test/jalview/schemes/DnaCodonTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import org.junit.AfterClass;
  35 import org.junit.BeforeClass;
  36 import org.junit.Test;
  37
  38 public class DnaCodonTests
  39 {
  40
  41   @Test
  42   public void testAmbiguityCodeGeneration()
  43   {
  44     assertTrue(ResidueProperties.ambiguityCodes.size() > 0);
  45   }
  46
  47   @Test
  48   public void testAmbiguityCodon()
  49   {
  50     for (String ac : ResidueProperties.ambiguityCodes.keySet())
  51     {
  52       assertTrue("Couldn't resolve GGN as glycine codon",
  53               ResidueProperties.codonHash2.get("GG" + ac).equals("G"));
  54     }
  55   }
  56
  57   @Test
  58   public void regenerateCodonTable()
  59   {
  60     for (Map.Entry<String, String> codon : ResidueProperties.codonHash2
  61             .entrySet())
  62     {
  63       System.out.println("ResidueProperties.codonHash2.set(\""
  64               + codon.getKey() + "\", \"" + codon.getValue() + "\");");
  65     }
  66   }
  67
  68   @Test
  69   public void checkOldCodonagainstNewCodonTable()
  70   {
  71     // note - this test will be removed once the old codon table (including
  72     // Vectors) is removed
  73     String additional = "", failtrans = "", differentTr = "";
  74     for (Object aa : ResidueProperties.codonHash.keySet())
  75     {
  76       String amacid = (String) aa;
  77       for (Object codons : ((Vector) ResidueProperties.codonHash
  78               .get(amacid)))
  79       {
  80         String codon = (String) codons;
  81         String trans = ResidueProperties.codonTranslate(codon);
  82         String oldtrans = ResidueProperties._codonTranslate(codon);
  83         if (trans == null)
  84         {
  85           additional += "\nOld translation table includes additional codons for "
  86                   + amacid + " : " + codon;
  87         }
  88         if (oldtrans == null)
  89         {
  90           failtrans += ("\nold translation routine failed for old translation entry (aa was "
  91                   + amacid + " codon was " + codon + ")");
  92         }
  93         if (!oldtrans.equals(trans))
  94         {
  95           differentTr += ("\nDifferent translation for old and new routines: "
  96                   + amacid
  97                   + " "
  98                   + codon
  99                   + " => expected "
 100                   + oldtrans
 101                   + " and got " + trans);
 102         }
 103       }
 104     }
 105     assertTrue("" + additional + "\n" + failtrans + "\n" + differentTr,
 106             additional.length() == 0 && failtrans.length() == 0
 107                     && differentTr.length() == 0);
 108   }
 109 }