test/jalview/ext/paradise/TestAnnotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.paradise;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30 import jalview.io.DataSourceType;
  31 import jalview.io.FastaFile;
  32 import jalview.io.FileFormat;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34
  35 import java.io.BufferedReader;
  36 import java.io.File;
  37 import java.io.Reader;
  38 import java.util.Iterator;
  39
  40 import org.testng.Assert;
  41 import org.testng.AssertJUnit;
  42 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  43 import org.testng.annotations.Test;
  44
  45 import compbio.util.FileUtil;
  46 import mc_view.PDBfile;
  47
  48 public class TestAnnotate3D
  49 {
  50
  51   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  52   public void setUpJvOptionPane()
  53   {
  54     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  55     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  56   }
  57
  58   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  59   public void test1GIDbyId() throws Exception
  60   {
  61     // use same ID as standard tests given at
  62     // https://bitbucket.org/fjossinet/pyrna-rest-clients
  63     Iterator<Reader> ids = Annotate3D.getRNAMLForPDBId("1GID");
  64     assertTrue("Didn't retrieve 1GID by id.", ids != null);
  65     testRNAMLcontent(ids, null);
  66   }
  67
  68   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
  69   public void testIdVsContent2GIS() throws Exception
  70   {
  71     Iterator<Reader> ids = Annotate3D.getRNAMLForPDBId("2GIS");
  72     assertTrue("Didn't retrieve 2GIS by id.", ids != null);
  73     Iterator<Reader> files = Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(
  74             FileUtil.readFileToString(new File("examples/2GIS.pdb")));
  75     assertTrue("Didn't retrieve using examples/2GIS.pdb.", files != null);
  76     int i = 0;
  77     while (ids.hasNext() && files.hasNext())
  78     {
  79       BufferedReader file = new BufferedReader(files.next()),
  80               id = new BufferedReader(ids.next());
  81       String iline, fline;
  82       do
  83       {
  84         iline = id.readLine();
  85         fline = file.readLine();
  86         if (iline != null)
  87         {
  88           System.out.println(iline);
  89         }
  90         if (fline != null)
  91         {
  92           System.out.println(fline);
  93         }
  94         // next assert fails for latest RNAview - because the XMLID entries
  95         // change between file and ID based RNAML generation.
  96         assertTrue(
  97                 "Results differ for ID and file upload based retrieval (chain entry "
  98                         + (++i) + ")",
  99                 ((iline == fline && iline == null) || (iline != null
 100                         && fline != null && iline.equals(fline))));
 101
 102       } while (iline != null);
 103     }
 104   }
 105
 106   /**
 107    * test to demonstrate JAL-1142 - compare sequences in RNAML returned from
 108    * Annotate3d vs those extracted by Jalview from the originl PDB file
 109    *
 110    * @throws Exception
 111    */
 112   @Test(groups = { "Network" }, enabled = true)
 113   public void testPDBfileVsRNAML() throws Exception
 114   {
 115     PDBfile pdbf = new PDBfile(true, false, true, "examples/2GIS.pdb",
 116             DataSourceType.FILE);
 117     Assert.assertTrue(pdbf.isValid());
 118     // Comment - should add new FileParse constructor like new FileParse(Reader
 119     // ..). for direct reading
 120     Iterator<Reader> readers = Annotate3D.getRNAMLForPDBFileAsString(
 121             FileUtil.readFileToString(new File("examples/2GIS.pdb")));
 122     testRNAMLcontent(readers, pdbf);
 123   }
 124
 125   private void testRNAMLcontent(Iterator<Reader> readers, PDBfile pdbf)
 126           throws Exception
 127   {
 128     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 129     int r = 0;
 130     while (readers.hasNext())
 131     {
 132       System.out.println("Testing RNAML input number " + (++r));
 133       BufferedReader br = new BufferedReader(readers.next());
 134       String line;
 135       while ((line = br.readLine()) != null)
 136       {
 137         sb.append(line + "\n");
 138       }
 139       assertTrue("No data returned by Annotate3D", sb.length() > 0);
 140       final String lines = sb.toString();
 141       AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(lines,
 142               DataSourceType.PASTE, FileFormat.Rnaml);
 143       if (al == null || al.getHeight() == 0)
 144       {
 145         System.out.println(lines);
 146       }
 147       assertTrue("No alignment returned.", al != null);
 148       assertTrue("No sequences in returned alignment.", al.getHeight() > 0);
 149       if (pdbf != null)
 150       {
 151         for (SequenceI sq : al.getSequences())
 152         {
 153           {
 154             SequenceI struseq = null;
 155             String sq_ = sq.getSequenceAsString().toLowerCase(Locale.ROOT);
 156             for (SequenceI _struseq : pdbf.getSeqsAsArray())
 157             {
 158               final String lowerCase = _struseq.getSequenceAsString()
 159                       .toLowerCase(Locale.ROOT);
 160               if (lowerCase.equals(sq_))
 161               {
 162                 struseq = _struseq;
 163                 break;
 164               }
 165             }
 166             if (struseq == null)
 167             {
 168               AssertJUnit.fail(
 169                       "Couldn't find this sequence in original input:\n"
 170                               + new FastaFile().print(new SequenceI[]
 171                               { sq }, true) + "\n\nOriginal input:\n"
 172                               + new FastaFile().print(pdbf.getSeqsAsArray(),
 173                                       true)
 174                               + "\n");
 175             }
 176           }
 177         }
 178       }
 179     }
 180   }
 181 }