binaries/src/ViennaRNA/Kinfold/Laplace/laplace.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 # strip leading path and tailing extension(s)
   4 function to_basename {
   5     local basename=${1%/}
   6     basename=${basename##*/}
   7     basename=${basename%%.*}
   8     echo $basename
   9 }
  10
  11 KINFOLD=../Kinfold
  12 INFILE=$1
  13
  14 OUTFILE=$(to_basename $INFILE)
  15
  16 for phi in `seq 0.3 0.1 8.0`
  17 do
  18  $KINFOLD \
  19  --silent --phi $phi --log $OUTFILE.$phi --num 2000 --time 1000000 < $INFILE
  20 done
  21
  22 perl extract_data.pl *.log > $OUTFILE.data
  23
  24 R CMD BATCH to_boxplot.R
  25
  26 # End of file