+ //
+ // try
+ // {
+ boolean withSuffix = getCacheSuffixDefault(format);
+ return format.getAlignmentFile().print(seqs, withSuffix);
+ // null;
+ //
+ // if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
+ // {
+ // afile = new FastaFile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX",
+ // true));
+ // }
+ // else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
+ // {
+ // afile = new MSFfile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache
+ // .getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
+ // }
+ // else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
+ // {
+ // afile = new PileUpfile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX",
+ // true));
+ // }
+ // else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
+ // {
+ // afile = new ClustalFile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX",
+ // true));
+ // }
+ // else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
+ // {
+ // afile = new BLCFile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache
+ // .getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
+ // }
+ // else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
+ // {
+ // afile = new PIRFile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache
+ // .getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
+ // }
+ // else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
+ // {
+ // afile = new PfamFile();
+ // afile.addJVSuffix(jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX",
+ // true));
+ // }
+ // /*
+ // * amsa is not supported by this function - it requires an alignment
+ // * rather than a sequence vector else if
+ // (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
+ // * { afile = new AMSAFile(); afile.addJVSuffix(
+ // * jalview.bin.Cache.getDefault("AMSA_JVSUFFIX", true)); }
+ // */