test/jalview/ext/jmol/PDBFileWithJmolTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertEquals;
  24 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.AlignFrame;
  29 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  30 import jalview.io.FileLoader;
  31
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import org.junit.Test;
  35
  36 import MCview.PDBfile;
  37
  38 /**
  39  * @author jimp
  40  *
  41  */
  42 public class PDBFileWithJmolTest
  43 {
  44   String[] testFile = new String[]
  45   { "./examples/1GAQ.txt", "./test/jalview/ext/jmol/1QCF.pdb" }; // ,
  46
  47   // "./examples/DNMT1_MOUSE.pdb"
  48   // };
  49
  50   @Test
  51   public void testAlignmentLoader() throws Exception
  52   {
  53     for (String f : testFile)
  54     {
  55       FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  56       AlignFrame af = fl
  57               .LoadFileWaitTillLoaded(f, AppletFormatAdapter.FILE);
  58       validateSecStrRows(af.getViewport().getAlignment());
  59     }
  60   }
  61
  62   @Test
  63   public void testFileParser() throws Exception
  64   {
  65     for (String pdbStr : testFile)
  66     {
  67       PDBfile mctest = new PDBfile(false, false, false, pdbStr,
  68               AppletFormatAdapter.FILE);
  69       PDBFileWithJmol jtest = new PDBFileWithJmol(pdbStr,
  70               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  71       Vector<SequenceI> seqs = jtest.getSeqs(), mcseqs = mctest.getSeqs();
  72
  73       assertTrue(
  74               "No sequences extracted from testfile\n"
  75                       + (jtest.hasWarningMessage() ? jtest.getWarningMessage()
  76                               : "(No warnings raised)"), seqs != null
  77                       && seqs.size() > 0);
  78       for (SequenceI sq : seqs)
  79       {
  80         assertEquals("JMol didn't process " + pdbStr
  81                 + " to the same sequence as MCView",
  82                 sq.getSequenceAsString(), mcseqs.remove(0)
  83                         .getSequenceAsString());
  84         AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  85         { sq });
  86         validateSecStrRows(al);
  87       }
  88     }
  89   }
  90
  91
  92   private void validateSecStrRows(AlignmentI al)
  93   {
  94     if (!al.isNucleotide())
  95     {
  96       for (SequenceI asq : al.getSequences())
  97       {
  98         SequenceI sq = asq;
  99         boolean hasDs = false;
 100         while (sq.getDatasetSequence() != null
 101                 && sq.getAnnotation() == null)
 102         {
 103           sq = sq.getDatasetSequence();
 104           hasDs = true;
 105         }
 106         checkFirstAAIsAssoc(sq);
 107         if (hasDs)
 108         {
 109           // also verify if alignment sequence has annotation on it
 110           // that is correctly mapped
 111           checkFirstAAIsAssoc(asq);
 112         }
 113       }
 114     }
 115   }
 116
 117   private void checkFirstAAIsAssoc(SequenceI sq)
 118   {
 119     assertTrue("No secondary structure assigned for protein sequence.",
 120             sq.getAnnotation() != null && sq.getAnnotation().length >= 1
 121                     && sq.getAnnotation()[0].hasIcons);
 122     assertTrue(
 123             "Secondary structure not associated for sequence "
 124                     + sq.getName(), sq.getAnnotation()[0].sequenceRef == sq);
 125   }
 126 }