test/jalview/datamodel/SequenceFeatureTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class SequenceFeatureTest
  32 {
  33   @Test(groups = { "Functional" })
  34   public void testCopyConstructor()
  35   {
  36     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
  37             12.5f, "group");
  38     sf1.setValue("STRAND", "+");
  39     sf1.setValue("Note", "Testing");
  40     Integer count = new Integer(7);
  41     sf1.setValue("Count", count);
  42
  43     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature(sf1);
  44     assertEquals("type", sf2.getType());
  45     assertEquals("desc", sf2.getDescription());
  46     assertEquals(22, sf2.getBegin());
  47     assertEquals(33, sf2.getEnd());
  48     assertEquals("+", sf2.getValue("STRAND"));
  49     assertEquals("Testing", sf2.getValue("Note"));
  50     // shallow clone of otherDetails map - contains the same object values!
  51     assertSame(count, sf2.getValue("Count"));
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Tests for retrieving a 'miscellaneous details' property value, with or
  56    * without a supplied default
  57    */
  58   @Test(groups = { "Functional" })
  59   public void testGetValue()
  60   {
  61     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
  62             12.5f, "group");
  63     sf1.setValue("STRAND", "+");
  64     assertEquals("+", sf1.getValue("STRAND"));
  65     assertNull(sf1.getValue("strand")); // case-sensitive
  66     assertEquals(".", sf1.getValue("unknown", "."));
  67     Integer i = new Integer(27);
  68     assertSame(i, sf1.getValue("Unknown", i));
  69   }
  70
  71   /**
  72    * Tests the method that returns 1 / -1 / 0 for strand "+" / "-" / other
  73    */
  74   @Test(groups = { "Functional" })
  75   public void testGetStrand()
  76   {
  77     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33, 12.5f,
  78             "group");
  79     assertEquals(0, sf.getStrand());
  80     sf.setValue("STRAND", "+");
  81     assertEquals(1, sf.getStrand());
  82     sf.setValue("STRAND", "-");
  83     assertEquals(-1, sf.getStrand());
  84     sf.setValue("STRAND", ".");
  85     assertEquals(0, sf.getStrand());
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Tests for equality, and that equal objects have the same hashCode
  90    */
  91   @Test(groups = { "Functional" })
  92   public void testEqualsAndHashCode()
  93   {
  94     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
  95             12.5f, "group");
  96     sf1.setValue("ID", "id");
  97     sf1.setValue("Name", "name");
  98     sf1.setValue("Parent", "parent");
  99     sf1.setStrand("+");
 100     sf1.setPhase("1");
 101     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
 102             12.5f, "group");
 103     sf2.setValue("ID", "id");
 104     sf2.setValue("Name", "name");
 105     sf2.setValue("Parent", "parent");
 106     sf2.setStrand("+");
 107     sf2.setPhase("1");
 108
 109     assertFalse(sf1.equals(null));
 110     assertTrue(sf1.equals(sf2));
 111     assertTrue(sf2.equals(sf1));
 112     assertEquals(sf1.hashCode(), sf2.hashCode());
 113
 114     // changing type breaks equals:
 115     sf2.setType("Type");
 116     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 117
 118     // changing description breaks equals:
 119     sf2.setType("type");
 120     sf2.setDescription("Desc");
 121     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 122
 123     // changing start position breaks equals:
 124     sf2.setDescription("desc");
 125     sf2.setBegin(21);
 126     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 127
 128     // changing end position breaks equals:
 129     sf2.setBegin(22);
 130     sf2.setEnd(32);
 131     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 132
 133     // changing feature group breaks equals:
 134     sf2.setEnd(33);
 135     sf2.setFeatureGroup("Group");
 136     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 137
 138     // changing ID breaks equals:
 139     sf2.setFeatureGroup("group");
 140     sf2.setValue("ID", "id2");
 141     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 142
 143     // changing Name breaks equals:
 144     sf2.setValue("ID", "id");
 145     sf2.setValue("Name", "Name");
 146     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 147
 148     // changing Parent breaks equals:
 149     sf2.setValue("Name", "name");
 150     sf1.setValue("Parent", "Parent");
 151     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 152
 153     // changing strand breaks equals:
 154     sf1.setValue("Parent", "parent");
 155     sf2.setStrand("-");
 156     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 157
 158     // changing phase breaks equals:
 159     sf2.setStrand("+");
 160     sf1.setPhase("2");
 161     assertFalse(sf1.equals(sf2));
 162
 163     // restore equality as sanity check:
 164     sf1.setPhase("1");
 165     assertTrue(sf1.equals(sf2));
 166     assertTrue(sf2.equals(sf1));
 167     assertEquals(sf1.hashCode(), sf2.hashCode());
 168
 169     // changing status doesn't change equals:
 170     sf1.setStatus("new");
 171     assertTrue(sf1.equals(sf2));
 172   }
 173 }