test/jalview/structures/models/AAStructureBindingModelTest.java

   1 package jalview.structures.models;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Alignment;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  14 import jalview.structure.AtomSpec;
  15 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  16 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.SuperposeData;
  17
  18 import java.util.Arrays;
  19 import java.util.List;
  20
  21 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  22 import org.testng.annotations.Test;
  23
  24 /**
  25  * Unit tests for non-abstract methods of abstract base class
  26  *
  27  * @author gmcarstairs
  28  *
  29  */
  30 public class AAStructureBindingModelTest
  31 {
  32   private static final String PDB_1 = "HEADER    COMPLEX (ANTI-ONCOGENE/ANKYRIN REPEATS) 30-SEP-96   1YCS              \n"
  33           + "ATOM      2  CA  VAL A  97      24.134   4.926  45.821  1.00 47.43           C  \n"
  34           + "ATOM      9  CA  PRO A  98      25.135   8.584  46.217  1.00 41.60           C  \n"
  35           + "ATOM     16  CA  SER A  99      28.243   9.596  44.271  1.00 39.63           C  \n"
  36           + "ATOM     22  CA  GLN A 100      31.488  10.133  46.156  1.00 35.60           C  \n"
  37           + "ATOM     31  CA  LYS A 101      33.323  11.587  43.115  1.00 41.69           C  \n";
  38
  39   private static final String PDB_2 = "HEADER    HYDROLASE                               09-SEP-09   3A6S              \n"
  40           + "ATOM      2  CA  MET A   1      15.366 -11.648  24.854  1.00 32.05           C  \n"
  41           + "ATOM     10  CA  LYS A   2      16.846  -9.215  22.340  1.00 25.68           C  \n"
  42           + "ATOM     19  CA  LYS A   3      15.412  -6.335  20.343  1.00 19.42           C  \n"
  43           + "ATOM     28  CA  LEU A   4      15.629  -5.719  16.616  1.00 15.49           C  \n"
  44           + "ATOM     36  CA  GLN A   5      14.412  -2.295  15.567  1.00 12.19           C  \n";
  45
  46   private static final String PDB_3 = "HEADER    STRUCTURAL GENOMICS                     04-MAR-03   1OOT              \n"
  47           + "ATOM      2  CA  SER A   1      29.427   3.330  -6.578  1.00 32.50           C  \n"
  48           + "ATOM      8  CA  PRO A   2      29.975   3.340  -2.797  1.00 17.62           C  \n"
  49           + "ATOM     16  CA ALYS A   3      26.958   3.024  -0.410  0.50  8.78           C  \n"
  50           + "ATOM     33  CA  ALA A   4      26.790   4.320   3.172  1.00 11.98           C  \n"
  51           + "ATOM     39  CA AVAL A   5      24.424   3.853   6.106  0.50 13.83           C  \n";
  52
  53   AAStructureBindingModel testee;
  54
  55   AlignmentI al = null;
  56
  57   /**
  58    * Set up test conditions with three aligned sequences,
  59    */
  60   @BeforeMethod
  61   public void setUp()
  62   {
  63     SequenceI seq1 = new Sequence("1YCS", "-VPSQK");
  64     SequenceI seq2 = new Sequence("3A6S", "MK-KLQ");
  65     SequenceI seq3 = new Sequence("1OOT", "SPK-AV");
  66     al = new Alignment(new SequenceI[]
  67     { seq1, seq2, seq3 });
  68     al.setDataset(null);
  69
  70     PDBEntry[] pdbFiles = new PDBEntry[3];
  71     pdbFiles[0] = new PDBEntry("1YCS", "A", Type.PDB, "1YCS.pdb");
  72     pdbFiles[1] = new PDBEntry("3A6S", "B", Type.PDB, "3A6S.pdb");
  73     pdbFiles[2] = new PDBEntry("1OOT", "A", Type.PDB, "1OOT.pdb");
  74     String[][] chains = new String[3][];
  75     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[3][];
  76     seqs[0] = new SequenceI[]
  77     { seq1 };
  78     seqs[1] = new SequenceI[]
  79     { seq2 };
  80     seqs[2] = new SequenceI[]
  81     { seq3 };
  82     StructureSelectionManager ssm = new StructureSelectionManager();
  83
  84     ssm.setMapping(new SequenceI[]
  85     { seq1 }, null, PDB_1, AppletFormatAdapter.PASTE);
  86     ssm.setMapping(new SequenceI[]
  87     { seq2 }, null, PDB_2, AppletFormatAdapter.PASTE);
  88     ssm.setMapping(new SequenceI[]
  89     { seq3 }, null, PDB_3, AppletFormatAdapter.PASTE);
  90
  91     testee = new AAStructureBindingModel(ssm, pdbFiles, seqs, chains, null)
  92     {
  93       @Override
  94       public String[] getPdbFile()
  95       {
  96         /*
  97          * fudge 'filenames' to match those generated when PDBFile parses PASTE
  98          * data
  99          */
 100         return new String[]
 101         { "INLINE1YCS", "INLINE3A6S", "INLINE1OOT" };
 102       }
 103       @Override
 104       public void updateColours(Object source)
 105       {
 106       }
 107       @Override
 108       public void releaseReferences(Object svl)
 109       {
 110       }
 111       @Override
 112       public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 113       {
 114       }
 115     };
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Verify that the method determines that columns 2, 5 and 6 of the aligment
 120    * are alignable in structure
 121    */
 122   @Test(groups ={ "Functional" })
 123   public void testFindSuperposableResidues()
 124   {
 125     SuperposeData[] structs = new SuperposeData[al.getHeight()];
 126     for (int i = 0; i < structs.length; i++)
 127     {
 128       structs[i] = testee.new SuperposeData(al.getWidth());
 129     }
 130     /*
 131      * initialise array of 'superposable columns' to true (would be false for
 132      * hidden columns)
 133      */
 134     boolean[] matched = new boolean[al.getWidth()];
 135     Arrays.fill(matched, true);
 136
 137     int refStructure = testee
 138             .findSuperposableResidues(al, matched, structs);
 139
 140     assertEquals(0, refStructure);
 141
 142     /*
 143      * only ungapped, structure-mapped columns are superposable
 144      */
 145     assertFalse(matched[0]); // gap in first sequence
 146     assertTrue(matched[1]);
 147     assertFalse(matched[2]); // gap in second sequence
 148     assertFalse(matched[3]); // gap in third sequence
 149     assertTrue(matched[4]);
 150     assertTrue(matched[5]);
 151   }
 152
 153   @Test(groups ={ "Functional" })
 154   public void testFindSuperposableResidues_hiddenColumn()
 155   {
 156     SuperposeData[] structs = new SuperposeData[al.getHeight()];
 157     for (int i = 0; i < structs.length; i++)
 158     {
 159       structs[i] = testee.new SuperposeData(al.getWidth());
 160     }
 161     /*
 162      * initialise array of 'superposable columns' to true (would be false for
 163      * hidden columns)
 164      */
 165     boolean[] matched = new boolean[al.getWidth()];
 166     Arrays.fill(matched, true);
 167     // treat column 5 of the alignment as hidden
 168     matched[4] = false;
 169
 170     int refStructure = testee
 171             .findSuperposableResidues(al, matched, structs);
 172
 173     assertEquals(0, refStructure);
 174
 175     // only ungapped, structure-mapped columns are not superposable
 176     assertFalse(matched[0]);
 177     assertTrue(matched[1]);
 178     assertFalse(matched[2]);
 179     assertFalse(matched[3]);
 180     assertFalse(matched[4]); // superposable, but hidden, column
 181     assertTrue(matched[5]);
 182   }
 183 }