JAL-2388 Corrected overview panel behaviour, updated tests

JAL-2428 separate TreeModel from TreeBuilder/NJTree/AverageDistanceTree
(first pass)

JAL-2429 Fix to ColumnSelection::findColumnPosition

JAL-2428 use BitSet for clusters and done flags

JAL-2388 Initial removal of hidden cols/seqs out of overview

JAL-2295 tweak order and wording of Superpose menu items and tooltip

JAL-2295 make 'Jmol' menu appear; enable/disable Superpose option for
Chimera

JAL-2388 Reverted to previous

JAL-1264 smarter way to skip autocalc'd annotations in asserts

Merge branch 'features/JAL-2295setChimeraAttributes' into
merges/develop_JAL2295setChimeraAttributes

Conflicts:
src/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommands.java
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java
test/jalview/ext/rbvi/chimera/ChimeraCommandsTest.java

JAL-2388 Preliminary refactor check-in, does not compile

JAL-1632 'includeGaps' applied to FeatureDistanceModel (needs review)

JAL-2426 Removal of NPE in conservation thread when closing Jalview

JAL-2388 Removing sources of non-determinism in unit tests

JAL-2388 First move of endRes etc out of AlignmentViewport (in progress)

JAL-1632 disable parameters not applicable for score model

JAL-2426 Checks on conservation thread in case we are shutting down

JAL-838 Javadoc tidy

JAL-2416 seqspace.scm and PIDDistanceModel replaced by PIDModel

JAL-838 ScoreMatrix now respects SimilarityParams!

JAL-838 tests for PID calculation with parameter options

JAL-2388 Make startRes,startSeq,endRes,endSeq private with get/setters

JAL-1632 dialog to calculate either Tree or PCA

JAL-1632 similarity options on TreeChooser panel affect tree by PID

JAL-2388 Minor refactoring

JAL-1632 add score model params to PCAModel and PCA constructors

JAL-1632 refactored NJTree constructor to include SimilarityParams

JAL-2388 Unit tests take 2

JAL-2403 JAL-838 remove unused methods and unneeded public visibility

JAL-838 added 'SeqSpace' PID mode, added parameters to findDistances and
findSimilarities (not yet acted on!)

JAL-1403 preserve range of distance scores for similarity

JAL-2403 PIDModel added (wip)

JAL-2403 code tidy

JAL-1483 PIDModel potential replacement for PIDDistanceModel (and
seqspace and Comparison.PID?)

JAL-838 first version of PID parameters model

JAL-2403 remove unused ScoreMatrix.symmetric

JAL-2403 JAL-1483 push 'reverseRange' inside Matrix

JAL-2388 Unit tests for columns, take 1

JAL-2403 JAL-1483 changes to ScoreModelI hierarchy and signatures to
allow distance and similarity models to be used for Tree and PCA

JAL-2403 additional methods to support distance/similarity score
conversion

JAL-2388 Unit tests in progress

JAL-2416 typo

JAL-2416 ScoreMatrix.getMatrix() returns a defensive copy to keep the
class invariant

JAL-2416 support roundtrip print/parse of ScoreMatrix

Merge branch 'develop' into features/JAL-2393customMatrices

Conflicts:
src/jalview/analysis/PCA.java
src/jalview/schemes/ResidueProperties.java
src/jalview/schemes/ScoreMatrix.java

Merge branch 'bug/JAL-2421overviewboxflicker' into
features/JAL-2388OverviewWindow

Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

Merge branch 'develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2416 quality calculation now only depends on loaded score matrix

JAL-2421 Unit test

JAL-2416 more validation in ScoreMatrix constructor

JAL-2403 ScoreModelI now DistanceModelI, ScoreMatrix delegate of
PairwiseDistanceModel

JAL-2416 replaced dependency on ResidueProperties with loaded score
matrix

Merge branch 'features/JAL-2379pcaMemory' into develop

JAL-2416 public constant for space gap character

JAL-2416 remove unused pep, dna alphabets, unused methods, code format
tidy

JAL-2416 better encapsulated 'constants' for BLOSUM62, PAM250

JAL-2416 BLOSUM62 removed from ResidueProperties

JAL-2416 removed DNA and PAM250 matrices from ResidueProperties

JAL-2416 scoreMatrices removed from ResidueProperties

JAL-2413 extracted new method SetUtils.countDisjunction()

JAL-2423 refactored method to build panel title for tree either
calculated or read from file

JAL-2388 Incomplete unit tests

JAL-2416 SeqSpace PCA now provided as an alternative score matrix rather
than an alternative method (+code tidying)

JAL-2416 score models now held in order added

JAL-2416 allow space in score matrix name

JAL-2416 order score models by order of addition rather than name

JAL-2403 redundant 'implements' removed

JAL-2403 extract method refactoring of FeatureScoreModel + test

JAL-2421 incomplete unit test

JAL-2403 constants for "NJ", "AV"

JAL-2421 Fix to alignment panel scroll values, and start of unit test.

Merge branch 'bug/JAL-2374_JAL-2419_overlappinggroups_currentselection_popupmenu' into develop

JAL-2374 JAL-2419 - TODO suspiciously redundant nested if clauses probably need a cleanup

fix for JAL-2419 - don’t trash the current selection

JAL-2374 don’t search twice for containing group to assign to stretchGroup

JAL-2374 tests for SequenceGroup.contains

JAL-2374 JAL-1270 assign SequenceGroup tests to ‘Functional’

JAL-2374 new contains methods for seq and seq,apos

JAL-2374 javadoc - qualify that sequence argument to findGroup must be in the Alignment, not share the same dataset sequence

JAL-2393 example (unvalidated) blosum80 matrix to play with drag and
drop

Parsing moved to (new) ScoreMatrixFile, drag and drop to alignment now
supported

JAL-2388 Removed unnecessary CommandListener interface from Viewports

JAL-2416 allow alphabet symbol (optional) in first column of score table

JAL-1632 JAL-2416 load score matrices from file, as float[][]

JAL-1632 first cut of Tree chooser dialog and ScoreModels singleton

JAL-2371 small move of code, typo correction

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into features/JAL-2388OverviewWindow

JAL-2388 Initial refactor of OverviewPanel

Merge branch 'features/JAL-2316' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-2316

JAL-2401 tweaked button text, added Spanish

JAL-2401 change 'Lower Case Colour' to checkbox with tooltip

JAL-2371 no test for lower case consensus as not expected or handled

JAL-2371 ensure some colour scheme (may be None) is set on startup

Merge branch 'develop' into features/JAL-2379pcaMemory

JAL-2371 skip upper-casing consensus as it already is

JAL-2405 check for circular reference in SequenceGroup.context

JAL-2405 set initial selection group alignment context

JAL-2405 enable nucleotide/peptide colour schemes in applet menus

JAL-2316 tidying preferences help page