test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Locale;
  37 import java.util.Map;
  38
  39 import javax.swing.JInternalFrame;
  40
  41 import org.testng.Assert;
  42 import org.testng.AssertJUnit;
  43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  44 import org.testng.annotations.Test;
  45
  46 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  47 import jalview.api.AlignViewportI;
  48 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  49 import jalview.api.FeatureColourI;
  50 import jalview.api.ViewStyleI;
  51 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  52 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  53 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  54 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  55 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  56 import jalview.datamodel.Mapping;
  57 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  58 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  59 import jalview.datamodel.Sequence.DBModList;
  60 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  61 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  62 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  63 import jalview.datamodel.SequenceI;
  64 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  65 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  66 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  67 import jalview.gui.AlignFrame;
  68 import jalview.gui.AlignViewport;
  69 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  70 import jalview.gui.Desktop;
  71 import jalview.gui.JvOptionPane;
  72 import jalview.gui.PCAPanel;
  73 import jalview.gui.PopupMenu;
  74 import jalview.gui.SliderPanel;
  75 import jalview.io.DataSourceType;
  76 import jalview.io.FileFormat;
  77 import jalview.io.FileLoader;
  78 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  79 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  80 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  81 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  82 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  83 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  84 import jalview.schemes.FeatureColour;
  85 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  86 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  87 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  88 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  89 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  90 import jalview.util.MapList;
  91 import jalview.util.matcher.Condition;
  92 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  93 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  94
  95 @Test(singleThreaded = true)
  96 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  97 {
  98
  99   @Override
 100   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 101   public void setUpJvOptionPane()
 102   {
 103     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 104     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 105   }
 106
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 109   {
 110     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 111     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 112             .getAbsolutePath();
 113     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 114             DataSourceType.FILE);
 115     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 116     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 117     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 118     af.changeColour_actionPerformed(
 119             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 120     assertTrue(
 121             af.getViewport()
 122                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 123             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 124     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 125     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 126             "Failed to store as a project.");
 127     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 128     af = null;
 129     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 130             DataSourceType.FILE);
 131     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 132     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 133     assertEquals(olddsann, newdsann,
 134             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 135                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 136     System.out.println(
 137             "Read in same number of annotations as originally present ("
 138                     + olddsann + ")");
 139     assertTrue(
 140
 141             af.getViewport()
 142                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 143             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 144   }
 145
 146   @Test(groups = { "Functional" })
 147   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 148   {
 149     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 150             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 151     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 152             .getAbsolutePath();
 153     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 154             DataSourceType.FILE);
 155     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 156     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 157     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 158     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 159             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 160     assertNotNull(
 161             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 162                     viewport.getAlignment(),
 163                     viewport.getGlobalColourScheme().getSchemeName()),
 164             "Recognise T-Coffee score from string");
 165
 166     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 167     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 168             "Failed to store as a project.");
 169     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 170     af = null;
 171     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 172             DataSourceType.FILE);
 173     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 174     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 175             TCoffeeColourScheme.class,
 176             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 177     System.out.println(
 178             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 179   }
 180
 181   @Test(groups = { "Functional" })
 182   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 183   {
 184     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 185             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 186     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 187             .getAbsolutePath();
 188     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 189             DataSourceType.FILE);
 190     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 191     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 192     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 193             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 194     assertTrue(
 195
 196             aa != null && aa.length > 0,
 197             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 198     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 199             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 200     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 201             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 202     cs.setSeqAssociated(true);
 203     gcs.setSeqAssociated(true);
 204     af.changeColour(cs);
 205     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 206     sg.setStartRes(57);
 207     sg.setEndRes(92);
 208     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 209     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 210     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 211     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 212     af.alignPanel.alignmentChanged();
 213     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 214     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 215             "Failed to store as a project.");
 216     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 217     af = null;
 218     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 219             DataSourceType.FILE);
 220     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 221
 222     // check for group and alignment colourschemes
 223
 224     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 225     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 226             .getColourScheme();
 227     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 228     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 229             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 230     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 231     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 232             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 233
 234     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 235     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 236     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 237             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 238     {
 239       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 240               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 241       {
 242         diffseqcols = true;
 243       }
 244     }
 245     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 246     System.out.println(
 247             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 248
 249     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 250     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 251             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 252     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 253     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 254             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 255
 256     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 257             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 258     {
 259       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 260               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 261                       0f))
 262       {
 263         diffgseqcols = true;
 264       }
 265     }
 266     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 267     System.out.println(
 268             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 269   }
 270
 271   @Test(groups = { "Functional" })
 272   public void gatherViewsHere() throws Exception
 273   {
 274     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 275             : Desktop.getAlignFrames().length;
 276     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 277             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 278     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 279     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 280             "Didn't gather the views in the example file.");
 281
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 286    *
 287    * @throws Exception
 288    */
 289   @Test(groups = { "Functional" })
 290   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 291   {
 292     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 293     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 294     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 295             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 296     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 297
 298     // locate Jmol viewer
 299     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 300     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 301             .findFileForPDBId("1A70");
 302     assertEquals(
 303             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 304                     .getMapping(pdbFile).length,
 305             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 306
 307   }
 308
 309   @Test(groups = { "Functional" })
 310   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 311   {
 312     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 313     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 314     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 315             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 316     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 317     AlignmentViewPanel sps = null;
 318     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 319     {
 320       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 321       {
 322         sps = ap;
 323         break;
 324       }
 325     }
 326     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 327     AlignmentAnnotation refan = null;
 328     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 329             .getAlignmentAnnotation())
 330     {
 331       if (ra.graph != 0)
 332       {
 333         refan = ra;
 334         break;
 335       }
 336     }
 337     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 338     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 339     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 340     // compare the manually added temperature factor annotation
 341     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 342     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 343             "1a70 has no annotation");
 344     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 345     {
 346       AlignmentAnnotation alaa;
 347       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 348       alaa.adjustForAlignment();
 349       if (ala.graph == refan.graph)
 350       {
 351         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 352         {
 353           sq.findPosition(p);
 354           try
 355           {
 356             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 357                     && refan.annotations[p] == null)
 358                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 359                     "Mismatch at alignment position " + p);
 360           } catch (NullPointerException q)
 361           {
 362             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 363                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 364                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 365           }
 366         }
 367       }
 368     }
 369
 370   }
 371
 372   @Test(groups = { "Functional" })
 373   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 374   {
 375     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 376             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 377     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 378     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 379     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 380     {
 381       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 382       {
 383         sps = ap;
 384       }
 385       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 386       {
 387         groups = ap;
 388       }
 389     }
 390     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 391     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 392
 393     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 394     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 395     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 396
 397     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 398     AssertJUnit.assertFalse(
 399             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 400     Assert.assertTrue(structureStyle
 401             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 402
 403   }
 404
 405   /**
 406    * test store and recovery of expanded views
 407    *
 408    * @throws Exception
 409    */
 410   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 411   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 412   {
 413     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 414
 415     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 416             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 417     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 418     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 419
 420     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 421     // actually on the Desktop
 422     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 423             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 424
 425     Desktop.explodeViews(af);
 426
 427     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 428     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 429             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 430     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 431     try
 432     {
 433       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 434     } catch (Error e)
 435     {
 436       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 437     } catch (Exception e)
 438     {
 439       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 440     }
 441     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 442     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 443     {
 444       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 445     }
 446     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 447             DataSourceType.FILE);
 448     Assert.assertNotNull(af);
 449     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 450             Desktop.getAlignmentPanels(
 451                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 452     Assert.assertEquals(Desktop
 453             .getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 454             oldviews);
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 459    * in each view.
 460    *
 461    * @throws Exception
 462    */
 463   @Test(groups = { "Functional" })
 464   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 465   {
 466     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 467     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 468             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 469     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 470     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 471
 472     // remember reference sequence for each panel
 473     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 474
 475     /*
 476      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 477      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 478      */
 479     int n = 1;
 480     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 481     {
 482       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 483       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 484       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 485       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 486       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 487
 488       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 489       // todo refactor this to an alignment view controller
 490       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 491       av.setColourByReferenceSeq(true);
 492       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 493
 494       n++;
 495     }
 496     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 497             ".jvp");
 498     try
 499     {
 500       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 501     } catch (Throwable e)
 502     {
 503       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 504     }
 505     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 506     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 507     {
 508       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 509     }
 510
 511     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 512             DataSourceType.FILE);
 513     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 514
 515     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 516     {
 517       // check representative
 518       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 519       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 520       Assert.assertNotNull(rep,
 521               "Couldn't restore sequence representative from project");
 522       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 523       // will be different.
 524       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 525       // load/saves.
 526       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 527               rep.toString(),
 528               "Representative wasn't the same when recovered.");
 529       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 530               "Display reference sequence view setting not set.");
 531       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 532               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 533     }
 534   }
 535
 536   @Test(groups = { "Functional" })
 537   public void testIsVersionStringLaterThan()
 538   {
 539     /*
 540      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 541      * compatible
 542      */
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 547             "Development Build"));
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 549             "DEVELOPMENT BUILD"));
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 551             "Development Build"));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 555     assertTrue(
 556             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 558             "Automated Build"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 560             "AUTOMATED BUILD"));
 561
 562     /*
 563      * same version returns true i.e. compatible
 564      */
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 569     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 570
 571     /*
 572      * later version returns true
 573      */
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 576     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 577     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 578     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 579
 580     /*
 581      * earlier version returns false
 582      */
 583     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 584     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 585     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 586     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 587     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 588   }
 589
 590   /**
 591    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 592    * representative sequence) in each view.
 593    *
 594    * @throws Exception
 595    */
 596   @Test(groups = { "Functional" })
 597   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 598   {
 599     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 600     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 601             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 602     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 603     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 604     // make a second view of the alignment
 605     af.newView_actionPerformed(null);
 606
 607     /*
 608      * remember representative and hidden sequences marked
 609      * on each panel
 610      */
 611     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 612     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 613
 614     /*
 615      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 616      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 617      */
 618     int n = 1;
 619     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 620     {
 621       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 622       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 623       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 624       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 625       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 626       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 627       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 628       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 629       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 630
 631       /*
 632        * have rep sequence represent itself and the one before it
 633        * this hides the group (except for the rep seq)
 634        */
 635       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 636       sg.addSequence(repSeq, false);
 637       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 638       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 639       sg.setSeqrep(repSeq);
 640       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 641       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 642       av.setSelectionGroup(sg);
 643       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 644
 645       /*
 646        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 647        * (it does not create a group on the alignment)
 648        */
 649       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 650       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 651       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 652       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 653       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 654       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 655               .getHiddenRepSequences();
 656       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 657       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 658       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 659       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 660       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 661       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 662
 663       n++;
 664     }
 665     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 666             ".jvp");
 667     try
 668     {
 669       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 670     } catch (Throwable e)
 671     {
 672       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 673     }
 674     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 675     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 676     {
 677       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 678     }
 679
 680     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 681             DataSourceType.FILE);
 682     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 683
 684     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 685     {
 686       String viewName = ap.getViewName();
 687       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 688       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 689       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 690       assertNotNull(groups);
 691       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 692       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 693               .getHiddenRepSequences();
 694       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 695       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 696       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 697               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 698                       .getDisplayId(true));
 699
 700       /*
 701        * verify hidden sequences in restored panel
 702        */
 703       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 704       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 705       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 706               "wrong number of restored hidden sequences in "
 707                       + ap.getViewName());
 708     }
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 713    *
 714    * @throws Exception
 715    */
 716   @Test(groups = { "Functional" })
 717   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 718   {
 719     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 720     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 721     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 722             DataSourceType.FILE);
 723     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 724     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 725
 726     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 727     System.out.println();
 728     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 729     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 730     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 731     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 732     System.out.println("blah");
 733     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 734     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 735     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 736     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 737     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 738     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 739     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 740     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 741     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 742     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 743     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 744     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 745     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 746     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 747     Assert.assertEquals(
 748             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 749             pdbEntries[0]);
 750     Assert.assertEquals(
 751             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 752             pdbEntries[1]);
 753     Assert.assertEquals(
 754             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 755             pdbEntries[2]);
 756     Assert.assertEquals(
 757             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 758             pdbEntries[3]);
 759
 760     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 761     try
 762     {
 763       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 764     } catch (Throwable e)
 765     {
 766       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 767     }
 768     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 769     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 770     {
 771       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 772     }
 773
 774     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 775             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 776     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 777     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 778     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 779     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 780     System.out.println("blah");
 781     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 782     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 783     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 784     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 785     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 786     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 787     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 788     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 789     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 790
 791     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 792     // recoverable from a Jalview projects
 793     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 794     {
 795       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 796               .get(0);
 797       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 798       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 799               "Mismatch PDB ID");
 800       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 801               "Mismatch PDB ID");
 802       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 803               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 804       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 805               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 806       Assert.assertEquals(
 807               recov.getFile().toLowerCase(Locale.ENGLISH)
 808                       .lastIndexOf("pdb"),
 809               recov.getFile().length() - 3,
 810               "Recovered PDBEntry file should have PDB suffix");
 811     }
 812   }
 813
 814   /**
 815    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 816    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 817    * saved project.
 818    *
 819    * @throws IOException
 820    */
 821   @Test(groups = { "Functional" })
 822   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 823   {
 824     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 825     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 826             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 827
 828     AlignViewport av = af.getViewport();
 829     AlignmentI al = av.getAlignment();
 830
 831     /*
 832      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 833      */
 834     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 835     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 836     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 837     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 838     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 839     assertFalse(sp.isForConservation());
 840     sp.valueChanged(10);
 841     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 842     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 843     assertTrue(sp.isForConservation());
 844     sp.valueChanged(20);
 845     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 846     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 847     assertTrue(rs.conservationApplied());
 848     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 849
 850     /*
 851      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 852      * and 40% PID threshold
 853      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 854      * is at a sequence not in the group)
 855      */
 856     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 857     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 858     sg.setStartRes(15);
 859     sg.setEndRes(25);
 860     av.setSelectionGroup(sg);
 861     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 862             null);
 863     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 864             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 865     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 866     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 867     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 868     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 869     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 870     assertTrue(sp.isForConservation());
 871     sp.valueChanged(30);
 872     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 873     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 874     assertFalse(sp.isForConservation());
 875     sp.valueChanged(40);
 876     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 877     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 878     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 879
 880     /*
 881      * save project, close windows, reload project, verify
 882      */
 883     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 884             ".jvp");
 885     tfile.deleteOnExit();
 886     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 887     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 888     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 889             DataSourceType.FILE);
 890     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 891
 892     /*
 893      * verify alignment (background) colouring
 894      */
 895     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 896     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 897     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 898     assertTrue(rs.conservationApplied());
 899     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 900
 901     /*
 902      * verify group colouring
 903      */
 904     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 905     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 906             .getGroupColourScheme();
 907     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 908     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 909     assertTrue(rs.conservationApplied());
 910     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 915    *
 916    * @throws IOException
 917    */
 918   @Test(groups = { "Functional" })
 919   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 920   {
 921     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 922             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 923     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 924
 925     /*
 926      * add some features to the sequence
 927      */
 928     int score = 1;
 929     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 930     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 931     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 932     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 933     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 934
 935     /*
 936      * set colour schemes for features
 937      */
 938     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
 939     fr.findAllFeatures(true);
 940
 941     // type1: red
 942     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 943
 944     // type2: by label
 945     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 946     byLabel.setColourByLabel(true);
 947     fr.setColour("type2", byLabel);
 948
 949     // type3: by score above threshold
 950     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 951             Color.BLUE, null, 1, 10);
 952     byScore.setAboveThreshold(true);
 953     byScore.setThreshold(2f);
 954     fr.setColour("type3", byScore);
 955
 956     // type4: by attribute AF
 957     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 958     byAF.setColourByLabel(true);
 959     byAF.setAttributeName("AF");
 960     fr.setColour("type4", byAF);
 961
 962     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 963     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 964             Color.BLUE, null, 1, 10);
 965     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 966     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 967     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 968     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 969
 970     /*
 971      * set filters for feature types
 972      */
 973
 974     // filter type1 features by (label contains "x")
 975     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 976     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 977     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 978
 979     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 980     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 981     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 982     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 983     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 984
 985     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 986     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 987     filterByXY
 988             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 989     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 990             "PolyPhen"));
 991     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 992
 993     /*
 994      * save as Jalview project
 995      */
 996     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 997     tfile.deleteOnExit();
 998     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 999     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
1000     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
1001             "Failed to store as a project.");
1002
1003     /*
1004      * close current alignment and load the saved project
1005      */
1006     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1007     af = null;
1008     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1009             DataSourceType.FILE);
1010     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1011
1012     /*
1013      * verify restored feature colour schemes and filters
1014      */
1015     fr = af.getFeatureRenderer();
1016     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1017     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1018     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1019     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1020     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1021     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1022     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1023     assertNull(fc.getAttributeName());
1024     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1025     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1026     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1027     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1028     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1029     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1030     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1031     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1032     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1033     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1034     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1035     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1036
1037     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1038             "Label Contains x");
1039     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1040             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1041     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1042             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0)");
1043   }
1044
1045   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1046   {
1047     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1048             score, "grp");
1049     sf.setValue("AF", score);
1050     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1051     {
1052       {
1053         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1054       }
1055     });
1056     seq.addSequenceFeature(sf);
1057   }
1058
1059   /**
1060    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1061    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1062    *
1063    * @param seq
1064    * @param featureType
1065    * @param score
1066    */
1067   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1068   {
1069     addFeature(seq, featureType, score++);
1070     addFeature(seq, featureType, score);
1071   }
1072
1073   /**
1074    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1075    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1076    */
1077   @Test(groups = { "Functional" })
1078   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1079   {
1080     // simple project - two views on one alignment
1081     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1082             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1083     assertNotNull(af);
1084     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1085     verifyDs(af);
1086   }
1087
1088   /**
1089    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1090    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1091    * is a more complex project
1092    */
1093   @Test(groups = { "Functional" })
1094   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1095   {
1096     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1097
1098     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1099     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1100             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1101             DataSourceType.FILE);
1102     assertNotNull(af);
1103
1104     AlignmentI ds = null;
1105     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1106     {
1107       if (ds == null)
1108       {
1109         ds = verifyDs(alignFrame);
1110       }
1111       else
1112       {
1113         // check that this frame's dataset matches the last
1114         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1115       }
1116     }
1117   }
1118
1119   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1120   {
1121     AlignmentI ds = null;
1122     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1123     {
1124       if (ds == null)
1125       {
1126         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1127       }
1128       else
1129       {
1130         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1131                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1132       }
1133     }
1134     return ds;
1135   }
1136
1137   @Test(groups = "Functional")
1138   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1139   {
1140     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1141     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1142     // create a new tempfile
1143     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1144
1145     {
1146       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1147       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1148               DataSourceType.FILE);
1149       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1150       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1151       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1152       // create another for good measure
1153       af.newView("Not the PCA View", true);
1154       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1155               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1156       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1157       pcaPanel.run();
1158
1159       // now switch the linked view
1160       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1161
1162       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1163               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1164
1165       // now save and reload project
1166       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1167       tempfile.delete();
1168       jv2xml.saveState(tempfile);
1169       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1170               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1171     }
1172
1173     // load again.
1174     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1175     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1176             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1177     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1178     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1179     // desktop
1180     assertEquals(frames.length, 2,
1181             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1182     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1183
1184     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1185     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1186     {
1187       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1188       {
1189         restoredNewView = alignpanel;
1190       }
1191     }
1192     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1193     assertTrue(
1194             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1195                     .getAlignViewport(),
1196             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1197   }
1198
1199   /**
1200    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1201    *
1202    * @throws Exception
1203    */
1204   @Test(groups = { "Functional" })
1205   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1206   {
1207     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1208     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1209     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1210             DataSourceType.PASTE);
1211     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1212
1213     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1214     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1215     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1216
1217     /*
1218      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1219      * and a dbref with map to gene 'locus'
1220      */
1221     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1222     pep.addDBRef(dbref1);
1223     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1224             new MapList(new int[]
1225             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1226     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1227     pep.addDBRef(dbref2);
1228     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1229             new MapList(new int[]
1230             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1231     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1232     pep.addDBRef(dbref3);
1233
1234     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1235             ".jvp");
1236     try
1237     {
1238       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1239     } catch (Throwable e)
1240     {
1241       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1242     }
1243     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1244
1245     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1246             DataSourceType.FILE);
1247     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1248     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1249     DBModList<DBRefEntry> dbrefs = rpep.getDBRefs();
1250     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1251     assertEquals(dbrefs.size(), 3);
1252     DBRefEntry dbRef = dbrefs.get(0);
1253     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1254     assertNull(dbRef.getMap());
1255     assertEquals(dbRef, dbref1);
1256
1257     /*
1258      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1259      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1260      */
1261     dbRef = dbrefs.get(1);
1262     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1263     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1264     assertNotNull(dbRef.getMap());
1265     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1266     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1267     // compare MapList but not map.to
1268     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1269
1270     /*
1271      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1272      */
1273     dbRef = dbrefs.get(2);
1274     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1275     assertEquals(dbRef, dbref3);
1276   }
1277 }