test/jalview/ws/dbsources/XfamFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25
  26 import org.testng.Assert;
  27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class XfamFetcherTest
  31 {
  32
  33   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  34   public void setUpJvOptionPane()
  35   {
  36     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  37     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  38   }
  39
  40   @Test(groups = { "External" })
  41   public void testRfamSeed() throws Exception
  42   {
  43     // RfamFull rff = new RfamFull();
  44     RfamSeed rfs = new RfamSeed();
  45
  46     AlignmentI seedrf = rfs.getSequenceRecords(rfs.getTestQuery());
  47     Assert.assertNotNull(seedrf, "Seed Alignment for " + rfs.getTestQuery()
  48             + " didn't retrieve.");
  49     Assert.assertTrue(seedrf.getHeight() > 1,
  50             "Seed Alignment for " + rfs.getTestQuery()
  51                     + " didn't contain more than one sequence.");
  52     Assert.assertTrue(seedrf.getProperties().size() > 0,
  53             "Seed Alignment for " + rfs.getTestQuery()
  54                     + " didn't have any properties.");
  55
  56   }
  57
  58   @Test(groups = { "External" })
  59   public void testPfamFullAndSeed() throws Exception
  60   {
  61     Pfam pff = new PfamFull();
  62     PfamSeed pfseed = new PfamSeed();
  63
  64     AlignmentI fullpf = pff.getSequenceRecords(pff.getTestQuery());
  65     Assert.assertNotNull(fullpf, "Full Alignment for " + pff.getTestQuery()
  66             + " didn't retrieve.");
  67     Assert.assertTrue(fullpf.getHeight() > 1, "Full Alignment for "
  68             + pff.getTestQuery() + " didn't have more than one sequence.");
  69     AlignmentI seedpf = pfseed.getSequenceRecords(pff.getTestQuery());
  70     Assert.assertNotNull(seedpf, "Seed Alignment for " + pff.getTestQuery()
  71             + " didn't retrieve.");
  72     Assert.assertTrue(seedpf.getProperties().size() > 0,
  73             "Seed Alignment for " + pfseed.getTestQuery()
  74                     + " didn't have any properties.");
  75
  76     Assert.assertTrue(seedpf.getHeight() < fullpf.getHeight(),
  77             "Expected Full alignment to have more sequences than seed for "
  78                     + pff.getTestQuery());
  79     Assert.assertTrue(fullpf.getProperties().size() > 0,
  80             "Full Alignment for " + pff.getTestQuery()
  81                     + " didn't have any properties.");
  82
  83   }
  84 }