cds.size());
1221
1222     SequenceI cdsSeq = cds.get(0);
1223     assertEquals("---GGG---TTT", cdsSeq.getSequenceAsString());
1224     assertEquals("dna1|A12345", cdsSeq.getName());
1225     assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1226     DBRefEntry cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1227     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1228     assertEquals("2", cdsRef.getVersion());
1229     assertEquals("A12345", cdsRef.getAccessionId());
1230
1231     cdsSeq = cds.get(1);
1232     assertEquals("aaa---ccc---", cdsSeq.getSequenceAsString());
1233     assertEquals("dna1|A12346", cdsSeq.getName());
1234     assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1235     cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1236     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1237     assertEquals("3", cdsRef.getVersion());
1238     assertEquals("A12346", cdsRef.getAccessionId());
1239
1240     cdsSeq = cds.get(2);
1241     assertEquals("aaa------TTT", cdsSeq.getSequenceAsString());
1242     assertEquals("dna1|A12347", cdsSeq.getName());
1243     assertEquals(1, cdsSeq.getDBRefs().length);
1244     cdsRef = cdsSeq.getDBRefs()[0];
1245     assertEquals("EMBLCDS", cdsRef.getSource());
1246     assertEquals("4", cdsRef.getVersion());
1247     assertEquals("A12347", cdsRef.getAccessionId());
1248
1249     /*
1250      * Verify there are mappings from each cds sequence to its protein product
1251      * and also to its dna source
1252      */
1253     Iterator<AlignedCodonFrame> newMappingsIterator = mappings.iterator();
1254
1255     // mappings for dna1 - exon1 - pep1
1256     AlignedCodonFrame cdsMapping = newMappingsIterator.next();
1257     List<Mapping> dnaMappings = cdsMapping.getMappingsForSequence(dna1);
1258     assertEquals(1, dnaMappings.size());
1259     assertSame(cds.get(0).getDatasetSequence(), dnaMappings.get(0)
1260             .getTo());
1261     assertEquals("G(1) in CDS should map to G(4) in DNA", 4, dnaMappings
1262             .get(0).getMap().getToPosition(1));
1263     List<Mapping> peptideMappings = cdsMapping
1264             .getMappingsForSequence(pep1);
1265     assertEquals(1, peptideMappings.size());
1266     assertSame(pep1.getDatasetSequence(), peptideMappings.get(0).getTo());
1267
1268     // mappings for dna1 - cds2 - pep2
1269     cdsMapping = newMappingsIterator.next();
1270     dnaMappings = cdsMapping.getMappingsForSequence(dna1);
1271     assertEquals(1, dnaMappings.size());
1272     assertSame(cds.get(1).getDatasetSequence(), dnaMappings.get(0)
1273             .getTo());
1274     assertEquals("c(4) in CDS should map to c(7) in DNA", 7, dnaMappings
1275             .get(0).getMap().getToPosition(4));
1276     peptideMappings = cdsMapping.getMappingsForSequence(pep2);
1277     assertEquals(1, peptideMappings.size());
1278     assertSame(pep2.getDatasetSequence(), peptideMappings.get(0).getTo());
1279
1280     // mappings for dna1 - cds3 - pep3
1281     cdsMapping = newMappingsIterator.next();
1282     dnaMappings = cdsMapping.getMappingsForSequence(dna1);
1283     assertEquals(1, dnaMappings.size());
1284     assertSame(cds.get(2).getDatasetSequence(), dnaMappings.get(0)
1285             .getTo());
1286     assertEquals("T(4) in CDS should map to T(10) in DNA", 10, dnaMappings
1287             .get(0).getMap().getToPosition(4));
1288     peptideMappings = cdsMapping.getMappingsForSequence(pep3);
1289     assertEquals(1, peptideMappings.size());
1290     assertSame(pep3.getDatasetSequence(), peptideMappings.get(0).getTo());
1291   }
1292
1293   @Test(groups = { "Functional" })
1294   public void testIsMappable()
1295   {
1296     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "cgCAGtgGT");
1297     SequenceI aa1 = new Sequence("aa1", "RSG");
1298     AlignmentI al1 = new Alignment(new SequenceI[] { dna1 });
1299     AlignmentI al2 = new Alignment(new SequenceI[] { aa1 });
1300
1301     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(null, null));
1302     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(al1, null));
1303     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(null, al1));
1304     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(al1, al1));
1305     assertFalse(AlignmentUtils.isMappable(al2, al2));
1306
1307     assertTrue(AlignmentUtils.isMappable(al1, al2));
1308     assertTrue(AlignmentUtils.isMappable(al2, al1));
1309   }
1310
1311   /**
1312    * Test creating a mapping when the sequences involved do not start at residue
1313    * 1
1314    *
1315    * @throws IOException
1316    */
1317   @Test(groups = { "Functional" })
1318   public void testMapProteinSequenceToCdna_forSubsequence()
1319           throws IOException
1320   {
1321     SequenceI prot = new Sequence("UNIPROT|V12345", "E-I--Q", 10, 12);
1322     prot.createDatasetSequence();
1323
1324     SequenceI dna = new Sequence("EMBL|A33333", "GAA--AT-C-CAG", 40, 48);
1325     dna.createDatasetSequence();
1326
1327     MapList map = AlignmentUtils.mapProteinSequenceToCdna(prot, dna);
1328     assertEquals(10, map.getToLowest());
1329     assertEquals(12, map.getToHighest());
1330     assertEquals(40, map.getFromLowest());
1331     assertEquals(48, map.getFromHighest());
1332   }
1333
1334   /**
1335    * Test for the alignSequenceAs method where we have protein mapped to protein
1336    */
1337   @Test(groups = { "Functional" })
1338   public void testAlignSequenceAs_mappedProteinProtein()
1339   {
1340
1341     SequenceI alignMe = new Sequence("Match", "MGAASEV");
1342     alignMe.createDatasetSequence();
1343     SequenceI alignFrom = new Sequence("Query", "LQTGYMGAASEVMFSPTRR");
1344     alignFrom.createDatasetSequence();
1345
1346     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1347     // this is like a domain or motif match of part of a peptide sequence
1348     MapList map = new MapList(new int[] { 6, 12 }, new int[] { 1, 7 }, 1, 1);
1349     acf.addMap(alignFrom.getDatasetSequence(),
1350             alignMe.getDatasetSequence(), map);
1351
1352     AlignmentUtils.alignSequenceAs(alignMe, alignFrom, acf, "-", '-', true,
1353             true);
1354     assertEquals("-----MGAASEV-------", alignMe.getSequenceAsString());
1355   }
1356
1357   /**
1358    * Test for the alignSequenceAs method where there are trailing unmapped
1359    * residues in the model sequence
1360    */
1361   @Test(groups = { "Functional" })
1362   public void testAlignSequenceAs_withTrailingPeptide()
1363   {
1364     // map first 3 codons to KPF; G is a trailing unmapped residue
1365     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 9 }, new int[] { 1, 3 }, 3, 1);
1366
1367     checkAlignSequenceAs("AAACCCTTT", "K-PFG", true, true, map,
1368             "AAA---CCCTTT---");
1369   }
1370
1371   /**
1372    * Tests for transferring features between mapped sequences
1373    */
1374   @Test(groups = { "Functional" })
1375   public void testTransferFeatures()
1376   {
1377     SequenceI dna = new Sequence("dna/20-34", "acgTAGcaaGCCcgt");
1378     SequenceI cds = new Sequence("cds/10-15", "TAGGCC");
1379
1380     // no overlap
1381     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type1", "desc1", 1, 2, 1f,
1382             null));
1383     // partial overlap - to [1, 1]
1384     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type2", "desc2", 3, 4, 2f,
1385             null));
1386     // exact overlap - to [1, 3]
1387     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type3", "desc3", 4, 6, 3f,
1388             null));
1389     // spanning overlap - to [2, 5]
1390     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type4", "desc4", 5, 11, 4f,
1391             null));
1392     // exactly overlaps whole mapped range [1, 6]
1393     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type5", "desc5", 4, 12, 5f,
1394             null));
1395     // no overlap (internal)
1396     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type6", "desc6", 7, 9, 6f,
1397             null));
1398     // no overlap (3' end)
1399     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type7", "desc7", 13, 15,
1400             7f, null));
1401     // overlap (3' end) - to [6, 6]
1402     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type8", "desc8", 12, 12,
1403             8f, null));
1404     // extended overlap - to [6, +]
1405     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type9", "desc9", 12, 13,
1406             9f, null));
1407
1408     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1409             new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1410
1411     /*
1412      * transferFeatures() will build 'partial overlap' for regions
1413      * that partially overlap 5' or 3' (start or end) of target sequence
1414      */
1415     AlignmentUtils.transferFeatures(dna, cds, map, null);
1416     SequenceFeature[] sfs = cds.getSequenceFeatures();
1417     assertEquals(6, sfs.length);
1418
1419     SequenceFeature sf = sfs[0];
1420     assertEquals("type2", sf.getType());
1421     assertEquals("desc2", sf.getDescription());
1422     assertEquals(2f, sf.getScore());
1423     assertEquals(1, sf.getBegin());
1424     assertEquals(1, sf.getEnd());
1425
1426     sf = sfs[1];
1427     assertEquals("type3", sf.getType());
1428     assertEquals("desc3", sf.getDescription());
1429     assertEquals(3f, sf.getScore());
1430     assertEquals(1, sf.getBegin());
1431     assertEquals(3, sf.getEnd());
1432
1433     sf = sfs[2];
1434     assertEquals("type4", sf.getType());
1435     assertEquals(2, sf.getBegin());
1436     assertEquals(5, sf.getEnd());
1437
1438     sf = sfs[3];
1439     assertEquals("type5", sf.getType());
1440     assertEquals(1, sf.getBegin());
1441     assertEquals(6, sf.getEnd());
1442
1443     sf = sfs[4];
1444     assertEquals("type8", sf.getType());
1445     assertEquals(6, sf.getBegin());
1446     assertEquals(6, sf.getEnd());
1447
1448     sf = sfs[5];
1449     assertEquals("type9", sf.getType());
1450     assertEquals(6, sf.getBegin());
1451     assertEquals(6, sf.getEnd());
1452   }
1453
1454   /**
1455    * Tests for transferring features between mapped sequences
1456    */
1457   @Test(groups = { "Functional" })
1458   public void testTransferFeatures_withOmit()
1459   {
1460     SequenceI dna = new Sequence("dna/20-34", "acgTAGcaaGCCcgt");
1461     SequenceI cds = new Sequence("cds/10-15", "TAGGCC");
1462
1463     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1464             new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1465
1466     // [5, 11] maps to [2, 5]
1467     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type4", "desc4", 5, 11, 4f,
1468             null));
1469     // [4, 12] maps to [1, 6]
1470     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type5", "desc5", 4, 12, 5f,
1471             null));
1472     // [12, 12] maps to [6, 6]
1473     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type8", "desc8", 12, 12,
1474             8f, null));
1475
1476     // desc4 and desc8 are the 'omit these' varargs
1477     AlignmentUtils.transferFeatures(dna, cds, map, null, "type4", "type8");
1478     SequenceFeature[] sfs = cds.getSequenceFeatures();
1479     assertEquals(1, sfs.length);
1480
1481     SequenceFeature sf = sfs[0];
1482     assertEquals("type5", sf.getType());
1483     assertEquals(1, sf.getBegin());
1484     assertEquals(6, sf.getEnd());
1485   }
1486
1487   /**
1488    * Tests for transferring features between mapped sequences
1489    */
1490   @Test(groups = { "Functional" })
1491   public void testTransferFeatures_withSelect()
1492   {
1493     SequenceI dna = new Sequence("dna/20-34", "acgTAGcaaGCCcgt");
1494     SequenceI cds = new Sequence("cds/10-15", "TAGGCC");
1495
1496     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 6, 10, 12 },
1497             new int[] { 1, 6 }, 1, 1);
1498
1499     // [5, 11] maps to [2, 5]
1500     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type4", "desc4", 5, 11, 4f,
1501             null));
1502     // [4, 12] maps to [1, 6]
1503     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type5", "desc5", 4, 12, 5f,
1504             null));
1505     // [12, 12] maps to [6, 6]
1506     dna.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type8", "desc8", 12, 12,
1507             8f, null));
1508
1509     // "type5" is the 'select this type' argument
1510     AlignmentUtils.transferFeatures(dna, cds, map, "type5");
1511     SequenceFeature[] sfs = cds.getSequenceFeatures();
1512     assertEquals(1, sfs.length);
1513
1514     SequenceFeature sf = sfs[0];
1515     assertEquals("type5", sf.getType());
1516     assertEquals(1, sf.getBegin());
1517     assertEquals(6, sf.getEnd());
1518   }
1519
1520   /**
1521    * Test the method that extracts the cds-only part of a dna alignment, for the
1522    * case where the cds should be aligned to match its nucleotide sequence.
1523    */
1524   @Test(groups = { "Functional" })
1525   public void testMakeCdsAlignment_alternativeTranscripts()
1526   {
1527     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "aaaGGGCC-----CTTTaaaGGG");
1528     // alternative transcript of same dna skips CCC codon
1529     SequenceI dna2 = new Sequence("dna2", "aaaGGGCC-----cttTaaaGGG");
1530     // dna3 has no mapping (protein product) so should be ignored here
1531     SequenceI dna3 = new Sequence("dna3", "aaaGGGCCCCCGGGcttTaaaGGG");
1532     SequenceI pep1 = new Sequence("pep1", "GPFG");
1533     SequenceI pep2 = new Sequence("pep2", "GPG");
1534     dna1.createDatasetSequence();
1535     dna2.createDatasetSequence();
1536     dna3.createDatasetSequence();
1537     pep1.createDatasetSequence();
1538     pep2.createDatasetSequence();
1539     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds1", 4, 8, 0f,
1540             null));
1541     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds2", 9, 12, 0f,
1542             null));
1543     dna1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds3", 16, 18, 0f,
1544             null));
1545     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 4, 8, 0f,
1546             null));
1547     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 12, 12, 0f,
1548             null));
1549     dna2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 16, 18, 0f,
1550             null));
1551
1552     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
1553     MapList map = new MapList(new int[] { 4, 12, 16, 18 },
1554             new int[] { 1, 4 }, 3, 1);
1555     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
1556     acf.addMap(dna1.getDatasetSequence(), pep1.getDatasetSequence(), map);
1557     mappings.add(acf);
1558     map = new MapList(new int[] { 4, 8, 12, 12, 16, 18 },
1559             new int[] { 1, 3 },
1560             3, 1);
1561     acf = new AlignedCodonFrame();
1562     acf.addMap(dna2.getDatasetSequence(), pep2.getDatasetSequence(), map);
1563     mappings.add(acf);
1564
1565     AlignmentI cds = AlignmentUtils.makeCdsAlignment(new SequenceI[] {
1566         dna1, dna2, dna3 }, mappings, '-');
1567     assertEquals(2, cds.getSequences().size());
1568     assertEquals("GGGCCCTTTGGG", cds.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
1569     assertEquals("GGGCC---TGGG", cds.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
1570
1571     /*
1572      * Verify updated mappings
1573      */
1574     assertEquals(2, mappings.size());
1575
1576     /*
1577      * Mapping from pep1 to GGGTTT in first new CDS sequence
1578      */
1579     List<AlignedCodonFrame> pep1Mapping = MappingUtils
1580             .findMappingsForSequence(pep1, mappings);
1581     assertEquals(1, pep1Mapping.size());
1582     /*
1583      * maps GPFG to 1-3,4-6,7-9,10-12
1584      */
1585     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 1, mappings);
1586     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1587     Match m = sr.getResults().get(0);
1588     assertEquals(cds.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(),
1589             m.getSequence());
1590     assertEquals(1, m.getStart());
1591     assertEquals(3, m.getEnd());
1592     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 2, mappings);
1593     m = sr.getResults().get(0);
1594     assertEquals(4, m.getStart());
1595     assertEquals(6, m.getEnd());
1596     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 3, mappings);
1597     m = sr.getResults().get(0);
1598     assertEquals(7, m.getStart());
1599     assertEquals(9, m.getEnd());
1600     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep1, 4, mappings);
1601     m = sr.getResults().get(0);
1602     assertEquals(10, m.getStart());
1603     assertEquals(12, m.getEnd());
1604
1605     /*
1606      * GPG in pep2 map to 1-3,4-6,7-9 in second CDS sequence
1607      */
1608     List<AlignedCodonFrame> pep2Mapping = MappingUtils
1609             .findMappingsForSequence(pep2, mappings);
1610     assertEquals(1, pep2Mapping.size());
1611     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 1, mappings);
1612     assertEquals(1, sr.getResults().size());
1613     m = sr.getResults().get(0);
1614     assertEquals(cds.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(),
1615             m.getSequence());
1616     assertEquals(1, m.getStart());
1617     assertEquals(3, m.getEnd());
1618     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 2, mappings);
1619     m = sr.getResults().get(0);
1620     assertEquals(4, m.getStart());
1621     assertEquals(6, m.getEnd());
1622     sr = MappingUtils.buildSearchResults(pep2, 3, mappings);
1623     m = sr.getResults().get(0);
1624     assertEquals(7, m.getStart());
1625     assertEquals(9, m.getEnd());
1626   }
1627
1628   /**
1629    * Tests for gapped column in sequences
1630    */
1631   @Test(groups = { "Functional" })
1632   public void testIsGappedColumn()
1633   {
1634     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "a--c.tc-a-g");
1635     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "aa---t--a-g");
1636     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ag-c t-g-");
1637     List<SequenceI> seqs = Arrays
1638             .asList(new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 });
1639     // the column number is base 1
1640     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 1));
1641     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 2));
1642     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 3));
1643     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 4));
1644     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 5));
1645     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 6));
1646     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 7));
1647     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 8));
1648     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 9));
1649     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 10));
1650     assertFalse(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 11));
1651     // out of bounds:
1652     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 0));
1653     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, 100));
1654     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(seqs, -100));
1655     assertTrue(AlignmentUtils.isGappedColumn(null, 0));
1656   }
1657
1658   @Test(groups = { "Functional" })
1659   public void testFindCdsColumns()
1660   {
1661     // TODO target method belongs in a general-purpose alignment
1662     // analysis method to find columns for feature
1663
1664     /*
1665      * NB this method assumes CDS ranges are contiguous (no introns)
1666      */
1667     SequenceI gene = new Sequence("gene", "aaacccgggtttaaacccgggttt");
1668     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "--ac-cgGG-GGaaACC--GGtt-");
1669     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AA--CCGG--g-AAA--cG-GTTt");
1670     seq1.createDatasetSequence();
1671     seq2.createDatasetSequence();
1672     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 5, 6, 0f,
1673             null));
1674     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 7, 8, 0f,
1675             null));
1676     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 11, 13, 0f,
1677             null));
1678     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 14, 15, 0f,
1679             null));
1680     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 1, 2, 0f,
1681             null));
1682     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 3, 6, 0f,
1683             null));
1684     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 8, 10, 0f,
1685             null));
1686     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 12, 12, 0f,
1687             null));
1688     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("CDS", "cds", 13, 15, 0f,
1689             null));
1690
1691     List<int[]> cdsColumns = AlignmentUtils.findCdsColumns(new SequenceI[] {
1692         seq1, seq2 });
1693     assertEquals(4, cdsColumns.size());
1694     assertEquals("[1, 2]", Arrays.toString(cdsColumns.get(0)));
1695     assertEquals("[5, 9]", Arrays.toString(cdsColumns.get(1)));
1696     assertEquals("[11, 17]", Arrays.toString(cdsColumns.get(2)));
1697     assertEquals("[19, 23]", Arrays.toString(cdsColumns.get(3)));
1698   }
1699 }