JAL-4059 Updates to SwingJS and JmolJS

JAL-4059 JAL-4395 Updated closure-compiler. Added local_eclipse.properties for buildship

JAL-4059 Big improvements to jalviewjsProjectImport dependencies avoiding more unnecessary jalviewjsTranspiles

JAL-4059 Fixed Copy tasks merging site

JAL-4059 Fix jalviewjsLaunchTest for non-macos

JAL-4059 Fixed macOS timeoutscheduler and revert to --timeout for other OSes

Merge branch 'bug/JAL-4375_annotation_not_redrawn_correctly_when_scrolling_left-right_via_trackpad_in_wrap_mode' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4380 Improved annotation tooltips especially secondary structure tooltips

JAL-4059 Updated SwingJS, JmolJS libraries

JAL-4059 minor CSS fix

Merge branch 'bug/JAL-4375_annotation_not_redrawn_correctly_when_scrolling_left-right_via_trackpad_in_wrap_mode' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 Updated SwingJS and JSmol (March 2024). Fix gradle to spot new SwingJS zip.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

JAL-4320 Improve the inputs and outputs dependencies of jalviewjs build tasks

JAL-3225 Force gradle version in eclipse settings

JAL-4381 Plausibly better division of line segment -- looks much better in SVG. Tidy of other methods.

JAL-4381 For lineGraph line segments that should be one colour at one end and another colour at the other, only colour one half the line one colour and the other half of the line the other colour. For best results this is achieved through drawing the line twice but clipped one side and then the other.

JAL-4375 JAL-4381 Removal of AnnotationColouring and associated code

JAL-4380 Added information to annotation tooltips when description is not present

JAL-4375 Add an AnnotationColouringI interface, and generic AnnotationColouringRanges to calculate changing colours between two values and specific AnnotationColouringPLDDT.  Linegraph annotations can use this to drawSegmentedLine -- a line drawn multiple times clipped to different ranges in different colours.  Calculations are cached.

JAL-4375 Pass through a flag to AnnotationRenderer.drawComponent(...) so it knows when a full width render is required, adjusting the g2dCopy.setClip(...) width accordingly

JAL-4375 This extra clip isn't necessary

JAL-4375 Clipped label text in annotations to annotation rectangle. Added property to change text antialias method.  Changed translation/scaling of Graphics2D object more robust with a copy of the object.

JAL-4375 I don't think turning off antialiasing is necessary and possibly not appropriate

JAL-4375 Single width pixel artifacts appearing for PAE annotation now fixed for drawLine method. AnnotationRowRendererI adjusted to pass isVectorRendering boolean to ensure correct method to draw the matrix blocks in vector graphic export.

JAL-4375 fix typo in property name

JAL-4375 Improved trackpad user experience for wrapped format, with vertical scrolling thresholds for mousewheel/tackpad rotation and time-since-last-left-right-rotation reducing accidental up/down scrolls whilst using trackpad to scroll left/right. Thresholds can be adjusted in properties file.

JAL-4375 More consistent calculation for dashed threshold line

JAL-4375 Different way of getting mouse wheel movement for cross-platform (testing on macos and linux) sensitivity

JAL-4375 Fix big sideways scroll from trackpad at beginning and end of visible alignment.

JAL-4375 Fixed sensitivity of new more responsive left-right side scrolling

JAL-4375 Fixed the following when trackpad side-scrolling in wrap format: line-graph edge artifacts, ss sheet arrowhead artifact, boundary line overdraws, threshold dashed line overlay draws. Added half-line segments at both ends of line graph when neighbouring value exists, this applies to non-wrap format too.

JAL-4356 release notes

JAL-4356 update release notes for 2.11.3.3

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4367 Limit right and top adjustments

JAL-4290 Fix image comparison between gui and headless output.  Images are now the same

JAL-4290 fixed tests

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4353 singleThread all tests

Merge branch 'bug/JAL-4235_gradle_task_jalviewjsTranspile_does_not_fail_on_eclipse_error' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4235_gradle_task_jalviewjsTranspile_does_not_fail_on_eclipse_error

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4235_gradle_task_jalviewjsTranspile_does_not_fail_on_eclipse_error

JAL-4369 invokeAndWait to avoid hang whilst calling getFiles if a Jmol redraw is in progress

JAL-4369 uniprotkb - try to avoid another redirect response

JAL-4369 use rest.uniprot.org as fetch domain
t pu# Please enter the commit message for your changes. Lines starting

Merge branch 'bug/JAL-4373_jvmmemmax_and_jvmmempc_ignored_on_command_line_for_executable_jar_launch' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4368_default_colourscheme_applied_to_JVP_inappropriately' into develop

JAL-4373 Setting the jvmmempc and jvmmemmax strings from the Arg.getName() for consistency. Updated some comments.

JAL-4373 Fix Main-Class and other attribute settings in the shadowJar manifest. It requires a 'dummy' Jar task with the correct settings.

JAL-4368 Only set a colour scheme if --colour is given or it's not a JVP file

JAL-4328 Example html 'form' launch in examples.html

JAL-4238 Marked where JalviewJS is hanging on 3DBeacons search.

JAL-4059 Added some more Platform.addJ2SDirectDatabaseCall web service URLs in static blocks in appropriate classes. Altered addJ2SDirectDatabaseCall to only add scheme://host:port and not path.

JAL-4328 Move the examples links to a sensible place. Add pae-example.jvp

JAL-4290 Fixed one test

JAL-4290 not quite working tests

JAL-4290 incorrect usage of main()

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4290 Add method to allow for specific settings. Revert setting show annotations.

JAL-4290 Set structureSelectionManager settings more generically and when no desktop exists

JAL-4059 Only run this once

JAL-4059 Use namespaced query parameters in preference to Info.args. Report what's being used.

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_figure_with_sse' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4290 new CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest - uses CommandLineOperations.Worker to run jalview as a separate process to verify headless alignment image export should be same size as when launched with —gui

JAL-4290 Move some annotation visibility settings to after opening a structure. Set synchronously if in headless mode.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

JAL-4356 update release notes

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4217 singleThread all tests

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2934proportionalScrolling

JAL-4059 Improvement to launch indicator

JAL-4059 Updated swingjs and removed spare library .zip

JAL-4353 bigger tighter test

JAL-4217 don’t try and export an image when Jmol is also trying to repaint

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4217 close internal frame on the swing thread to avoid deadlock

JAL-4353 helper method and test for primary/secondary and auxiliary arguments with --structure pdb0 --structureimage png0a --bgcolour col0a --structureimagepng0b --bgcolour col0b --structure pdb1 --...

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

JAL-4353 failing test

JAL-4353 fix assert that successive test output files get bigger in structureImageOutputTest and argFilesGlobAndSubstitutionsTest

JAL-4192 more specific info about versions needed

JAL-4353 re-used random color code

JAL-4353 Preserve the user given 'linkedId' with ArgValue, to help with deciding if user deliberately set a wildcard linkedId (or --all), to inform value of sub-args.

JAL-4356 bump RELEASE

JAL-4356 new release notes and whats new for 2.11.3.3 and JAL-840 release notes

Merge branch 'patch/JAL-840_clustalx_docs_fix' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

JAL-4353 Add a 'random' colour to produce a random colour.