test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.InputStreamReader;
  29
  30 import org.junit.AfterClass;
  31 import org.junit.BeforeClass;
  32 import org.junit.Test;
  33
  34 public class CommandLineOperations
  35 {
  36
  37   @BeforeClass
  38   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  39   {
  40   }
  41
  42   @AfterClass
  43   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  44   {
  45   }
  46
  47   /***
  48    * from
  49    * http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when
  50    * -using-javas-runtime-exec
  51    *
  52    * @author jimp
  53    *
  54    */
  55   private static class Worker extends Thread
  56   {
  57     private final Process process;
  58
  59     private Integer exit;
  60
  61     private Worker(Process process)
  62     {
  63       this.process = process;
  64     }
  65
  66     public void run()
  67     {
  68       try
  69       {
  70         exit = process.waitFor();
  71       } catch (InterruptedException ignore)
  72       {
  73         return;
  74       }
  75     }
  76   }
  77
  78   private Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
  79           int timeout) throws InterruptedException, IOException
  80   {
  81     String _cmd = "java "
  82             + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true" : "")
  83             + " -Djava.ext.dirs=./lib -classpath ./classes jalview.bin.Jalview ";
  84     System.out.println("###############Jalview CMD: " + _cmd + cmd);
  85     Process ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd + cmd);
  86     BufferedReader outputReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
  87             ls2_proc.getInputStream()));
  88
  89     BufferedReader errorReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
  90             ls2_proc.getErrorStream()));
  91     Worker worker = new Worker(ls2_proc);
  92     worker.start();
  93     worker.join(timeout);
  94     System.out.println("Output:  ");
  95     String ln = null;
  96     while ((ln = outputReader.readLine()) != null)
  97     {
  98       System.out.println(ln);
  99     }
 100
 101     System.out.println("Error:  ");
 102     while ((ln = errorReader.readLine()) != null)
 103     {
 104       System.out.println(ln);
 105     }
 106     return worker;
 107   }
 108
 109   @Test
 110   public void testHeadlessModeEPS() throws Exception
 111   {
 112     String[] headlessArgs = new String[]
 113     { "nodisplay", "headless", "nogui" };
 114     for (String _harg : headlessArgs)
 115     {
 116       boolean _switch = false, withAwt = false;
 117       do
 118       {
 119         if (_switch)
 120         {
 121           withAwt = true;
 122         }
 123         _switch = true;
 124         String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
 125         String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
 126         String cmd = "" + _harg + " -open " + jalview_input + " -eps "
 127                 + jalview_output;
 128         String harg = _harg
 129                 + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true"
 130                         : " NO AWT.HEADLESS");
 131         System.out.println("Testing with Headless argument: '" + harg
 132                 + "'\n");
 133         Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, 9000);
 134         assertTrue("Didn't create an output EPS file.[" + harg + "]",
 135                 new File("test_uniref50_out.eps").exists());
 136         assertTrue("Didn't create an EPS file with any content[" + harg
 137                 + "]", new File("test_uniref50_out.eps").length() > 4096);
 138         if (worker.exit == null)
 139         {
 140           worker.interrupt();
 141           Thread.currentThread().interrupt();
 142           worker.process.destroy();
 143           fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["
 144                   + harg + "]");
 145         }
 146       } while (!withAwt);
 147     }
 148   }
 149   // @Test
 150   // public void testJalview2XMLDataset() throws Exception
 151   // {
 152   // String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
 153   // String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
 154   // String cmd = ""+" -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
 155   // //String harg = _harg+(withAwt ?
 156   // "-Djava.awt.headless=true":" NO AWT.HEADLESS");
 157   // System.out.println("Testing with Headless argument: '"+harg+"'\n");
 158   // Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, 9000);
 159   // assertTrue("Didn't create an output EPS file.["+harg+"]", new
 160   // File("test_uniref50_out.eps").exists());
 161   // assertTrue("Didn't create an EPS file with any content["+harg+"]", new
 162   // File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
 163   // if (worker.exit == null){
 164   // worker.interrupt();
 165   // Thread.currentThread().interrupt();
 166   // worker.process.destroy();
 167   // fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["+harg+"]");
 168   // }
 169   // }
 170 }