JAL-3186 remove duplicate message keys

JAL-2069 wider dialog so all fields show!

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-2069 clear any error colour when setting threshold from slider

JAL-3125 tidy up

JAL-3125 avoid slider 'rounding' threshold field value

JAL-3141 removed redundant method to tests

JAL-1767 failing test to check if the PCA view association is correctly saved and restored

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 remove stale JAXB binding POJO

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into features/pca_jaxb_datasetrefs_JAL-3171_JAL-3063_JAL-1767

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3063 - ant task for regenerating JAXB schema - could be optimised further

JAL-3141 language word ending corrections

JAL-3141 Added i18n for the example filenames in Preferences

JAL-3141 forgot to add this file after extracting the class!

JAL-3141 Made one more suggested change from code review

JAL-3141 Made some more suggested changes from code review

JAL-3141 Made some suggested changes from code review

JAL-3180 Disabled 'By Annotation' group colour menu item

JAL-3180 fix By Annotation selection state in colour menu

JAL-3181 refactor: extracted buildLinkMenu() for testability

JAL-3181 simplified code and test

JAL-3181 order link menu items

JAL-1889 additional test for clover-added fields

JAL-1889 ignore 'synthetic' fields added for jacoco

JAL-1767 minimise local variable scope

JAL-1767 port save/load PCA panel to JAXB - JAL-3063

JAL-3171 JAL-3063 merge updates from JAL-1767

Merge branch 'features/JAL-1767pcaInProject' into bug/JAL-3171_maintain_datasets_across_views

JAL-2621 Overview uses hand cursor in drag box, crosshair outside box

JAL-3178 include non-positional features in their group on export

JAL-2791 JAL-2808 correct Javadoc for api method

JAL-3032  ignore /site also on non-JS branches

JAL-2846 ahem - proper release note for this fix from KJVDH !

JAL-3178 known defect in release notes

JAL-3130 added a javac helper script too (like the java helper script)

JAL-3111 JAL-2846 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2846' into develop

JAL-3111 tweaked release notes and documented JAL-2864

Merge branch 'bug/JAL-2864nullOverviewCanvas' into develop

JAL-2865 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2750' into develop

Merge branch 'task/JAL-3174_fixed_filename_tests' into develop

JAL-3174 backout un-needed stacktrace for exception raised during testing (since we expect it)

JAL-3174 Merging in some test filename-case fixes

Merge branch 'bug/JAL-2541cutRelocateFeatures' into develop

JAL-2541 JAL-2822 release notes

JAL-3111 bump release 2.11 release to January 2019

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2541cutRelocateFeatures

JAL-3130 java bash wrapper to choose which java to run (if this is first in path) -- useful when you want javac and java to be from different JAVA_HOME when running ant

JAL-3130 Some fixes to ant build xml, and the modules list file creation (to remove trailing newline) so it can be used with module-less AdoptOpenJDK barebones JRE

JAL-3171 dataset reference tests now in Functional group

JAL-3171 record mapping between unmarshalled sequence’s dataset sequence ID and materialised dataset to allow belt-and-braces discovery of existing dataset - test now passes

JAL-3171 raise warning when a dataset reference exists *and* a different dataset exists for the sequenceSetID

JAL-3171 more complex project test - where sequences were copied from one alignment view into a new alignment and more views created.

JAL-3171 resolve dataset for imported projects via the alignment’s SequenceSetId

JAL-3171 failing test for legacy projects and fixing multiple dataset references

JAL-3171 register existing dataset for new view

JAL-3171 failing test checking preservation of dataset

JAL-3130 single class testing on CLI with ant [ -Dclass.name=path/from/classpath/to/Test.class ], and 'fixed' some other tests [that I broke]

JAL-3130 Fixing a few more tests that pass on a Mac but not on linux (e.g. jv-bamboo)

JAL-3130 Use non-deprecated check for Mac CMD key press

JAL-3130 Attempting to fix 8 tests that pass on a Mac but not on linux (e.g. jv-bamboo)

JAL-3130 Turns out Quit/About/Preferences handlers are Mac specific, d'oh. Moved build.xml to build-j11.xml

JAL-3130 another tweak for bamboo to add the JDK jmods to --module-path

JAL-3130 build.xml tweaks for clover-3.4.1

JAL-1421 added type to List and Vector

JAL-3169 leave file browser open on Cancel in overwrite check

JAL-3130 tweaked build.xml to do java 11 bytecode compiling[git branchgit branch]. updated getJavaVersion and added showJDKVersion in utils.

JAL-3130 Some re-reorganisation for build process

JAL-3130 incorporating feature/JAL-3063jaxbNoCastor and new script utils/jdeps_jlink_all.sh which works out module dependencies (not as straightforward as it should be) and makes a java 11 JRE

JAL-1854 fix Checkstyle import violations

JAL-1854 Checkstyle updated to 8.12

JAL-3130 de-multi-release-jar.sh Script to make multi-release jar file single release.

JAL-3063 Castor removed from codebase

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into feature/JAL-3063jaxbNoCastor

JAL-3130 Added flagged runtime 'Reflection' check on Java9 Quit/About/Preferences Handlers

JAL-3130 refactored a lot of this. See the JAVA-11-README

JAL-2420 don't offer Reveal All over alignment panel

JAL-3166 catch NPE if all sequences are hidden

JAL-3140 updated IntervalStore jar

JAL-3140 named tagged version of intervalstore.jar

JAL-3140 NCList now via IntervalStore library

JAL-3164 redraw complement overview on hide columns

JAL-3158 additional calls to reset 'selection changed' flag after update

JAL-3161 limit tooltip and status updates to visible columns

.gitignore changes

JAL-3127 Sequence ID Colour and nominal spanish translation

JAL-3127 javadoc, don’t darken white when shading residues, and don’t need to hold reference to group

JAL-3156 JAL-3127 code tidy

JAL-3156 javadoc re JAL-3127 and FIXME to make AlignmentI.getSequences(hidden representatives) behave like SequenceGroup.getSequences(…).

JAL-3127 drop redundant hidden representative sequences hash as parameter in ColourSchemeI.getInstance

JAL-3127 JAL-2773 don’t need to call paintAlignment here

JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws-2.3.1/lib in the classpath, but no modulepath needed

JAL-3127 tidier tree group colour -> view propagation

JAL-3154 disable drag to reorder JTable columns

JAL-1988 This fixes the Quit response when user cancels the quit

JAL-3127 polished setColor after review

JAL-1988 JAL-3130 Now we're in Java 11 land, using jdeps and jlink have made a pared down Java 11 (44MB) in jalview_java. Run with './jalview_java/bin/java -cp "classes:lib/*:j11lib/*" jalview.bin.Jalview'.