test/jalview/datamodel/StartRegionIteratorTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Iterator;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class StartRegionIteratorTest
  34 {
  35   /**
  36    * Test the start region iterator
  37    */
  38   @Test(groups = { "Functional" })
  39   public void testBasicBoundsIterator()
  40   {
  41     List<int[]> hiddenColumns = null;
  42
  43     // null hidden columns
  44     Iterator<Integer> it = new StartRegionIterator(3, 10, hiddenColumns);
  45     assertFalse(it.hasNext());
  46
  47     hiddenColumns = new ArrayList<>();
  48
  49     // no hidden columns
  50     it = new StartRegionIterator(3, 10, hiddenColumns);
  51     assertFalse(it.hasNext());
  52
  53     // add some hidden columns
  54     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
  55     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
  56
  57     it = new StartRegionIterator(3, 10, hiddenColumns);
  58     assertTrue(it.hasNext());
  59     Integer result = it.next();
  60     assertEquals(5, (int) result);
  61     assertFalse(it.hasNext());
  62
  63     it = new StartRegionIterator(3, 15, hiddenColumns);
  64     assertTrue(it.hasNext());
  65     result = it.next();
  66     assertEquals(5, (int) result);
  67     assertFalse(it.hasNext());
  68
  69     it = new StartRegionIterator(3, 18, hiddenColumns);
  70     assertTrue(it.hasNext());
  71     result = it.next();
  72     assertEquals(5, (int) result);
  73     assertFalse(it.hasNext());
  74
  75     it = new StartRegionIterator(3, 19, hiddenColumns);
  76     assertTrue(it.hasNext());
  77     result = it.next();
  78     assertEquals(5, (int) result);
  79     assertTrue(it.hasNext());
  80     result = it.next();
  81     assertEquals(19, (int) result);
  82     assertFalse(it.hasNext());
  83
  84     hiddenColumns.add(new int[] { 47, 50 });
  85
  86     it = new StartRegionIterator(15, 60, hiddenColumns);
  87     assertTrue(it.hasNext());
  88     result = it.next();
  89     assertEquals(19, (int) result);
  90     assertTrue(it.hasNext());
  91     result = it.next();
  92     assertEquals(25, (int) result);
  93     assertFalse(it.hasNext());
  94   }
  95
  96   /**
  97    * Test the start region iterator with null cursor
  98    */
  99   @Test(groups = { "Functional" })
 100   public void testBoundsIteratorUsingNullCursor()
 101   {
 102     List<int[]> hiddenColumns = null;
 103     HiddenCursorPosition pos = null;
 104
 105     // null hidden columns
 106     Iterator<Integer> it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10,
 107             hiddenColumns);
 108     assertFalse(it.hasNext());
 109
 110     hiddenColumns = new ArrayList<>();
 111
 112     // no hidden columns
 113     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10, hiddenColumns);
 114     assertFalse(it.hasNext());
 115
 116     // add some hidden columns
 117     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
 118     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
 119
 120     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10, hiddenColumns);
 121     assertTrue(it.hasNext());
 122     Integer result = it.next();
 123     assertEquals(5, (int) result);
 124     assertFalse(it.hasNext());
 125
 126     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 15, hiddenColumns);
 127     assertTrue(it.hasNext());
 128     result = it.next();
 129     assertEquals(5, (int) result);
 130     assertFalse(it.hasNext());
 131
 132     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 18, hiddenColumns);
 133     assertTrue(it.hasNext());
 134     result = it.next();
 135     assertEquals(5, (int) result);
 136     assertFalse(it.hasNext());
 137
 138     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 19, hiddenColumns);
 139     assertTrue(it.hasNext());
 140     result = it.next();
 141     assertEquals(5, (int) result);
 142     assertTrue(it.hasNext());
 143     result = it.next();
 144     assertEquals(19, (int) result);
 145     assertFalse(it.hasNext());
 146
 147     hiddenColumns.add(new int[] { 47, 50 });
 148
 149     it = new StartRegionIterator(pos, 15, 60, hiddenColumns);
 150     assertTrue(it.hasNext());
 151     result = it.next();
 152     assertEquals(19, (int) result);
 153     assertTrue(it.hasNext());
 154     result = it.next();
 155     assertEquals(25, (int) result);
 156     assertFalse(it.hasNext());
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Test the start region iterator with nonnull cursor
 161    */
 162   @Test(groups = { "Functional" })
 163   public void testBoundsIteratorUsingCursor()
 164   {
 165     List<int[]> hiddenColumns = new ArrayList<>();
 166
 167     // add some hidden columns
 168     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
 169     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
 170
 171     HiddenCursorPosition pos = new HiddenCursorPosition(0, 0);
 172
 173     Iterator<Integer> it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10,
 174             hiddenColumns);
 175     assertTrue(it.hasNext());
 176     Integer result = it.next();
 177     assertEquals(5, (int) result);
 178     assertFalse(it.hasNext());
 179
 180     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 15, hiddenColumns);
 181     assertTrue(it.hasNext());
 182     result = it.next();
 183     assertEquals(5, (int) result);
 184     assertFalse(it.hasNext());
 185
 186     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 18, hiddenColumns);
 187     assertTrue(it.hasNext());
 188     result = it.next();
 189     assertEquals(5, (int) result);
 190     assertFalse(it.hasNext());
 191
 192     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 19, hiddenColumns);
 193     assertTrue(it.hasNext());
 194     result = it.next();
 195     assertEquals(5, (int) result);
 196     assertTrue(it.hasNext());
 197     result = it.next();
 198     assertEquals(19, (int) result);
 199     assertFalse(it.hasNext());
 200
 201     pos = new HiddenCursorPosition(1, 6);
 202     hiddenColumns.add(new int[] { 47, 50 });
 203
 204     it = new StartRegionIterator(pos, 15, 60, hiddenColumns);
 205     assertTrue(it.hasNext());
 206     result = it.next();
 207     assertEquals(19, (int) result);
 208     assertTrue(it.hasNext());
 209     result = it.next();
 210     assertEquals(25, (int) result);
 211     assertFalse(it.hasNext());
 212   }
 213 }