test/jalview/datamodel/ColumnSelectionTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  27
  28 import jalview.analysis.AlignmentGenerator;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30 import jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter;
  31 import jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField;
  32 import jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType;
  33
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.BitSet;
  36 import java.util.Collections;
  37 import java.util.ConcurrentModificationException;
  38 import java.util.Iterator;
  39 import java.util.List;
  40
  41 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 public class ColumnSelectionTest
  45 {
  46
  47   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  48   public void setUpJvOptionPane()
  49   {
  50     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  51     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  52   }
  53
  54   @Test(groups = { "Functional" })
  55   public void testAddElement()
  56   {
  57     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  58     cs.addElement(2);
  59     cs.addElement(5);
  60     cs.addElement(3);
  61     cs.addElement(5); // ignored
  62     List<Integer> sel = cs.getSelected();
  63     assertEquals("[2, 5, 3]", sel.toString());
  64   }
  65
  66   @Test(groups = { "Functional" })
  67   public void testSetElementsFrom()
  68   {
  69     ColumnSelection fromcs = new ColumnSelection();
  70     ColumnSelection tocs = new ColumnSelection();
  71     HiddenColumns hidden = new HiddenColumns();
  72
  73     fromcs.addElement(2);
  74     fromcs.addElement(3);
  75     fromcs.addElement(5);
  76
  77     tocs.setElementsFrom(fromcs, hidden);
  78     assertTrue(tocs.equals(fromcs));
  79
  80     hidden.hideColumns(4, 6);
  81     tocs.setElementsFrom(fromcs, hidden);
  82
  83     // expect cols 2 and 3 to be selected but not 5
  84     ColumnSelection expectcs = new ColumnSelection();
  85     expectcs.addElement(2);
  86     expectcs.addElement(3);
  87     assertTrue(tocs.equals(expectcs));
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Test the remove method - in particular to verify that remove(int i) removes
  92    * the element whose value is i, _NOT_ the i'th element.
  93    */
  94   @Test(groups = { "Functional" })
  95   public void testRemoveElement()
  96   {
  97     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  98     cs.addElement(2);
  99     cs.addElement(5);
 100
 101     // removing elements not in the list has no effect
 102     cs.removeElement(0);
 103     cs.removeElement(1);
 104     List<Integer> sel = cs.getSelected();
 105     assertEquals(2, sel.size());
 106     assertEquals(Integer.valueOf(2), sel.get(0));
 107     assertEquals(Integer.valueOf(5), sel.get(1));
 108
 109     // removing an element in the list removes it
 110     cs.removeElement(2);
 111     // ...and also from the read-only view
 112     assertEquals(1, sel.size());
 113     sel = cs.getSelected();
 114     assertEquals(1, sel.size());
 115     assertEquals(Integer.valueOf(5), sel.get(0));
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Test the method that hides a specified column including any adjacent
 120    * selected columns. This is a convenience method for the case where multiple
 121    * column regions are selected and then hidden using menu option View | Hide |
 122    * Selected Columns.
 123    */
 124   @Test(groups = { "Functional" })
 125   public void testHideColumns_withSelection()
 126   {
 127     // create random alignment
 128     AlignmentGenerator gen = new AlignmentGenerator(false);
 129     AlignmentI al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
 130
 131     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 132     // select columns 4-6
 133     cs.addElement(4);
 134     cs.addElement(5);
 135     cs.addElement(6);
 136     // hide column 5 (and adjacent):
 137     cs.hideSelectedColumns(5, al.getHiddenColumns());
 138     // 4,5,6 now hidden:
 139     Iterator<int[]> regions = al.getHiddenColumns().iterator();
 140     assertEquals(1, al.getHiddenColumns().getNumberOfRegions());
 141     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(regions.next()));
 142     // none now selected:
 143     assertTrue(cs.getSelected().isEmpty());
 144
 145     // repeat, hiding column 4 (5 and 6)
 146     al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
 147     cs = new ColumnSelection();
 148     cs.addElement(4);
 149     cs.addElement(5);
 150     cs.addElement(6);
 151     cs.hideSelectedColumns(4, al.getHiddenColumns());
 152     regions = al.getHiddenColumns().iterator();
 153     assertEquals(1, al.getHiddenColumns().getNumberOfRegions());
 154     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(regions.next()));
 155     assertTrue(cs.getSelected().isEmpty());
 156
 157     // repeat, hiding column (4, 5 and) 6
 158     al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
 159     cs = new ColumnSelection();
 160     cs.addElement(4);
 161     cs.addElement(5);
 162     cs.addElement(6);
 163     cs.hideSelectedColumns(6, al.getHiddenColumns());
 164     regions = al.getHiddenColumns().iterator();
 165     assertEquals(1, al.getHiddenColumns().getNumberOfRegions());
 166     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(regions.next()));
 167     assertTrue(cs.getSelected().isEmpty());
 168
 169     // repeat, with _only_ adjacent columns selected
 170     al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
 171     cs = new ColumnSelection();
 172     cs.addElement(4);
 173     cs.addElement(6);
 174     cs.hideSelectedColumns(5, al.getHiddenColumns());
 175     regions = al.getHiddenColumns().iterator();
 176     assertEquals(1, al.getHiddenColumns().getNumberOfRegions());
 177     assertEquals("[4, 6]", Arrays.toString(regions.next()));
 178     assertTrue(cs.getSelected().isEmpty());
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Test the method that hides all (possibly disjoint) selected column ranges
 183    */
 184   @Test(groups = { "Functional" })
 185   public void testHideSelectedColumns()
 186   {
 187     // create random alignment
 188     AlignmentGenerator gen = new AlignmentGenerator(false);
 189     AlignmentI al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
 190
 191     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 192     int[] sel = { 2, 3, 4, 7, 8, 9, 20, 21, 22 };
 193     for (int col : sel)
 194     {
 195       cs.addElement(col);
 196     }
 197
 198     HiddenColumns cols = al.getHiddenColumns();
 199     cols.hideColumns(15, 18);
 200
 201     cs.hideSelectedColumns(al);
 202     assertTrue(cs.getSelected().isEmpty());
 203     Iterator<int[]> regions = cols.iterator();
 204     assertEquals(4, cols.getNumberOfRegions());
 205     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(regions.next()));
 206     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(regions.next()));
 207     assertEquals("[15, 18]", Arrays.toString(regions.next()));
 208     assertEquals("[20, 22]", Arrays.toString(regions.next()));
 209   }
 210
 211   /**
 212    * Test the method that gets runs of selected columns ordered by column. If
 213    * this fails, HideSelectedColumns may also fail
 214    */
 215   @Test(groups = { "Functional" })
 216   public void testGetSelectedRanges()
 217   {
 218     /*
 219      * getSelectedRanges returns ordered columns regardless
 220      * of the order in which they are added
 221      */
 222     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 223     int[] sel = { 4, 3, 7, 21, 9, 20, 8, 22, 2 };
 224     for (int col : sel)
 225     {
 226       cs.addElement(col);
 227     }
 228     List<int[]> range;
 229     range = cs.getSelectedRanges();
 230     assertEquals(3, range.size());
 231     assertEquals("[2, 4]", Arrays.toString(range.get(0)));
 232     assertEquals("[7, 9]", Arrays.toString(range.get(1)));
 233     assertEquals("[20, 22]", Arrays.toString(range.get(2)));
 234     cs.addElement(0);
 235     cs.addElement(1);
 236     range = cs.getSelectedRanges();
 237     assertEquals(3, range.size());
 238     assertEquals("[0, 4]", Arrays.toString(range.get(0)));
 239   }
 240
 241   @Test(groups = { "Functional" })
 242   public void testInvertColumnSelection()
 243   {
 244     // create random alignment
 245     AlignmentGenerator gen = new AlignmentGenerator(false);
 246     AlignmentI al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
 247
 248     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 249     cs.addElement(4);
 250     cs.addElement(6);
 251     cs.addElement(8);
 252
 253     HiddenColumns cols = al.getHiddenColumns();
 254     cols.hideColumns(3, 3);
 255     cols.hideColumns(6, 6);
 256
 257     // invert selection from start (inclusive) to end (exclusive)
 258     cs.invertColumnSelection(2, 9, al);
 259     assertEquals("[2, 5, 7]", cs.getSelected().toString());
 260
 261     cs.invertColumnSelection(1, 9, al);
 262     assertEquals("[1, 4, 8]", cs.getSelected().toString());
 263   }
 264
 265   @Test(groups = { "Functional" })
 266   public void testMaxColumnSelection()
 267   {
 268     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 269     cs.addElement(0);
 270     cs.addElement(513);
 271     cs.addElement(1);
 272     assertEquals(513, cs.getMax());
 273     cs.removeElement(513);
 274     assertEquals(1, cs.getMax());
 275     cs.removeElement(1);
 276     assertEquals(0, cs.getMax());
 277     cs.addElement(512);
 278     cs.addElement(513);
 279     assertEquals(513, cs.getMax());
 280
 281   }
 282
 283   @Test(groups = { "Functional" })
 284   public void testMinColumnSelection()
 285   {
 286     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 287     cs.addElement(0);
 288     cs.addElement(513);
 289     cs.addElement(1);
 290     assertEquals(0, cs.getMin());
 291     cs.removeElement(0);
 292     assertEquals(1, cs.getMin());
 293     cs.addElement(0);
 294     assertEquals(0, cs.getMin());
 295   }
 296
 297   @Test(groups = { "Functional" })
 298   public void testEquals()
 299   {
 300     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 301     cs.addElement(0);
 302     cs.addElement(513);
 303     cs.addElement(1);
 304
 305     // same selections added in a different order
 306     ColumnSelection cs2 = new ColumnSelection();
 307     cs2.addElement(1);
 308     cs2.addElement(513);
 309     cs2.addElement(0);
 310
 311     assertTrue(cs.equals(cs2));
 312     assertTrue(cs.equals(cs));
 313     assertTrue(cs2.equals(cs));
 314     assertTrue(cs2.equals(cs2));
 315
 316     cs2.addElement(12);
 317     assertFalse(cs.equals(cs2));
 318     assertFalse(cs2.equals(cs));
 319
 320     cs2.removeElement(12);
 321     assertTrue(cs.equals(cs2));
 322   }
 323
 324   /*
 325       cs2.hideSelectedColumns(88);
 326       assertFalse(cs.equals(cs2));
 327       /*
 328        * unhiding a column adds it to selection!
 329        */
 330   /*    cs2.revealHiddenColumns(88);
 331       assertFalse(cs.equals(cs2));
 332       cs.addElement(88);
 333       assertTrue(cs.equals(cs2));
 334     */
 335
 336   /**
 337    * Test the method that returns selected columns, in the order in which they
 338    * were added
 339    */
 340   @Test(groups = { "Functional" })
 341   public void testGetSelected()
 342   {
 343     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 344     int[] sel = { 4, 3, 7, 21 };
 345     for (int col : sel)
 346     {
 347       cs.addElement(col);
 348     }
 349
 350     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 351     assertEquals(4, selected.size());
 352     assertEquals("[4, 3, 7, 21]", selected.toString());
 353
 354     /*
 355      * getSelected returns a read-only view of the list
 356      * verify the view follows any changes in it
 357      */
 358     cs.removeElement(7);
 359     cs.addElement(1);
 360     cs.removeElement(4);
 361     assertEquals("[3, 21, 1]", selected.toString());
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Test to verify that the list returned by getSelection cannot be modified
 366    */
 367   @Test(groups = { "Functional" })
 368   public void testGetSelected_isReadOnly()
 369   {
 370     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 371     cs.addElement(3);
 372
 373     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 374     try
 375     {
 376       selected.clear();
 377       fail("expected exception");
 378     } catch (UnsupportedOperationException e)
 379     {
 380       // expected
 381     }
 382     try
 383     {
 384       selected.add(1);
 385       fail("expected exception");
 386     } catch (UnsupportedOperationException e)
 387     {
 388       // expected
 389     }
 390     try
 391     {
 392       selected.remove(3);
 393       fail("expected exception");
 394     } catch (UnsupportedOperationException e)
 395     {
 396       // expected
 397     }
 398     try
 399     {
 400       Collections.sort(selected);
 401       fail("expected exception");
 402     } catch (UnsupportedOperationException e)
 403     {
 404       // expected
 405     }
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Test that demonstrates a ConcurrentModificationException is thrown if you
 410    * change the selection while iterating over it
 411    */
 412   @Test(
 413     groups = "Functional",
 414     expectedExceptions =
 415     { ConcurrentModificationException.class })
 416   public void testGetSelected_concurrentModification()
 417   {
 418     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 419     cs.addElement(0);
 420     cs.addElement(1);
 421     cs.addElement(2);
 422
 423     /*
 424      * simulate changing the list under us (e.g. in a separate
 425      * thread) while iterating over it -> ConcurrentModificationException
 426      */
 427     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 428     for (Integer col : selected)
 429     {
 430       if (col.intValue() == 0)
 431       {
 432         cs.removeElement(1);
 433       }
 434     }
 435   }
 436
 437   @Test(groups = "Functional")
 438   public void testMarkColumns()
 439   {
 440     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 441     cs.addElement(5); // this will be cleared
 442     BitSet toMark = new BitSet();
 443     toMark.set(1);
 444     toMark.set(3);
 445     toMark.set(6);
 446     toMark.set(9);
 447
 448     assertTrue(cs.markColumns(toMark, 3, 8, false, false, false));
 449     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 450     assertEquals(2, selected.size());
 451     assertTrue(selected.contains(3));
 452     assertTrue(selected.contains(6));
 453   }
 454
 455   @Test(groups = "Functional")
 456   public void testMarkColumns_extend()
 457   {
 458     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 459     cs.addElement(1);
 460     cs.addElement(5);
 461     BitSet toMark = new BitSet();
 462     toMark.set(1);
 463     toMark.set(3);
 464     toMark.set(6);
 465     toMark.set(9);
 466
 467     /*
 468      * extending selection of {3, 6} should leave {1, 3, 5, 6} selected
 469      */
 470     assertTrue(cs.markColumns(toMark, 3, 8, false, true, false));
 471     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 472     assertEquals(4, selected.size());
 473     assertTrue(selected.contains(1));
 474     assertTrue(selected.contains(3));
 475     assertTrue(selected.contains(5));
 476     assertTrue(selected.contains(6));
 477   }
 478
 479   @Test(groups = "Functional")
 480   public void testMarkColumns_invert()
 481   {
 482     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 483     cs.addElement(5); // this will be cleared
 484     BitSet toMark = new BitSet();
 485     toMark.set(1);
 486     toMark.set(3);
 487     toMark.set(6);
 488     toMark.set(9);
 489
 490     /*
 491      * inverted selection of {3, 6} should select {4, 5, 7, 8}
 492      */
 493     assertTrue(cs.markColumns(toMark, 3, 8, true, false, false));
 494     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 495     assertEquals(4, selected.size());
 496     assertTrue(selected.contains(4));
 497     assertTrue(selected.contains(5));
 498     assertTrue(selected.contains(7));
 499     assertTrue(selected.contains(8));
 500   }
 501
 502   @Test(groups = "Functional")
 503   public void testMarkColumns_toggle()
 504   {
 505     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 506     cs.addElement(1); // outside change range
 507     cs.addElement(3);
 508     cs.addElement(4);
 509     cs.addElement(10); // outside change range
 510     BitSet toMark = new BitSet();
 511     toMark.set(1);
 512     toMark.set(3);
 513     toMark.set(6);
 514     toMark.set(9);
 515
 516     /*
 517      * toggling state of {3, 6} should leave {1, 4, 6, 10} selected
 518      */
 519     assertTrue(cs.markColumns(toMark, 3, 8, false, false, true));
 520     List<Integer> selected = cs.getSelected();
 521     assertEquals(4, selected.size());
 522     assertTrue(selected.contains(1));
 523     assertTrue(selected.contains(4));
 524     assertTrue(selected.contains(6));
 525     assertTrue(selected.contains(10));
 526   }
 527
 528   @Test(groups = "Functional")
 529   public void testCopyConstructor()
 530   {
 531     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 532     cs.addElement(3);
 533     cs.addElement(1);
 534
 535     ColumnSelection cs2 = new ColumnSelection(cs);
 536     assertTrue(cs2.hasSelectedColumns());
 537
 538     // order of column selection is preserved
 539     assertEquals("[3, 1]", cs2.getSelected().toString());
 540   }
 541
 542   @Test(groups = { "Functional" })
 543   public void testStretchGroup_expand()
 544   {
 545     /*
 546      * test that emulates clicking column 4 (selected)
 547      * and dragging right to column 5 (all base 0)
 548      */
 549     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 550     cs.addElement(4);
 551     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 552     sg.setStartRes(4);
 553     sg.setEndRes(4);
 554     cs.stretchGroup(5, sg, 4, 4);
 555     assertEquals(cs.getSelected().size(), 2);
 556     assertTrue(cs.contains(4));
 557     assertTrue(cs.contains(5));
 558     assertEquals(sg.getStartRes(), 4);
 559     assertEquals(sg.getEndRes(), 5);
 560
 561     /*
 562      * emulate drag right with columns 10-20 already selected
 563      */
 564     cs.clear();
 565     for (int i = 10; i <= 20; i++)
 566     {
 567       cs.addElement(i);
 568     }
 569     assertEquals(cs.getSelected().size(), 11);
 570     sg = new SequenceGroup();
 571     sg.setStartRes(10);
 572     sg.setEndRes(20);
 573     cs.stretchGroup(21, sg, 10, 20);
 574     assertEquals(cs.getSelected().size(), 12);
 575     assertTrue(cs.contains(10));
 576     assertTrue(cs.contains(21));
 577     assertEquals(sg.getStartRes(), 10);
 578     assertEquals(sg.getEndRes(), 21);
 579   }
 580
 581   @Test(groups = { "Functional" })
 582   public void testStretchGroup_shrink()
 583   {
 584     /*
 585      * emulate drag left to 19 with columns 10-20 already selected
 586      */
 587     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 588     for (int i = 10; i <= 20; i++)
 589     {
 590       cs.addElement(i);
 591     }
 592     assertEquals(cs.getSelected().size(), 11);
 593     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 594     sg.setStartRes(10);
 595     sg.setEndRes(20);
 596     cs.stretchGroup(19, sg, 10, 20);
 597     assertEquals(cs.getSelected().size(), 10);
 598     assertTrue(cs.contains(10));
 599     assertTrue(cs.contains(19));
 600     assertFalse(cs.contains(20));
 601     assertEquals(sg.getStartRes(), 10);
 602     assertEquals(sg.getEndRes(), 19);
 603   }
 604
 605   @Test(groups = { "Functional" })
 606   public void testFilterAnnotations()
 607   {
 608     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
 609
 610     /*
 611      * filter with no conditions clears the selection
 612      */
 613     Annotation[] anns = new Annotation[] { null };
 614     AnnotationFilterParameter filter = new AnnotationFilterParameter();
 615     cs.addElement(3);
 616     int added = cs.filterAnnotations(anns, filter);
 617     assertEquals(0, added);
 618     assertTrue(cs.isEmpty());
 619
 620     /*
 621      * select on description (regex)
 622      */
 623     filter.setRegexString("w.rld");
 624     filter.addRegexSearchField(SearchableAnnotationField.DESCRIPTION);
 625     Annotation helix = new Annotation("(", "hello", '<', 2f);
 626     Annotation sheet = new Annotation("(", "world", '<', 2f);
 627     added = cs.filterAnnotations(new Annotation[] { null, helix, sheet },
 628             filter);
 629     assertEquals(1, added);
 630     assertTrue(cs.contains(2));
 631
 632     /*
 633      * select on label (invalid regex, exact match)
 634      */
 635     filter = new AnnotationFilterParameter();
 636     filter.setRegexString("(");
 637     filter.addRegexSearchField(SearchableAnnotationField.DISPLAY_STRING);
 638     added = cs.filterAnnotations(new Annotation[] { null, helix, sheet },
 639             filter);
 640     assertEquals(2, added);
 641     assertTrue(cs.contains(1));
 642     assertTrue(cs.contains(2));
 643
 644     /*
 645      * select Helix (secondary structure symbol H)
 646      */
 647     filter = new AnnotationFilterParameter();
 648     filter.setFilterAlphaHelix(true);
 649     helix = new Annotation("x", "desc", 'H', 0f);
 650     sheet = new Annotation("x", "desc", 'E', 1f);
 651     Annotation turn = new Annotation("x", "desc", 'S', 2f);
 652     Annotation ann4 = new Annotation("x", "desc", 'Y', 3f);
 653     added = cs
 654             .filterAnnotations(new Annotation[]
 655             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 656     assertEquals(1, added);
 657     assertTrue(cs.contains(1));
 658
 659     /*
 660      * select Helix and Sheet (E)
 661      */
 662     filter.setFilterBetaSheet(true);
 663     added = cs
 664             .filterAnnotations(new Annotation[]
 665             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 666     assertEquals(2, added);
 667     assertTrue(cs.contains(1));
 668     assertTrue(cs.contains(2));
 669
 670     /*
 671      * select Sheet and Turn (S)
 672      */
 673     filter.setFilterAlphaHelix(false);
 674     filter.setFilterTurn(true);
 675     added = cs
 676             .filterAnnotations(new Annotation[]
 677             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 678     assertEquals(2, added);
 679     assertTrue(cs.contains(2));
 680     assertTrue(cs.contains(3));
 681
 682     /*
 683      * select value < 2f (ann1, ann2)
 684      */
 685     filter = new AnnotationFilterParameter();
 686     filter.setThresholdType(ThresholdType.BELOW_THRESHOLD);
 687     filter.setThresholdValue(2f);
 688     added = cs
 689             .filterAnnotations(new Annotation[]
 690             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 691     assertEquals(2, added);
 692     assertTrue(cs.contains(1));
 693     assertTrue(cs.contains(2));
 694
 695     /*
 696      * select value > 2f (ann4 only)
 697      */
 698     filter.setThresholdType(ThresholdType.ABOVE_THRESHOLD);
 699     added = cs
 700             .filterAnnotations(new Annotation[]
 701             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 702     assertEquals(1, added);
 703     assertTrue(cs.contains(4));
 704
 705     /*
 706      * select >2f or Helix
 707      */
 708     filter.setFilterAlphaHelix(true);
 709     added = cs
 710             .filterAnnotations(new Annotation[]
 711             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 712     assertEquals(2, added);
 713     assertTrue(cs.contains(1));
 714     assertTrue(cs.contains(4));
 715
 716     /*
 717      * select < 1f or Helix; one annotation matches both
 718      * return value should only count it once
 719      */
 720     filter.setThresholdType(ThresholdType.BELOW_THRESHOLD);
 721     filter.setThresholdValue(1f);
 722     added = cs
 723             .filterAnnotations(new Annotation[]
 724             { null, helix, sheet, turn, ann4 }, filter);
 725     assertEquals(1, added);
 726     assertTrue(cs.contains(1));
 727   }
 728 }