test/jalview/renderer/OverviewRendererTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.AlignViewport;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer;
  32 import jalview.schemes.FeatureColour;
  33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  34 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  35 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  36 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsShowHidden;
  37 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  38
  39 import java.awt.Color;
  40
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 public class OverviewRendererTest
  44 {
  45
  46   @Test
  47   public void testGetColumnColourFromSequence()
  48   {
  49     OverviewResColourFinder cf = new OverviewResColourFinder(false,
  50             Color.PINK, Color.green); // gapColour, hiddenColour
  51     Sequence seq1 = new Sequence("seq1", "PQ-RL-");
  52     Sequence seq2 = new Sequence("seq2", "FVE");
  53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  54     AlignmentViewport av = new AlignViewport(al);
  55     OverviewDimensions od = new OverviewDimensionsShowHidden(
  56             new ViewportRanges(al), false);
  57     ResidueShaderI rs = new ResidueShader(new ZappoColourScheme());
  58     FeatureRenderer fr = new FeatureRenderer(av);
  59     OverviewRenderer or = new OverviewRenderer(fr, od, al, rs, cf);
  60
  61     // P is magenta (see ResidueProperties.zappo)
  62     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 0),
  63             Color.magenta.getRGB());
  64     // Q is green
  65     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 1),
  66             Color.green.getRGB());
  67     // gap is pink (specified in OverviewResColourFinder constructor above)
  68     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 2),
  69             Color.pink.getRGB());
  70     // F is orange
  71     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq2, 0),
  72             Color.orange.getRGB());
  73     // E is red
  74     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq2, 2),
  75             Color.red.getRGB());
  76     // past end of sequence colour as gap (JAL-2929)
  77     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq2, 3),
  78             Color.pink.getRGB());
  79
  80     /*
  81      * now add a feature on seq1
  82      */
  83     seq1.addSequenceFeature(
  84             new SequenceFeature("Pfam", "desc", 1, 4, null));
  85     fr.findAllFeatures(true);
  86     av.setShowSequenceFeatures(true);
  87     fr.setColour("Pfam", new FeatureColour(Color.yellow));
  88     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 0),
  89             Color.yellow.getRGB());
  90
  91     // don't show sequence features
  92     av.setShowSequenceFeatures(false);
  93     assertEquals(or.getColumnColourFromSequence(null, seq1, 0),
  94             Color.magenta.getRGB());
  95   }
  96 }