test/jalview/ws/PDBSequenceFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.junit.Before;
  31 import org.junit.Test;
  32
  33 public class PDBSequenceFetcherTest
  34 {
  35
  36   SequenceFetcher sf;
  37
  38   @Before
  39   public void setUp() throws Exception
  40   {
  41     sf = new SequenceFetcher(false);
  42   }
  43
  44   @Test
  45   public void testRnaSeqRetrieve() throws Exception
  46   {
  47     List<DbSourceProxy> sps = sf.getSourceProxy("PDB");
  48     AlignmentI response = sps.get(0).getSequenceRecords("2GIS");
  49     assertTrue(response != null);
  50     assertTrue(response.getHeight() == 1);
  51     for (SequenceI sq : response.getSequences())
  52     {
  53       assertTrue("No annotation transfered to sequence.",
  54               sq.getAnnotation().length > 0);
  55       assertTrue("No PDBEntry on sequence.", sq.getPDBId().size() > 0);
  56       assertTrue("No RNA annotation on sequence.", sq.getRNA() != null);
  57     }
  58   }
  59
  60 }