test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

   1 package jalview.util;
   2
   3
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   6 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   7
   8 import jalview.api.AlignViewportI;
   9 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  12 import jalview.datamodel.SearchResults;
  13 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  14 import jalview.datamodel.Sequence;
  15 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  16 import jalview.datamodel.SequenceI;
  17 import jalview.gui.AlignViewport;
  18 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  19 import jalview.io.FormatAdapter;
  20
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.io.IOException;
  23 import java.util.Arrays;
  24 import java.util.Collections;
  25 import java.util.HashSet;
  26 import java.util.List;
  27 import java.util.Set;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class MappingUtilsTest
  32 {
  33   private AlignViewportI dnaView;
  34   private AlignViewportI proteinView;
  35
  36   /**
  37    * Simple test of mapping with no intron involved.
  38    */
  39   @Test(groups ={ "Functional" })
  40   public void testBuildSearchResults()
  41   {
  42     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  43     seq1.createDatasetSequence();
  44
  45     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  46     aseq1.createDatasetSequence();
  47
  48     /*
  49      * Map dna bases 1-6 to protein residues 1-2
  50      */
  51     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  52     MapList map = new MapList(new int[]
  53     { 1, 6 }, new int[]
  54     { 1, 2 }, 3, 1);
  55     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  56     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
  57
  58     /*
  59      * Check protein residue 1 maps to codon 1-3, 2 to codon 4-6
  60      */
  61     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 1, acfList);
  62     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  63     Match m = sr.getResults().get(0);
  64     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  65     assertEquals(1, m.getStart());
  66     assertEquals(3, m.getEnd());
  67     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 2, acfList);
  68     assertEquals(1, sr.getResults().size());
  69     m = sr.getResults().get(0);
  70     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  71     assertEquals(4, m.getStart());
  72     assertEquals(6, m.getEnd());
  73
  74     /*
  75      * Check inverse mappings, from codons 1-3, 4-6 to protein 1, 2
  76      */
  77     for (int i = 1; i < 7; i++)
  78     {
  79       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
  80       assertEquals(1, sr.getResults().size());
  81       m = sr.getResults().get(0);
  82       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
  83       int residue = i > 3 ? 2 : 1;
  84       assertEquals(residue, m.getStart());
  85       assertEquals(residue, m.getEnd());
  86     }
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Simple test of mapping with introns involved.
  91    */
  92   @Test(groups ={ "Functional" })
  93   public void testBuildSearchResults_withIntron()
  94   {
  95     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TAGA-GCAGCTT");
  96     seq1.createDatasetSequence();
  97
  98     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  99     aseq1.createDatasetSequence();
 100
 101     /*
 102      * Map dna bases [2, 4, 5], [7, 9, 11] to protein residues 1 and 2
 103      */
 104     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 105     MapList map = new MapList(new int[]
 106     { 2, 2, 4, 5, 7, 7, 9, 9, 11, 11 }, new int[]
 107     { 1, 2 }, 3, 1);
 108     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 109     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 110
 111     /*
 112      * Check protein residue 1 maps to [2, 4, 5]
 113      */
 114     SearchResults sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 1, acfList);
 115     assertEquals(2, sr.getResults().size());
 116     Match m = sr.getResults().get(0);
 117     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 118     assertEquals(2, m.getStart());
 119     assertEquals(2, m.getEnd());
 120     m = sr.getResults().get(1);
 121     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 122     assertEquals(4, m.getStart());
 123     assertEquals(5, m.getEnd());
 124
 125     /*
 126      * Check protein residue 2 maps to [7, 9, 11]
 127      */
 128     sr = MappingUtils.buildSearchResults(aseq1, 2, acfList);
 129     assertEquals(3, sr.getResults().size());
 130     m = sr.getResults().get(0);
 131     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 132     assertEquals(7, m.getStart());
 133     assertEquals(7, m.getEnd());
 134     m = sr.getResults().get(1);
 135     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 136     assertEquals(9, m.getStart());
 137     assertEquals(9, m.getEnd());
 138     m = sr.getResults().get(2);
 139     assertEquals(seq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 140     assertEquals(11, m.getStart());
 141     assertEquals(11, m.getEnd());
 142
 143     /*
 144      * Check inverse mappings, from codons to protein
 145      */
 146     for (int i = 1; i < 14; i++)
 147     {
 148       sr = MappingUtils.buildSearchResults(seq1, i, acfList);
 149       int residue = (i == 2 || i == 4 || i == 5) ? 1 : (i == 7 || i == 9
 150               || i == 11 ? 2 : 0);
 151       if (residue == 0)
 152       {
 153         assertEquals(0, sr.getResults().size());
 154         continue;
 155       }
 156       assertEquals(1, sr.getResults().size());
 157       m = sr.getResults().get(0);
 158       assertEquals(aseq1.getDatasetSequence(), m.getSequence());
 159       assertEquals(residue, m.getStart());
 160       assertEquals(residue, m.getEnd());
 161     }
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Test mapping a sequence group made of entire sequences.
 166    *
 167    * @throws IOException
 168    */
 169   @Test(groups ={ "Functional" })
 170   public void testMapSequenceGroup_sequences() throws IOException
 171   {
 172     /*
 173      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 174      * viewport).
 175      */
 176     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nACG\n>Seq2\nTGA\n>Seq3\nTAC\n",
 177             "FASTA");
 178     cdna.setDataset(null);
 179     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nK\n>Seq2\nL\n>Seq3\nQ\n",
 180             "FASTA");
 181     protein.setDataset(null);
 182     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 183     MapList map = new MapList(new int[]
 184     { 1, 3 }, new int[]
 185     { 1, 1 }, 3, 1);
 186     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 187     {
 188       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 189               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 190     }
 191     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 192
 193     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 194     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 195     protein.setCodonFrames(acfList);
 196
 197     /*
 198      * Select Seq1 and Seq3 in the protein (startRes=endRes=0)
 199      */
 200     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 201     sg.setColourText(true);
 202     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 203     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 204     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 205     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 206
 207     /*
 208      * Verify the mapped sequence group in dna
 209      */
 210     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 211     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 212     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 213     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 214     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 215     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 216     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(1));
 217     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 218     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 219
 220     /*
 221      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 222      */
 223     sg.clear();
 224     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 225     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 226     sg.setStartRes(0);
 227     sg.setEndRes(2);
 228     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 229     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 230     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 231     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 232     assertEquals(2, mappedGroup.getSequences().size());
 233     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(0));
 234     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(1));
 235     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 236     assertEquals(0, mappedGroup.getEndRes());
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
 241    *
 242    * @param data
 243    * @param format
 244    *          TODO
 245    * @return
 246    * @throws IOException
 247    */
 248   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
 249           throws IOException
 250   {
 251     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data,
 252             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 253     a.setDataset(null);
 254     return a;
 255   }
 256
 257   /**
 258    * Test mapping a column selection in protein to its dna equivalent
 259    *
 260    * @throws IOException
 261    */
 262   @Test(groups ={ "Functional" })
 263   public void testMapColumnSelection_proteinToDna() throws IOException
 264   {
 265     setupMappedAlignments();
 266
 267     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 268
 269     /*
 270      * Column 0 in protein picks up Seq2/L, Seq3/G which map to cols 0-4 and 0-3
 271      * in dna respectively, overall 0-4
 272      */
 273     colsel.addElement(0);
 274     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel,
 275             proteinView, dnaView);
 276     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 4]", cs.getSelected().toString());
 277
 278     /*
 279      * Column 1 in protein picks up Seq1/K which maps to cols 0-3 in dna
 280      */
 281     colsel.clear();
 282     colsel.addElement(1);
 283     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 284     assertEquals("[0, 1, 2, 3]", cs.getSelected().toString());
 285
 286     /*
 287      * Column 2 in protein picks up gaps only - no mapping
 288      */
 289     colsel.clear();
 290     colsel.addElement(2);
 291     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 292     assertEquals("[]", cs.getSelected().toString());
 293
 294     /*
 295      * Column 3 in protein picks up Seq1/P, Seq2/Q, Seq3/S which map to columns
 296      * 6-9, 6-10, 5-8 respectively, overall to 5-10
 297      */
 298     colsel.clear();
 299     colsel.addElement(3);
 300     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 301     assertEquals("[5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected().toString());
 302
 303     /*
 304      * Combine selection of columns 1 and 3 to get a discontiguous mapped
 305      * selection
 306      */
 307     colsel.clear();
 308     colsel.addElement(1);
 309     colsel.addElement(3);
 310     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, proteinView, dnaView);
 311     assertEquals("[0, 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10]", cs.getSelected()
 312             .toString());
 313   }
 314
 315   /**
 316    * @throws IOException
 317    */
 318   protected void setupMappedAlignments() throws IOException
 319   {
 320     /*
 321      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 322      * viewport). Lower case for introns.
 323      */
 324     AlignmentI cdna = loadAlignment(">Seq1\nAC-GctGtC-T\n"
 325             + ">Seq2\nTc-GA-G-T-Tc\n" + ">Seq3\nTtTT-AaCGg-\n",
 326             "FASTA");
 327     cdna.setDataset(null);
 328     AlignmentI protein = loadAlignment(
 329             ">Seq1\n-K-P\n>Seq2\nL--Q\n>Seq3\nG--S\n",
 330             "FASTA");
 331     protein.setDataset(null);
 332     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 333     MapList map = new MapList(new int[]
 334     { 1, 3, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
 335     { 1, 2 }, 3, 1);
 336     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), protein
 337             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), map);
 338     map = new MapList(new int[]
 339     { 1, 1, 3, 4, 5, 7 }, new int[]
 340     { 1, 2 }, 3, 1);
 341     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), protein
 342             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), map);
 343     map = new MapList(new int[]
 344     { 1, 1, 3, 4, 5, 5, 7, 8 }, new int[]
 345     { 1, 2 }, 3, 1);
 346     acf.addMap(cdna.getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), protein
 347             .getSequenceAt(2).getDatasetSequence(), map);
 348     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 349
 350     dnaView = new AlignViewport(cdna);
 351     proteinView = new AlignViewport(protein);
 352     protein.setCodonFrames(acfList);
 353   }
 354
 355   /**
 356    * Test mapping a column selection in dna to its protein equivalent
 357    *
 358    * @throws IOException
 359    */
 360   @Test(groups ={ "Functional" })
 361   public void testMapColumnSelection_dnaToProtein() throws IOException
 362   {
 363     setupMappedAlignments();
 364
 365     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
 366
 367     /*
 368      * Column 0 in dna picks up first bases which map to residue 1, columns 0-1
 369      * in protein.
 370      */
 371     colsel.addElement(0);
 372     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView,
 373             proteinView);
 374     assertEquals("[0, 1]", cs.getSelected().toString());
 375
 376     /*
 377      * Columns 3-5 in dna map to the first residues in protein Seq1, Seq2, and
 378      * the first two in Seq3. Overall to columns 0, 1, 3 (col2 is all gaps).
 379      */
 380     colsel.addElement(3);
 381     colsel.addElement(4);
 382     colsel.addElement(5);
 383     cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, dnaView, proteinView);
 384     assertEquals("[0, 1, 3]", cs.getSelected().toString());
 385   }
 386
 387   @Test(groups ={ "Functional" })
 388   public void testMapColumnSelection_null() throws IOException
 389   {
 390     setupMappedAlignments();
 391     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(null, dnaView,
 392             proteinView);
 393     assertTrue("mapped selection not empty", cs.getSelected().isEmpty());
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Tests for the method that converts a series of [start, end] ranges to
 398    * single positions
 399    */
 400   @Test(groups ={ "Functional" })
 401   public void testFlattenRanges()
 402   {
 403     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 404             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 405             { 1, 4 })));
 406     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 407             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 408             { 1, 2, 3, 4 })));
 409     assertEquals("[1, 2, 3, 4]",
 410             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 411             { 1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4 })));
 412     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 413             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 414             { 1, 4, 7, 9, 12, 12 })));
 415     // unpaired start position is ignored:
 416     assertEquals("[1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 12]",
 417             Arrays.toString(MappingUtils.flattenRanges(new int[]
 418             { 1, 4, 7, 9, 12, 12, 15 })));
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Test mapping a sequence group made of entire columns.
 423    *
 424    * @throws IOException
 425    */
 426   @Test(groups ={ "Functional" })
 427   public void testMapSequenceGroup_columns() throws IOException
 428   {
 429     /*
 430      * Set up dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 431      * viewport).
 432      */
 433     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 434             ">Seq1\nACGGCA\n>Seq2\nTGACAG\n>Seq3\nTACGTA\n",
 435             "FASTA");
 436     cdna.setDataset(null);
 437     AlignmentI protein = loadAlignment(">Seq1\nKA\n>Seq2\nLQ\n>Seq3\nQV\n",
 438             "FASTA");
 439     protein.setDataset(null);
 440     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 441     MapList map = new MapList(new int[]
 442     { 1, 6 }, new int[]
 443     { 1, 2 }, 3, 1);
 444     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 445     {
 446       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 447               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 448     }
 449     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 450
 451     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 452     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 453     protein.setCodonFrames(acfList);
 454
 455     /*
 456      * Select all sequences, column 2 in the protein
 457      */
 458     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 459     sg.setColourText(true);
 460     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 461     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 462     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 463     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 464     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(2), false);
 465     sg.setStartRes(1);
 466     sg.setEndRes(1);
 467
 468     /*
 469      * Verify the mapped sequence group in dna
 470      */
 471     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 472     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 473     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 474     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 475     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 476     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 477     assertSame(cdna.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 478     assertSame(cdna.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 479     assertEquals(3, mappedGroup.getStartRes());
 480     assertEquals(5, mappedGroup.getEndRes());
 481
 482     /*
 483      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 484      */
 485     sg.clear();
 486     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 487     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 488     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 489     // select columns 2 and 3 in DNA which span protein columns 0 and 1
 490     sg.setStartRes(2);
 491     sg.setEndRes(3);
 492     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 493     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 494     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 495     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 496     assertEquals(3, mappedGroup.getSequences().size());
 497     assertSame(protein.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 498     assertSame(protein.getSequenceAt(1), mappedGroup.getSequences().get(1));
 499     assertSame(protein.getSequenceAt(2), mappedGroup.getSequences().get(2));
 500     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 501     assertEquals(1, mappedGroup.getEndRes());
 502   }
 503
 504   /**
 505    * Test mapping a sequence group made of a sequences/columns region.
 506    *
 507    * @throws IOException
 508    */
 509   @Test(groups ={ "Functional" })
 510   public void testMapSequenceGroup_region() throws IOException
 511   {
 512     /*
 513      * Set up gapped dna and protein Seq1/2/3 with mappings (held on the protein
 514      * viewport).
 515      */
 516     AlignmentI cdna = loadAlignment(
 517             ">Seq1\nA-CG-GC--AT-CA\n>Seq2\n-TG-AC-AG-T-AT\n>Seq3\n-T--ACG-TAAT-G\n",
 518             "FASTA");
 519     cdna.setDataset(null);
 520     AlignmentI protein = loadAlignment(
 521             ">Seq1\n-KA-S\n>Seq2\n--L-QY\n>Seq3\nQ-V-M\n", "FASTA");
 522     protein.setDataset(null);
 523     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 524     MapList map = new MapList(new int[]
 525     { 1, 9 }, new int[]
 526     { 1, 3 }, 3, 1);
 527     for (int seq = 0; seq < 3; seq++)
 528     {
 529       acf.addMap(cdna.getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), protein
 530               .getSequenceAt(seq).getDatasetSequence(), map);
 531     }
 532     Set<AlignedCodonFrame> acfList = Collections.singleton(acf);
 533
 534     AlignViewportI dnaView = new AlignViewport(cdna);
 535     AlignViewportI proteinView = new AlignViewport(protein);
 536     protein.setCodonFrames(acfList);
 537
 538     /*
 539      * Select Seq1 and Seq2 in the protein, column 1 (K/-). Expect mapped
 540      * sequence group to cover Seq1, columns 0-3 (ACG). Because the selection
 541      * only includes a gap in Seq2 there is no mappable selection region in the
 542      * corresponding DNA.
 543      */
 544     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 545     sg.setColourText(true);
 546     sg.setIdColour(Color.GREEN);
 547     sg.setOutlineColour(Color.LIGHT_GRAY);
 548     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(0), false);
 549     sg.addSequence(protein.getSequenceAt(1), false);
 550     sg.setStartRes(1);
 551     sg.setEndRes(1);
 552
 553     /*
 554      * Verify the mapped sequence group in dna
 555      */
 556     SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 557     assertTrue(mappedGroup.getColourText());
 558     assertSame(sg.getIdColour(), mappedGroup.getIdColour());
 559     assertSame(sg.getOutlineColour(), mappedGroup.getOutlineColour());
 560     assertEquals(1, mappedGroup.getSequences().size());
 561     assertSame(cdna.getSequenceAt(0), mappedGroup.getSequences().get(0));
 562     // Seq2 in protein has a gap in column 1 - ignored
 563     // Seq1 has K which should map to columns 0-3 in Seq1
 564     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 565     assertEquals(3, mappedGroup.getEndRes());
 566
 567     /*
 568      * Now select cols 2-4 in protein. These cover Seq1:AS Seq2:LQ Seq3:VM which
 569      * extend over DNA columns 3-12, 1-7, 6-13 respectively, or 1-13 overall.
 570      */
 571     sg.setStartRes(2);
 572     sg.setEndRes(4);
 573     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, proteinView, dnaView);
 574     assertEquals(1, mappedGroup.getStartRes());
 575     assertEquals(13, mappedGroup.getEndRes());
 576
 577     /*
 578      * Verify mapping sequence group from dna to protein
 579      */
 580     sg.clear();
 581     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(0), false);
 582
 583     // select columns 4,5 - includes Seq1:codon2 (A) only
 584     sg.setStartRes(4);
 585     sg.setEndRes(5);
 586     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 587     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 588     assertEquals(2, mappedGroup.getEndRes());
 589
 590     // add Seq2 to dna selection cols 4-5 include codons 1 and 2 (LQ)
 591     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(1), false);
 592     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 593     assertEquals(2, mappedGroup.getStartRes());
 594     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 595
 596     // add Seq3 to dna selection cols 4-5 include codon 1 (Q)
 597     sg.addSequence(cdna.getSequenceAt(2), false);
 598     mappedGroup = MappingUtils.mapSequenceGroup(sg, dnaView, proteinView);
 599     assertEquals(0, mappedGroup.getStartRes());
 600     assertEquals(4, mappedGroup.getEndRes());
 601   }
 602
 603   @Test(groups ={ "Functional" })
 604   public void testFindMappingsForSequence()
 605   {
 606     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
 607     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
 608     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
 609     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "ABC");
 610     seq1.createDatasetSequence();
 611     seq2.createDatasetSequence();
 612     seq3.createDatasetSequence();
 613     seq4.createDatasetSequence();
 614
 615     /*
 616      * Create mappings from seq1 to seq2, seq2 to seq1, seq3 to seq1
 617      */
 618     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 619     MapList map = new MapList(new int[]
 620     { 1, 3 }, new int[]
 621     { 1, 3 },1, 1);
 622     acf1.addMap(seq1.getDatasetSequence(), seq2.getDatasetSequence(), map);
 623     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 624     acf2.addMap(seq2.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 625     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 626     acf3.addMap(seq3.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence(), map);
 627
 628     Set<AlignedCodonFrame> mappings = new HashSet<AlignedCodonFrame>();
 629     mappings.add(acf1);
 630     mappings.add(acf2);
 631     mappings.add(acf3);
 632
 633     /*
 634      * Seq1 has three mappings
 635      */
 636     List<AlignedCodonFrame> result = MappingUtils.findMappingsForSequence(
 637             seq1, mappings);
 638     assertEquals(3, result.size());
 639     assertTrue(result.contains(acf1));
 640     assertTrue(result.contains(acf2));
 641     assertTrue(result.contains(acf3));
 642
 643     /*
 644      * Seq2 has two mappings
 645      */
 646     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq2, mappings);
 647     assertEquals(2, result.size());
 648     assertTrue(result.contains(acf1));
 649     assertTrue(result.contains(acf2));
 650
 651     /*
 652      * Seq3 has one mapping
 653      */
 654     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq3, mappings);
 655     assertEquals(1, result.size());
 656     assertTrue(result.contains(acf3));
 657
 658     /*
 659      * Seq4 has no mappings
 660      */
 661     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq4, mappings);
 662     assertEquals(0, result.size());
 663
 664     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, mappings);
 665     assertEquals(0, result.size());
 666
 667     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(seq1, null);
 668     assertEquals(0, result.size());
 669
 670     result = MappingUtils.findMappingsForSequence(null, null);
 671     assertEquals(0, result.size());
 672 }
 673 }