test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Hashtable;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  34 import jalview.gui.AlignFrame;
  35 import jalview.io.FileParse;
  36 import jalview.ws.rest.InputType;
  37 import jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector;
  38
  39 import org.junit.AfterClass;
  40 import org.junit.BeforeClass;
  41 import org.junit.Test;
  42
  43 /**
  44  * @author jimp
  45  *
  46  */
  47 public class ShmmrRSBSService
  48 {
  49
  50   @Test
  51   public void testSeparatorListToArrayForRestServiceDescriptions()
  52   {
  53     assertTrue(
  54             "separatorListToArray is faulty.",
  55             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  56                     "foo=',',min='foo',max='1,2,3',fa=','", ",").length == 4);
  57     assertTrue("separatorListToArray is faulty.",
  58             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  59                     "minsize='2', sep=','", ",").length != 2); // probably
  60                                                                // should come as
  61                                                                // 2
  62   }
  63
  64   @Test
  65   public void testShmmrService()
  66   {
  67
  68     assertTrue(
  69             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  70             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  71                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  72   }
  73
  74   @Test
  75   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  76   {
  77     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  78     assertNotNull(_rc);
  79     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  80             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  81                     jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  82     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  83     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  84             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  85     assertTrue(
  86             "Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "
  87                     + alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()
  88                     + ").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups()
  89                     .size() == 5);
  90
  91     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  92
  93     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  94     jalview.bin.Cache.initLogger();
  95     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  96             rc.av.getAlignment(), null);
  97     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  98             rc.av.getAlignment());
  99     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
 100             .entrySet())
 101     {
 102       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
 103               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
 104     }
 105   }
 106
 107   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
 108   {
 109     try
 110     {
 111       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 112               servicestring);
 113       if (!newService.isValid())
 114       {
 115         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
 116                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
 117       }
 118       return testRsdExchange(desc, newService);
 119     } catch (Throwable x)
 120     {
 121       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 122               + servicestring);
 123       x.printStackTrace();
 124       return false;
 125     }
 126   }
 127
 128   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 129           RestServiceDescription service)
 130   {
 131     try
 132     {
 133       String fromservicetostring = service.toString();
 134       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 135               fromservicetostring);
 136       if (!newService.isValid())
 137       {
 138         throw new Error("Failed to create service from '"
 139                 + fromservicetostring + "'.\n"
 140                 + newService.getInvalidMessage());
 141       }
 142
 143       if (!service.equals(newService))
 144       {
 145         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 146         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 147         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 148         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 149         return false;
 150       }
 151     } catch (Throwable x)
 152     {
 153       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 154               + service.toString());
 155       x.printStackTrace();
 156       return false;
 157     }
 158     return true;
 159   }
 160
 161 }