JAL-3660 JAL-3561 output alignment as requested file format as validated by FileFormats - report if format cannot be resolved or FileFormatI does not support export.

JAL-3561 JAL-3660 check resolved FileFormatI instances are equivalent to verify format is as expected in test

JAL-3561 failing test verifying expected fileformat produced during commandlineoperation tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3541 increase maxheapsize for test worker process

JAL-3541 tidying build.gradle, delete cloverInstrDir re-added

JAL-3305 don't propagate an empty SelectionGroup to complement view

JAL-3541 put org.gradle.jvmargs explicitly into gradle.properties

JAL-3541 merged cleanClover with develop

JAL-3541 perhaps a better clean for clover. fixed

JAL-3541 perhaps a better clean for clover

JAL-3541 rejigged clover tasks very mildly

Revert "JAL-3541 trying out previous cloverReport task"

This reverts commit dc70a1f7934471a4084c3f10e7bd630d72aa3bf3.

JAL-3541 trying out previous cloverReport task

JAL-3407 JAL-3187 help documentation for virtual features and tabbed feature settings for linked cds/protein views

JAL-3407 JAL-3549 explicitly mention the ‘no features’ dialog, and how an existing selection affects the sort alignment by feature score/density

JAL-3407 group together ‘virtual feature’ related features in release notes

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3394 updated version if install4j gradle plugin

JAL-3528 unit tests added for failed lookup, Javadoc

JAL-3407 3549 in release notes

JAL-3549 JAL-3305 no Sort By Score / Density if no features visible

JAL-3412 update layout whenever desired id width changes

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3187 unit test for findComplementFeaturesAtResidue

JAL-3394 getdown jar files had not been re-compiled

JAL-3407 added 3468 to release notes

Merge branch 'feature/JAL-3468featureDescriptionEllipsis' into develop

JAL-3468 i18n and additional unit tests

JAL-3407 release note tweaks, added 3533 3538 3534 2764 3541

Merge branch 'improvement/JAL-3543_dont_report_null_versions_in_java_console' into develop

JAL-3468 small tidy

JAL-3468 improvement to feature description truncation when <a> links in text

JAL-3468 Fixed tests and added test for max-length of feature set tooltip

JAL-3468 Obsessively fixed self-closing <br/> tags

JAL-3468 Adapted methods to report how many features have been dropped from the tooltip, and add final note to tooltip. Backward compatible methods left in.

Merge branch 'groovy/JAL-3547_conservationsequenceexport' into develop

JAL-3547 groovy script to get the conservation sequence and output it as fasta

JAL-3407 redact Java 8 incompatible '<>' with anonymous inner classes

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 release notes for JAL-3412

JAL-3412 patch for failing test

JAL-3543 remove debugging output

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3543_dont_report_null_versions_in_java_console

Merging with develop

JAL-3543 Conditional reporting of Install4j and Getdown versions if null

Merge branch 'bug/JAL-3412idWidthDiscrepancy' into develop

JAL-3407 JAL-3296 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3296changeStartInvalidateCursor' into develop

JAL-3477 jalview.jvmmemmax / jvmmemmax maximum value documentation

Merge branch 'bug/JAL-3477_memory_max_allocation' into develop
replaced all libs with libs onbug/JAL-3477_memory_max_allocation, though these will still need to be rebuilt (but how !)

JAL-3407 release notes for  JAL-3449 JAL-3393 JAL-3420 JAL-3477 JAL-3447 JAL-3542

Merge branch 'improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2' into develop

JAL-3541 docs for enabling OpenClover coverage reports and adjustable build parameters for troubleshooting report generation.

JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement seems to have fixed parsing of jalview.gui.desktop source)

JAL-3541 configurables for clover report generation (JVM heap, JVM args, and -v or -d for debugging)

JAL-3541 track own jalview.gui.Desktop clover source parsing error

JAL-3541 2g heap for clover xml and clover html - remove verbose on xml generation (did't actually need it !)

JAL-3541 add verbose and heap setting for HTML Report Generation

JAL-3541 use javaExec to run clover tasks

Merge branch 'bug/JAL-3536getCrossrefTwice' into develop

JAL-3186 ensure transparency slider position is updated on revert

JAL-3186 avoid repainting twice in splitframe

Merge branch 'features/JAL-3187_uitweaks' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-3187_uitweaks

JAL-3187 nice to have enabling/disabling of apply/cancel when feature settings have not yet been modified for a view

JAL-3187 i18n

JAL-3187 use the recommended way of catching tab selection change events

JAL-3187 repaint complement after loading on features

JAL-3187 individual feature settings panel has revert/apply when embedded in a tab, and split frame feature settings has an OK and Cancel.

JAL-3187 i18n for titles in windows/tabs

JAL-3535 todo re titles for CDS and Protein views in the feature settings dialog pane

JAL-3187 - tabbed pane is nulled when feature settings is closed but not featureSettingsUI - check both are non-null or reconstruct

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3449_add_install4j_installer_getdown_versions_to_jalview_console.2

JAL-3289 Improved the name of the channel_launch.jvl file to channel_launch-CHANNELNAMEWITHPLANKEY.jvl

JAL-3187 JAL-2764 close feature settings when parent align frame is closed (need to check feature settings is open before closing it :) )

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3337 Adding .settings/org.eclipse.jdt.core.jalview.prefs file needed for gradle eclipse

Merge branch 'patch/JAL-3538_fontantialiasingbydefault' into develop

JAL-3538 JAL-3407 release notes

JAL-3407 release next week :D

JAL-3538 anti-aliasing enabled by default

JAL-3449 helper task to perform getdown digest on any dir

JAL-3449 ensuring latest getdown jar files after merge

JAL-3449 merge from develop

JAl-3187 JAL-3535 JAL-3534 update open feature settings when a different view is selected or close when none shown

JAL-3536 JAL-3187 don't create duplicate CDS-to-protein mappings

JAL-3341 Increase number of lines looked at by test. Fixes two tests

JAL-3289 Added option and documentation for a TEST-LOCAL channel to test OTA updates using local filesystem

JAL-3289 Updated doc/building.md to explain possible values of the CHANNEL property during building

JAL-3252 download-jres.sh helper script for keeping JREs for all platforms up to date changed to create .zip files for getdown OTA updates

JAL-3536 failing test and test data

JAL-3534 patch for simple case (Protein or Nucleotide, but not linked): transfer feature settings dialog ref to exploded views, and preserve one of the feature settings dialogs refs when views are gathered again


JAL-3252 tgz unpacking no longer needed by getdown. Unfinished code and dependency on apache-commons-compress removed. Documentation mentioning common-compress updated.

JAL-3187 fix for JAL-3533 on CDS/Protein tabbed feature settings

JAL-3187 JAL-3533 JAL-3535 set feature settings dialog title from view, and stash geometry for a feature settings dialog when closed, and re-use any existing geometry when dialog re-opened.

JAL-3187 better semantics for feature settings closed event handler

JAL-3394 A little streamlining and fixing of helper script

JAL-3394 remove no longer used files

JAL-3187 alternative solution - gather feature settings for CDS/Protein as tabs in a window managed by SplitFrame

JAL-1354 JAL-3528 fix bug from b594d516dac69eebcccdc743933880b00fb6d44c only try to look up message via formatMessage once.