test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java

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  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class CodingUtilsTest
  34 {
  35
  36   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  37   public void setUpJvOptionPane()
  38   {
  39     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  40     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  41   }
  42
  43   @Test(groups = { "Functional" })
  44   public void testDecodeCodon()
  45   {
  46     assertTrue(
  47             Arrays.equals(new char[]
  48             { 'A', 'A', 'A' }, CodingUtils.decodeCodon(0)));
  49     assertTrue(
  50             Arrays.equals(new char[]
  51             { 'A', 'A', 'C' }, CodingUtils.decodeCodon(1)));
  52     assertTrue(
  53             Arrays.equals(new char[]
  54             { 'A', 'A', 'G' }, CodingUtils.decodeCodon(2)));
  55     assertTrue(
  56             Arrays.equals(new char[]
  57             { 'A', 'A', 'T' }, CodingUtils.decodeCodon(3)));
  58     assertTrue(
  59             Arrays.equals(new char[]
  60             { 'A', 'C', 'A' }, CodingUtils.decodeCodon(4)));
  61     assertTrue(
  62             Arrays.equals(new char[]
  63             { 'C', 'A', 'A' }, CodingUtils.decodeCodon(16)));
  64     assertTrue(
  65             Arrays.equals(new char[]
  66             { 'G', 'G', 'G' }, CodingUtils.decodeCodon(42)));
  67     assertTrue(
  68             Arrays.equals(new char[]
  69             { 'T', 'T', 'T' }, CodingUtils.decodeCodon(63)));
  70   }
  71
  72   @Test(groups = { "Functional" })
  73   public void testDecodeNucleotide()
  74   {
  75     assertEquals('A', CodingUtils.decodeNucleotide(0));
  76     assertEquals('C', CodingUtils.decodeNucleotide(1));
  77     assertEquals('G', CodingUtils.decodeNucleotide(2));
  78     assertEquals('T', CodingUtils.decodeNucleotide(3));
  79     assertEquals('0', CodingUtils.decodeNucleotide(4));
  80   }
  81
  82   @Test(groups = { "Functional" })
  83   public void testEncodeCodon()
  84   {
  85     assertTrue(CodingUtils.encodeCodon('Z') < 0);
  86     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('a'));
  87     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('A'));
  88     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('c'));
  89     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('C'));
  90     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('g'));
  91     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('G'));
  92     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('t'));
  93     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('T'));
  94     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('u'));
  95     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('U'));
  96
  97     assertEquals(-1, CodingUtils.encodeCodon(null));
  98     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'A' }));
  99     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'C' }));
 100     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'G' }));
 101     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'T' }));
 102     assertEquals(4, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'C', 'A' }));
 103     assertEquals(16, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'C', 'A', 'A' }));
 104     assertEquals(42, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'G', 'G', 'G' }));
 105     assertEquals(63, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'T', 'T', 'T' }));
 106   }
 107
 108 }