test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.DBRefEntryI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  36
  37 import java.io.File;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.HashMap;
  41 import java.util.Iterator;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import org.testng.Assert;
  45 import org.testng.FileAssert;
  46 import org.testng.annotations.AfterTest;
  47 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  48 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  49 import org.testng.annotations.Test;
  50
  51 import mc_view.Atom;
  52 import mc_view.PDBfile;
  53
  54 public class SiftsClientTest
  55 {
  56
  57   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  58   public void setUpJvOptionPane()
  59   {
  60     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  61     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  62   }
  63
  64   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  65           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
  66           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  67
  68   private String testPDBId = "1a70";
  69
  70   private SiftsClient siftsClient = null;
  71
  72   SequenceI testSeq = new Sequence("P00221",
  73           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  74                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  75                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.",
  76           1, 147);
  77
  78   int u = SiftsClient.UNASSIGNED;
  79
  80   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  81
  82   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  83   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  84   {
  85     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2, 1 });
  86     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7, 2 });
  87     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12, 3 });
  88     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24, 4 });
  89     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33, 5 });
  90     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40, 6 });
  91     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47, 7 });
  92     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55, 8 });
  93     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62, 9 });
  94     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69, 10 });
  95     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76, 11 });
  96     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83, 12 });
  97     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87, 13 });
  98     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95, 14 });
  99     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102, 15 });
 100     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111, 16 });
 101     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122, 17 });
 102     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131, 18 });
 103     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137, 19 });
 104     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144, 20 });
 105     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152, 21 });
 106     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160, 22 });
 107     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167, 23 });
 108     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179, 24 });
 109     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187, 25 });
 110     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195, 26 });
 111     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203, 27 });
 112     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208, 28 });
 113     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213, 29 });
 114     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222, 30 });
 115     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231, 31 });
 116     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240, 32 });
 117     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244, 33 });
 118     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252, 34 });
 119     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260, 35 });
 120     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268, 36 });
 121     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275, 37 });
 122     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287, 38 });
 123     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293, 39 });
 124     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299, 40 });
 125     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310, 41 });
 126     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315, 42 });
 127     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319, 43 });
 128     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325, 44 });
 129     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331, 45 });
 130     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337, 46 });
 131     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343, 47 });
 132     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349, 48 });
 133     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354, 49 });
 134     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358, 50 });
 135     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367, 51 });
 136     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375, 52 });
 137     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384, 53 });
 138     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391, 54 });
 139     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395, 55 });
 140     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401, 56 });
 141     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409, 57 });
 142     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417, 58 });
 143     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426, 59 });
 144     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434, 60 });
 145     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442, 61 });
 146     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451, 62 });
 147     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457, 63 });
 148     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468, 64 });
 149     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476, 65 });
 150     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484, 66 });
 151     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492, 67 });
 152     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500, 68 });
 153     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509, 69 });
 154     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517, 70 });
 155     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525, 71 });
 156     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534, 72 });
 157     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538, 73 });
 158     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552, 74 });
 159     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559, 75 });
 160     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567, 76 });
 161     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574, 77 });
 162     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580, 78 });
 163     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585, 79 });
 164     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590, 80 });
 165     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602, 81 });
 166     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609, 82 });
 167     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616, 83 });
 168     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622, 84 });
 169     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630, 85 });
 170     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637, 86 });
 171     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644, 87 });
 172     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652, 88 });
 173     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661, 89 });
 174     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668, 90 });
 175     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678, 91 });
 176     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687, 92 });
 177     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696, 93 });
 178     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705, 94 });
 179     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714, 95 });
 180     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722, 96 });
 181     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729, 97 });
 182   }
 183
 184   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 185   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException, IOException
 186   {
 187     // read test props before manipulating config
 188     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 189     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 190     // test reproducibility
 191     new SiftsSettings();
 192     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 193             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 194     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 195     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 196     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 197     PDBfile pdbFile;
 198     pdbFile = new PDBfile(false, false, false,
 199             "test/jalview/io/" + testPDBId + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 200     siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 201   }
 202
 203   @AfterTest(alwaysRun = true)
 204   public void cleanUpSiftsClient()
 205   {
 206     siftsClient = null;
 207   }
 208
 209   @Test(groups = { "Network" })
 210   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException, IOException
 211   {
 212     File siftsFile;
 213     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 214     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 215     long t1 = siftsFile.lastModified();
 216
 217     // re-read file should be returned from cache
 218     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 219     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 220     long t2 = siftsFile.lastModified();
 221     assertEquals(t1, t2);
 222
 223     /*
 224      * force fetch by having 0 expiry of cache
 225      * also wait one second, because file timestamp does not
 226      * give millisecond resolution :-(
 227      */
 228     synchronized (this)
 229     {
 230       try
 231       {
 232         wait(1000);
 233       } catch (InterruptedException e)
 234       {
 235       }
 236     }
 237     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 238     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 239     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 240     long t3 = siftsFile.lastModified();
 241     assertTrue(t3 > t2, "file timestamp unchanged at " + t3);
 242
 243     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 244   }
 245
 246   @Test(groups = { "Network" })
 247   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException, IOException
 248   {
 249     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 250     // is deleted
 251     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 252     File siftsFile;
 253     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 254     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 255     SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 256   }
 257
 258   @Test(groups = { "Network" })
 259   public void getAllMappingAccessionTest()
 260   {
 261     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 262     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 263     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 264   }
 265
 266   @Test(groups = { "Network" })
 267   public void getGreedyMappingTest()
 268   {
 269     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 270     Assert.assertNotNull(testSeq);
 271     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 272
 273     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 274     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 275     testSeq.addDBRef(dbRef);
 276     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 277
 278     try
 279     {
 280       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient
 281               .getGreedyMapping("A", testSeq, null);
 282       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 283       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 284       // Can't do Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 285       // because this fails in our version of TestNG
 286       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 287       Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 288               .iterator();
 289       while (it.hasNext())
 290       {
 291         Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 292         Assert.assertTrue(actualMapping.containsKey(pair.getKey()));
 293         Assert.assertEquals(actualMapping.get(pair.getKey()),
 294                 pair.getValue());
 295       }
 296
 297     } catch (Exception e)
 298     {
 299       e.printStackTrace();
 300       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 301     }
 302   }
 303
 304   @Test(groups = { "Network" })
 305   private void getAtomIndexTest()
 306   {
 307     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 308     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 309     atom.resNumber = 43;
 310     atom.atomIndex = 7;
 311     atoms.add(atom);
 312     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 313     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, siftsClient.UNASSIGNED);
 314     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 315     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 316   }
 317
 318   @Test(
 319     groups =
 320     { "Network" },
 321     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 322   private void getAtomIndexNullTest()
 323   {
 324     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 325   }
 326
 327   @Test(groups = { "Network" })
 328   private void padWithGapsTest()
 329   {
 330
 331   }
 332
 333   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 334   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 335           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 336   {
 337     siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 338   }
 339
 340   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 341   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 342           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 343   {
 344     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 345   }
 346
 347   @Test(groups = { "Network" })
 348   public void getValidSourceDBRefTest() throws SiftsException
 349   {
 350     DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 351             .getValidSourceDBRef(testSeq);
 352     DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 353     expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 354     expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 355     expectedDBRef.setVersion("");
 356     Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 357   }
 358
 359   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 360   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 361   {
 362     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 363     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 364   }
 365
 366   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 367   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 368   {
 369     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 370     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 371     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR");
 372     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 373     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 374   }
 375
 376   @Test(groups = { "Network" })
 377   public void isValidDBRefEntryTest()
 378   {
 379     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 380     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 381     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 382     validDBRef.setVersion("");
 383     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 384   }
 385
 386   @Test(groups = { "Network" })
 387   public void getSiftsStructureMappingTest() throws SiftsException
 388   {
 389     Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 390     StructureMapping strucMapping = siftsClient
 391             .getSiftsStructureMapping(testSeq, testPDBId, "A");
 392     String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 393             + "Method: SIFTS\n\n" + "P00221 :  51 - 147 Maps to \n"
 394             + "1A70|A :  1 - 97\n\n"
 395             + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 396             + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 397             + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 398
 399             + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 400             + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 401             + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 402
 403             "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 404
 405     Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 406             expectedMappingOutput);
 407
 408     // Can't do Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 409     // because this fails in our version of TestNG
 410     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().size(),
 411             expectedMapping.size());
 412     Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 413             .iterator();
 414     while (it.hasNext())
 415     {
 416       Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 417       Assert.assertTrue(
 418               strucMapping.getMapping().containsKey(pair.getKey()));
 419       Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().get(pair.getKey()),
 420               pair.getValue());
 421     }
 422   }
 423
 424   @Test(groups = { "Network" })
 425   public void getEntityCountTest()
 426   {
 427     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 428     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 429     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 430   }
 431
 432   @Test(groups = { "Network" })
 433   public void getDbAccessionIdTest()
 434   {
 435     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 436     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 437     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 438   }
 439
 440   @Test(groups = { "Network" })
 441   public void getDbCoordSysTest()
 442   {
 443     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 444     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 445     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 446   }
 447
 448   @Test(groups = { "Network" })
 449   public void getDbSourceTest()
 450   {
 451     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 452     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 453     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 454   }
 455
 456   @Test(groups = { "Network" })
 457   public void getDbVersionTest()
 458   {
 459     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 460     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 461     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 462   }
 463
 464   @Test(groups = { "Network" })
 465   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest1()
 466           throws IOException, SiftsException
 467   {
 468     SiftsClient siftsClientX = null;
 469     PDBfile pdbFile;
 470     pdbFile = new PDBfile(false, false, false,
 471             "test/jalview/io/2nq2" + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 472     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 473     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 474     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 475     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 476     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 477     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 478     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 479     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 480     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 481
 482   }
 483
 484   @Test(groups = { "Network" })
 485   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest2()
 486           throws IOException, SiftsException
 487   {
 488     // This test is for a SIFTS file in which entity A should map to chain P for
 489     // the given PDB Id. All the other chains shouldn't be mapped as there are
 490     // no SIFTS entity records for them.
 491     SiftsClient siftsClientX = null;
 492     PDBfile pdbFile;
 493     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/3ucu.cif",
 494             DataSourceType.FILE);
 495     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 496     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("P");
 497     Entity entityP = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 498     Entity entityR = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("R");
 499     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 500     Assert.assertNotEquals(entityR, "A");
 501     Assert.assertNotEquals(entityP, "A");
 502     Assert.assertNotEquals(entityR, "R");
 503     Assert.assertNotEquals(entityP, "P");
 504     Assert.assertNull(entityR);
 505     Assert.assertNull(entityP);
 506
 507   }
 508
 509   @Test(groups = { "Network" })
 510   public void getLeadingIntegerFromString()
 511   {
 512     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("1234abcd", -1),
 513             1234);
 514     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("1234", -1),
 515             1234);
 516     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("abcd", -1), -1);
 517     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("abcd1234", -1),
 518             -1);
 519     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("None", -1), -1);
 520     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("Null", -1), -1);
 521   }
 522 }