test/jalview/renderer/ResidueColourFinderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignViewport;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  32 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class ResidueColourFinderTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testGetResidueColour_zappo()
  51   {
  52     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
  53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  54     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  55     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
  56     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  57
  58     // @see ResidueProperties.zappo
  59     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(true,
  60             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null)); // M
  61     assertEquals(Color.green, rcf.getResidueColour(true,
  62             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null)); // T
  63     assertEquals(Color.magenta, rcf.getResidueColour(true,
  64             av.getResidueShading(), null, seq, 5, null)); // G
  65     assertEquals(Color.orange, rcf.getResidueColour(true,
  66             av.getResidueShading(), null, seq, 12, null)); // F
  67
  68     // everything is white if showBoxes is false
  69     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  70             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null)); // M
  71     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  72             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null)); // T
  73     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  74             av.getResidueShading(), null, seq, 5, null)); // G
  75     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  76             av.getResidueShading(), null, seq, 12, null)); // F
  77   }
  78
  79   @Test(groups = { "Functional" })
  80   public void testGetResidueColour_none()
  81   {
  82     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
  83     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  84     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  85     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
  86
  87     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(true,
  88             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null));
  89     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(true,
  90             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
  91
  92     // no change if showBoxes is false
  93     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  94             av.getResidueShading(), null, seq, 0, null));
  95     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
  96             av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
  97   }
  98
  99   @Test(groups = { "Functional" })
 100   public void testGetResidueColour_userdef()
 101   {
 102     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
 103                                                             // gap
 104     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
 105     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
 106     ResidueColourFinder rcf = new ResidueColourFinder();
 107
 108     Color[] newColours = new Color[24];
 109     for (int i = 0; i < 24; i++)
 110     {
 111       newColours[i] = null;
 112     }
 113
 114     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 115
 116     // gap colour not specified so gap colour is null
 117     // this is consistent with previous behaviour, but may not be correct?
 118     assertEquals(null, rcf.getResidueColour(true, av.getResidueShading(),
 119             null, seq, 3, null));
 120
 121     newColours[23] = Color.pink;
 122     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 123
 124     // gap colour specified as pink
 125     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(true,
 126             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 127
 128     // everything is white if showBoxes is false
 129     newColours[23] = null;
 130     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 131             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 132
 133     newColours[23] = Color.pink;
 134     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 135
 136     // gap colour specified as pink
 137     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(false,
 138             av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 139   }
 140
 141   // TODO more tests for getResidueColour covering groups, feature rendering...
 142 }